Wikipedia

TMCO4

Transmebranski i upredenozavojnički domen 4 jest protein koji je kod ljudi kodiran genom TMCO4 sa hromosoma 1. Njegova funkcija još nije dobro definirana. Predviđeno je da transmembranski protein tri puta prelazi membranu endoplazmatskog retikuluma. TMCO4 stupa u interakciju s drugim proteinima za koje je poznato da imaju ulogu u razvoju raka, nagoveštavajući moguću ulogu u toj bolesti.

TMCO4
Identifikatori
AliasiTMCO4
Vanjski ID-jeviMGI: 1924306 HomoloGene: 57112 GeneCards: TMCO4
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 1 (čovjek)
Hrom.Hromosom 1 (čovjek)[1]
Hromosom 1 (čovjek)
Genomska lokacija za TMCO4
Genomska lokacija za TMCO4
Bend1p36.13Početak19,682,240 bp[1]
Kraj19,799,945 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 4 (miš)
Hrom.Hromosom 4 (miš)[2]
Hromosom 4 (miš)
Genomska lokacija za TMCO4
Genomska lokacija za TMCO4
Bend4|4 D3Početak138,700,199 bp[2]
Kraj138,786,482 bp[2]
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez

255104

77056

Ensembl

ENSG00000162542

ENSMUSG00000041143

UniProt

Q5TGY1

Q91WU4

RefSeq (mRNK)

NM_181719
NM_001349112
NM_001349113
NM_001349114
NM_001349115

NM_029857
NM_001305423

RefSeq (bjelančevina)

NP_859070
NP_001336041
NP_001336042
NP_001336043
NP_001336044

NP_001292352
NP_084133

Lokacija (UCSC)Chr 1: 19.68 – 19.8 MbChr 4: 138.7 – 138.79 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Aminokiselinska sekvenca

uredi

Dužina polipeptidnog lanca je 634 aminokiseline, a molekulska težina 67.910 Da.[5]

1020304050
MAMWNRPCQRLPQQPLVAEPTAEGEPHLPTGRELTEANRFAYAALCGISL
SQLFPEPEHSSFCTEFMAGLVQWLELSEAVLPTMTAFASGLGGEGADVFV
QILLKDPILKDDPTVITQDLLSFSLKDGHYDARARVLVCHMTSLLQVPLE
ELDVLEEMFLESLKEIKEEESEMAEASRKKKENRRKWKRYLLIGLATVGG
GTVIGVTGGLAAPLVAAGAATIIGSAGAAALGSAAGIAIMTSLFGAAGAG
LTGYKMKKRVGAIEEFTFLPLTEGRQLHITIAVTGWLASGKYRTFSAPWA
ALAHSREQYCLAWEAKYLMELGNALETILSGLANMVAQEALKYTVLSGIV
AALTWPASLLSVANVIDNPWGVCLHRSAEVGKHLAHILLSRQQGRRPVTL
IGFSLGARVIYFCLQEMAQEKDCQGIIEDVILLGAPVEGEAKHWEPFRKV
VSGRIINGYCRGDWLLSFVYRTSSVQLRVAGLQPVLLQDRRVENVDLTSV
VSGHLDYAKQMDAILKAVGIRTKPGWDEKGLLLAPGCLPSEEPRQAAAAA
SSGETPHQVGQTQGPISGDTSKLAMSTDPSQAQVPVGLDQSEGASLPAAA
SPERPPICSHGMDPNPLGCPDCACKTQGPSTGLD

Gen

uredi
 
Lokacija gena TMCO4 na hromosomu 1.[6]

TMCO4 se nalazi na minus lancu hromosoma 1 na sekvenci 1p36.13.[7] The gene consists of 118,172 base pairs stretching from base pair 19,682,213 through 19,800,385.[7] Ne postoje uobičajeni pseudonimi za TMCO4. Geni CAPZB i LOC105376823 susjedi TMCO4 na hromozomu 1.[6] TMCO4 se sastoji od 16 egzona.[6]

iRNK

uredi

Postoji dvadeset varijanti transkripta iRNK (X1-X20) proizvedenih kroz različite kombinacije 16 različitih egzona.[8] Najčešća varijanta je X1, koja uključuje sve egzone i obuhvata svih 118.172 bazna para.[6]

Protein

uredi
 
Prikaz proteina TMCO4: Žuti dijamanti predstavljaju predviđena mjesta fosforilacije, a plavi predviđena O-vezana mjesta glikozilacija.
 
Četiri moguća predviđanja sekundarne strukture kreirana pomoću iTASSER softvera.[6] Prva predviđena struktura krajnje lijevo je najstabilnija, a samim tim i najvjerovatnija predviđena struktura.

Primarna sekvenca

uredi

Najčešći protein kodiran TMCO4 je dug 634 aminokiseline s pristupnim brojem XP_011539488.1.[7]

Opća svojstva i sastav

uredi

Molekulska težina TMCO4 je 67,9 kDa. Izoelektrična tačka je 5,48. Kao cijeli protein, TMCO4 nema abnormalnu distribuciju aminokiselina. Ima tri duga dijela bez naboja koja odgovaraju lokaciji tri različita transmembranska regiona. Prvi citosolni domen TMCO4 ima abnormalno visoke količine leucina i glutaminske kiseline i abnormalno niske količine asparagina. Veći lumenski domen TMCO4 također ima abnormalno nisku količinu asparagina i fenilalanina.

 
Konceptna translacija TMCO4 1. dio: Žuti krugovi označavaju predviđena mjesta fosforilacije, a plavi predviđena O-vezana mjesta glikozilacije. Isticanje prema 3' kraju sekvence predviđa formiranje petljine drške.

Svojstva proteina

uredi

Dvije glavne oblasti od interesa unutar TMCO4 proteina su tri transmembranske regije i velika abhidrolazna regija.[9] Predviđa se da je N-terminal TMCO4 unutar citosola ćelije, a C-terminal unutar lumena endoplazmatskog retikuluma. Također se predviđa da TMCO4 ima leucinski zatvarač i veliki domen upredene zavojnice.[10]

Sekundarna struktura

uredi

Predviđa se da u sekundarnoj strukturi TMCO4 dominiraju alfa heliksi, na osnovu predviđanja softvera iTASSER.[11]

Posttranslacijske modifikacije

uredi

Predviđena su mnoga mjesta fosforilacija za dva citosolna regiona TMCO4.[12] Mjesta O-vezane glikozilacije predviđena su na drugoj lumenskoj regiji TMCO4.[13] Ove predviđene lokacije mogu se vidjeti i na shematskoj ilustraciji TMCO4 koja se nalazi iznad ili u konceptnoj translaciji TMCO4 koji se nalazi ispod.

Subćelijska lokalizacija

uredi

Konzistentno se predviđa da se TMCO4 nalazi u membrani endoplazmatskog retikuluma na osnovu mnogih homologa.[10]

 
Konceptna translacija TMCO4, 2. dio
Rod i vrsta Uobičajeno ime Endoplazmatski retikulum Golgijev aparat Mitohondrijski Jedarni Membranski
Homo sapiens Čovjek 44,4% 22,2% 22,2% 11,1% –
Mus musculus Miš 39,1% 4,3% 17,4% 8,7% 21,7%
Xenopus laevis Afrička kandžasta žaba 55.6% – 22,2% 11,1% –
Danio rerio Zebrica 33,3% 11,1% 11,1% – 22,2%
Callorhinchus milii Australijska duh-ajkula 33,3% 11,1% 33,3% – 22,2%

Interakcijski proteini

uredi

Utvrđeno je da TMCO4 stupa u interakciju s mnogim proteinima. Jedan protein od interesa sa kojim TMCO4 stupa u interakciju je FLT1.[14] FLT1 je receptor VEGF[15]receptor VEGF Poznato je da VEGF ima značajnu ulogu u razvoju raka. Drugi proteini za koje je eksperimentalno pokazano da TMCO4 stupa u interakciju su UBB, UBC, KPTN i BVLF1.[14] UBB i UBC su poliubikvitini koji ciljaju molekule na razgradnju, što sugerira da se TMCO4 u nekom trenutku razgrađuje.[16][17] KPTN je protein koji je neophodan u neuromorfogenezi.[18] BVLF1 je protein Epstein-Barrovog virusa.[19]

Homologija

uredi

Paralozi

uredi

TMCO4 nema nikakve paraloge.

Ortolozi

uredi

Ortolozi TMCO4 mogu se naći u bakterijama, protistima, biljkama, gljivama, trichoplaxima, beskičmenjacima, ribama, vodozemcima, gmizavcima, pticama i sisarima.[20] Neki od ovih ortologa se mogu naći u donjoj tabeli.[20] Ortolozi su sortirani u opadajućem redosledu datiranja evolucijke divergencije od ljudi, a zatim opadajućem redosledu postotaka identiteta sekvence. TMCO4 je gen koji brzo evoluira i koji je bio visoko konzerviran kroz evoluciju.[20] Regioni TMCO4 koji su visoko konzervirani u ortolozima uključuju različite transmembranske domene i regiju abhidrolaza.

Rod i vrsta Pristupni broj Dužina sekvence Identitet sekvence Sličnost sekvence
Homo sapiens (Čovjek) NP_859070.3 634 100% 100%
Papio anubus (Babun) XP_017813266.1 568 96% 97%
Mus musculus (Miš) AAH13471.1 631 83% 88%
Ursus maritimus (Polarni medvjed) XP_008692882.1 608 87% 90%
Gavia stellata (Crvengrli lutalica) XP_009808720.1 610 78% 87%
Python bivittatus (Mjanmarski piton) XP_007441490.1 617 70% 83%
Xenopus laevis (Afrička kandžasta žaba) XP_018083828.1 635 75% 87%
Danio rerio (Zebrica) XP_003201275.2 688 59% 74%
Parasteatoda tepidariorum (Pauk) XP_015925328.1 642 56% 74%
Caenorhabditis elegans NP_494812.2 617 42% 59%
Trichoplax adhaerens XP_002107886.1 378 52% 70%
Aspergillus clavatus (Gljivica) XP_001275560.1 686 40% 58%
Vibrio parahaemolyticus (Vibrio) WP_069539226.1 412 28% 48%

Ekspresija

uredi
 
Nivo ekspresije TMCO4 u različitim tkivima: strana 1.[6]
 
Nivo ekspresije TMCO4 u različitim tkivima: strana 2.[6]

TMCO4 je visoko eksprimiran u mnogim tkivima. Najveća ekspresija se javlja u prostati, trahejama, maternici, tankom crijevu, posteljici, štitnoj žlijezdi, pljuvačnim i nadbubrežnim žlijezdama. Predviđa se da ekspresiju TMCO4 kontroliraju mnogi transkripcijski faktori.

Klinički značaj

uredi

TMCO4 još nije direktno povezan ni sa jednom bolešću ili poremećenim fenotipom. Međutim, interakcija sa VEGF receptorom može ukazivati na moguću ulogu u kanceru.

Reference

uredi
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000162542 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000041143 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ "UniProt, Q5TGY1" (jezik: en.). Pristupljeno 6. 12. 2021.CS1 održavanje: nepoznati jezik (link)
  6. ^ a b c d e f g "TMCO4 transmembrane and coiled-coil domains 4 [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 6. 5. 2017.
  7. ^ a b c Database, GeneCards Human Gene. "TMCO4 Gene - GeneCards | TMCO4 Protein | TMCO4 Antibody". www.genecards.org. Pristupljeno 18. 2. 2017.
  8. ^ mieg@ncbi.nlm.nih.gov, Danielle Thierry-Mieg and Jean Thierry-Mieg, NCBI/NLM/NIH. "AceView: Gene:TMCO4, a comprehensive annotation of human, mouse and worm genes with mRNAs or ESTsAceView". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 18. 2. 2017.
  9. ^ "transmembrane and coiled-coil domain-containing protein 4 [Homo sapien - Protein - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 18. 2. 2017.
  10. ^ a b "PSORT II Prediction". psort.hgc.jp. Pristupljeno 6. 5. 2017.
  11. ^ "I-TASSER server for protein structure and function prediction". zhanglab.ccmb.med.umich.edu. Pristupljeno 6. 5. 2017.
  12. ^ "NetPhos 3.1 Server". www.cbs.dtu.dk (jezik: engleski). Pristupljeno 6. 5. 2017.
  13. ^ "NetOGlyc 4.0 Server". www.cbs.dtu.dk (jezik: engleski). Pristupljeno 6. 5. 2017.
  14. ^ a b "STRING: functional protein association networks". string-db.org. Pristupljeno 6. 5. 2017.
  15. ^ "FLT1 - Vascular endothelial growth factor receptor 1 precursor - Homo sapiens (Human) - FLT1 gene & protein". www.uniprot.org (jezik: engleski). Pristupljeno 6. 5. 2017.
  16. ^ "UBC - Polyubiquitin-C precursor - Homo sapiens (Human) - UBC gene & protein". www.uniprot.org (jezik: engleski). Pristupljeno 6. 5. 2017.
  17. ^ "UBB - Polyubiquitin-B precursor - Homo sapiens (Human) - UBB gene & protein". www.uniprot.org (jezik: engleski). Pristupljeno 6. 5. 2017.
  18. ^ "KPTN - Kaptin - Homo sapiens (Human) - KPTN gene & protein". www.uniprot.org (jezik: engleski). Pristupljeno 6. 5. 2017.
  19. ^ "BVLF1 - BVLF1 - Epstein-Barr virus (strain GD1) (HHV-4) - BVLF1 gene & protein". www.uniprot.org (jezik: engleski). Pristupljeno 6. 5. 2017.
  20. ^ a b c "Protein BLAST: search protein databases using a protein query". blast.ncbi.nlm.nih.gov (jezik: engleski). Pristupljeno 6. 5. 2017.
Preuzeto iz "https://bs.wikipedia.org/w/index.php?title=TMCO4&oldid=3389080"