Hromosom 11
Hromosom 11 je autosom i jedan od i23 para hromosoma u ljudskoj garnituri.Osobe normalno imaju po dvije njegove kopije. Prema položaju centromere ,pripada kategoriji submeracentričnih hromosoma. Sadrži oko 134,5 miliona baznih parova (gradivnih elemenata DNK) , a predstavlja 4 – 4,5 % ukupne količine DNK u ćeliji. Ovaj hromosom je jedan od najbogatijih genima u ljudskom genom, pa i onima koji su u vezi sa određenim bolestima. Identifikacija gena na svakom hromosomu jr veoma aktivno područje genetičkih istraživanja. Zato se i procjene broja lokusa na svakom od njih , zavisno od pristupa, međusobno mogu razlikovati. Hromosom 11 sadrži 1.300 – 1.700 gena .
Hromosom 11 | |
---|---|
Karakteristike | |
Dužina (bp) | 135,086,622 bp (GRCh38)[1] |
Br. gena | 1.224 (CCDS) |
Vrsta | Autosom |
Pozicija centromere | Submetacentrik[2] (53,4 Mbp) |
Kompletan spisak gena | |
CCDS | Spisak gena |
HGNC | Spisak gena |
UniProt | Spisak gena |
NCBI | Spisak gena |
Vanjski preglednici karata | |
Ensembl | Hromosom 11 |
Entrez | Hromosom 11 |
NCBI | Hromosom 11 |
UCSC | Hromosom 11 |
Potpune DNK sekvence | |
RefSeq | NC_000011 (FASTA) |
GenBank | CM000673 (FASTA) |
Dosadašnje studije na hromosomu 11 pokazuju 11,6 gena po baznom paru za 1.524 protein-kodirajućih gena i 765 pseudogena .[3] Više od 40% od 856 olfaktorno-receptornih genes u genomu čovjeka je locirano u 28 pojedinačnim i multi-genskim klasterima duž ovog hromosoma.
Geni
urediBroj gena
urediOvo su neke od procjena broja gena za ljudski hromosom 9. Budući da istraživači koriste različite pristupe označavanju genoma, njihova predviđanja broja gena na svakom hromosomu variraju (za tehničke detalje pogledajte predviđanje gena). Među raznim projektima, zajednički Projekt konsenzusnog kodiranja (CCDS) zauzima izuzetno konzervativnu strategiju. Dakle, predviđanje broja gena po CCDS-u predstavlja donju granicu ukupnog broja gena koji kodiraju ljudske proteine.[4]
Baza podataka | Protein-kodirajući geni | Nonkodirajući geni RNK | Pseudogeni | Izvor | Datum objave |
---|---|---|---|---|---|
1.224 | — | — | [5] | 2016-09-08 | |
1.262 | 271 | 666 | [6] | 2017-05-12 | |
1.301 | 1.060 | 811 | [7] | 2017-03-29 | |
1.327 | — | — | [8] | 2018-02-28 | |
1.314 | 860 | 839 | [9][10][11] | 2017-05-19 |
Lista gena
uredi- ACAT1: Kodira acetil-koenzim A-acetiltransferazu 1 (acetoacetil koenzim A tiolazu)
- ACRV1: Kodira akrosomni protein SP-10
- AKIP1: Kodira A kinaza-interaktivni protein 1
- ALKBH3: Kodira protein AlkB homolog 3, alfa-ketoglutarat-ovisna dioksigenaza
- AMOTL1: Kodira angiomotinoliki protein 1
- AMPD3: Kodira enzim AMP-deaminaza 3
- API5: Kodira proteinski apoptozni inhibitor 5
- APLNR: Kodira apelinski receptor (APJ receptor)
- APOA4: Kodira apolipoprotein A-IV
- ARCN1: Kodira protein arhain 1
- ASRGL1: Kodira enzim L-asparaginaza
- ATM: Kodira mutiranu ataksiju telangiektazuju (uključujući komplementacijske grupe A, C and D)
- B3GNT1: Kodira enzim N-acetilaktozaminid beta-1,3-N-acetilglukosaminiltransferaza
- BDNF: Kodira sekrete BDNF, član neurotrofinske porodice proteina
- C11orf1: Kodira protein
- C11orf16: Kodira neokarakterizirani protein C11orf16
- C11orf49: Kodira protein UPF0705, protein C11orf49
- C11orf52: Kodira protein C11orf52
- C11orf54: Kodira protein ester-hidrolaza C11orf54
- C11orf86: Kodira neokrakterizirani protein C11orf86
- C1QTNF4: Kodira protein C1q i faktor tumorske nekroze, srodan proteinu 4
- C1QTNF5: Kodira protein C1q i faktor tumorske nekroze tumor srodan proteinu 5
- CAPRIN1: Kodira protein1 pridružen ćelijskom ciklusu
- CCDC90B: Kodira domen upredene zavojnice sa 90B
- CCL9: Kodira hemokin (C-C motiv) ligand 9
- CD81: Kodira klaster diferencijacije 81
- CDHR5: Kodira člana 5 kadherinu srodne porodice
- COMMD9: Kodira protein 9 sa COMM domenom
- CPSF7: Kodira cijepanje podjedinice 7 i poliadenilaciju faktora specifičnsti
- CPT1A: Kodira karnitin-palmitoiltransferazu 1A (jetrenu)
- CREBZF protein CREB/ATF bZIP transkripcijski faktor
- DAK: Kodira triokinazu/FMN ciklazu
- DDI1: Kodira protein indukcije DNK-oštećenja, homolog 1 (S. cerevisiae)
- DGAT2: Kodira protein diacilglicerol O-akiltransferaza 2
- DHCR7: Kodira enzim 7-dehidroholesterol-reduktaza
- DKK3: Kodira Dickkopf-srodni protein 3
- DPF2: Kodira dvostruke PHD prste 2
- DRD4: Kodira dopaminski receptor D4 na lokusu 11p15.5
- DSCAML1: Kodira protein ćelijske adhrzije molekula 1 Downovog sindroma
- EI24: Kodira etopozid-inducirani protein 2.4 homolog
- FAM118B: Kodira proteinskog člana B porodice sa sličnošću sekvence 118
- FAM76B: Kodira proteinskog člana B porodice sa sličnošću sekvence 76
- FAR1: Kodira masnu acil-coA reduktazu 1
- FAT3: Kodira masni atipski kadherin 3
- FHIP: Kodira FTS i Hook-interaktivni protein
- FNBP4: Kodira formin-vezujući protein 4
- GLB1L3: Kodira galaktozidazu beta 1-liku 3
- GLYAT: Kodira glicin-N-aciltransferazu
- GLYATL2: Kodira protein sličan glicin-N-aciltransferazi 2
- GPHA2: Kodira glikoproteinski hormon alfa-2
- GYLTL1B: Kodira glikosiltransferazoliki protein LARGE2
- HBB: Kodira hemoglobin, beta
- HBBP1: Kodira protein hemoglobin, beta pseudogen 1
- HIKESHI: Kodira otvoreni okvir čitanja 73 hromosoma 11
- HMBS: Kodira hidroksimetilbilni VIIA
- HRASLS3: Kodira adipoznu fosfolipazu A2
- HTATIP2: Kodira interaktivni HIV-1 Tat protein 2
- HYLS1: Kodira srodni gen hidroletalusa (finska nasljedna bolest)
- HYOU1: Kodira hipoksijski nadregulirani protein 1
- IFITM2: Kodira interferonski inducirani transmembranski protein 2
- IFT46: Kodira međuflagelski transportni homolog poteina 46
- INS: Insulinski gen [12]
- KDM2A: Kodira lizin-demetilazu 2A
- KIAA1549L: Kodira KIAA1549-liki protein
- LPXN: Kodira leupaksin
- LRFN4: Kodira protein leucinom bogatih ponavljanja i sa fibronektinskim domenom tip III
- MADD: Kodira MAP kinaza-aktivirajući domenski protein ćelijske smrti
- MEN1: Kodira Multiplu endokrinu neoplaziju tip 1
- MIRLET7A2: Kodira mikroRNK let-7a-2
- MMP7: Kodira matriks metaloproteinaza (MMP porodica)
- MOGAT2: Kodira monoacilglicerol O-aciltransferazu 2
- MTRNR2L8: Kodira MT-RNR2-liki protein 8
- NADSYN1: Kodira NAD-sintetazu 1
- NAP1L4: Kodira nukleosomni sklop proteina 4 sličnog proteinu 1
- NFRKB: Kodira jedarni faktor srodan kapa-B vezujućem proteinu
- NNMT: Kodira nikotinamid N-metiltransferazu
- NRGN: Kodira neurogranin
- P53AIP1: Kodira p53-regulirani apoptozno-inducirani protein 1
- PAX6: Kodira upareni boks 6
- PCNX3: Kodira pekaneksni homologni proteinm3
- PGA3: Kodira protein pepsinogen 3, grupa I (pepsinogen A)
- PIWIL4: Kodira Piwi-liki protein RNK-posredovanog utišavanja gena 4
- PRR5L: Kodira prolinom bogati protein sličan proteinu 5
- PTPRCAP: Kodira tirozin-fosfatazni receptor tipu C pridruženi protein
- PTS: Kodira 6-piruvoiltetrahidropterin-sintazu
- QSER1: Kodira glutaminom i serinom bogati protein 1
- RAG1/RAG2: Kodira rekombinacijski aktivirajuće gene
- RELT: Kodira receptor tumorskog faktora nekroze
- REXO2: Kodira RNK egzonukleazu 2
- RNH1: Kodira ribonukleazni inhibitor 1
- RNU2-2: Kodira mali jedarni 2 protein U2 RNK
- ROM1: Kodira membranski protein 1 vanjskog mrežnjačnog segmenta
- RPL27A: Kodira podjedinicu 60S proteina L27a
- RPL36A: Kodira ribosomski protein 60S, L36a
- RSF1: Kodira remodelirajući i prostorni faktor 1
- SAA1: Kodira serumski amiloid A1
- SAA2: Kodira serumski amiloid A2
- SAC3D1: Kodira protein 1 sa SAC-domenom
- SART1: Kodira antigen 1 karcinoma pločastih ćelija, prepoznatljiv T-ćelijama
- SBF2: Kodira SET vezujući faktor 2
- SCGB1D2: Kodira člana 2 sekretoglobinske porodice 1D
- SESN3: Kodira protein sestrin 3
- SIDT2: Kodira člana 2 porodice transmembranskih proteina SID1
- SLC17A6: Kodira protein 17 porodice rastvornih nosača (vezikulski glutamat-transporter), član 6
- SMAP1: Kodira mali kiseli protein
- SMPD1: Kodira kiselu lizosomsku sfingomijelin-fosfodiesterazu 1 (kisela sfingomijelinaza)
- SPA17: Kodira spermni autoantigeni protein 17
- SRPRA: Kodira alfa podjedinicu Srp receptora
- TAF1D: Kodira podjedinicu D TATA-boks vezujući protein pridruženog faktoru RNK-polimeraze I
- TALDO1: Kodira protein transaldolazu 1
- TBRG1: Kodira regulator 1 transformirajućeg faktora rasta beta
- TECTA: Kodira tektorin alfa (nesindromne gluhoće)
- TH: Kodira tirozin-hidroksilazu
- THRSP: Kodira tireohormonski induciblni jetrani protein
- THYN1: Kodira timocitni jedarni protein 1
- TIMM10: Kodira translokazu 10 unutrašnje mitohondrijske membrane
- TIMM10B: Kodira podjedinicu Tim9 translokaze B importa unutrašnje mitohondrijske membrane
- TM7SF2: Kodira član 2 transmembranske superporodice 7
- TMEM109: Kodira transmembranski protein 109
- TMEM123: Kodira transmembranski protein 123
- TMEM126B: Kodira transmembranski protein 126B
- TMEM134: Kodira transmembranski protein 134
- TMEM25: Kodira transmembranski protein 25
- TP53I11: Kodira tumorski protein 53 inducibilni protein 11
- TRAPPC4: Kodira protein prometa podjedinice 4 čestičnog kompleksa
- TRPT1: Kodira tRNK enzima 2'-fosfotransferaza 1
- UNC93B1: Kodira Unc-93 homolog B1
- UPK2: Kodira uroplakin-2
- USH1C: Kodira protein Ushrerovog sindroma 1C (teški [[autosomno nasljeđivanje|autosomni recesivni)
- USP47: Kodira ubikvitin specifičnu peptidazu 47
- UVRAG: Kodira protein pridružen rezistenciji na UV-zračenje
- VPS26B: Kodira homolog B sortiranja vakuolskih proteina 26
- VSIG2: Kodira V-set sa imunoglobulinskim domenom 2
- WT1: Kodira protein Wilmsovog tumora
- YIF1A: Kodira Yip1 interaktivni faktor homologa A
- ZFP91-CNTF
- ZNF408: Kodira protein cinkovog prsta 408
Bolesti i poremećaji
urediSljedeće bolesti su neke od onih koje mogu biti povezane sa gennima na hromosomu 11:
- Anemija srpastih eritrocita[13]
- Akutna povremena porfirija
- Albinizam
- Ataksija–telangiektazija
- Autizam (neureksin 1) [14]
- Beckwit–Wiedemannov sindrom
- Bestova bolest
- Beta talasemija
- Charcot–Marie–Tootova bolest
- Cistasta fibroza
- Denys-Drashov sindrom
- Depresija
- Jacobsenov sindrom
- Jervellov i Lange-Nielsenov sindrom
- Kancer mokraćne bešike
- Limfom pločastih ćelija (t11; 14)
- Meckelov sindrom
- Methemoglobinemija, tip beta-globinski
- Multipla endokrina neoplazija tip 1
- Nasljedna multipla egzostoza
- Nasljedni angioedem (106100)
- Nedostatak beta-ketotiolaze
- Nedostatak karnitin-palmitoiltransferaze I
- Nedostatak tetrahidrobiopterina
- Nesindromna gluhoća
- Niemann–Pickova bolest
- Porfirija
- Porodična mediteranska groznica
- Potocki-Shafferin sindrom
- Rak dojke
- Romano–Wardov sindrom
- Smith–Lemli–Opitzov sindrom
- Usherov sindrom
- WAGR sindrom
- Wiedemann–Steinerov sindrom
- Wilmsov tumor
Citogenetičke pruge/bendovi
urediHromosom | Krak[21] | Pruga | ISCN start[22] |
NCBI stop[22] |
Bazni par start |
Bazni par stop |
Boja[23] | Gustoća |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
11 | p | 15.5 | 0 | 230 | 1 | 2.800.000 | gneg | |
11 | p | 15.4 | 230 | 461 | 2.800.001 | 11.700.000 | gpos | 50 |
11 | p | 15.3 | 461 | 745 | 11.700.001 | 13.800.000 | gneg | |
11 | p | 15.2 | 745 | 935 | 13.800.001 | 16.900.000 | gpos | 50 |
11 | p | 15.1 | 935 | 1246 | 16.900.001 | 22.000.000 | gneg | |
11 | p | 14.3 | 1246 | 1490 | 22.000.001 | 26.200.000 | gpos | 100 |
11 | p | 14.2 | 1490 | 1545 | 26.200.001 | 27.200.000 | gneg | |
11 | p | 14.1 | 1545 | 1775 | 27.200.001 | 31.000.000 | gpos | 75 |
11 | p | 13 | 1775 | 2114 | 31.000.001 | 36.400.000 | gneg | |
11 | p | 12 | 2114 | 2357 | 36.400.001 | 43.400.000 | gpos | 100 |
11 | p | 11.2 | 2357 | 2655 | 43.400.001 | 48.800.000 | gneg | |
11 | p | 11.12 | 2655 | 2872 | 48.800.001 | 51.000.000 | gpos | 75 |
11 | p | 11.11 | 2872 | 3035 | 51.000.001 | 53.400.000 | acen | |
11 | q | 11 | 3035 | 3197 | 53.400.001 | 55.800.000 | acen | |
11 | q | 12.1 | 3197 | 3414 | 55.800.001 | 60.100.000 | gpos | 75 |
11 | q | 12.2 | 3414 | 3550 | 60.100.001 | 61.900.000 | gneg | |
11 | q | 12.3 | 3550 | 3685 | 61.900.001 | 63.600.000 | gpos | 25 |
11 | q | 13.1 | 3685 | 4037 | 63.600.001 | 66.100.000 | gneg | |
11 | q | 13.2 | 4037 | 4186 | 66.100.001 | 68.700.000 | gpos | 25 |
11 | q | 13.3 | 4186 | 4512 | 68.700.001 | 70.500.000 | gneg | |
11 | q | 13.4 | 4512 | 4688 | 70.500.001 | 75.500.000 | gpos | 50 |
11 | q | 13.5 | 4688 | 4877 | 75.500.001 | 77.400.000 | gneg | |
11 | q | 14.1 | 4877 | 5148 | 77.400.001 | 85.900.000 | gpos | 100 |
11 | q | 14.2 | 5148 | 5257 | 85.900.001 | 88.600.000 | gneg | |
11 | q | 14.3 | 5257 | 5474 | 88.600.001 | 93.000.000 | gpos | 100 |
11 | q | 21 | 5474 | 5690 | 93.000.001 | 97.400.000 | gneg | |
11 | q | 22.1 | 5690 | 5934 | 97.400.001 | 102.300.000 | gpos | 100 |
11 | q | 22.2 | 5934 | 6070 | 102.300.001 | 103.000.000 | gneg | |
11 | q | 22.3 | 6070 | 6300 | 103.000.001 | 110.600.000 | gpos | 100 |
11 | q | 23.1 | 6300 | 6503 | 110.600.001 | 112.700.000 | gneg | |
11 | q | 23.2 | 6503 | 6693 | 112.700.001 | 114.600.000 | gpos | 50 |
11 | q | 23.3 | 6693 | 7167 | 114.600.001 | 121.300.000 | gneg | |
11 | q | 24.1 | 7167 | 7316 | 121.300.001 | 124.000.000 | gpos | 50 |
11 | q | 24.2 | 7316 | 7533 | 124.000.001 | 127.900.000 | gneg | |
11 | q | 24.3 | 7533 | 7695 | 127.900.001 | 130.900.000 | gpos | 50 |
11 | q | 25 | 7695 | 7980 | 130.900.001 | 135.086.622 | gneg |
Također pogledajte
urediReference
uredi- ^ "Human Genome Assembly GRCh38 - Genome Reference Consortium". National Center for Biotechnology Information (jezik: engleski). 24. 12. 2013. Pristupljeno 4. 3. 2017.
- ^ Tom Strachan; Andrew Read (2 April 2010). Human Molecular Genetics. Garland Science. str. 45. ISBN 978-1-136-84407-2.
- ^ Taylor TD, Noguchi H, Totoki Y, Toyoda A, Kuroki Y, Dewar K, Lloyd C, Itoh T, Takeda T, Kim DW, She X, Barlow KF, Bloom T, Bruford E, Chang JL, Cuomo CA, Eichler E, FitzGerald MG, Jaffe DB, LaButti K, Nicol R, Park HS, Seaman C, Sougnez C, Yang X, Zimmer AR, Zody MC, Birren BW, Nusbaum C, Fujiyama A, Hattori M, Rogers J, Lander ES, Sakaki Y (2006). "Human chromosome 11 DNA sequence and analysis including novel gene identification". Nature. 440 (7083): 497–500. doi:10.1038/nature04632. PMID 16554811.CS1 održavanje: više imena: authors list (link)
- ^ Pertea M, Salzberg SL (2010). "Between a chicken and a grape: estimating the number of human genes". Genome Biol. 11 (5): 206. doi:10.1186/gb-2010-11-5-206. PMC 2898077. PMID 20441615.
- ^ "Search results - 1[CHR] AND "Homo sapiens"[Organism] AND ("has ccds"[Properties] AND alive[prop]) - Gene". NCBI. CCDS Release 20 for Homo sapiens. 8. 9. 2016. Pristupljeno 28. 5. 2017.
- ^ "Statistics & Downloads for chromosome 9". HUGO Gene Nomenclature Committee. 12. 5. 2017. Arhivirano s originala, 20. 3. 2021. Pristupljeno 19. 5. 2017.
- ^ "Chromosome 9: Chromosome summary - Homo sapiens". Ensembl Release 88. 29. 3. 2017. Pristupljeno 19. 5. 2017.
- ^ "Human chromosome 9: entries, gene names and cross-references to MIM". UniProt. 28. 2. 2018. Pristupljeno 16. 3. 2018.
- ^ "Search results - 9[CHR] AND "Homo sapiens"[Organism] AND ("genetip [[protein]] coding"[Properties] AND alive[prop]) - Gene". NCBI. 19. 5. 2017. Pristupljeno 20. 5. 2017. Sukob URL-a i wikilinka (pomoć)
- ^ "Search results - 9[CHR] AND "Homo sapiens"[Organism] AND ( ("genetype miscrna"[Properties] OR "genetype ncrna"[Properties] OR "genetype rrna"[Properties] OR "genetype trna"[Properties] OR "genetype scrna"[Properties] OR "genetype snrna"[Properties] OR "genetype snorna"[Properties]) NOT "genetype protein coding"[Properties] AND alive[prop]) - Gene". NCBI. 19. 5. 2017. Pristupljeno 20. 5. 2017.
- ^ "Search results - 9[CHR] AND "Homo sapiens"[Organism] AND ("genetype pseudo"[Properties] AND alive[prop]) - Gene". NCBI. 19. 5. 2017. Pristupljeno 20. 5. 2017.
- ^ [http: Kodira//ghr.nlm.nih.gov/gene/INS INS - insulin - Genetics Home Reference]
- ^ "Human Genome Project Information Site Has Been Updated". Arhivirano s originala, 2012-07-10. Pristupljeno 2009-01-04.
- ^ "Autism gene breakthrough hailed". Health. BBC NEWS. 2007-02-19. Pristupljeno 2010-01-02.
- ^ Genome Decoration Page, NCBI. Ideogram data for Homo sapience (400 bphs, Assembly GRCh38.p3). Last update 2014-03-04. Retrieved 2017-04-26.
- ^ Genome Decoration Page, NCBI. Ideogram data for Homo sapience (550 bphs, Assembly GRCh38.p3). Last update 2015-08-11. Retrieved 2017-04-26.
- ^ Genome Decoration Page, NCBI. Ideogram data for Homo sapience (850 bphs, Assembly GRCh38.p3). Last update 2014-06-03. Retrieved 2017-04-26.
- ^ International Standing Committee on Human Cytogenetic Nomenclature (2013). ISCN 2013: An International System for Human Cytogenetic Nomenclature (2013). Karger Medical and Scientific Publishers. ISBN 978-3-318-02253-7.
- ^ Sethakulvichai, W.; Manitpornsut, S.; Wiboonrat, M.; Lilakiatsakun, W.; Assawamakin, A.; Tongsima, S. (2012). "Estimation of band level resolutions of human chromosome images". In Computer Science and Software Engineering (JCSSE), 2012 International Joint Conference on: 276–282. doi:10.1109/JCSSE.2012.6261965. ISBN 978-1-4673-1921-8. S2CID 16666470.
- ^ Genome Decoration Page, NCBI. Ideogram data for Homo sapience (850 bphs, Assembly GRCh38.p3). Last update 2014-06-03. Retrieved 2017-04-26.
- ^ p: Kratki krak; q: Dugi krak.
- ^ a b These values (ISCN start/stop) are based on the length of bands/ideograms from the ISCN book, An International System for Human Cytogenetic Nomenclature (2013). Arbitrarna jedinica.
- ^ gpos: Regija koja je pozitivno obojena G-prugama, općenito bogata AT i siromašna genima; gneg: Regija koja je negativno obojena G-prugama, općenito bogata CG i bogata genima; acen Centromera. var: Varijabilna regija; stslk: drška.
Dopunska literatura
uredi- Gilbert F (2000). "Disease genes and chromosomes: disease maps of the human genome". Genet Test. 4 (4): 409–26. doi:10.1089/109065700750065180. PMID 11216668.
Vanjski linkovi
uredi