C11orf16
C11orf16 otvorenog okvira čitanja 16 hromosoma 11 je protein koji je kod ljudi kodiran genom C11orf16.[5][6]
| C11orf16 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | C11orf16 | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | MGI: 1928824 HomoloGene: 49631 GeneCards: C11orf16 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 11: 8.92 – 8.93 Mb | Chr 7: 109.31 – 109.32 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Aminokiselinska sekvenca
urediDužina polipeptidnog lanca je 467 aminokiselina, sa sedam egzona, a molekulska težina 51.609 Da.[7].
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MESSTGPRMP | LLKYCSVATS | LKAPGWDGAA | PPWDLSFTYP | FALQAPWLTG | ||||
| HKPLARHASS | CPCLHVADPA | WQGPGWLGRA | GDAANTWVLA | RREADGFYYR | ||||
| AQIKATPELE | RQGVLLVEFE | APLVAGPKLP | AQQQRVVLEE | DVIPLSPSVG | ||||
| YSLRPGDKVL | ALWEPGQQQY | GPGTVLLGLE | MRDPQRASKE | KEITVHFWNG | ||||
| KAAKVPLGGV | QSVSLTIWKK | AVERLHKSFT | REHPRPLHWA | PCCSLLGPIT | ||||
| GRITNELPPD | APFLCPLCHH | HACCQLLCQG | CLCGCPPCGT | TWWPLTRTSE | ||||
| VMARELPELE | PTAQLLPLEG | PKEEKVAMHA | PLAVSSSSSS | SCEQDGVEND | ||||
| LEMGPPQRLM | VNSAVNTDPI | FLEMPLRQSG | LCQPEWRYWK | RNGPEPCLGK | ||||
| PGTRYSNICK | EEKDHKQQRA | QTAVVGTTKE | LVSKATHMKP | PRTPPGEAEH | ||||
| RKRSQSLAIC | QWNKNSR |
Gen
urediGen C11orf16 nalazi se na hromosomu 11 (p15.4), počevši od 8,920.076 bp i završavajući na 8,933.006 bb.
Ekpresija
urediLjudski
urediGen nema visoku ekspresiju u testiranim tkivima. Rang percentila u uzorku veći je u gušterači, jajnicima i slijepom crijevu.
Mišji mozak
urediIako gen nema značajnu visoku ekspresiju u mišjem mozgu, najizraženiji je u srednjem mozgu, izokorteksu, mirisnim područjima i meduli.
Transkripcijski faktori
urediNeki transkripcijski faktori koji imaju veću sličnost matriksa su protein cinkovog prsta nalik Kruppelu, protein prsta cinka 263, ZKSCAN12 (protein cinkovog prsta s KRAB i SCAN domenima 12), horionski specifični transkripcijski faktor GCMa i protein koji reagira na Ras element 1.[8]
Predviđena varijanta transkripta C11orf16 X1 duga je 2386 bp i ima pristupni broj NCBI od XM_017018013.1.[9]
Homologija
urediParalozi
urediNisu pronađeni paralozi za gen C11orf16 putem NCBI BLAST-a.
| Vrsta | Uobičajeno ime | Pristupni broj ID za NCBI | Naziv upita | E-vrijednost | Identititet | Datiranje divergencije (milioni godina) |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens | Čovjek | NP_065694.2 | 100 % | 0 | 100% | N/A |
| Pongo abelii | Sumatranski orangutan | PNJ24628 | 84% | 0 | 95% | 15,2 |
| Aotus nancymaae | Nancy Main noćni majmun | XP_012312127.1 | 88% | 0 | 84% | 42,6 |
| Chinchilla lanigera | Dugorepa činčila | XP_013367496.1 | 97% | 0 | 68% | 88 |
| Equus przewalskii | Przewalskijev konj | XP_008512245.1 | 98% | 0 | 73% | 94 |
| Cervus elaphus hippelaphus | Centralnoevropski crveni jelen | OWK17675.1 | 99% | 0 | 67% | 94 |
| Hipposideros armiger | Veliki okruglolisti šišmiš | XP_019511755.1 | 99% | 0 | 65% | 94 |
| Neomonachus schauinslandi | Havajski pečatni monah | XP_021541375.1 | 99% | 0 | 66% | 94 |
| Lipotes vexillifer | Baiji | XP_007459933.1 | 98% | 0 | 68% | 94 |
| Myotis brandtii | Brandtov šišmiš | XP_005874017.1 | 98% | 1e-174 | 67% | 94 |
| Chelonia mydas | Zelena morska kornjača | XP_007057171.1 | 83% | 1e-57 | 37% | 320 |
| Balearica regulorum gibbericeps | Siva krunasta žaba | XP_010311948.1 | 70% | 6e-5 | 40% | 320 |
Konzervacija
urediGen C11orf16 konzerviran je u mnogim životinjskim vrstama, uključujući sisare, ptice i gmizavce.
Protein
urediMolekulska težina
urediPredviđena molekularna težina proteina kodiranog C11orf16 je 51 kilodaltona.[10][11]
Domeni i motivi
urediPronađeno je nekoliko proteinskih domena i motiva, uključujući protein sličan CHD5, tirozin-kinazno mjesto fosforilacije, mjesto fosforilacije protein-kinaze C, mjesto N-miristoilacije, mjesto fosforilacije kazein-kinaze II i mjesto fosforilacije protein-kinaze zavisno od cGMP.[12] Lokacija motiva prikazana je na slici.
Sekundarna struktura
urediPredviđa se da će protein biti sačinjen od 21,2% alfa-heliksa, 15,2% produžene niti i 63% upredene zavojnice.
Nema transmembranskih spirala,[13] potencijalnih GPI-modifikacijskih mjesta ili TM-proteina. Nađeno je po sedam predviđenih mjesta sumoilacije[14] i multiplih mjesta fosforilacije, od kojih je većina neodređena, i devet mjesta glikozilacije.[15]
Subćelijski lokalizacijski prediktor
urediPredviđa se da će protein biti lokaliziran u jedru, s vjerovatnoćom od 47,8%; mitohondrijama s vjerovatnoćom 26,1%.[17]
Proteinska interakcija
urediUtvrđeno je da su proteini C1orf105 (otvoreni okvir čitanja 105 hromosoma 1), PWWP2A i SMYD1 (SET i MYND domen koja sadrži 1) u interakciji sa C11orf16.[18]
Klinički značaj
uredi- Pridruženje bolesti
Također se predviđa da protein kodiran genom C11orf16 ima 19,61% identičnosti sekvence sa supresor tumorski, p53-veznim proteinom, što sugerira da bi ovaj gen mogao biti uključen u proces suzbijanja tumora.[19]
Reference
uredi- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000176029 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000031022 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ Amid C, Bahr A, Mujica A, Sampson N, Bikar SE, Winterpacht A, Zabel B, Hankeln T, Schmidt ER (Aug 2001). "Comparative genomic sequencing reveals a strikingly similar architecture of a conserved syntenic region on human chromosome 11p15.3 (including gene ST5) and mouse chromosome 7". Cytogenet Cell Genet. 93 (3–4): 284–90. doi:10.1159/000056999. PMID 11528127. S2CID 27611036.
- ^ "Entrez Gene: C11orf16 chromosome 11 open reading frame 16".
- ^ "UniProt, Q9NQ32". Pristupljeno 17. 8. 2021.
- ^ "Genomatix". Arhivirano s originala, 17. 8. 2021. Pristupljeno 17. 8. 2021.
- ^ "NCBI Nucleotide".
- ^ "Expasy".
- ^ "Sigma Antibodies".
- ^ "Motif Scan".
- ^ "TMHMM".
- ^ "SUMOplot".
- ^ "YingOYang".
- ^ "Protter".
- ^ "PSORTII".[trajno mrtav link]
- ^ "String".
- ^ "SWISS-MODEL". Arhivirano s originala, 7. 5. 2018. Pristupljeno 6. 5. 2018.
Vanjski linkovi
uredi- Lokacija ljudskog genoma C11orf16 i stranica sa detaljima o genu C11orf16 u UCSC Genome Browseru.
- C11orf16 information on GeneCards
Dopunska literatura
uredi- Kimura K, Wakamatsu A, Suzuki Y, et al. (2006). "Diversification of transcriptional modulation: Large-scale identification and characterization of putative alternative promoters of human genes". Genome Res. 16 (1): 55–65. doi:10.1101/gr.4039406. PMC 1356129. PMID 16344560.
- Rual JF, Venkatesan K, Hao T, et al. (2005). "Towards a proteome-scale map of the human protein-protein interaction network". Nature. 437 (7062): 1173–8. doi:10.1038/nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.
- Bonaldo MF, Lennon G, Soares MB (1997). "Normalization and subtraction: two approaches to facilitate gene discovery". Genome Res. 6 (9): 791–806. doi:10.1101/gr.6.9.791. PMID 8889548.
- Maruyama K, Sugano S (1994). "Oligo-capping: a simple method to replace the cap structure of eukaryotic mRNAs with oligoribonucleotides". Gene. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.