RAG1

šablon na Wikimediji

Recombinacijsko
aktivacijki gen 1
znan i kao RAG-1 je protein koji je kod ljudi kodiran genom RAG1.[5]

RAG1
Identifikatori
AliasiRAG1
Vanjski ID-jeviOMIM: 179615 MGI: 97848 HomoloGene: 387 GeneCards: RAG1
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 11 (čovjek)
Hrom.Hromosom 11 (čovjek)[1]
Hromosom 11 (čovjek)
Genomska lokacija za RAG1
Genomska lokacija za RAG1
Bend11p12Početak36,510,709 bp[1]
Kraj36,593,156 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 2 (miš)
Hrom.Hromosom 2 (miš)[2]
Hromosom 2 (miš)
Genomska lokacija za RAG1
Genomska lokacija za RAG1
Bend2 E2|2 53.88 cMPočetak101,468,627 bp[2]
Kraj101,479,846 bp[2]
Ontologija gena
Molekularna funkcija vezivanje sa DNK
sequence-specific DNA binding
protein homodimerization activity
GO:1904264, GO:1904822, GO:0090622, GO:0090302 ubiquitin protein ligase activity
GO:0031493 histone binding
vezivanje iona cinka
vezivanje iona metala
GO:0050372 aktivnost sa transferazom ubikvitina
GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine
catalytic activity
nuclease activity
endonuclease activity
hydrolase activity
aktivnost sa transferazom
vezivanje identičnih proteina
double-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity
Ćelijska komponenta nukleoplazma
jedro
DNA recombinase complex
endodeoxyribonuclease complex
Biološki proces positive regulation of T cell differentiation
histone monoubiquitination
DNA recombination
negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process
adaptive immune response
T cell differentiation in thymus
nucleic acid phosphodiester bond hydrolysis
thymus development
negative regulation of thymocyte apoptotic process
T cell homeostasis
negative regulation of T cell apoptotic process
GO:0046730, GO:0046737, GO:0046738, GO:0046736 Imuni odgovor
V(D)J rekombinacija
pre-B cell allelic exclusion
B cell differentiation
metabolizam
regulation of T cell differentiation
protein autoubiquitination
visual learning
regulation of behavioral fear response
GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_000448

NM_009019

RefSeq (bjelančevina)

NP_000439
NP_001364206
NP_001364207
NP_001364208
NP_001364209

NP_033045

Lokacija (UCSC)Chr 11: 36.51 – 36.59 MbChr 2: 101.47 – 101.48 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Aminokiselinska sekvenca

uredi

Dužina polipeptidnog lanca je 1.043 aminokiseline, a molekulska težina 119 097Da.[6]

1020304050
MAASFPPTLGLSSAPDEIQHPHIKFSEWKFKLFRVRSFEKTPEEAQKEKK
DSFEGKPSLEQSPAVLDKADGQKPVPTQPLLKAHPKFSKKFHDNEKARGK
AIHQANLRHLCRICGNSFRADEHNRRYPVHGPVDGKTLGLLRKKEKRATS
WPDLIAKVFRIDVKADVDSIHPTEFCHNCWSIMHRKFSSAPCEVYFPRNV
TMEWHPHTPSCDICNTARRGLKRKSLQPNLQLSKKLKTVLDQARQARQHK
RRAQARISSKDVMKKIANCSKIHLSTKLLAVDFPEHFVKSISCQICEHIL
ADPVETNCKHVFCRVCILRCLKVMGSYCPSCRYPCFPTDLESPVKSFLSV
LNSLMVKCPAKECNEEVSLEKYNHHISSHKESKEIFVHINKGGRPRQHLL
SLTRRAQKHRLRELKLQVKAFADKEEGGDVKSVCMTLFLLALRARNEHRQ
ADELEAIMQGKGSGLQPAVCLAIRVNTFLSCSQYHKMYRTVKAITGRQIF
QPLHALRNAEKVLLPGYHHFEWQPPLKNVSSSTDVGIIDGLSGLSSSVDD
YPVDTIAKRFRYDSALVSALMDMEEDILEGMRSQDLDDYLNGPFTVVVKE
SCDGMGDVSEKHGSGPVVPEKAVRFSFTIMKITIAHSSQNVKVFEEAKPN
SELCCKPLCLMLADESDHETLTAILSPLIAEREAMKSSELMLELGGILRT
FKFIFRGTGYDEKLVREVEGLEASGSVYICTLCDATRLEASQNLVFHSIT
RSHAENLERYEVWRSNPYHESVEELRDRVKGVSAKPFIETVPSIDALHCD
IGNAAEFYKIFQLEIGEVYKNPNASKEERKRWQATLDKHLRKKMNLKPIM
RMNGNFARKLMTKETVDAVCELIPSEERHEALRELMDLYLKMKPVWRSSC
PAKECPESLCQYSFNSQRFAELLSTKFKYRYEGKITNYFHKTLAHVPEII
ERDGSIGAWASEGNESGNKLFRRFRKMNARQSKCYEMEDVLKHHWLYTSK
YLQKFMNAHNALKTSGFTMNPQASLGDPLGIEDSLESQDSMEF

Funkcija

uredi

Geni RAG1 i RAG2 uglavnom su konzervirani kod ljudi. 55,99% i 55,98% kodiranih aminokiselina ne sadrže prijavljene varijante. Protei n kodiran ovim genom uključen je u antitijela i T-ćelijski receptor V (D) J rekombinacija. RAG-1 je uključen u prepoznavanje DNK supstrata, ali stabilna aktivnost vezivanja i cijepanja također zahtijeva RAG2. RAG-1/2 kompleks prepoznaje rekombinacijske signalne sekvence (RSS-ove) koji okružuju V, D i J regije u genima koji kodiraju teški i lahki lanci antitijela i komponenti receptora T-ćelija. Kompleks se veže za RSS ove i probija DNK. To dovodi do uklanjanja intervenirajuće DNK i konačne ligacije V, D i J sekvenci.[7] Defekti ovog gena mogu uzrokovati nekoliko različitih bolesti.[5]

Klinički značaj

uredi

Zbog ovih učinaka, delecija Rag1 koristi se u mišjim modelima bolesti za narušavanje razvoja T– i B-ćelija, te funkcionalno deletira zrele T i B ćelije iz imunkog ssistema.[8]

Kod ljudi, nedostatak RAG-a prvi put prepoznat je kao oblik imunske disregulacije, poznat kao Omennov sindrom. Nedostatak RAG-a smatra se autosomno recesivnom bolešću. Poremećaj se općenito identificira kod dojenčadi. Potpuni gubitak funkcije u RAG1/2, glavne komponente odgovorne za rekombinacijsku aktivnost V (D) J, proizvodi ozbiljnu imunodeficijenciju kod ljudi. Hipomorfne varijante RAG-a mogu zadržati djelimičnu rekombinacijsku aktivnost[9] i rezultira izrazitim fenotipom kombinovane imunodeficijencije sa granulomom i/ili autoimunitetom (CID-G/A).[10][11][12] Nedostatak RAG-a može se mjeriti in vitro kvantifikacijom rekombinacijske aktivnosti.[13][14][15] Do danas je funkcionalno ispitano 71 varijanta RAG1 i 39 RAG2 (manje od 10% potencijalnih tačkastih mutacija koje mogu uzrokovati bolest). Međutim, varijante najboljih kandidata rangirane su prema njihovoj predviđenoj kliničkoj važnosti.[16]

Reference

uredi
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000166349 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000061311 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ a b "Entrez Gene: Recombination activating gene 1".
  6. ^ "UniProt, P15918". Pristupljeno 25. 8. 2021.
  7. ^ Owen J, Punt J, Stranford S, Jones P (2013). Kuby Immunology. New York: W. H. Freeman and Company. str. 234–237. ISBN 978-14292-1919-8.
  8. ^ "B6.129S7-Rag1tm1Mom/J Mouse Strain Details". Jackson Laboratories.
  9. ^ Villa A, Santagata S, Bozzi F, Giliani S, Frattini A, Imberti L, et al. (maj 1998). "Partial V(D)J recombination activity leads to Omenn syndrome". Cell. 93 (5): 885–96. doi:10.1016/s0092-8674(00)81448-8. PMID 9630231. S2CID 1527777.
  10. ^ Schuetz C, Huck K, Gudowius S, Megahed M, Feyen O, Hubner B, et al. (maj 2008). "An immunodeficiency disease with RAG mutations and granulomas". The New England Journal of Medicine. 358 (19): 2030–8. doi:10.1056/nejmoa073966. PMID 18463379.
  11. ^ Walter JE, Rosen LB, Csomos K, Rosenberg JM, Mathew D, Keszei M, et al. (novembar 2015). "Broad-spectrum antibodies against self-antigens and cytokines in RAG deficiency". The Journal of Clinical Investigation. 125 (11): 4135–48. doi:10.1172/jci80477. PMC 4639965. PMID 26457731.
  12. ^ Kwan A, Abraham RS, Currier R, Brower A, Andruszewski K, Abbott JK, et al. (august 2014). "Newborn screening for severe combined immunodeficiency in 11 screening programs in the United States". JAMA. 312 (7): 729–38. doi:10.1001/jama.2014.9132. PMC 4492158. PMID 25138334.
  13. ^ Lawless D, Geier CB, Farmer JR, Lango Allen H, Thwaites D, Atschekzei F, et al. (juni 2018). "Prevalence and clinical challenges among adults with primary immunodeficiency and recombination-activating gene deficiency". The Journal of Allergy and Clinical Immunology. 141 (6): 2303–2306. doi:10.1016/j.jaci.2018.02.007. PMC 6058308. PMID 29477728.
  14. ^ Lee YN, Frugoni F, Dobbs K, Walter JE, Giliani S, Gennery AR, et al. (april 2014). "A systematic analysis of recombination activity and genotype-phenotype correlation in human recombination-activating gene 1 deficiency". The Journal of Allergy and Clinical Immunology. 133 (4): 1099–108. doi:10.1016/j.jaci.2013.10.007. PMC 4005599. PMID 24290284.
  15. ^ Tirosh I, Yamazaki Y, Frugoni F, Ververs FA, Allenspach EJ, Zhang Y, et al. (februar 2019). "Recombination activity of human recombination-activating gene 2 (RAG2) mutations and correlation with clinical phenotype". The Journal of Allergy and Clinical Immunology. 143 (2): 726–735. doi:10.1016/j.jaci.2018.04.027. PMC 6295349. PMID 29772310.
  16. ^ Lawless D, Lango Allen H, Thaventhiran J, Hodel F, Anwar R, Fellay J, et al. (august 2019). "Predicting the Occurrence of Variants in RAG1 and RAG2". Journal of Clinical Immunology. 39 (7): 688–701. doi:10.1007/s10875-019-00670-z. PMC 6754361. PMID 31388879.