Stop kodon

Stop kodon (crvena tačka) mitohondrijske DNK čovjeka, MT-ATP8 gen i startni kodon (plavi krug) gena MT-ATP6.
Za svaki triplet nukleotida (uglaste zagrade) data je odgovarajuća aminokiselina (kôd s jednim slovom), bilo u +1 okviru za čitanje za MT-ATP8 (crveno) ili u +3 okviru za MT-ATP6 (plavo). U ovom genomskom području, dva gena se preklapaju.

Stop kodon ili terminacijski kopdon – u genetici – je nukleotidni triplet u iRNK koji signalizira terminaciju translacije u proteinima.[1] Većina kodona iRNK odgovara dodavanju odgovarajuće aminokiseline u rastući polipeptidni lanac, koji u konačnici može postati protein. Stop kodoni signaliziraju prekid ovog procesa vezinjem faktora oslobađanja, koji uzrokuje disocijaciju ribosomskih podjedinica, oslobađajući lanac aminokiselina. Dok su za startni kodon potrebne obližnje sekvence ili faktori inicijacije za započinjanje translacije, sam stop kodon dovoljan je za pokretanje terminacije.

SvojstvaUredi

Standardni kodoniUredi

U standardnom genetičkom kodu postoje tri različita terminacijska kodona:

Kodon Standardni kod
(Translacijska tabla 1)
Ime
DNK RNK
TAG UAG STOP = Ter (*) "Amber"
TAA UAA STOP = Ter (*) "Oker"
TGA UGA STOP = Ter (*) "Opal" (ili "Umber")

Alternativni stop kodoniUredi

Postoje varijacije standardnog genetičkog koda, a alternativne stop kodoni nađeni su u mitohondrijskim genomimas vertebrata,[2] Scenedesmus obliquus,[3] i Thraustochytrium.[4]

Alternativni stop kodoni i poređenje sa standardnim genetičkim kodom
Genetički kod Translacijska
tabla
Kodon Translacija
sa ovim kodom
Standardna translacija
DNK RNK
Mitohondrijski vertebrata 2 AGA AGA STOP = Ter (*) Arg (R)
AGG AGG STOP = Ter (*) Arg (R)
Mitohondrijski Scenedesmus obliquus 22 TCA UCA STOP = Ter (*) Ser (S)
Mitohondrijski Thraustochytrium 23 TTA UUA STOP = Ter (*) Leu (L)
Biohemijska svojstva aminokiselina Nenpolarne Polarne Bazne Kisele Terminacija: stop kodon

Prenamijenjeni stop kodoniUredi

Nuklearni genetički kod je fleksibilan što je prikazano varijantnim genetičkim kodovima koji standardne zaustavne kodone odgovaraju aminokiselinama.[5]

Uvjetni stop kodoni i poređenje sa standardnim genetičkim kodom
Genetički kod Translacijska
tabla
Kodon Uvjetna
translacija
Standardna translacija
DNK RNK
Karioreliktni njedarni 27 TGA UGA Ter (*) or Trp (W) Ter (*)
Jedarni Condylostoma 28 TAA UAA Ter (*) or Gln (Q) Ter (*)
TAG UAG Ter (*) or Gln (Q) Ter (*)
TGA UGA Ter (*) or Trp (W) Ter (*)
Jedarni Blastocrithidia 31 TAA UAA Ter (*) or Glu (E) Ter (*)
TAG UAG Ter (*) or Glu (E) Ter (*)

TranslacijaUredi

U 2007., UGA kodon je identificiran kao kodon koji kodira selenocistein (Sec) i pronađen je u 25 [selenoprotein]-a smještenih na aktivnom mjestu proteina. Prevođenje ovog kodona omogućeno je blizinom SECIS elementa (SElenoCysteine Incorporation Sequence)[6] Na sličan način, kodon UAG može se prevesti u pirolizin (Pyl)

Također pogledajteUredi

ReferenceUredi

  1. ^ Griffiths AJF, Miller JH, Suzuki DT, Lewontin RC, Gelbart WM (2000). "Chapter 10 (Molecular Biology of Gene Function): Genetic code: Stop codons". An Introduction to Genetic Analysis. W.H. Freeman and Company.
  2. ^ Barrell, B. G.; Bankier, A. T.; Drouin, J. (8. 11. 1979). "A different genetic code in human mitochondria". Nature (jezik: engleski). 282 (5735): 189–194. doi:10.1038/282189a0. ISSN 0028-0836.
  3. ^ A. M. Nedelcu, R. W. Lee, G. Lemieux, M. W. Gray, G. Burger (juni 2000). "The complete mitochondrial DNA sequence of Scenedesmus obliquus reflects an intermediate stage in the evolution of the green algal mitochondrial genome". Genome Research. 10 (6): 819–831. doi:10.1101/gr.10.6.819. PMC 310893. PMID 10854413.CS1 održavanje: više imena: authors list (link)
  4. ^ Wideman, Jeremy G.; Monier, Adam; Rodríguez-Martínez, Raquel; Leonard, Guy; Cook, Emily; Poirier, Camille; Maguire, Finlay; Milner, David S.; Irwin, Nicholas A. T.; Moore, Karen; Santoro, Alyson E. (25. 11. 2019). "Unexpected mitochondrial genome diversity revealed by targeted single-cell genomics of heterotrophic flagellated protists". Nature Microbiology (jezik: engleski). 5 (1): 154–165. doi:10.1038/s41564-019-0605-4. ISSN 2058-5276.
  5. ^ Swart, Estienne Carl; Serra, Valentina; Petroni, Giulio; Nowacki, Mariusz (2016). "Genetic Codes with No Dedicated Stop Codon: Context-Dependent Translation Termination". Cell. 166 (3): 691–702. doi:10.1016/j.cell.2016.06.020. PMC 4967479. PMID 27426948.
  6. ^ Papp, Laura Vanda; Lu, Jun; Holmgren, Arne; Khanna, Kum Kum (2007). "From Selenium to Selenoproteins: Synthesis, Identity, and Their Role in Human Health". Antioxidants & Redox Signaling. 9 (7): 775–806. doi:10.1089/ars.2007.1528. PMID 17508906.