Protein YIF1A je protein koji je kod ljudi kodiran genom YIF1A.[5][6][7][8]

YIF1A
Identifikatori
AliasiYIF1A
Vanjski ID-jeviOMIM: 611484 MGI: 1915340 HomoloGene: 56295 GeneCards: YIF1A
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 11 (čovjek)
Hrom.Hromosom 11 (čovjek)[1]
Hromosom 11 (čovjek)
Genomska lokacija za YIF1A
Genomska lokacija za YIF1A
Bend11q13.2Početak66,284,580 bp[1]
Kraj66,289,145 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 19 (miš)
Hrom.Hromosom 19 (miš)[2]
Hromosom 19 (miš)
Genomska lokacija za YIF1A
Genomska lokacija za YIF1A
Bend19|19 APočetak5,138,566 bp[2]
Kraj5,142,909 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije
Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija GO:0001948, GO:0016582 protein binding
Ćelijska komponenta endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment
integral component of membrane
Golđijeva membrana
Endoplazmatski retikulum
membrana
endoplasmic reticulum membrane
Golđijev aparat
COPII-coated ER to Golgi transport vesicle
integral component of Golgi membrane
Biološki proces protein transport
IRE1-mediated unfolded protein response
vesicle-mediated transport
endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_001300861
NM_020470

NM_026553

RefSeq (bjelančevina)

NP_001287790
NP_065203

NP_080829

Lokacija (UCSC)Chr 11: 66.28 – 66.29 MbChr 19: 5.14 – 5.14 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Aminokiselinska sekvenca uredi

Dužina polipeptidnog lanca je 293 aminokiseline, a molekulska težina 32.011 Da.[9].

1020304050
MAYHSGYGAHGSKHRARAAPDPPPLFDDTSGGYSSQPGGYPATGADVAFS
VNHLLGDPMANVAMAYGSSIASHGKDMVHKELHRFVSVSKLKYFFAVDTA
YVAKKLGLLVFPYTHQNWEVQYSRDAPLPPRQDLNAPDLYIPTMAFITYV
LLAGMALGIQKRFSPEVLGLCASTALVWVVMEVLALLLGLYLATVRSDLS
TFHLLAYSGYKYVGMILSVLTGLLFGSDGYYVALAWTSSALMYFIVRSLR
TAALGPDSMGGPVPRQRLQLYLTLGAAAFQPLIIYWLTFHLVR

Gen uredi

Opća svojstva uredi

YIF1A (homolog Yip1 interakcijskog faktora A) poznat je i kao YIF1, YIF1P, FinGER7 i 54TM.[10] Kod ljudi, ima 4.591 parova baza s osam egzona, a nalazi se na minus lancu hromosoma 11,sekvenca 11q13,2.[11]

Promotori uredi

Četiri su predviđena promotora za YIIF1A.[12] Predviđena regija promotora s najvećim povjerenjem je GXP_50494 i duga 1.252 parova baza; proteže se od prvog egzona YIF1A. Ovaj promotor se nalazi na minus lancu hromosoma 11.

Faktori transkripcije uredi

Promotorska varijanta 1 transkripta YIF1A sadrži brojna mjesta vezanja transkripcijskog faktora.[13] Transkripcijski faktori za koje se predviđa da će se vezati za promotorsku regiju uključuju sljedeće.

  • Protein akutne mijeloidne leukemije 1, RUNX1 (transkripcijski faktor 1 povezan s tuntom)
  • Protein cinkovog prsta 263, ZKSCAN12 (protein cinkovog prsta sa KRAB i SCAN domenima 12)
  • E2F transkripcijski faktor 1
  • EGR1, rani odgovor na rast 1
  • GATA-vezujući faktor 1
  • CP2-oliki transkripcijski faktor 1 (LBP-9)
  • X-boks vezujući protein RFX1
  • Elementi odgovora na estrogen (ER alfa), IR3 mjesta
  • Laktotransferin i deltalaktoferin, protein koji inhibira rast 12
  • TGFB-inducirani protein ranog odgovora na rast 1 (KLF10)

Ekspresija uredi

Ekspresija YIF1A je najjača u duodenumu i jetri. Također se eksprimirs u umjerenim količinama i u tkivima, uključujući debelo crijevo,jajnike, gušteraču, slezenu i jednjak, a izražava se u nižim razinama u raznim drugim tkivima.[14][15][16] NCBI GeoProfile data provide the tissue expression graph for YIF1A in humans; it also indicates that YIF1A is expressed at moderately to moderately low across all other tissues.[17]

iRNK uredi

 
YIF1A,sa domenima i posttranslacijskim modifikacijama

YIF1A ima izoforme 1 i 2, s egzonima 8 i 7.[11] Dva transkripta podvrgavaju se alternativnoj preradi i prevode se u proteine s 293, odnosno 241 aminokiselinom.[18][19]

RNK-vezujući proteini uredi

5'neprevedena regija ima mjesta vezanja za RBXM, EIF4B i FUS. 3 'neprevedena regija predviđa mjesta vezivanja za ELAVL1, koji je elementima bogatim AU i regulira stabilnost iRNK.[20]

Protein uredi

Opća svojstva uredi

Najduža proteinska izoforma YIF1A ima 293 aminokiseline. Ima molekulsku težinu od približno 32,0 kDa, s predviđenom izoelektričnom tačkom od približno 8,98.[19][21][22]

Kompozicija uredi

YIF1 je vrlo normalan protein u smislu količine aminokiselina koje sadrži. Sastav svakog aminokiselinskog ostatka sličan je njegovom prosječnom relativnom sastavu među ljudskim proteinima. Nema grupa naboja, pokretljivosti ili obrazaca. Postoji ponavljajuća struktura na [201-204 i 288-291] TFHL.[21]

Domeni i motivi uredi

YIF1A ima jedan konzervirani domen, pfam03878 (AA 57 →287).[11] Unutar domena postoji pet transmembranskih domena, po tri necitosolna i citosolna domena. Pretpostavljeno je da postoji moguća uloga u transportu između endoplazmatskog retikuluma i Golgijevog parata.[10]

Struktura uredi

 
Proteinska struktura YIF1A generirana prema I-Tasser i vizuelizirana pomoću iCn3D.[23][24] Transmembranski domeni su crveni, necitosolni su žuti, a citosolni su tamnu ružičasti.

Struktura YIF1A sastoji se od približno 59% alfa-heliksa, s TM spiralom i neuređenim regijama koje čine ostatak strukture; nije predviđen beta-lanac.[25]

Lokalizacija uredi

Predviđena lokacija YIF1A je u endoplazmatskom retikulumu, s unutarćelijskim N– i vanćelijskin C-krajem.[26][27]

Posttranslacijske modifikacije uredi

YIF1A prolazi kroz cijepanje metionina i N-terminalnu acetilaciju, što je jedna od najčešćih posttranslacijskih modifikacija eukariotskih proteina.[28] Također se fosforilira neodređenim kinazama na nekoliko mjesta.[29] Three glycation site is predicted in lysine residue(lys 104,161, and 211).[30] YIF1A se podvrgava modifikaciji O-ß-GlcNAc na pet lokacija, od kojih je jedno mjesto Yin-Yang.[31]

Interaktivni proteini uredi

Na osnovu fluorescentne mikroskopije, potvrđena dva hibrida i anti-tag koimunoprecipitacije, a proteini koji će najvjerojatnije stupiti u interakciju s YIF1A su GPR37, SEC23IP, REEP2 i YIPF5 . Studije pokazuju da interakcija između VAPB -a i YIF1A kontrolira isporuku membrane u dendrite.[32] Također učestvuje u ER-proteinu razvijenog odgovora (UPR), indukcijom ERN1/IRE1.[33] Osim toga, protein YIF1A stupa u interakciju s proteinom M SARS-Cov-2.[34]

 
Koncepcijska translacija varijante 1 transkripta Hsa_YIF1A , iRNK (NM 020470)

Homologija uredi

YIF1A ima jedan paralog pod nazivom YIF1B, koji se nalazi na ljudskom kromosomu 19.[10] YIF1A ima 238 identificiranih ortologa.[35] Ortolog sadrže kičmenjaci poput sisara, vodozemci i gmizavci. Također imaju i beskičmenjaci kao što su Insecta, Anthozoa i Ascidiacea. Nije pronađen ortolog kod protista, bakterija ili arheja.

Sljedeća tabela daje obrasce ortologa YIF1A.

Rod i vrsta Prisrupni broj[11] Date+iranje divergencije sa čovjekom (milioni godina)[36] Dužina sekvence(AA) Identitet sekvence[37]
Homo sapiens (Čovjek) NP_065203 0 293 100
Aotus nancymaae (Maov noćni msjmun) XP_012318344 43 317 94
Mus musculus (Miš) NP_080829 90 293 93
Sus scrofa (Divlja svinja) XP_013849519 96 311 92
Delphinapterus leucas (Bijeli kit) XP_022447094 96 306 91
Phascolarctos cinereus (Koala) XP_020823757 159 293 88
Ornithorhynchus anatinus(Kljunar) XP_028915982 177 293 88
Chelonia mydas (Zelena kornjača) XP_007056281 312 240 78
Chrysemys picta bellii (Ofarbana kornjača)|XP_005305497 312 293 73
Microcaecilia unicolor (vodozemac) XP_029470520 352 306 72
Rhinatrema bivittatum(Doprukasta cecilija) XP_029470520 352 307 71
Latimeria chalumnae (Latimerija) XP_014345204 413 296 71
Salmo trutta (Potočna pastrmka) XP_029585843 435 309 70
Echeneis naucrates (Sisačka ajkula) XP_029368074 435 308 66
Danio rerio (Zebrica) NP_956225 435 307 65
Maylandia zebra (zebrica mbuna) XP_004545672 435 308 63
Saccharomyces cerevisiae S288C ('Pekarski kvasac) NP_014136 1017 314 33
Physcomitrium patens (mahovina) XP_024362517 1275 282 30

Reference uredi

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000174851 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000024875 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Vitale G, Alexandrov K, Ullrich O, Horiuchi H, Giner A, Dobson C, et al. (Jan 1997). "The GDP/GTP cycle of Rab5 in the regulation of endocytotic membrane traffic". Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology. 60: 211–20. doi:10.1101/SQB.1995.060.01.024. PMID 8824393.
  6. ^ Matern H, Yang X, Andrulis E, Sternglanz R, Trepte HH, Gallwitz D (septembar 2000). "A novel Golgi membrane protein is part of a GTPase-binding protein complex involved in vesicle targeting". The EMBO Journal. 19 (17): 4485–92. doi:10.1093/emboj/19.17.4485. PMC 302084. PMID 10970842.
  7. ^ Yoshida Y, Suzuki K, Yamamoto A, Sakai N, Bando M, Tanimoto K, et al. (novembar 2008). "YIPF5 and YIF1A recycle between the ER and the Golgi apparatus and are involved in the maintenance of the Golgi structure". Experimental Cell Research. 314 (19): 3427–43. doi:10.1016/j.yexcr.2008.07.023. PMID 18718466.
  8. ^ "Entrez Gene: YIF1A Yip1 interacting factor homolog A (S. cerevisiae)".
  9. ^ "UniProt, O95070". Pristupljeno 20. 8. 2021.
  10. ^ a b c "YIF1A related genes - GeneCards Search Results". www.genecards.org. Pristupljeno 21. 6. 2020.
  11. ^ a b c d "YIF1A - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 21. 6. 2020.
  12. ^ "Genomatix: Genome Annotation and Browser: Query Input". www.genomatix.de. Pristupljeno 30. 7. 2020.[mrtav link]
  13. ^ "Genomatix: MatInspector Input". www.genomatix.de. Pristupljeno 3. 8. 2020.[mrtav link]
  14. ^ Fagerberg L, Hallström BM, Oksvold P, Kampf C, Djureinovic D, Odeberg J, et al. (februar 2014). "Analysis of the human tissue-specific expression by genome-wide integration of transcriptomics and antibody-based proteomics". Molecular & Cellular Proteomics. 13 (2): 397–406. doi:10.1074/mcp.M113.035600. PMC 3916642. PMID 24309898.
  15. ^ Duff MO, Olson S, Wei X, Garrett SC, Osman A, Bolisetty M, et al. (maj 2015). "Genome-wide identification of zero nucleotide recursive splicing in Drosophila". Nature. 521 (7552): 376–9. doi:10.1038/nature14475. PMC 4529404. PMID 25970244.
  16. ^ Szabo L, Morey R, Palpant NJ, Wang PL, Afari N, Jiang C, et al. (juni 2015). "Statistically based splicing detection reveals neural enrichment and tissue-specific induction of circular RNA during human fetal development". Genome Biology. 16: 126. doi:10.1186/s13059-015-0690-5. PMC 4506483. PMID 26076956.
  17. ^ "GDS596 / 202418_at". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 2. 8. 2020.
  18. ^ "protein YIF1A isoform 2 [Homo sapiens] - Protein - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 28. 7. 2020.
  19. ^ a b "protein YIF1A isoform 1 [Homo sapiens] - Protein - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 28. 7. 2020.
  20. ^ "RBPDB: The database of RNA-binding specificities". rbpdb.ccbr.utoronto.ca. Pristupljeno 1. 8. 2020.
  21. ^ a b "SAPS < Sequence Statistics < EMBL-EBI". www.ebi.ac.uk. Pristupljeno 28. 7. 2020.
  22. ^ "ExPASy - Compute pI/Mw tool". web.expasy.org. Pristupljeno 28. 7. 2020.
  23. ^ "I-TASSER server for protein structure and function prediction". zhanglab.ccmb.med.umich.edu. Pristupljeno 1. 8. 2020.
  24. ^ "iCn3D: Web-based 3D Structure Viewer". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 1. 8. 2020.
  25. ^ "NPS@ : GOR4 secondary structure prediction". npsa-prabi.ibcp.fr. Pristupljeno 28. 7. 2020.
  26. ^ "PredictProtein - Protein Sequence Analysis, Prediction of Structural and Functional Features". www.predictprotein.org. Pristupljeno 28. 7. 2020.
  27. ^ "Phobius". phobius.sbc.su.se. Pristupljeno 28. 7. 2020.
  28. ^ "TERMINUS - Welcome to terminus". terminus.unige.ch. Pristupljeno 28. 7. 2020.
  29. ^ "NetPhosK 1.0 Server". www.cbs.dtu.dk. Arhivirano s originala, 9. 7. 2021. Pristupljeno 28. 7. 2020.
  30. ^ "NetGlycate 1.0 Server - prediction results". www.cbs.dtu.dk. Pristupljeno 1. 8. 2020.
  31. ^ "YinOYang 1.2 Server". www.cbs.dtu.dk. Pristupljeno 28. 7. 2020.
  32. ^ Kuijpers M, Yu KL, Teuling E, Akhmanova A, Jaarsma D, Hoogenraad CC (juli 2013). "The ALS8 protein VAPB interacts with the ER-Golgi recycling protein YIF1A and regulates membrane delivery into dendrites". The EMBO Journal. 32 (14): 2056–72. doi:10.1038/emboj.2013.131. PMC 3715857. PMID 23736259.
  33. ^ "YIF1A protein (human) - STRING interaction network". string-db.org. Pristupljeno 29. 7. 2020.
  34. ^ Mahen, Robert (9. 4. 2020). "A SARS-CoV-2-Human Protein-Protein Interaction Map Reveals Drug Targets and Potential Drug-Repurposing". dx.doi.org. doi:10.1242/prelights.18355. Pristupljeno 5. 8. 2020.
  35. ^ "Nucleotide BLAST: Search nucleotide databases using a nucleotide query". blast.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 3. 8. 2020.
  36. ^ "TimeTree :: The Timescale of Life". www.timetree.org. Pristupljeno 2. 7. 2020.
  37. ^ "Human BLAT Search". genome.ucsc.edu. Pristupljeno 2. 7. 2020.

Dopunska literatura uredi