NDFIP2
Protein 2 porodice NEDD4 je protein koji je kod ljudi kodiran genom NDFIP2 sa hromosoma 13. Citogenetička lokacija gena je 13q31.1, a genomske koordinate (GRCh38): 13:79,481.154 – 79,556.076 (prema NCBI).
Utvrđeno je da gen NDFIP2 sadrži sedam egzona i raspon od 69,8 kb. Promotorska regija ima više mjesta vezivanja za transkripcijske faktore, uključujući NFAT1 (NFATC2) i ELK1.[5][6][7]
Aminokiselinska sekvenca uredi
Dužina polipeptidnog lanca je 336 aminokiselina, a molekulska težina 36.390 Da.[8]
10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
MARRRSQRVC | ASGPSMLNSA | RGAPELLRGT | ATNAEVSAAA | AGATGSEELP | ||||
PGDRGCRNGG | GRGPAATTSS | TGVAVGAEHG | EDSLSRKPDP | EPGRMDHHQP | ||||
GTGRYQVLLN | EEDNSESSAI | EQPPTSNPAP | QIVQAASSAP | ALETDSSPPP | ||||
YSSITVEVPT | TSDTEVYGEF | YPVPPPYSVA | TSLPTYDEAE | KAKAAAMAAA | ||||
AAETSQRIQE | EECPPRDDFS | DADQLRVGND | GIFMLAFFMA | FIFNWLGFCL | ||||
SFCITNTIAG | RYGAICGFGL | SLIKWILIVR | FSDYFTGYFN | GQYWLWWIFL | ||||
VLGLLLFFRG | FVNYLKVRNM | SESMAAAHRT | RYFFLL |
- Simboli
Kloniranje i ekspresija uredi
Sekvenciranjem klonova dobijenih iz biblioteke cDNK frakcionirane veličine mozga, Hirosawa et al. (1999) klonirali NDFIP2, koji su označili kao KIAA1165. 3' UTR cDNK sadrži kratki isprekidani jedarni element. RT-PCR ELISA test otkrio je umjerenu ekspresiju u mozgu, jetri, bubrezima i kimenoj moždini odraslih, te u fetusnom mozgu i jetri. Ekspresija je bila niska u srcu odraslih, skeletnim mišićima, gušterači i jajnicima, s malo ili bez ekspresije u plućima, slezeni i sjemenicima. Visoka ekspresija otkrivena je u kaudalnom jezgru i hipokampusu, s umjerenim nivoima u svim drugim specifičnim regijama mozga. Hirosawa, M., Nagase, T., Ishikawa, K., Kikuno, R., Nomura, N., Ohara, O. Characterization of cDNA clones selected by the GeneMark analysis from size-fractionated cDNA libraries from human brain. DNA Res. 6: 329-336, 1999. PubMed: 10574461</ref>
Analizom mikročipova, Cristillo et al. (2003) identifikovali su NDFIP2, koji su nazvali N4WBP5A, kao gen koji je reguliran nakon aktivacije T-ćelija i snižen imunosupresivnim agensima. Klonirali su N4WBP5A analizom baze podataka i RT-PCR-om ukupne RNK leukocita ljudske periferne krvi. Izvedeni protein od 242 aminokiseline ima izračunatu molekulsku masu od 27,1 kD. Ima tri navodna transmembranska segmenta u C-terminalnoj polovini, dva pretpostavljena motiva vezana za WW bogata prolinom (PPxY), nekoliko mjesta vezivanja SH2 i SH3 i nekoliko mjesta fosforilacije serina i treonina. Northern blot analiza otkrila je transkript od 4,4 kb u mozgu i plućima te transkripte od 4,4 i 2,4 kb u srcu, skeletnim mišićima, bubrezima, jetri i posteljici. Ekspresija nije otkrivena u leukocitima periferne krvi u mirovanju. Fluorescento označeni i endogeni N4WBP5A kolokaliziran je s Golgijevim markerom i djelimično kolokaliziran s mitohondrijama i markerima endoplazmatskog retikuluma. Western blot analiza otkrila je N4WBP5A, pri prividnoj molekulskoj masi od 29 kD.
Konstas et al. (2002) klonirani mišji N4wbp5a. Mišji i ljudski proteini dijele više od 90% identiteta. Northern blot analiza otkrila je najveću ekspresiju N4wbp5a u mozgu, jetri, bubrezima i testisima miša. Imunohistokemijska analiza bubrega štakora otkrila je N4wbp5a u distalnim izuvijanim tubulama i ćelijama [[sabirni kanaal|sabirnćih kanala, gdje se lokalizirao u citosolu, uglavnom na bazolateralnoj strani. Bojenje je također otkriveno u perijedarnim regijama i unutar struktura nalik vezikulama. Vanjski i unutrašnji medulski sabirni kanali također su pokazali snažno unutarćelijsko obojenje.[9]
Funkcija gena uredi
Koristeći eksperimente koimunoprecipitacije, Cristillo et al. (2003) pokazali su da N4WBP5A stupa u interakciju s WW domenima NEDD4, ubikvitin-ligaze E3. Budući da je N4WBP5A bio pojačano reguliran u aktiviranim T-limfocitima, sugerirali su da N4WBP5A može imati regulatornu ulogu u moduliranju aktivnosti NEDD4 u T-ćelijama Golgijevog aparata.[10]
Konstas et al (2002) otkrili su da ekspresija sisarskog N4wbp5a u oocitima u rodu Xenopus povećava površinsku ekspresiju amilorid-osjetljivog epitelnog natrijevog kanala (ENaC), smanjenjem brzine pronalaženja ENaC-a. N4wbp5a je spriječio natrijsku povratnu inhibiciju ENaC-a, vjerovatno ometajući regulaciju ENaC-a, posredovanu Nedd4-2 (NEDD4L). Predložili su da N4WBP5A regulira dostupnost i promet NEDD4/NEDD4-2, a Shearwin-Whyatt et al. (2004) pokazali su da su oba PPxY motiva N4wbp5a sisara vezana za WW domen Nedd4 i nekoliko proteina porodice Nedd4. Sveprisutnost N4wbp5a pojačana je Nedd4-om i Nedd4-2, ali ubikvitinacija nije značajno utjecala na promet proteina N4wbp5a. Ektopijskna ekspresija N4wbp5a u HeLa želijama inhibirala je receptor-posredovanu endocitozu obilježenog epidermalnog faktora rasta (EGF), a prekomjerna ekspresija N4wbp5a inhibirala je nakupljanje EGF-a u velikim endocitnim/lizosomnim vezikulama. Shearwin-Whyatt et akl. (2004) predložili su da N4WBP5A djeluje kao adapter za regrutiranje ubikvitin-proteinskih ligaza iz porodice NEDD4 u mehanizmima za promet proteina.[11]
Interakcije uredi
Pokazano je da NDFIP2 komuniciraju sa NEDD4.[12]
Reference uredi
- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000102471 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000053253 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ Hirosawa M, Nagase T, Ishikawa K, Kikuno R, Nomura N, Ohara O (Jan 2000). "Characterization of cDNA clones selected by the GeneMark analysis from size-fractionated cDNA libraries from human brain". DNA Res. 6 (5): 329–36. doi:10.1093/dnares/6.5.329. PMID 10574461.
- ^ Konstas AA, Shearwin-Whyatt LM, Fotia AB, Degger B, Riccardi D, Cook DI, Korbmacher C, Kumar S (Aug 2002). "Regulation of the epithelial sodium channel by N4WBP5A, a novel Nedd4/Nedd4-2-interacting protein". J Biol Chem. 277 (33): 29406–16. doi:10.1074/jbc.M203018200. PMID 12050153.
- ^ "Entrez Gene: NDFIP2 Nedd4 family interacting protein 2".
- ^ "UniProt, Q9NV92". Pristupljeno 3. 8. 2021.
- ^ Konstas, A.-A., Shearwin-Whyatt, L. M., Fotia, A. B., Degger, B., Riccardi, D., Cook, D. I., Korbmacher, C., Kumar, S. Regulation of the epithelial sodium channel by N4WBP5A, a novel Nedd4/Nedd4-2-interacting protein. J. Biol. Chem. 277: 29406-29416, 2002. PubMed: 12050153
- ^ Cristillo, A. D., Nie, L., Macri, M. J., Bierer, B. E. Cloning and characterization of N4WBP5A, an inducible, cyclosporine-sensitive, Nedd4-binding protein in human T lymphocytes. J. Biol. Chem. 278: 34587-34597, 2003. PubMed: 12796489
- ^ Shearwin-Whyatt, L. M., Brown, D. L., Wylie, F. G., Stow, J. L., Kumar, S. N4WBP5A (Ndfip2), a Nedd4-interacting protein, localizes to multivesicular bodies and the Golgi, and has a potential role in protein trafficking. J. Cell Sci. 117: 3679-3689, 2004. PubMed: 15252135
- ^ Cristillo, Anthony D; Nie Linghu; Macri Mirtha J; Bierer Barbara E (Sep 2003). "Cloning and characterization of N4WBP5A, an inducible, cyclosporine-sensitive, Nedd4-binding protein in human T lymphocytes". J. Biol. Chem. 278 (36): 34587–97. doi:10.1074/jbc.M304723200. ISSN 0021-9258. PMID 12796489.
Dopunska literatura uredi
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002PNAS...9916899M. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Matsuda A, Suzuki Y, Honda G, et al. (2003). "Large-scale identification and characterization of human genes that activate NF-kappaB and MAPK signaling pathways". Oncogene. 22 (21): 3307–18. doi:10.1038/sj.onc.1206406. PMID 12761501.
- Cristillo AD, Nie L, Macri MJ, Bierer BE (2003). "Cloning and characterization of N4WBP5A, an inducible, cyclosporine-sensitive, Nedd4-binding protein in human T lymphocytes". J. Biol. Chem. 278 (36): 34587–97. doi:10.1074/jbc.M304723200. PMID 12796489.
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
- Dunham A, Matthews LH, Burton J, et al. (2004). "The DNA sequence and analysis of human chromosome 13". Nature. 428 (6982): 522–8. Bibcode:2004Natur.428..522D. doi:10.1038/nature02379. PMC 2665288. PMID 15057823.
- Shearwin-Whyatt LM, Brown DL, Wylie FG, et al. (2005). "N4WBP5A (Ndfip2), a Nedd4-interacting protein, localizes to multivesicular bodies and the Golgi, and has a potential role in protein trafficking". J. Cell Sci. 117 (Pt 16): 3679–89. doi:10.1242/jcs.01212. PMID 15252135.
- Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.