CCDC42B

Protein 42B sa domenom upredene zavojnice, znan i kao CCDC42B, je protein koji je kodiran genom CCDC42B.

CCDC42B
Identifikatori
Aliasi	CFAP73
Vanjski ID-jevi	MGI: 3779542 HomoloGene: 53205 GeneCards: CFAP73
Lokacija gena (čovjek) Hrom. Hromosom 12 (čovjek) Bend 12q24.13 Početak 113,149,724 bp Kraj 113,159,276 bp
Lokacija gena (miš) Hrom. Hromosom 5 (miš) Bend 5 F|5 Početak 120,766,400 bp Kraj 120,772,300 bp
Ontologija gena Molekularna funkcija • dynein complex binding Ćelijska komponenta • motile cilium • axonemal outer doublet • citoplazma • citoskelet • Treplja • projekcija ćelije Biološki proces • inner dynein arm assembly • cilium movement Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
Vrste	Čovjek	Miš
Entrez	387885	546886
Ensembl	ENSG00000186710	ENSMUSG00000094282
UniProt	A6NFT4	J3QPZ5
RefSeq (mRNK)	NM_001144872	NM_001195094
RefSeq (bjelančevina)	NP_001138344	NP_001182023
Lokacija (UCSC)	Chr 12: 113.15 – 113.16 Mb	Chr 5: 120.77 – 120.77 Mb
PubMed pretraga
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek Pogledaj/uredi – miš

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 308 aminokiselina, a molekulska težina 35.914 Da.

10		20		30		40		50
MAVPWEEYFR		LALQEKLSTK		LPEQAEDHVP		PVLRLLEKRQ		ELVDADQALQ
AQKEVFRTKT		AALKQRWEQL		EQKERELKGS		FIRFDKFLQD		SEARRNRALR
RAAEERHQAG		RREVEALRLW		TQLQELRREH		ARLQRRLKRL		EPCARLLEQA
LELLPGFQEV		PELVARFDGL		AETQAALRLR		EREQLAELEA		ARARLQQLRD
AWPDEVLAQG		QRRAQLQERL		EAARERTLQW		ESKWIQIQNT		AAEKTLLLGR
SRMAVLNLFQ		LVCQHQGQPP		TLDIEDTEGQ		LEHVKLFMQD		LSAMLAGLGQ
AEPAAPAS

Simboli

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

Lokus

Gen CCDC42B nalazi se na plus lancu hromosoma 12, na poziciji q24.13, između baznih parova 113,587.663 i 113,597.081. Dio CCDC42B preklapa se sa genom DDX54 (113,594.978 – 113,623.284). Veličina gena nje 9.419 baza, a njegova molekulaka težina 35.914 Da. Njegova iRNK sadrži 1514 bp i nalazi se od 113,587.663 do 113,597.081 bp. Protein CCDC42B sadrži 308 aminokiselina u rasponu od 113,587.663 do 113,595,484 bp. Predviđa se da je se regija promotora (GXP_642107) sadrži 859 bp, od 113,586,906 do 113,587,764. Ljudski CCDC42B gen ima tri susjedna gena: DDX54, RASAL 1 i DTX1.

Gen DDX54 je član proteinske porodice DEAD, pretpostavljenih RNK-helikaza. Kodira DEAD boks proteina koji ima konzervirani motiv Asp-Glu-Ala-Asp (DEAD). Porodica proteina iz kutije DEAD povezana je s ćelijskim procesima koji uključuju promjenu sekundarne strukture RNK, poput njene prerade, sastavljanja ribosoma, započinjanja translacije, jedarne i mitohondrijske prerade, spermatogeneze, embriogeneze te rasta i diobe ćelija. Protein RASAL 1 je član porodice GAP1 koji djeluju u suzbijanju funkcije Ras, inaktiviranjem oblika Ras vezanog za BDP, koji omogućava kontrolu ćelijske proliferacije i diferencijacije. DTX1 funkcionira kao proteinska ubikvitin-ligaza olakšavajući ubikvitinaciju i dopuštajući razgradnju MEKK1. Aktivnost ubikvitin ligaze u DTX1 regulira zarezni put, signalni put koji je povezan sa |[[interakcija ćelija-ćelija|ćelijsko-ćelijskom komunikacijom, koja regulira određivanje ćelijske sudbine.

Protein

Prema SAPS, ljudski protein CCDC42B sastoji se od 308 aminokiselina sa osam egzona. Zreli oblik proteina ima molekulsku težinu od 35,9 kdal (35,914 Da). Izoelektrična tačka za mu je 7,01, u kojoj CCDC42B protein ne nosi neto naboj pri tom određenom pH. N-terminal proteinske sekvence sastavljen je od Met (M). Predviđeno je da je kod ljudi veliki prosjek hidropatije – 0,694 za CCDC42B i – 0,398 za udaljene ortologe CG10750 Drosophila melanogaster. Negativan GRAVY potvrđuje da su oba proteina topljiva i hidrofilna. Predviđa se da teorijski indeks nestabilnosti (II) za CCDC42B iznosi 63,73, a za CG10750 45,20, što ukazuje na to da su oba proteina u epruveti nestabilna. Predviđa se da će poluvrijeme eliminacije biti 30 sati za CCDC42B i CG10750 u retikulocitima sisara (in vitro), što odgovara poluživotu za enzime odgovorne za kontrolu brzine metabolizma. Gore navedeni rezultati potvrdili su da i CCDC42B i CG10750 imaju sličnosti u sastavu aminokiselina i karakteristikama proteina. Stoga su mnoge karakteristike CCDC42B konzervirane i kod bliskih i udaljenih vrsta.

Primarni transkript i varijante/izoforme

Ljudskii gen CCDC42B sadrži devet introna i proizvedeno je osam različitih transkripata iRNK: po četiri alternativno prerađene varijante bez pretade. Alternativna prerada rezultira kodiranjem dva vrlo dobra proteina, tri dobra proteina i tri nekodirajuća.

Domeni i motivi

Protein CCDC42B nepoznate funkcije sadrži domen upredene zavojnice nepoznate funkcije (DUF4200) koji pripada eukariotima i nalazi se u rasponu od 34-159 aminokiselina. Kod eukariota domen DUF4200 je konzerviran. Struktura upredene zavojsnice sastoji se od dvija alfa-heliksa, omotana jedan oko drugog u obliku spirale. Ponavljanje heptade (abcdefg) n tvori niz namotaja upredene strukture, gdje su a i d hidrofobni, e i g polarno nabijeni.

Alat	Domeni i motivi	Položaj (AA)
2ZIP	Domen leucinskog zarvarača	123-154
2ZIP	Domen upredene zavojnice	123-150 i 171-201
PFSCAN	Argininom bogati domen	94-139

Posttranslacijske modifikacije

Za analizu posttranskripcijskih modifikacija proteina CCDC42B prvenstveno se koristi ExPASy Proteomics Tool.. Ljudska N-terminalna acetilacija (A2) odgovarala je u pet od šest ortologa. Drosophila nema Ala, Gly, Ser ili Thr na poziciji 1-3, pa je acetilacija N-kraja u ljudskom CCDC42B konzervirana. U ljudskom proteinu CCDC42B konzervirano je i mjesto SUMOilacije, budući da je lizin (K) na poziciji 285 konzerviran u pet od šesat ortologa; uglavnom blisko povezani organizmi pokazali su konzerviranje lizina. Uglavnom događaju se fosforilacije, a za ovaj gen pretpostavlja se da je uključen u signalne puteve. Ljudsko CCDC42B mjesto fosforilacije tirozina na položaju 8 (Y8) potpuno je konzervirano u svih šest tipova ortologa (mjesto je odgovaralo mjestu sulfacije). Ostala mjesta fosforilacije u ljudskom proteinu CCDC42B konzervirana su u ortolozima. Isti aminokiselinski ostaci u ljudskom proteinu CCDC42B podvrgnuti su konkurentnoj fosforilaciji i O-vezanoj glikozilaciji. Međutim, mjesta glikozilacije uglavnom se javljaju u ostacima serina i treonina koji bi bili fosforilirani serin/treonin kinazama. Stoga bi fosforilacija Ser/Thr ostataka spriječila obradu O-GlcNAc. Humani CCDC42B protein je sačuvao GPI-modifikaciju alanina (A) na poziciji 293 koja je konzervirana u četiri od šest ortologa.

Alat	Predviđena modifikacija	Homo sapiens	Mus musculus	Drosophila melanogaster
YinOYang	O-β-GlcNAc	T60, T240, S308	T302, T304, T306	S30, S116, T155, S238, S241
NetPhos	Fosforilacija	S18, S80, T227, T277, Y8	S14, S58, S170, S188, S198, S238, S240, T4, T25, T59, T119, T167, T269	S19, S45, S116, S120, S141, S178, S201, S238, S241, S261, S290, S293, S308, S319, T7, T125, T132, Y239
Sulfinator	Sulfacija	(Nema)	(Nema)	Y61
SulfoSite	Sulfacija	Y8	Y56	Y61,Y294
SumoPlot	Sumoilacija	K289	K178, K287, K202, K53, K38, K39, K153	K9, K251, K232, K39, K328, K99
Terminator	N-terminallizacija||A2||A2||P2||

Sekundarna struktura

protein CCDC42B formira sekundarnu strukturu zasnovanu na alfa-heliksima. Predviđeno je da struktura CCDC42B sadrži nekoliko alfa-spirala i druge nasumične zavojnice. Strukture ukosnice otkrivene su na 5' UTR i 3' UTR području CCDC42B. Također, otkriveno je da se domen leucinskog zatvarača preklapa sa domenom upredene zavojnice. Priložena slika prikazuje usporedbu između ljudskog CCDC42B i pet drugih ortolognih tipova, što potvrđuje da se ljudski CCDC42B prvenstveno sastoji od alfa-heliksa zbog svoje sekundarne strukture.

Struktura 3° and 4°

Prema CBLAST-u, sekvenca proteina CCDC42B je poravnata sa 2I1K_A (Lanac A, Moesin iz Spodoptera Frugiperda otkriva domen upredene zavojnice pri rezoluciji 3,0 angstrema), a dobijena je E-vrijednost od 1,00e-03. Poravnate sekvence iz 164-243 AA za CCDC42B i 302-381 AA za 2I1K_A rezultirale su 22% identičnošću između obje sekvence u 80 aminokiselinskih ostataka. Struktura prikazuje samo poravnatu sekvencu CCDC42B sa 2I1K_A. Predviđena struktura (plava: nisu slični ostaci, crvena: očuvani ostaci, siva: neusklađeni ostaci CCDC42B sa 2I1K_A).

Ekspresija

Pregled Atlasa ljudskih proteina rezultirao je nalazom ekspresije CCDC42B u normalnom ljudskom tkivu. Nivo ekspresije CCDC42B gena u normalnim ljudskim tkivima detektovan je na visokom do umjerenom nivou u 17 od 78 tkiva, analiziranih tehnikom Expressed Sequence Tag (EST). Gen CCDC42B ima suženu ekspresiju u tkivima. Ima jaču ekspresiju u respiratornom epitelu i jajovodu; umjerena ekspresija je u crijevima i jetri, a niska do nikakva ekspresija u drugim normalnim tkivima. Štaviše, ekspresija mikronizova i imunohistohemije (IHC) otkrila je prisustvo niskog nivoa ekspresije iRNK CCDC42B u: pljuvačnim žlezdama, želucu, koži, koštanoj srži i plućima. Domen upredene zavojnice koj sadrži 42B uključen je u kancer; u niskim do umjerenim nivoima, gen CCDC42B eksprimiran je u tumorskim ćelijama.

Faktori vezivanja promotora i transkripcije

Promoturska regija ljudskog CCDC42B sa glavnim transkripcijskim mjestom vezanja

PremaGenomatix-u, promotorska regija sadrži 859 parova baza i nalazi se na pozitivnom lancu hromosoma 12, sekvenca 113,586,906 do 113,587,764 bp, uzvodno od gena CCDC42B. Predviđeno je da promotorska regija sadrži mjesta za transkripcijske vezivne faktore koji reguliraju ekspresiju CCDC42B. Priložena slika ilustrira važne faktore vezanja za transkripciju u regiji promotora za ljudski CCDC42B .

Prema nalazima u2014. godini, gen/protein CCDC42B kod ljudi ima nepoznatu funkciju. Međutim, predviđa se da je CCDC42B uključen u sastavljanje i pokretljivost flagela.

Interaktivni proteini

Prema STRING-u, MINT, i IntAct, ljidski CCDC42B ne ispoljava bilo koju direktnu interakciju sa ostalim proteinima. Putem GeneMania, druge interakcije identificirane su koekspresijom s drugim proteinima, kako se vidi na slici. Utvrđeno je da CCDC42B koeksprimira s drugim domenima s upredenom zavojnicom, koji sadrže proteine (CCDC78 i CCDC153). Budući da je ljudski CCDC42B eksprimiran u niskom nivou u sjemenicima, predviđa se da će stupiti u interakciju sa SPATC1 (povezani protein 1 sa spermatogenezom i centriolama).

Paralozi

Gen CCDC42B ima samo jedan glavni paralog CCDC42 (CCDC42A)

Ime	Vrsta	Uobičajeno ime	Pristupni broj bazi NCBI	Dužina	Identitet proteina
CCDC42B	Homo sapiens	Čovjek	NM_001144872.1	308aa	100%
CCDC42A	Homo sapiens	Čovjek	NM_144681.2	316aa	36%

Ortolozi

Ljudski gen CCDC42B nalazi se u ~ 58 tipova ortologa. veća očuvanost CCDC42B kod mnogih ortologa sisara u odnosu na ortologe bez sisara. Veća konzerviranost gena CCDC42B u nekoliko striktnih ortologa (sisazi): čimpanze, rezus majmun, pas, goveče, miš, pacov i kokoš, a identiteti se kreću između 95%-69%. Niža očuvanost CCDC42B gena u udaljenim homolozima (bez sisata): ptice, gmizavci, vodozemci i ribe i identiteti koji se kreću između 23%-40%. Slika prikazuje usporedbu između striktnih ortologa i udaljenih homologa radi komnzerviranja CCDC42B (ljubičasta boja: usklađeni ostaci aminokiselina; plava: konzervirani ostaci; ružičasta: slični ostaci; bijela: različiti ostaci)

Striktni ortolozi nasuprot udaljenim homolozima za CCDC42B.

Rod/vrsta	Uobičajeno ime	Razred	Milioni godina	Dužina (AA)	Identitet	Pristup (RefSeq)
Macaca mulatta	Rezus-makak	Mammalia	29	308	95%	NP_001181192.1
Orcinus orca	Kit bica (orka)	Mammalia	94,2	309	81%	XM_004281459.1
Bos taurus	Govedo	Mammalia	94,2	314	79%	NM_001144873.1
Sus scrofa	Svinja	Mammalia	94,2	308	79%	XM_005670689.1
Ceratotherium simum simum	Južni bijeli nosorog	Mammalia	942	311	79%	XM_004430130.1
Loxodonta africana	Afrički savanski slon	Mammalia	98,7	303	79%	XM_003419288.1
Trichechus manatus latirostris	Floridska morska krava	Mammalia	98,7	303	78%	XM_004379058.1
Equus caballus	Konj	Mammalia	94,2	306	76%	[1]
Dasypus novemcinctus	Devetoprugi armadilo	Mammalia	104,2	310	74%	XM_004456157.1
Microtus ochrogaster	Prerijska krtica	Mammalia	92,3	308	69%	XM_005371872.1
Ciona intestinalis	Pehatasti tunikat	Ascidiacea	722,5	308	40%	XM_002128423.1
Strongylocentrotus purpuratus	Pururni morski jež	Echinoidea	742,9	312	40%	[2]
Xenopus (Silurana) tropicalis	Zapadna kandžasta žaba	Amphibia	371,2	326	38.7	XM_004910626.1
Crassostrea gigas	Pacifička ostriga	Bivalvia	782,7	312	38,2%	JH816130.1
Lepisosteus oculatus	Tačkasti gar	Ostichthyes	400,1	302	38%	XM_006640471.1
Hydra vulgaris	Slatkovodni polip	Hydrozoa	855,3	305	38%	XM_004206385.1
Chrysemys picta bellii	Zapadna obojena kornjača	Reptilia	296	321	37%	XM_005309857.1
Anolis carolinesis	Zelena anola	Reptilia	296	314	36%	XM_003217075.1
Latimeria chalumnae	Latimerija	Košljoribe	414,9	312	35%	XM_006005425.1
Amphimedon queenslandica	Sunđer	Demospongia	716,5	319	33%	XM_003385188.1
Drosophila melanogaster	Vinska mušica	Insecta	782,7	331	23%	NP_609955.1

Konzervacija

Alat za pretraživanje osnovnih poravnavanja (BLAST) baze podataka ljudskog CCDC42B protein-protein, uključujući sisare za blisko povezane vrste, i isključene sisare za udaljene srodne vrste, rezultira s nekoliko tipova ortologa s razumnom E-vrijednošću, te visokom, srednjom i niskom pokrivenošću ovisno o srodnosti ortologa sa ljudskim CCDC42B . Veća konzerviranost gena CCDC42B rezultirala je s nekoliko striktnih ortologa (sisara) s postotkom raspona identiteta od 95%-53%: rezus-majmun, kit, svinja, govedo i miš. Niža konzerviranost gena u udaljenih homologa (bez sisara) s postotkom raspona identiteta od 23%-40%: Drosophila, gmizavci, vodozemci i ribe.

Filogenija

Prema Biology Workbench, izgrađeno je filogenetsko stablo, koje prikazuje divergentnost CCDC42B među vrstama. Postotak identiteta u odnosu na vrijeme divergencije tipova ortologa u odnosu na ljudsku sekvencu prikazan je dolje. Slika prikazuje evolucijsku povijest gena CCDC42B u različitim vrstama (prikazano u prostoru ortologa). Usko povezane vrste imaju veći postotak identiteta, što daje statističke dokaze za veću konzerviranost aminokiselina. Odnosno, povezane vrste s ljudskim CCDC42B pokazale su manji postotak identiteta, što podržava nekoliko konzerviranja aminokiselinskih ostataka. Slika prikazuje količinu promjena nastalih u evoluciji CCDC42B i brzinu mutacije u genu.

Divergence of CCDC42B across species.

Klinički značaj

Uruženje za bolesti

Ljudski CCDC42B nalazi se na kromosomu 12 (12q24.13), koji je povezan sa skeletnim deformitetima, hipohondrogenezom, ahondrogenezom i Kniestovom displazijom. Prema OMIM-u, pretraživanje hromosoma 12 (12q24.1) pokazuje da je povezan s Noonanovim sindromom 1 koji je uzrokovan heterozigotnom mutacijom u proizvodu gena PTPN11, SH-PTP2, a prvenstveno uzrokuje razvojne nedostatke lica i srčane greške.

Mutacije

Dva jednonukleotidna polimorfizma (Y8, Q280) visoko su konzervirana u mnogim tipovima ortologa. Ti ostaci mogu promijeniti funkciju proteina što dovodi do moguće bolesti ne samo kod ljudi.

SNP	Hromosom (12)	Pozicija	Genska regija	Tip	Izmijrnjrni alel	Izmijenjeni ostatak
Rs61748300	113587667	2	Regija CDS	Misens (Nesinonimna)	GCG→GTG	Ala (A)→Val(V)
Rs373892417	113587685	8	Regija CDS	Misens (Nesinonimna)	TAT→TGT	Tyr (Y)→Cys (C)
Rs61738699	113589799	45	RegijaCDS	Misens (Nesinonimna)	GCA→ACA	Ala (A)→Thr (T)
Rs377463846	113590594	57	Regija CDS	Misens (Nesinonimna)	CGC→ TGC	Arg(R) → Cys (C)
Rs34765757	113591023	94	RegijaCDS region	Okvirna mutacija	CGG→ G	Arg (R) → Gly (G)
Rs34276842	113591036	98	Regija CDS	Okvirna mutacija	GCG→ CG Ala	(A)→ Arg (R)
Rs370323183	113591110	122	Regija CDS	Misens (Nesinonimna)	CAG→CGG	Gln (Q) → Arg (R)
Rs34078446	113591152	138	Regija CDS	Okvirna mutacija	AAG→A	Lys (K)→ Ser (S)
Rs200344876	113592306	187	Regija CDS	Okvirna mutacija	→GGA	Glu (E) → Gly (G)
Rs377537662	113593122	250	Regija CDS	Misens (Nesinonimna)	CGC→TGC	Arg (R)→Cys (C)
RS144548708	113593212	280	Regija CDS	Misens (Nesinonimna)	CAG→GAG	Gln (Q)→Glu (E)

Konceptna translacija

Glavni predviđeni domen, mjesta nakon transkripcijske modifikacije i strukturni oblik prikazani su u konceptnoj translaciji.

Konceptna translacija CCDC42B.