Domen upredene zavojnice sa proteinom 90B, znan i kao CCDC90B, je protein koji je kodiran genom CCDC90B.

CCDC90B
Identifikatori
AliasiCCDC90B
Vanjski ID-jeviMGI: 1913615 HomoloGene: 23328 GeneCards: CCDC90B
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 11 (čovjek)
Hrom.Hromosom 11 (čovjek)[1]
Hromosom 11 (čovjek)
Genomska lokacija za CCDC90B
Genomska lokacija za CCDC90B
Bend11q14.1Početak83,259,081 bp[1]
Kraj83,286,390 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 7 (miš)
Hrom.Hromosom 7 (miš)[2]
Hromosom 7 (miš)
Genomska lokacija za CCDC90B
Genomska lokacija za CCDC90B
Bend7|7 E1Početak92,210,357 bp[2]
Kraj92,231,502 bp[2]
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)
NM_001286116
NM_001286117
NM_001286118
NM_001286119
NM_001286120

NM_021825

NM_001162918
NM_025515

RefSeq (bjelančevina)
NP_001273045
NP_001273046
NP_001273047
NP_001273048
NP_001273049

NP_068597

NP_001156390
NP_079791

Lokacija (UCSC)Chr 11: 83.26 – 83.29 MbChr 7: 92.21 – 92.23 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Aminokiselinska sekvenca

uredi

Dužina polipeptidnog lanca je 254 aminokiseline, a molekulska težina 29.506 Da.[5].

1020304050
MNSRQAWRLFLSQGRGDRWVSRPRGHFSPALRREFFTTTTKEGYDRRPVD
ITPLEQRKLTFDTHALVQDLETHGFDKTQAETIVSALTALSNVSLDTIYK
EMVTQAQQEITVQQLMAHLDAIRKDMVILEKSEFANLRAENEKMKIELDQ
VKQQLMHETSRIRADNKLDINLERSRVTDMFTDQEKQLMETTTEFTKKDT
QTKSIISETSNKIDAEIASLKTLMESNKLETIRYLAASVFTCLAIALGFY
RFWK

Kod ljudi CCDC90B nalazi se na hromosomu 11. U susjedstvu su:[6]

  • PCF11, sisarski protein 2 kompleksa cijepanja pre-iRNK
  • ANKRD42, protein ponovljanja ankirina, uključen u vezivanje iona kalcija
  • BC070093
  • DLG2, član porodice gvanilat-kinaza (MAGUK) povezanih sa membranom

Protein

uredi

Struktura

uredi

Ovaj protein karakterizira domen nepoznate funkcije, DUF1640. Ovaj domen je obilježje cijelog proteina, s izuzetkom prve 23 aminokiselinska ostatka – MNSRQAWRLFLSQGRGDRWVSRP – koji su mjesto ciljanja mitohondrija i cijepani.

Protein ima sedam predviđenih alfa-heliksa, karakteristiku proteina sa zavojnicom.

Predviđena obilježja

uredi

Molekulska: 26,72 kDa

Izoelektrična tačka: 7.5

Transmembranski šaperoni: Nema

Posttranslacijske modifikacije:[7]

Hloroplastni tranzitni peptidi: Nema
Signalni peptisdi: Nema
C-manozulacijska mjesta: Nema
N-glikozilacijska mjesta: Nema
Mitohondrijski ciljanje: Da
Mjesto cijepanja: MNSRQAWRLFLSQGRGDRWVSRP

Ćelijska lokacija

uredi

CCDC90B je vjerojatno mitohondrijski protein. Predviđa se da sadrži najmanje tri specifična mjesta fosforilacija: mjesta fosforilacije protein-kinaze C, mjesta fosforilacije kazein-kinaze II i mjesta ovisna o fosforilaciji ovisnoj o cAMP/cGMP.

Reference

uredi
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000137500 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000030613 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ "UniProt, Q9GZT6". Pristupljeno 19. 8. 2021.
  6. ^ "UCSC Genome Bioinformatics BLAT". University of California - Santa Cruz. mart 2006. Pristupljeno 14. 5. 2009.
  7. ^ "ExPASy". SIB Switzerland. 5. 1. 2009. Pristupljeno 14. 5. 2009.

Vanjski linkovi

uredi