Wikipedia

FAM43A

Član A porodice proteina sa sličnošću sekvence 43 (FAM43A), znan i kao GCO3P195887, GC03P194406 i GC03P191784 jest gen koji je kod ljudi nalazi naa hromosomu 3.[5][6] Kodira protein od 423 bp koji je konzerviran kod primata, a njegovi ortolozi nađeni su i kod ostalih vrsta vertebrata kao i beskičmenjaka.[7] Identificirane su tri varijante transkripta, dva proteina koja kodiraju izoforme (aAug10, bAug10) i nekodirajući transkript (cAug10).[8][9]

FAM43A
Identifikatori
AliasiFAM43A
Vanjski ID-jeviMGI: 2676309 HomoloGene: 17800 GeneCards: FAM43A
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 3 (čovjek)
Hrom.Hromosom 3 (čovjek)[1]
Hromosom 3 (čovjek)
Genomska lokacija za FAM43A
Genomska lokacija za FAM43A
Bend3q29Početak194,685,883 bp[1]
Kraj194,689,037 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 16 (miš)
Hrom.Hromosom 16 (miš)[2]
Hromosom 16 (miš)
Genomska lokacija za FAM43A
Genomska lokacija za FAM43A
Bend16|16 B2Početak30,418,541 bp[2]
Kraj30,421,615 bp[2]
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez

131583

224093

Ensembl

ENSG00000185112

ENSMUSG00000046546

UniProt

Q8N2R8

Q8BUP8

RefSeq (mRNK)

NM_153690

NM_177632

RefSeq (bjelančevina)

NP_710157

NP_808300

Lokacija (UCSC)Chr 3: 194.69 – 194.69 MbChr 16: 30.42 – 30.42 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Aminokiselinska sekvenca

uredi

Dužina polipeptidnog lanca je 423 aminokiseline, а molekulska težina 45.776 Da.[10]

1020304050
MLPWKKHKFELLAEAPPRQASKPKGYAVSLHYSALSSLARACPEGALSRV
GSMFRSKRKKLHITSEDPTYTVLYLGNATTIQARGDGCTDLAVGKIWSKS
EAGRQGTKMKLTVSAQGIRMVHAEERALRRPGHLYLLHRVTYCVADARLP
KVFAWVYRHELKHKAVMLRCHAVLVSKPEKAQAMALLLYQTSANALAEFK
RLKRRDDARHQQQELVGAHTIPLVPLRKLLLHGPCCYKPPVERSRSAPKL
GSITEDLLGEQLEQELQEEEEEEQPEGCPEEEENRAAEGDPAEEEAEAQR
ALVVAMHFECGDLLDTLENGRGEALGGGGGSLGPGAGPPPLLLGSASDMK
AELSQLISDLGELSFGNDVRTLQADLRVTRLLSGDSTGSESSIEGGGPDA
TSATAGDSSRQADGASADEPHSG

Gen

uredi

Ovaj gen nalazi se na dugom kraku hromosoma 3 na regiji 3q29; FAM43A sastoji se od 2.493 baze; a prevedeni protein sadrži domen interakcije fosfotirozina, pretpostavljeno mjesto vezanja fosfoinozitida i pretpostavljeno vezno mjesto za peptide.[11]

Protein

uredi

FAM43A i paralog FAM43B sadrže specifičnu porodicu gena i dijele strukturnu homologiju sa adapterskim proteinom receptora za lipoprotein niske gustoće (LDLrP).[12][13] Ortolozi identificirani su u Mammalia, Aves, Actinopterygii, Reptilia, Hemichordata, Cephalochardata, Mollusca, Brachiopoda, Nematoda i Arthropoda. Nisu identificirani ortolozi osim vrsta beskičmenjaka.[14]

 
Neukorijenjeno filogenetsko stablo sa ortolozima kod sisara, ptica, riba, gmizavaca i nekoliko vrsta beskičmenjaka.

Paralozi

uredi

FAM43A i paralog FAM43B sadrže specifičnu porodicu gena koji dijele strukturnu homologiju sa adapterskim proteinom receptora za lipoprotein niske gustoće (LDLrP).[15]

Ortolozi

uredi
Rod i vrsta Uobičajeno ime Pristupni broj Sličnost sekvence (%)
Gorilla gorilla Gorila XP_004038285.1 99
Orcinus orca Kit ubica XP_004278817.1 94
Gallus gallus Kokoš XP_426700.2 74
Danio rerio Zebrica NP_999870.1 71
Python bivittatus Piton XP_007440325.1 51
Branchiostoma belcheri Kopljača XP_0196466582.1 49
Limulus polyphpemus Kopitasta kraba XP_013779827.1 38
Caenorhabditis elegans Nematoda NP_509937.1 35

Daleki homolog identifikovan je korišćenjem NCBI programa proteina BLAST, proteina adaptera receptora za lipoprotein niske gustoće 1 nalik na Cryptotermes secundus. Međutim, kada je sekvenca LOC111863195 upoređena sa sekvencom Homo sapiens, otkriveno je da homolog mapiran na hromozom 1, što ga čini ortologom paraloga FAM43B. Činjenica da se protein FAM43A ne može pratiti dalje u evolucijskoj historiji od beskičmenjaka ukazuje da bi to mogla biti tačka u kojoj su se FAM43A i paralog FAM43B razišli. prije otprilike 797 miliona godina.

Ekspresija

uredi

Tkivno specifična ekspresija

uredi

FAM43A protein je visoko eksprimiran u ustima, vaskularnom sistemu, slezeni i ušima. Značajna ekspresija uočena je u masnom tkivu, pupčanoj vrpci i kostima, sa najvećom ekspresijom u fazi razvoja novorođenčeta.[16]

Ekspresija u bolesti

uredi

Ekspresija je pojačana kod tumora glave i vrata i karcinoma mokraćne bešike, što ukazuje na onkogenu funkciju.[17] Ekspresija FAM43A je pojačana u ćelijskim linijama ranog prekursora T-ćelija (ETP) akutne limfoblastne leukemije (ALL) (GDS4299) i trostruko negativnog karcinoma dojke (TNBC) Hs578T (GDS4092).[18] FAM43A mapa ekspresije u mozgu Mus musculus ukazuje na diferencijalnu ekspresiju u korteksu, corpus callosum i hipotalamusu.[19] Primarna funkcija žulevitog tijela (corpus callosum) je da inervira i poveže dvije moždane hemisfere. Corpus callosum integrira motorne, senzorne i kognitivne performanse između korteksne regije na jednoj hemisferi i cilja u drugoj.[20] Hipotalamus povezuje nervni sa endokrinim sistemom preko hipofize.

Varijacija

uredi

Sindrom mikrodelecije 3q29 (monosomija 3q29) uzrokovan je intersticijskom delecijom 3q29, posredovanom nealelnom homolognom rekombinacijom između ponavljanja niske kopije koja rezultira uobičajenom delecijom.[21] Sindrom mikrodelecije 3q29 obilježen je gubitkom 1,6 miliona parova baza, uključujući pet poznatih gena i 17 nepoznatih transkripata. Potvrđeni su feni za fosfat i citidiltransferazu 1, holin alfa (PYT1A), P21 (RAC1) aktivirana kinaza 2 (PAK2), melanotransferin (MFI2), veliki diskovi MAGUK proteinske skele 1 (DLG1) i 3-hidroksibutirat dehidrogenaze 1 (BDH1) a još sdam gena je implicirano s nekompletnim cDNK, a preostali hipotetski geni tek treba da budu potvrđeni eksperimentalno.[22] Prezentacija sindroma mikrodelecije 3q29 pokazala je povećan rizik za shizofreniju. Susjedi gena PAK2 i DLG1 implicirani su zbog interakcije s neuroliginom i podjedinicom AMPA receptora GluR1.[23] U 2015, Guida et al. identificirali su novu mutaciju proksimalno od 3q29 mikrodelecijske regije koja je u korelaciji s prezentacijom očno-ušnog pršljenskog spektra (OAVS).[24] Research of Robertson et al. revealed the presence of FAM43A mRNA in the fetal cochlea and association with development of normal hearing function.[25] Ovi nalazi ukazuju da bi varijacije u FAM43A mogle biti odgovorne za razvoj OAVS-a.

Promotor

uredi

Vezivanje transkripcionog faktora se može videti ispod u okviru promotorske regije FAM43A,[26] pretrage su završene na 500 bp koji prethodi start kodonu.

Kandidati faktora transkripcije i mjesta vezivanja "FAM43A" identificirana prema Genomatixu
Matriksna porodica Detaljnija informacija o porodici Položaj sidra Lanac Sličnost matriksa Sekvenca
ZICF ZIC-porodica, Cerebelumski cinkov prst 1912 – 0,931 cggcgCAGCtgggcg
NEUR NeuroD, Beta2, domen HLH 1912 + 0,985 cgcccaGCTGcgccg
PLAG Gen pleomorfnog adenoma 1919 – 0,931 ggaggGCGCcccggcgcagctgg
EGRF EGR/inducirani protein C nervnog faktora rasta i srodni faktori 1896 – 0.919 ggcggcggCGGCggagcgc
KLFS Kruppeloliki transkripcijski faktori 1796 – 0,941 tagggagttGGGGggaggg
GCMF Horion-specifični transkripcijski faktori sa GCM DNK-vezujućim domenom 1742 – 0.919 attaCCCGcacctc
SORY SOX/SORY spolno/testis determinifrajući i srodni faktori HMG-kutije 1741 + 0.953 agagAATTtacccgcacctcctg
EBOX E-kutijski vezujuči faktori 1674 + 0,921 gtgcgcgCGTGtctccc
E2FF E2F-myc aktivator/regulator ćelijskog ciklusa 1549 + 0.905 tgtgtGCGCgcgtgtct
MTF1 Metalno inducirani transkripcijski faktor 1635 + 0,900 ctttGCTCtcgccct
ETSF Ljudski i mišji ETS1 faktori 1565 – 0.934 aaatgtcaGGAAaaaagctag
FKHD Faktori viljuškastog domena 1541 – 0,986 cgcgtgcAAATaaagag
INSN Insulinom-pridruženi faktori 1462 + 0.926 tgttaGGGGaccc

3' Netranslatirana regija

uredi

Identificirana su mjesta vezanja mikroRNK [27] a zatim upoređena sa konzervacijom tipova FAM43A da bi se odredile vjerovatne strukture petlje stabla 3' neprevedenog regiona (UTR) kao što je prikazano na desnoj strani.

 
Sekundarna struktura 3' UTR regije

Posttranslacijska modifikacija

uredi

Predviđeno je da je FAM43 jedarni protein, a identifikacirane funkcije, strukture i funkcije za LDL receptorski adapter proteina (LDLrP) je završena.[28] Conserved residues Y52 and S93 are highlighted in the structure of LDLrP to the right. Identificirana su tri mjesta fosforilacije sa konzerviranjem između ljudskih i mišjih genotipova [29] at T112-p, S114-p, and T-379-p. The translated protein contains a primary and secondary nuclear localization signal and has a predicted GPI-linkage site at D407,[30] i mjesto cijepanja kaspaza 3 i 7 između aminokiselina 404–408[31] što ukazuje na moguću translokaciju sa ćelijske membrane u jedro.

 
Domen interakcije LDLrP fosfotirozina sa istaknutim Y52 i S93.

Interakcija proteina

uredi

Direktna interakcija sa SRPK2 (SRSF protein-kinaza 2), serin/argininom bogatom protein-specifičnom kinazom, koja fosforilira supstrate na ostacima serinom bogatih arginin/serinskih dipeptida (RS domeni), uključenih u fosforilaciju SR faktora prerade i regulaciju prerade. SRSF protein-kinaza 2 promovira neuronskapoptoza|u apoptozu regulacijom ekspresije ciklina-D1 putem supresije fosforilacije p53/TP53.[32] Protein-fosfataza 2A je jedna od četiri glavne Ser/Thr fosfataze, koje reguliraju negativnu kontrolu rasta i diobe ćelija.[33] FAM43A pokazuje predviđenu interakciju s abelson (ABL) kinazom, a članovi ABL povezuju različite vanćelijske podražaje sa signalnim putevima koji kontroliraju rast ćelija, preživljavanje, invaziju, adheziju i migraciju.[34]

Alijasi Interaktivnih proteina Puno ime Funkcija Tip interakcije
SRPK2 Serin/arginin-bogata protein-specifična kinaza Fosforilira supstrate na RS domenima Direktna interakcija
PPP2R5C Regulatorna podjedinica B'gama protein-fosfataze 2A Regulatorna podjedinica 2A porodice B-fosfataze Fizičko pridruživanje
PPP2R1B Skelna podjedinica A beta protein-osfataza 2A Konstantna regulatorna podjedinica protein-fosfataze 2 Fizičko pridruživanje
PPP2R5D Regulatorna podjedinica B' delta protein-fosfataze 2A Regulatorna podjedinica B porodice fosfataza 2A Fizičko priruživanje
PPP2R5A Regulatorna podjedinica B'alfa protein-fosfataze 2A Regulatorna podjedinica B porodice fosfataza 2A Fizičko priruživanje
PPP2R5B Regulatorna podjedinica B'beta protein-fosfataze 2A Regulatorna podjedinica B porodice fosfataza 2A Fizičko priruživanje
PPP2R5E Regulatorna podjedinica B'epsilon protein-fosfataze 2A Regulatorna podjedinica B porodice fosfastaza 2A Fizičko priruživanje
SNX6 Sortirajući neksin 6 Članovi sadrže phox (PX) fosfoinozitid-vezujući domen (unutarćelijski promet) Fizičko priruživanje

Reference

uredi
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000185112 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000046546 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ "FAM43A". GeneCards. Pristupljeno 27. 4. 2018.
  6. ^ "FAM43A". NCBI Nucleotide. Pristupljeno 27. 4. 2018.
  7. ^ "Standard Protein Blast". NCBI. National Library of Medicine. Pristupljeno 18. 2. 2018.
  8. ^ "FAM43A gene". NCBI AceView. Pristupljeno 4. 2. 2018.
  9. ^ "FAM43A". SAPS. Pristupljeno 8. 4. 2018.[mrtav link]
  10. ^ "UniProt, Q8N2R8" (jezik: engleski). Pristupljeno 7. 11. 2021.
  11. ^ "NCBI Protein". NCBI. U.S. National Library of Medicine. Pristupljeno 18. 2. 2018.
  12. ^ "FAM43A". NCBI protein BLAST. Pristupljeno 28. 4. 2018.
  13. ^ "FAM43A". UCSC Genome Browser. Pristupljeno 28. 4. 2018.
  14. ^ "FAM43A protein". Timetree: The timescale of life. Pristupljeno 28. 4. 2018.
  15. ^ "FAM43A". NCBI protein BLAST. Pristupljeno 28. 4. 2018.
  16. ^ "FAM43A". NCBI UniGene. Pristupljeno 21. 5. 2018.
  17. ^ "Homo sapiens FAM43A". NCBI UniGene. Pristupljeno 28. 3. 2018.
  18. ^ "GEO Profiles". NCBI GEO Profiles. Pristupljeno 5. 5. 2018.
  19. ^ "FAM43 expression". Allen Brain Atlas. Pristupljeno 31. 3. 2018.
  20. ^ "Corpus callosum". CNSvp. Arhivirano s originala, 8. 3. 2018. Pristupljeno 29. 3. 2018.
  21. ^ Ballif BC, et al. (2008). "Expanding the clinical phenotype of the 3q29 microdeletion syndrome ad characterization of the reciprocal microduplication". Molecular Cytogenetics. 1: 8. doi:10.1186/1755-8166-1-8. PMC 2408925. PMID 18471269.
  22. ^ Willat L, et al. (2005). "3q29 Microdeletion Syndrome: Clinical and Molecular Characterization of a New Syndrome". American Journal of Human Genetics. 77 (1): 154–160. doi:10.1086/431653. PMC 1226188. PMID 15918153.
  23. ^ Mulle JG, et al. (2010). "Microdeletions of 3q29 confer high risk for Schizophrenia". The American Journal of Human Genetics. 87 (2): 229–236. doi:10.1016/j.ajhg.2010.07.013. PMC 2917706. PMID 20691406.
  24. ^ Guida V, Sinibaldi L, Pagnoni M, Bernardini L, Loddo S, Margiotti K, Digilio MC, Fadda MT, Dallapiccola B, Iannetti G, Alessandro de L (april 2015). "A de novo proximal 3q29 chromosome microduplication in a patient with oculo auriculo vertebral spectrum". American Journal of Medical Genetics. Part A. 167A (4): 797–801. doi:10.1002/ajmg.a.36951. PMID 25735547. S2CID 37704780.
  25. ^ Robertson NG, Khetarpal U, Gutiérrez-Espeleta GA, Bieber FR, Morton CC (septembar 1994). "Isolation of novel and known genes from a human fetal cochlear cDNA library using subtractive hybridization and differential screening". Genomics. 23 (1): 42–50. doi:10.1006/geno.1994.1457. PMID 7829101.
  26. ^ "FAM43A". Genomatix. Pristupljeno 1. 4. 2018.[mrtav link]
  27. ^ "FAM43A microRNA binding sites". Targetscan. Pristupljeno 21. 5. 2018.
  28. ^ "FAM43A". PSORT II Prediction. Pristupljeno 8. 4. 2018.
  29. ^ "FAM43A phosphorylation sites". Phosphosite. Pristupljeno 8. 4. 2018.
  30. ^ "FAM43A". IMP Bioinformatics. Pristupljeno 8. 4. 2018.
  31. ^ "FAM43A motif search for nuclear protein". ELM. Pristupljeno 22. 4. 2018.
  32. ^ "SRPK2 Gene". Gene Cards. Pristupljeno 1. 5. 2018.
  33. ^ "PPP2R5C". Gene Cards. Pristupljeno 1. 5. 2018.
  34. ^ Grueber, Emileigh K. (2013). "Role of ABL Family Kinases in Cancer: from Leukemia to Solid Tumors". Nature Reviews Cancer. 13 (8): 559–571. doi:10.1038/nrc3563. PMC 3935732. PMID 23842646.
Preuzeto iz "https://bs.wikipedia.org/w/index.php?title=FAM43A&oldid=3491609"