TMEM134

TMEM134
Identifikatori
Aliasi
Vanjski ID-jevi	GeneCards: [1]
Ortolozi
	105469684
	n/a
	n/a
	n/a
	n; a
	n/a
	XM_011721065; XM_011721066
	n/a
	n/a
	n/a
	Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek

Transmembranski protein 134 je protein koji je kodiran genom TMEM134. TMEM134 nema drugih poznatih pseudonima. Postoje dva transmembranska domena i [[domen nepoznate funkcije (DUF872).^[2] Evolucijski, većina organizama koji imaju ovaj gen su primati i sisari, iako postoje neki organizmi koji datiraju još od Drosophila i C. elegans. Dosadašnja istraživanja nisu potvrdila funkciju TMEM134.

Struktura gena uredi

Gen se sastoji od šest egzona, u rasponu od 67464348 do 67469277 kb. Nalazi se na hromosomu 11, sekvenca q13.2, koja je minus hromosomsk sekvenca. Gen ima tri izoforme: a, b i c.

Protein uredi

Aminokiselinska sekvenca uredi

Dužina polipeptidnog lanca je 195 aminokiselina, а molekulska težina 21.586 Da.^[3]

10	20	30	40	50
MSAARPQFSI	DDAFELSLED	GGPGPESSGV	ARFGPLHFER	RARFEVADED
KQSRLRYQNL	ENDEDGAQAS	PEPDGGVGTR	DSSRTSIRSS	QWSFSTISSS
TQRSYNTCCS	WTQHPLIQKN	RRVVLASFLL	LLLGLVLILV	GVGLEATPSP
GVSSAIFFVP	GFLLLVPGVY	HVIFIYCAVK	GHRGFQFFYL	PYFEK

C: Cistein

D: Asparaginska kiselina

E: Glutaminska kiselina

F: Fenilalanin

G: Glicin

H: Histidin

I: Izoleucin

K: Lizin

L: Leucin

M: Metionin

N: Asparagin

P: Prolin

Q: Glutamin

R: Arginin

S: Serin

T: Treonin

V: Valin

W: Triptofan

Y: Tirozin

Struktura proteina uredi

Protein je kodiran genom TMEM134 i ima 195 aminokiselina. Sadrži dvija transmembranska domena, ali ne sadrži signalni peptid. Ovo sugerira da postoji unutrašnji signalni peptid uzvodno od prevedenog dijela proteina. Protein se općenito smatra normalnim sa sadržajem aminokiselina, ali ima dvije regije visoke hidrofobnosti, koje se javljaju duž transmembranskih regija proteina. To proteinu daje izoelektričnu tačku od 6,08. Ukupna težina proteina je 21,6 kilodaltona, što je konzervirano u različitim ortolozima. Protein također sadrži domen nepoznate funkcije 872 (DUF872). Do sada se ne razmišlja o mogućoj funkciji ovog domena.

Proteinski konstrukt TMEM134sardži dva transmembranska domena i DUF872.

Regulacija i translacija uredi

TMEM134 je reguliran promotorom GXP50275TMEM134.^[4] U promotoru ima 870 aminokiselina i 15 njegovih transkripcijskih varijanti. Dobro je konzerviran kod sisara. Postoje neke konzervirane regije vezivanja u promotoru, uključujući EGR / nervni faktor i regulatornu regiju gena Huntingtonove bolesti.

Lokacija uredi

Smatra se da se konačni protein nalazi u endoplazmatskom retikulumu i jedarnoj membrani.^[5] Protein je usidren u dvije različite regije, od 123-145 i 155- 177. Dio proteina koji se proteže u citosol jako je fosforiliran. Ova mjesta fosforilacije konzervirana su u košljoriba.

Posttranslacijske modifikacije uredi

Jedina posttranslacijska modifikacija koja se događa je fosforilacija. Ne postoje mjesta glikozilacije, sulfinacija ili sumoilacija.

Interakcije uredi

TMEM134 ima jednu interakciju s drugim proteinom, ELAVL1. Ovaj protein veže se za A-U bogate elemente u FOS i IL3 / interleukin-3 iRNK.^[6]

Ekspresija uredi

Sprovedena analiza mikro-nizova GEO profila pokazala je da je TMEM134 sveprisutno eksprimiran u većini ljudskih tkiva.^[7] Iako postoji sveprisutna ekspresija u ljudskim tkivima, postoje i druga tkiva koja imaju veći nivo ekspresije, poput srca, tkiva dojke i prostate.

Homologija uredi

Kao što je ranije rečeno, postoji dosta konzerviran kod primata i sisara, ali postoje neki udaljeni ortolozi, kao šro su kod zebrica i Drosophila, te homolog C. elegans.

Rod i vrsta	Uobičajeno ime	Length	Pristup	Postotak identiteta^[8]
Homo sapiens	Čovjek	195 aa	NP_079400	100%
Papio anubis	Maslinasti babun	195 aa	XP_003905916.1	97%
Sus scrofa	Divlja svinja	246 aa	XP_003480710	95%
Orincus ocra	Orka	195 aa	XP_004278064	94%
Equua callabus	Konj	208 aa	XP_005598525	92%
Ceratotherium simum simum	Bijeli nosorog	186 aa	XP_004437766	89%
Bos taurus	Govedo	229 aa	XP_005227097	78%
Drosphilia melangostar	Vinska mušica	170 aa	NP_001261296	32%
Caenorhabditis elegans	Obla glista	168 aa	NP_001021401	26%

Reference uredi

^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ Genecards https://www.genecards.org/
^ "UniProt, Q9H6X4". Pristupljeno 28. 8. 2021.
^ El Dorado http://www.genomatix.de/cgi-bin/eldorado/main.pl^{[mrtav link]}
^ ExPasy http://www.expasy.org/
^ Genecards https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=ELAVL1
^ NCBI GEO Profiles https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geoprofiles/?term=tmem134
^ NCBI BLAST http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

[1] "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[2] Genecards https://www.genecards.org/

[UniProt-3] "UniProt, Q9H6X4". Pristupljeno 28. 8. 2021.

[4] El Dorado http://www.genomatix.de/cgi-bin/eldorado/main.pl^{[mrtav link]}

[5] ExPasy http://www.expasy.org/

[6] Genecards https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=ELAVL1

[7] NCBI GEO Profiles https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geoprofiles/?term=tmem134

[8] NCBI BLAST http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

[2]

[1]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]