GenBank

**GenBank**
GenBank
Skraćenica	GB
Prethodnik	Novoosnovana
Datum osnivanja	1982.
Vrsta	Javna baza podataka o nukleotidima
Status	Aktivan
Cilj	Prikupljanje nolvih podataka o nukleotidima i genima; Do 2023.: Nukleotidne sekvence za više od 300.000 organizama s pratećom bibliografskom i biološkom napomenom
Glavno sjedište	NCBI
Članstvo	Neograničeni
Jezik	Engleski
Ključne osobe	Walter Goad
Glavni organ	Uredništvo
Br. zaposlenih	?
Veb-sajt	= eutils; soap; ; NCBI XML; ASN.1; BLAST; Genbank format;

GenBank baza podataka sekvenci je otvoreno pristupna, označena zbirka svih javno dostupnih nukleotidnih sekvenci i njihovih proteinskih prijevoda. Proizvodi ga i održava Nacionalni centar za informacije o biotehnologiji (NCBI; dio Nacionalnih instituta za zdravlje u Sjedinjenim Državama) kao dio Međunarodne baze podataka o nukleotidnim sekvencama Saradnja (INSDC).

GenBank i njeni saradnici primaju sekvence proizvedene u laboratorijama širom svijeta od više od 500.000 formalno opisanih vrsta.^[1] Bazu podataka pokrenuli su Walter Goad i Nacionalna laboratorija Los Alamosa, 1982. GenBank je postala važna baza podataka za istraživanja u biološkim poljima i rastao je posljednjih godina eksponencijalnom stopom udvostručavajući se otprilike svakih 18 mjeseci.^[2]^[3]

Izdanje 250.0, objavljeno u junu 2022., sadržavalo je preko 17 triliona nukleotidnih baza u više od 2,45 milijardi sekvenci.^[4] GenBank je napravljen direktnim podnošenjem iz pojedinačnih laboratorija, kao i iz masovnih predaja iz velikih centara sekvenciranje.

Prijave

GenBank se mogu poslati samo originalne sekvence. Direktno podnošenje se vrši GenBank koristeći BankIt, koji je web-bazirani obrazac, ili samostalni program za podnošenje, Sequin. Po prijemu predaje sekvence, osoblje GenBank-a ispituje originalnost podataka i dodjeljuje pristupni broj sekvenci i vrši provjere osiguranja kvaliteta. Prijave se zatim puštaju u javnu bazu podataka, gdje se unosi mogu pronaći putem Entrez ili preuzeti putem FTP. Grupno slanje eksprimirana oznaka sekvence (EST), lokacija označena sekvencom (STS), sekvenca istraživanja genoma (GSS) i sekvenca genoma visoke propusnosti (HTGS) podatke najčešće dostavljaju veliki centri za sekvenciranje. Grupa za direktno podnošenje GenBank-a također obrađuje kompletne sekvence mikrobnog genoma.^[5]^[6]

Baza podataka GenBank uključuje dodatne skupove podataka koji su konstruisani mehanički iz prikupljanja podataka glavne sekvence, i stoga su isključeni iz ovog brojanja.

Top 20 organizama u GenBank-u (Izdanje 250)^[4]
Organizam	Bazni parovi
Triticum aestivum	2,15443744183×10^¹¹
SARS-CoV-2	1,65771825746×10^¹¹
Hordeum vulgare ssp. vulgare	1,01344340096×10^¹¹
Mus musculus	3,0614386913×10^¹⁰
Homo sapiens	2,7834633853×10^¹⁰
Avena sativa	2,1127939362×10^¹⁰
Escherichia coli	1,5517830491×10^¹⁰
Klebsiella pneumoniae	1,1144687122×10^¹⁰
Danio rerio	1,0890148966×10^¹⁰
Bos taurus	1,0650671156×10^¹⁰
Triticum turgidum subsp. durum	9,981529154×10^⁹
Zea mays	7,412263902×10^⁹
Avena insularis	6,924307246×10^⁹
Secale cereale	6,749247504×10^⁹
Rattus norvegicus	6,548854408×10^⁹
Aegilops longissima	5,920483689×10^⁹
Canis lupus familiaris	5,776499164×10^⁹
Aegilops sharonensis	5,272476906×10^⁹
Sus scrofa	5,179074907×10^⁹
Rhinatrema bivittatum	5,178626132×10^⁹

Također pogledajte

Ensembl
Referentna baza podataka o ljudskim proteinima (HPRD)
Analiza sekvence
UniProt
Entrez
Lista sekvenciranih eukariotskih genoma
Lista sekvenciranih arhealnih genoma
RefSeq — baza podataka referentnih sekvenci
Geneious — uključuje GenBank alat za podnošenje
Otvoreni naučni podaci
Proteinska banka podataka

Reference

^ Eric W Sayers; Mark Cavanaugh; Karen Clark; Kim D Pruitt; Conrad L Schoch; Stephen T Sherry; Ilene Karsch-Mizrachi (7. 1. 2022). "GenBank". Nucleic Acids Archive. 50 (D1): D161–D164. doi:10.1093/nar/gkab1135.
^ Benson D; Karsch-Mizrachi, I.; Lipman, D. J.; Ostell, J.; Wheeler, D. L.; et al. (2008). "GenBank". Nucleic Acids Research. 36 (Database): D25–D30. doi:10.1093/nar/gkm929. PMC 2238942. PMID 18073190.
^ Benson D; Karsch-Mizrachi, I.; Lipman, D. J.; Ostell, J.; Sayers, E. W.; et al. (2009). "GenBank". Nucleic Acids Research. 37 (Database): D26–D31. doi:10.1093/nar/gkn723. PMC 2686462. PMID 18940867.
^ ^a ^b "GenBank release notes (Release 250)". NCBI. 15. 6. 2022. Pristupljeno 20. 7. 2022.
^ "How to submit data to GenBank". NCBI. Pristupljeno 20. 7. 2022.
^ "GenBank Submission Types". NCBI. Pristupljeno 20. 7. 2022.

Šablon:NCBI-handbook

Vanjski linkovi

GenBank
Example sequence record, for hemoglobin beta
BankIt
Sequin — a stand-alone software tool developed by the NCBI for submitting and updating entries to the GenBank sequence database.
EMBOSS — free, open source software for molecular biology
GenBank, RefSeq, TPA and UniProt: What's in a Name?

[1] Eric W Sayers; Mark Cavanaugh; Karen Clark; Kim D Pruitt; Conrad L Schoch; Stephen T Sherry; Ilene Karsch-Mizrachi (7. 1. 2022). "GenBank". Nucleic Acids Archive. 50 (D1): D161–D164. doi:10.1093/nar/gkab1135.

[pmid18073190-2] Benson D; Karsch-Mizrachi, I.; Lipman, D. J.; Ostell, J.; Wheeler, D. L.; et al. (2008). "GenBank". Nucleic Acids Research. 36 (Database): D25–D30. doi:10.1093/nar/gkm929. PMC 2238942. PMID 18073190.

[pmid18940867-3] Benson D; Karsch-Mizrachi, I.; Lipman, D. J.; Ostell, J.; Sayers, E. W.; et al. (2009). "GenBank". Nucleic Acids Research. 37 (Database): D26–D31. doi:10.1093/nar/gkn723. PMC 2686462. PMID 18940867.

[ReleaseNotes-4] "GenBank release notes (Release 250)". NCBI. 15. 6. 2022. Pristupljeno 20. 7. 2022.

[5] "How to submit data to GenBank". NCBI. Pristupljeno 20. 7. 2022.

[6] "GenBank Submission Types". NCBI. Pristupljeno 20. 7. 2022.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]