Sobp
Homolog vezujućeg proteina za sine oculis (SOBP), znan i kao Jacksonov cirkler protein 1 (JXC1) jest protein koji je kod ljudi kodiran genom SOBP.[5][6][7] Prvi gen SOBP identificiran je u Drosophila melanogaster i kvaščevom dvo-hibridnom skriningu koji je koristio proteinski domen SIX sine oculis kao mamac.[8] U većini genoma, koji sadrže SOBP, gen se nalazi u po jednoj kopiji.
| Sobp | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | SOBP | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | OMIM: 613667 MGI: 1924427 HomoloGene: 41216 GeneCards: SOBP | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 6: 107.49 – 107.66 Mb | Chr 10: 42.88 – 43.05 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Aminokiselinska sekvenca
urediDužina polipeptidnog lanca je 873 aminokiseline, а molekulska težina 92.658 Da.[9]
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MAEMEKEGRP | PENKRSRKPA | HPVKREINEE | MKNFAENTMN | ELLGWYGYDK | ||||
| VELKDGEDIE | FRSYPTDGES | RQHISVLKEN | SLPKPKLPED | SVISPYNIST | ||||
| GYSGLATGNG | LSDSPAGSKD | HGSVPIIVPL | IPPPFIKPPA | EDDVSNVQIM | ||||
| CAWCQKVGIK | RYSLSMGSEV | KSFCSEKCFA | ACRRAYFKRN | KARDEDGHAE | ||||
| NFPQQHYAKE | TPRLAFKNNC | ELLVCDWCKH | IRHTKEYLDF | GDGERRLQFC | ||||
| SAKCLNQYKM | DIFYKETQAN | LPAGLCSTLH | PPMENKAEGT | GVQLLTPDSW | ||||
| NIPLTDARRK | APSPVATAGQ | SQGPGPSAST | TVSPSDTANC | SVTKIPTPVP | ||||
| KSIPISETPN | IPPVSVQPPA | SIGPPLGVPP | RSPPMVMTNR | GPVPLPIFME | ||||
| QQIMQQIRPP | FIRGPPHHAS | NPNSPLSNPM | LPGIGPPPGG | PRNLGPTSSP | ||||
| MHRPMLSPHI | HPPSTPTMPG | NPPGLLPPPP | PGAPLPSLPF | PPVSMMPNGP | ||||
| MPVPQMMNFG | LPSLAPLVPP | PTLLVPYPVI | VPLPVPIPIP | IPIPHVSDSK | ||||
| PPNGFSSNGE | NFIPNAPGDS | AAAGGKPSGH | SLSPRDSKQG | SSKSADSPPG | ||||
| CSGQALSLAP | TPAEHGRSEV | VDLTRRAGSP | PGPPGAGGQL | GFPGVLQGPQ | ||||
| DGVIDLTVGH | RARLHNVIHR | ALHAHVKAER | EPSAAERRTC | GGCRDGHCSP | ||||
| PAAGDPGPGA | PAGPEAAAAC | NVIVNGTRGA | AAEGAKSAEP | PPEQPPPPPP | ||||
| PAPPKKLLSP | EEPAVSELES | VKENNCASNC | HLDGEAAKKL | MGEEALAGGD | ||||
| KSDPNLNNPA | DEDHAYALRM | LPKTGCVIQP | VPKPAEKAAM | APCIISSPML | ||||
| SAGPEDLEPP | LKRRCLRIRN | QNK |
Gen
urediKod ljudi, gen SOBP nalazi se na dugom kraku hromosoma 6, regija 6q21 i proteže se na fizičkom rasponu od nešto više od 171 kbp. iRNK je transkribirana sa sedam egzona, orijentiranih iz centromera u telomere, od kojih prvih šest egzona gradi otvoreni okvir čitanja. Kodirajuća iRNK broji 2.622 nukleotida koji kodiraju protein od 873 aminokiselina.
Kod miša, Sopb se nalazi na hromosomu 10 u citogenetičkom pojasu 10qB2, koji pokriva fizičko područje od 172 kbp. Kao i kod ljudi, mišja kodirajuća regija "Sobp" obuhvata šest egzona, ali je njen okvir čitanja nešto kraći, brojeći 2.595 nukleotida koji kodiraju protein od 864 aminokiseline. Protein ima dva jedarna lokalizacijska signala na svakom na svom amino– i karboksi-kraju, dvije sekvence bogate prolinom pored dva domena koji su povezani sa FCS-tipom domena cinkovog prsta. Nadalje, svi SOBP proteini imaju po dva visoko konzervirana motiva.[7]
Ekspresija
urediKod miševa, profiliranje ekspresije gena pomoću PCR-a u realnom vremenu pokazalo je širok profil ekspresije u embrionskim tkivima kao i kod odraslih, s najvećom ekspresijom u mozgu. Pomoću RNK flurescentne hibridizacije in-situ, ekspresija Sobp-a je dokazana u neonatusnom tkivu u spiralnim ganglijama, senzornim i potpornim ćelijama macula sacula i macula utricle i cristae ampullaris. Sobp je također eksprimiran u unutrašnjem jedarnom sloju u razvoju mrežnjače u E15, mirisnom epitelu, u neuronima trigeminusnih ganglija i u ćelijama koje okružuju dermine papile od dlakinih folikula.
Genetika
urediKod ljudi, autosomno recesivna mutacija uzrokuje tešku mentalnu invalidnost s prednjim maksilarnim izbočenjem i strabizmom (razrokosti), nazvanim MRAMS sindrom (OMIM#613671). Mapiranje homozigotnosti povezalo je MRAMS sindrom s područjem od 9,8 Mbp na poziciji 6q21. Evaluacijom gena kandidata u ovom intervalu utvrđena je homozigotna misens mutacija u SOBP-u kod pacijenata sa MARMS sindromom. Mutacija skraćuje protein SOBP blizu karboksi-kraja (p.R661X).
Kod miša, dvije spontane recesivne autosomne mutacije dogodile su se nezavisno u The Jackson Laboratory, koje su dobile naziv Jacksonov cirkler (jc). Prva mutacija dogodila se 1970. na pozadini C57BL/ 6J, zvana C57BL/6J– jc, a druga se dogodila u pozadini B6.129S6 i nazvana je jc2J. Analize genetičkih veza lokalizirale su mutacije u hromosom 10. Molekulskogenetičke studije usmjerene na identifikaciju defekta u lokusu jc pokazale su malu deleciju od 10 bp u egzonu 6 gena Sobp. Delecija sadrži nukleotide ~1346-1355 i dovodi do pomicanja okvira otvorenog okvira čitanja, uvođenjem stop kodona na položaju aminokiseline 490 (S449fsX490). U alelu jc 2J , postoji nonsens mutacija, nakoln tranverzije guanina u timin (c.1894G > T) koja mijenja glicin u stop kodon (str. G632X).
Kod miša, skraćene mutacije jc i jc2J dovode do dubokog gubitka sluha i nepravilnog ponašanja u kruženju. Konkretno, skraćuje se pužnični kanal, a Cortijev organ ima prekobrojne vanjske trepljaste ćelije, duplikate Cortijevog tunela i unutrašnje trepljaste ćelije, kao i ektopičnu ekspresija mrlja vestibulskih trepljastih ćelija u Kollikerovom organu. Vestibulni završni organi imaju manju površinu i deblji su.
Reference
uredi- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000112320 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000038248 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Entrez Gene: sine oculis binding protein homolog (Drosophila)".
- ^ Birk, E.; Har-Zahav, A.; Manzini, C. M.; Pasmanik-Chor, M.; Kornreich, L.; Walsh, C. A.; Noben-Trauth, K.; Albin, A.; Simon, A. J.; Colleaux, L.; Morad, Y.; Rainshtein, L.; Tischfield, D. J.; Wang, P.; Magal, N.; Maya, I.; Shoshani, N.; Rechavi, G.; Gothelf, D.; Maydan, G.; Shohat, M.; Basel-Vanagaite, L. (2010). "SOBP is Mutated in Syndromic and Nonsyndromic Intellectual Disability and is Highly Expressed in the Brain Limbic System". The American Journal of Human Genetics. 87 (5): 694–700. doi:10.1016/j.ajhg.2010.10.005. PMC 2978971. PMID 21035105.
- ^ a b Chen, Z.; Montcouquiol, M.; Calderon, R.; Jenkins, N. A.; Copeland, N. G.; Kelley, M. W.; Noben-Trauth, K. (2008). "Jxc1/Sobp, Encoding a Nuclear Zinc Finger Protein, is Critical for Cochlear Growth, Cell Fate, and Patterning of the Organ of Corti". Journal of Neuroscience. 28 (26): 6633–41. doi:10.1523/JNEUROSCI.1280-08.2008. PMC 2556235. PMID 18579736.
- ^ Kenyon KL, Li DJ, Clouser C, Tran S, Pignoni F (novembar 2005). "Fly SIX-type homeodomain proteins Sine oculis and Optix partner with different cofactors during eye development". Dev. Dyn. 234 (3): 497–504. doi:10.1002/dvdy.20442. PMID 15937930. S2CID 11462221.
- ^ "UniProt, A7XYQ1" (jezik: engleski). Pristupljeno 11. 10. 2021.
Dopunska literatura
uredi- Bonaldo MF, Lennon G, Soares MB (1996). "Normalization and subtraction: two approaches to facilitate gene discovery". Genome Res. 6 (9): 791–806. doi:10.1101/gr.6.9.791. PMID 8889548.
- Stelzl U, Worm U, Lalowski M, et al. (2005). "A human protein-protein interaction network: a resource for annotating the proteome". Cell. 122 (6): 957–68. doi:10.1016/j.cell.2005.08.029. hdl:11858/00-001M-0000-0010-8592-0. PMID 16169070. S2CID 8235923.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2002). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002PNAS...9916899M. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Rose JE, Behm FM, Drgon T, et al. (2010). "Personalized smoking cessation: interactions between nicotine dose, dependence and quit-success genotype score". Mol. Med. 16 (7–8): 247–53. doi:10.2119/molmed.2009.00159. PMC 2896464. PMID 20379614.
- Birk E, Har-Zahav A, Manzini CM, et al. (2010). "SOBP is mutated in syndromic and nonsyndromic intellectual disability and is highly expressed in the brain limbic system". Am. J. Hum. Genet. 87 (5): 694–700. doi:10.1016/j.ajhg.2010.10.005. PMC 2978971. PMID 21035105.
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
- Calderon, A.; Derr, A.; Stagner, B.; Johnson, K.; Martin, G.; Nobentrauth, K. (2006). "Cochlear developmental defect and background-dependent hearing thresholds in the Jackson circler (jc) mutant mouse". Hearing Research. 221 (1–2): 44–58. doi:10.1016/j.heares.2006.07.008. PMID 16962269. S2CID 25996561.