Transmembranski protein 134 je protein koji je kodiran genom TMEM134. TMEM134 nema drugih poznatih pseudonima. Postoje dva transmembranska domena i [[domen nepoznate funkcije (DUF872).[2] Evolucijski, većina organizama koji imaju ovaj gen su primati i sisari, iako postoje neki organizmi koji datiraju još od Drosophila i C. elegans. Dosadašnja istraživanja nisu potvrdila funkciju TMEM134.

TMEM134
Identifikatori
Aliasi
Vanjski ID-jeviGeneCards: [1]
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

XM_011721065
XM_011721066

n/a

RefSeq (bjelančevina)

n/a

n/a

Lokacija (UCSC)n/an/a
PubMed pretraga[1]n/a
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek

Struktura gena

uredi

Gen se sastoji od šest egzona, u rasponu od 67464348 do 67469277 kb. Nalazi se na hromosomu 11, sekvenca q13.2, koja je minus hromosomsk sekvenca. Gen ima tri izoforme: a, b i c.

Protein

uredi

Aminokiselinska sekvenca

uredi

Dužina polipeptidnog lanca je 195 aminokiselina, а molekulska težina 21.586 Da.[3]

1020304050
MSAARPQFSIDDAFELSLEDGGPGPESSGVARFGPLHFERRARFEVADED
KQSRLRYQNLENDEDGAQASPEPDGGVGTRDSSRTSIRSSQWSFSTISSS
TQRSYNTCCSWTQHPLIQKNRRVVLASFLLLLLGLVLILVGVGLEATPSP
GVSSAIFFVPGFLLLVPGVYHVIFIYCAVKGHRGFQFFYLPYFEK

Struktura proteina

uredi

Protein je kodiran genom TMEM134 i ima 195 aminokiselina. Sadrži dvija transmembranska domena, ali ne sadrži signalni peptid. Ovo sugerira da postoji unutrašnji signalni peptid uzvodno od prevedenog dijela proteina. Protein se općenito smatra normalnim sa sadržajem aminokiselina, ali ima dvije regije visoke hidrofobnosti, koje se javljaju duž transmembranskih regija proteina. To proteinu daje izoelektričnu tačku od 6,08. Ukupna težina proteina je 21,6 kilodaltona, što je konzervirano u različitim ortolozima. Protein također sadrži domen nepoznate funkcije 872 (DUF872). Do sada se ne razmišlja o mogućoj funkciji ovog domena.

 
Proteinski konstrukt TMEM134sardži dva transmembranska domena i DUF872.

Regulacija i translacija

uredi

TMEM134 je reguliran promotorom GXP50275TMEM134.[4] U promotoru ima 870 aminokiselina i 15 njegovih transkripcijskih varijanti. Dobro je konzerviran kod sisara. Postoje neke konzervirane regije vezivanja u promotoru, uključujući EGR / nervni faktor i regulatornu regiju gena Huntingtonove bolesti.

Lokacija

uredi

Smatra se da se konačni protein nalazi u endoplazmatskom retikulumu i jedarnoj membrani.[5] Protein je usidren u dvije različite regije, od 123-145 i 155- 177. Dio proteina koji se proteže u citosol jako je fosforiliran. Ova mjesta fosforilacije konzervirana su u košljoriba.

Posttranslacijske modifikacije

uredi

Jedina posttranslacijska modifikacija koja se događa je fosforilacija. Ne postoje mjesta glikozilacije, sulfinacija ili sumoilacija.

Interakcije

uredi

TMEM134 ima jednu interakciju s drugim proteinom, ELAVL1. Ovaj protein veže se za A-U bogate elemente u FOS i IL3 / interleukin-3 iRNK.[6]

Ekspresija

uredi

Sprovedena analiza mikro-nizova GEO profila pokazala je da je TMEM134 sveprisutno eksprimiran u većini ljudskih tkiva.[7] Iako postoji sveprisutna ekspresija u ljudskim tkivima, postoje i druga tkiva koja imaju veći nivo ekspresije, poput srca, tkiva dojke i prostate.

Homologija

uredi

Kao što je ranije rečeno, postoji dosta konzerviran kod primata i sisara, ali postoje neki udaljeni ortolozi, kao šro su kod zebrica i Drosophila, te homolog C. elegans.

Rod i vrsta Uobičajeno ime Length Pristup Postotak identiteta[8]
Homo sapiens Čovjek 195 aa NP_079400 100%
Papio anubis Maslinasti babun 195 aa XP_003905916.1 97%
Sus scrofa Divlja svinja 246 aa XP_003480710 95%
Orincus ocra Orka 195 aa XP_004278064 94%
Equua callabus Konj 208 aa XP_005598525 92%
Ceratotherium simum simum Bijeli nosorog 186 aa XP_004437766 89%
Bos taurus Govedo 229 aa XP_005227097 78%
Drosphilia melangostar Vinska mušica 170 aa NP_001261296 32%
Caenorhabditis elegans Obla glista 168 aa NP_001021401 26%

Reference

uredi
  1. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  2. ^ Genecards https://www.genecards.org/
  3. ^ "UniProt, Q9H6X4". Pristupljeno 28. 8. 2021.
  4. ^ El Dorado http://www.genomatix.de/cgi-bin/eldorado/main.pl[mrtav link]
  5. ^ ExPasy http://www.expasy.org/
  6. ^ Genecards https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=ELAVL1
  7. ^ NCBI GEO Profiles https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geoprofiles/?term=tmem134
  8. ^ NCBI BLAST http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi