Entrez
Entrez globalni sistem pretraživanja za više baza podataka je federirani pretraćivač, pokretač ili web portal koji omogućava korisnicima da pretražuju mnoge diskretne baze podataka zdravstvenih nauka u Nacionalnom centru za biotehnološke informacije ( Web stranica NCBI).[1] NCBI je dio Nacionalne biblioteke za medicinu (NLM) Sjedinjenih Država, koji je i sam odjel Nacionalnih instituta zdravstva (NIH), je dio Odjela za zdravstvo i socijalne usluge Sjedinjenih Država. Ime "Entrez" (pozdrav koji na francuskom znači "uđite") odabrano je da odražava duh dobrodošlice javnosti da pretražuje sadržaj dostupan od NLM-a.
Entrez Global Query je integrirani sistem pretraživanja i pronalaženja koji omogućava pristup svim bazama podataka istovremeno s jednim nizom upita i korisničkim interfejsom. Entrez može učinkovito dohvatiti povezane sekvence, strukture i reference. Entrez sistem može pružiti prikaz sekvenci gena i proteina i hromosomskih mapa. Putem sistema Entrez, na mreži su također dostupni i neki udžbenici.
Odrednice uredi
Početna stranica Entreza pruža, prema zadanim postavkama, pristup globalnom upitu. Sve baze podataka koje indeksira Entrez mogu se pretraživati putem jednog niza upita, podržavajući logičke operatore i oznake pojmova za pretraživanje, kako bi se dijelovi izraza za pretraživanje ograničili na određena polja. Ovo vraća objedinjenu stranicu rezultata, koja prikazuje broj pogodaka za pretraživanje u svakoj od baza podataka, koje su ujedno i veze do stvarnih rezultata pretraživanja za tu određenu bazu podataka.
Entrez također nudi sličan intrfejs za pretraživanje svake pojedine baze podataka i za prečišćavanje rezultata pretraživanja. Funkcija Limits omogućava korisniku da suzi pretraživanje interfejsa web obrazaca. Funkcija History daje numeriranu listu nedavno izvršenih upita. Rezultati prethodnih upita mogu se pozvati brojevima i kombinirati putem logičkih operatora. Rezultati pretraživanja mogu se privremeno spremiti u međuspremnik. Korisnici s MyNCBI računom mogu neograničeno spremati upite, a također se odlučuju za slanje ažuriranja s novim rezultatima pretraživanja za spremljene upite većine baza podataka. Široko se koristi na polju biotehnologije, kao referentni alat za studente i profesionalce.
Baze podataka uredi
Entrez pretražuje sljedeće baze podataka:
- PubMed: citati i sažeci iz biomedicinske literature, uključujući Medline – članke iz (uglavnom medicinskih časopisa, često uključujući i sažetke. Veze do PubMed Central i drugih izvora u punom tekstu nalaze se za članke iz 1990-ih.
- PubMed Central: besplatni članci u cijelom tekstu
- Pretraživanje web mjesta: NCBI web i FTP web stranice
- Knjige: knjige na mreži
- Onlajn mendelovsko nasljeđivanje kod čovjeka (OMIM)
- Nukleotid: baza podataka o sekvencama (GenBank)
- Protein: baza podataka o proteinski sekvencama
- Genome: potpune sekvence i mapiranje ljudskog genoma
- Structure: trodimenzijske makromolekulske strukture
- Taxonomy: organizmi u taksonomiji GenBank
- dbSNP: Jednonukleotidni polimorfizmi
- Gene:[2] gene-centered information
- HomoloGene: eukariotske grupe homologa
- PubChem Spoj: jedinstvene male molekulske hemijske strukture
- PubChem supstanca': pohranjene evidencije o hemijskim supstancama
- Genome Project: informacije o Projektu ljudskog genoma
- UniGene: gensko orijentirani klasteri sekvenci transkripata
- Baza podataka konzerviranih domena proteina (CDD)
- PopSet: skupovi podataka o populacijskoj studiji (epidemiologija)
- GEO Profili: profili ekspresije i molekulske zastupljenosti
- GEO DataSets: experimental sets of GEO data
- Arhiva čitanja sekvenci: podaci o sekvenciranju velikog protoka
- Hromosomi kancera: citogenetičke baze podataka
- PubChem BioAssay: ekrani bioaktivnosti hemijskih supstanci
- Probe: reagensi specifični za sekvencu
- NLM Katalog: NLM bibliografski podaci za preko 1,2 miliona časopisa, knjiga, audiovizualnih materijala, računarskog softvera, elektronskih izvora i drugih materijala koji se nalaze u LocatorPlus-u (ažurira se svakog radnog dana).
Pristup uredi
Pored upotrebe obrazaca pretraživača za traženje podataka u Entrezu, NCBI pruža i uslužne programe za primjenu u Entrez [3] (eUtils) za direktniji pristup rezultatima upita. Pristupaju eUtil-ima objavljivanjem posebno formiranih URL-ova na NCBI poslužitelju i raščlanjivanjem XML odgovora. Postojao je i eUtils SOAP, interfejs koji je ukinut jula 2015.[4]
Historija uredi
U 1991., Entrez je predstavljen u CD obliku, a 1993. verzija klijenta i servera omogućila je povezanost s Internetom. NCBI je 1994. osnovao web stranicu, a Entrez je bio dio ovog početnog izdanja. U 2001. izlazi „Polica za knjige“ (Bookshelf) Entrez, a 2003. razvijena je baza podataka Entrez Gene .[5]
Reference uredi
- ^ NCBI Resource Coordinators (2012). "Database resources of the National Center for Biotechnology Information". Nucleic Acids Research. 41 (Database issue): D8–D20. doi:10.1093/nar/gks1189. PMC 3531099. PMID 23193264.
- ^ "Home - Gene - NCBI".
- ^ "Entrez Utilities".
- ^ "The E-utility Web Service (SOAP)".
- ^ Smith, Kent. "A Brief History of NCBI's Formation and Growth". The NCBI Handbook [Internet]. 2nd edition. Pristupljeno 3. 5. 2014.