Cinkov prst
Cinkovi prsti su mali proteinski strukturni motivi koji mogu da tvore koordinatne veze sa jednim ili više iona cinka koji stabiliziraju njihovu strukturu. Svrstavaju se u nekoliko različitih strukturnih familija, tj. proteina cinkovog prsta.
Tipski cinkovi prsti su moduli koji ulaze i unterakcije sa DNK, RNK, proteinima, ili malim molekulama. Izvorno, naziv „cinkov prst“ je označavao prstolike forme na dijagramima pretpostavljenih struktura ponavljajućih jedinica vodozemca Xenopus laevis transkripcijskog faktora GTF3A.[1][2]
Klase cinkovog prsta
urediBudući da su kompleksi iona cinka i [aminokiselina|[aminokiselinskih]] ostataka cisteina i histidina, cinkovi prsti se klasificiraju po tipu i redu ostataka koji koordiniraju cink, odnosno Cys2His2, Cys4, i Cys6. Sistematičnija je klasifikacija u različite grupe prema savijanju, tj. na osnovu sveukupnog oblika proteinske osnove. Najčešće grupe savijanja cinkovih prstiju su Cys2His2-slični („klasični cinkov prst“), trostruki ključ, i cinkova traka.[3]
- Moguće strukture cinkovog prsta
Reference
uredi- ^ Miller J., McLachlan A. D., Klug A. (1985): Repetitive zinc-binding domains in the protein transcription factor IIIA from Xenopus oocytes. EMBO J., 4 (6): 1609–1614.
- ^ Hanas J. S., Hazuda D. J., Bogenhagen D. F., Wu F. Y,, Wu C. W. (1983). Xenopus transcription factor A requires zinc for binding to the 5 S RNA gene. J. Biol. Chem., 258 (23): 14120–14125. PMID 6196359.
- ^ Krishna S. S., Majumdar I., Grishin N. V. (2003): Structural classification of zinc fingers: survey and summary. Nucleic Acids Res., 31 (2): 532–550.
Vanjski linkovi
uredi- McDowall J. Protein mjeseca: Cinkovi prsti, European Molecular Biology Laboratory - European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)
- Molecule of the Month: Zinc Fingers Arhivirano 31. 5. 2008. na Wayback Machine, Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB) Protein Data Bank (PDB)
- C2H2 family Arhivirano 15. 2. 2016. na Wayback Machine at PlantTFDB: Plant Transcription Factor Database Arhivirano 22. 4. 2016. na Wayback Machine
- McDowall J. "Protein of the Month: Zinc Fingers". European Molecular Biology Laboratory - European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI). Pristupljeno 13. 1. 2008.
- Goodsell DS. "Molecule of the Month: Zinc Fingers". Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB) Protein Data Bank (PDB). Arhivirano s originala, 31. 5. 2008. Pristupljeno 13. 1. 2008.
- The double helix between the zinc finger
- Zinc Finger Tools design and information site
- Human KZNF Gene Catalog
- Zinc finger C2H2-type domain Arhivirano 13. 4. 2020. na Wayback Machine in Prosite
- Entry for zinc finger class C2H2 in the SMART database
- The Zinc Finger Consortium
- ZiFiT- Zinc Finger Design Tool
- Zinc Finger Consortium Materials from Addgene
- Predicting DNA-binding Specificities for C2H2 Zinc Finger Proteins