Stop kodon

Stop kodon ili terminacijski kodon – u genetici – je nukleotidni triplet u iRNK koji signalizira terminaciju translacije u proteinima.^[1] Većina kodona iRNK odgovara dodavanju odgovarajuće aminokiseline u rastući polipeptidni lanac, koji u konačnici može postati protein. Stop kodoni signaliziraju prekid ovog procesa vezinjem faktora oslobađanja, koji uzrokuje disocijaciju ribosomskih podjedinica, oslobađajući lanac aminokiselina. Dok su za startni kodon potrebne obližnje sekvence ili faktori inicijacije za započinjanje translacije, sam stop kodon dovoljan je za pokretanje terminacije.

Svojstva

Standardni kodoni

U standardnom genetičkom kodu postoje tri različita terminacijska kodona:

Kodon		Standardni kod (Translacijska tabla 1)	Ime
DNK	RNK	Standardni kod (Translacijska tabla 1)	Ime
`TAG`	`UAG`	`STOP = Ter` `(*)`	"Amber"
`TAA`	`UAA`	`STOP = Ter` `(*)`	"Oker"
`TGA`	`UGA`	`STOP = Ter` `(*)`	"Opal" (ili "Umber")

Alternativni stop kodoni

Postoje varijacije standardnog genetičkog koda, a alternativne stop kodoni nađeni su u mitohondrijskim genomimas vertebrata,^[2] Scenedesmus obliquus,^[3] i Thraustochytrium.^[4]

Alternativni stop kodoni i poređenje sa standardnim genetičkim kodom
Genetički kod	Translacijska tabla	Kodon		Translacija sa ovim kodom	Standardna translacija
Genetički kod	Translacijska tabla	DNK	RNK	Translacija sa ovim kodom	Standardna translacija
Mitohondrijski vertebrata	2	`AGA`	`AGA`	`STOP = Ter` `(*)`	`Arg` `(R)`
Mitohondrijski vertebrata	2	`AGG`	`AGG`	`STOP = Ter` `(*)`	`Arg` `(R)`
Mitohondrijski Scenedesmus obliquus	22	`TCA`	`UCA`	`STOP = Ter` `(*)`	`Ser` `(S)`
Mitohondrijski Thraustochytrium	23	`TTA`	`UUA`	`STOP = Ter` `(*)`	`Leu` `(L)`

Biohemijska svojstva aminokiselina	Nenpolarne	Polarne	Bazne	Kisele		Terminacija: stop kodon

Prenamijenjeni stop kodoni

Nuklearni genetički kod je fleksibilan što je prikazano varijantnim genetičkim kodovima koji standardne zaustavne kodone odgovaraju aminokiselinama.^[5]

Uvjetni stop kodoni i poređenje sa standardnim genetičkim kodom
Genetički kod	Translacijska tabla	Kodon		Uvjetna translacija			Standardna translacija
Genetički kod	Translacijska tabla	DNK	RNK	Uvjetna translacija			Standardna translacija
Karioreliktni njedarni	27	`TGA`	`UGA`	`Ter` `(*)`	or	`Trp` `(W)`	`Ter` `(*)`
Jedarni Condylostoma	28	`TAA`	`UAA`	`Ter` `(*)`	or	`Gln` `(Q)`	`Ter` `(*)`
		`TAG`	`UAG`	`Ter` `(*)`	or	`Gln` `(Q)`	`Ter` `(*)`
		`TGA`	`UGA`	`Ter` `(*)`	or	`Trp` `(W)`	`Ter` `(*)`
Jedarni Blastocrithidia	31	`TAA`	`UAA`	`Ter` `(*)`	or	`Glu` `(E)`	`Ter` `(*)`
Jedarni Blastocrithidia	31	`TAG`	`UAG`	`Ter` `(*)`	or	`Glu` `(E)`	`Ter` `(*)`

Translacija

U 2007., UGA kodon je identificiran kao kodon koji kodira selenocistein (Sec) i pronađen je u 25 [selenoprotein]-a smještenih na aktivnom mjestu proteina. Prevođenje ovog kodona omogućeno je blizinom SECIS elementa (SElenoCysteine Incorporation Sequence)^[6] Na sličan način, kodon UAG može se prevesti u pirolizin (Pyl)

Također pogledajte

Reference

^ Griffiths AJF, Miller JH, Suzuki DT, Lewontin RC, Gelbart WM (2000). "Chapter 10 (Molecular Biology of Gene Function): Genetic code: Stop codons". An Introduction to Genetic Analysis. W.H. Freeman and Company. Upotreblja se zastarjeli parametar |chapterurl= (pomoć)
^ Barrell, B. G.; Bankier, A. T.; Drouin, J. (8. 11. 1979). "A different genetic code in human mitochondria". Nature (jezik: engleski). 282 (5735): 189–194. doi:10.1038/282189a0. ISSN 0028-0836.
^ A. M. Nedelcu, R. W. Lee, G. Lemieux, M. W. Gray, G. Burger (juni 2000). "The complete mitochondrial DNA sequence of Scenedesmus obliquus reflects an intermediate stage in the evolution of the green algal mitochondrial genome". Genome Research. 10 (6): 819–831. doi:10.1101/gr.10.6.819. PMC 310893. PMID 10854413.CS1 održavanje: više imena: authors list (link)
^ Wideman, Jeremy G.; Monier, Adam; Rodríguez-Martínez, Raquel; Leonard, Guy; Cook, Emily; Poirier, Camille; Maguire, Finlay; Milner, David S.; Irwin, Nicholas A. T.; Moore, Karen; Santoro, Alyson E. (25. 11. 2019). "Unexpected mitochondrial genome diversity revealed by targeted single-cell genomics of heterotrophic flagellated protists". Nature Microbiology (jezik: engleski). 5 (1): 154–165. doi:10.1038/s41564-019-0605-4. ISSN 2058-5276.
^ Swart, Estienne Carl; Serra, Valentina; Petroni, Giulio; Nowacki, Mariusz (2016). "Genetic Codes with No Dedicated Stop Codon: Context-Dependent Translation Termination". Cell. 166 (3): 691–702. doi:10.1016/j.cell.2016.06.020. PMC 4967479. PMID 27426948.
^ Papp, Laura Vanda; Lu, Jun; Holmgren, Arne; Khanna, Kum Kum (2007). "From Selenium to Selenoproteins: Synthesis, Identity, and Their Role in Human Health". Antioxidants & Redox Signaling. 9 (7): 775–806. doi:10.1089/ars.2007.1528. PMID 17508906.

[1] Griffiths AJF, Miller JH, Suzuki DT, Lewontin RC, Gelbart WM (2000). "Chapter 10 (Molecular Biology of Gene Function): Genetic code: Stop codons". An Introduction to Genetic Analysis. W.H. Freeman and Company. Upotreblja se zastarjeli parametar |chapterurl= (pomoć)

[2] Barrell, B. G.; Bankier, A. T.; Drouin, J. (8. 11. 1979). "A different genetic code in human mitochondria". Nature (jezik: engleski). 282 (5735): 189–194. doi:10.1038/282189a0. ISSN 0028-0836.

[Nedelcu2000-3] A. M. Nedelcu, R. W. Lee, G. Lemieux, M. W. Gray, G. Burger (juni 2000). "The complete mitochondrial DNA sequence of Scenedesmus obliquus reflects an intermediate stage in the evolution of the green algal mitochondrial genome". Genome Research. 10 (6): 819–831. doi:10.1101/gr.10.6.819. PMC 310893. PMID 10854413.CS1 održavanje: više imena: authors list (link)

[4] Wideman, Jeremy G.; Monier, Adam; Rodríguez-Martínez, Raquel; Leonard, Guy; Cook, Emily; Poirier, Camille; Maguire, Finlay; Milner, David S.; Irwin, Nicholas A. T.; Moore, Karen; Santoro, Alyson E. (25. 11. 2019). "Unexpected mitochondrial genome diversity revealed by targeted single-cell genomics of heterotrophic flagellated protists". Nature Microbiology (jezik: engleski). 5 (1): 154–165. doi:10.1038/s41564-019-0605-4. ISSN 2058-5276.

[Swart2016-5] Swart, Estienne Carl; Serra, Valentina; Petroni, Giulio; Nowacki, Mariusz (2016). "Genetic Codes with No Dedicated Stop Codon: Context-Dependent Translation Termination". Cell. 166 (3): 691–702. doi:10.1016/j.cell.2016.06.020. PMC 4967479. PMID 27426948.

[6] Papp, Laura Vanda; Lu, Jun; Holmgren, Arne; Khanna, Kum Kum (2007). "From Selenium to Selenoproteins: Synthesis, Identity, and Their Role in Human Health". Antioxidants & Redox Signaling. 9 (7): 775–806. doi:10.1089/ars.2007.1528. PMID 17508906.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]