Wikipedia

SLX4

(Preusmjereno sa FANCP)

SLX4 (znan i kao BTBD12 i FANCP) jest protein koji je kod ljudi kodiran genom sa hromosoma 20. Uključen je u popravak DNK, gdje ima važnu ulogu u završnim koracima homologne rekombinacije.[5] Mutacije u genu su povezane sa bolešću zvanom Fanconijeva anemija.[6][7]

SLX4
Dostupne strukture
PDBPretraga ortologa: PDBe RCSB
Spisak PDB ID kodova

4M7C, 4UYI, 4ZOU

Identifikatori
AliasiSLX4
Vanjski ID-jeviOMIM: 613278 MGI: 106299 HomoloGene: 23770 GeneCards: SLX4
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 16 (čovjek)
Hrom.Hromosom 16 (čovjek)[1]
Hromosom 16 (čovjek)
Genomska lokacija za SLX4
Genomska lokacija za SLX4
Bend16p13.3Početak3,581,181 bp[1]
Kraj3,611,606 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 16 (miš)
Hrom.Hromosom 16 (miš)[2]
Hromosom 16 (miš)
Genomska lokacija za SLX4
Genomska lokacija za SLX4
Bend16 A1|16 2.34 cMPočetak3,979,105 bp[2]
Kraj4,003,770 bp[2]
Ontologija gena
Molekularna funkcija• GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine
• GO:0010577 enzyme activator activity
• endodeoxyribonuclease activity
• crossover junction endodeoxyribonuclease activity
• 5'-flap endonuclease activity
• 3'-flap endonuclease activity
Ćelijska komponenta• ERCC4-ERCC1 complex
• nukleoplazma
• međućelijske veze
• Holliday junction resolvase complex
• jedro
• Telomera
• citosol
• Slx1-Slx4 complex
Biološki proces• Popravak ekscizijom nukleotida
• DNA recombination
• positive regulation of t-circle formation
• cellular response to DNA damage stimulus
• DNA double-strand break processing involved in repair via single-strand annealing
• Replikacija DNK
• response to intra-S DNA damage checkpoint signaling
• GO:0048554 positive regulation of catalytic activity
• GO:0100026 Popravka DNK
• interstrand cross-link repair
• resolution of meiotic recombination intermediates
• double-strand break repair via homologous recombination
• meiotic DNA double-strand break processing
• telomeric D-loop disassembly
• t-circle formation
• negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez

84464

52864

Ensembl

ENSG00000188827

ENSMUSG00000039738

UniProt

Q8IY92

Q6P1D7

RefSeq (mRNK)

NM_032444

NM_177472

RefSeq (bjelančevina)

NP_115820

NP_803423
NP_001389852
NP_001389853
NP_001389854
NP_001389855

NP_001389856
NP_001389857
NP_001389859
NP_001389860

Lokacija (UCSC)Chr 16: 3.58 – 3.61 MbChr 16: 3.98 – 4 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Verzija SLX4 prisutna kod ljudi i drugih sisara djeluje kao neka skela na kojoj drugi proteini formiraju nekoliko različitih multiproteinskih kompleksa. SLX1-SLX4 kompleks djeluje kao resolvazna Hollidayeva spojnica. Kao takav, kompleks cijepa veze između dva homologna hromosoma koje nastaju tokom homologne rekombinacije. Ovo omogućava da se dva povezana hromosoma razdvoje u dvije nepovezane dvolančane molekule DNK.[8] SLX4 interaktivni protein stupa u interakciju sa SLX4 u procesu popravka DNK, posebno u popravci međulančanih unakrsnih veza.[9] SLX4 se takođe povezuje sa RAD1, RAD10 i SAW1 u jednostruki put homologne rekombinacije.[10] Funkcija popravka DNK SLX4 uključena je u osjetljivost na zračenje protonskog snopa.[11]

Aminokiselinska sekvenca

uredi

Dužina polipeptidnog lanca je 1.834 aminokiseline, a molekulska težina 200.012 Da.

1020304050
MKLSVNEAQLGFYLGSLSHLSACPGIDPRSSEDQPESLKTGQMMDESDED
FKELCASFFQRVKKHGIKEVSGERKTQKAASNGTQIRSKLKRTKQTATKT
KTLQGPAEKKPPSGSQAPRTKKQRVTKWQASEPAHSVNGEGGVLASAPDP
PVLRETAQNTQTGNQQEPSPNLSREKTRENVPNSDSQPPPSCLTTAVPSP
SKPRTAQLVLQRMQQFKRADPERLRHASEECSLEAAREENVPKDPQEEMM
AGNVYGLGPPAPESDAAVALTLQQEFARVGASAHDDSLEEKGLFFCQICQ
KNLSAMNVTRREQHVNRCLDEAEKTLRPSVPQIPECPICGKPFLTLKSRT
SHLKQCAVKMEVGPQLLLQAVRLQTAQPEGSSSPPMFSFSDHSRGLKRRG
PTSKKEPRKRRKVDEAPSEDLLVAMALSRSEMEPGAAVPALRLESAFSER
IRPEAENKSRKKKPPVSPPLLLVQDSETTGRQIEDRVALLLSEEVELSST
PPLPASRILKEGWERAGQCPPPPERKQSFLWEGSALTGAWAMEDFYTARL
VPPLVPQRPAQGLMQEPVPPLVPPEHSELSERRSPALHGTPTAGCGSRGP
SPSASQREHQALQDLVDLAREGLSASPWPGSGGLAGSEGTAGLDVVPGGL
PLTGFVVPSQDKHPDRGGRTLLSLGLLVADFGAMVNNPHLSDVQFQTDSG
EVLYAHKFVLYARCPLLIQYVNNEGFSAVEDGVLTQRVLLGDVSTEAART
FLHYLYTADTGLPPGLSSELSSLAHRFGVSELVHLCEQVPIATDSEGKPW
EEKEAENCESRAENFQELLRSMWADEEEEAETLLKSKDHEEDQENVNEAE
MEEIYEFAATQRKLLQEERAAGAGEDADWLEGGSPVSGQLLAGVQVQKQW
DKVEEMEPLEPGRDEAATTWEKMGQCALPPPQGQHSGARGAEAPEQEAPE
EALGHSSCSSPSRDCQAERKEGSLPHSDDAGDYEQLFSSTQGEISEPSQI
TSEPEEQSGAVRERGLEVSHRLAPWQASPPHPCRFLLGPPQGGSPRGSHH
TSGSSLSTPRSRGGTSQVGSPTLLSPAVPSKQKRDRSILTLSKEPGHQKG
KERRSVLECRNKGVLMFPEKSPSIDLTQSNPDHSSSRSQKSSSKLNEEDE
VILLLDSDEELELEQTKMKSISSDPLEEKKALEISPRSCELFSIIDVDAD
QEPSQSPPRSEAVLQQEDEGALPENRGSLGRRGAPWLFCDRESSPSEAST
TDTSWLVPATPLASRSRDCSSQTQISSLRSGLAVQAVTQHTPRASVGNRE
GNEVAQKFSVIRPQTPPPQTPSSCLTPVSPGTSDGRRQGHRSPSRPHPGG
HPHSSPLAPHPISGDRAHFSRRFLKHSPPGPSFLNQTPAGEVVEVGDSDD
EQEVASHQANRSPPLDSDPPIPIDDCCWHMEPLSPIPIDHWNLERTGPLS
TSSPSRRMNEAADSRDCRSPGLLDTTPIRGSCTTQRKLQEKSSGAGSLGN
SRPSFLNSALWDVWDGEEQRPPETPPPAQMPSAGGAQKPEGLETPKGANR
KKNLPPKVPITPMPQYSIMETPVLKKELDRFGVRPLPKRQMVLKLKEIFQ
YTHQTLDSDSEDESQSSQPLLQAPHCQTLASQTYKPSRAGVHAQQEATTG
PGAHRPKGPAKTKGPRHQRKHHESITPPSRSPTKEAPPGLNDDAQIPASQ
ESVATSVDGSDSSLSSQSSSSCEFGAAFESAGEEEGEGEVSASQAAVQAA
DTDEALRCYIRSKPALYQKVLLYQPFELRELQAELRQNGLRVSSRRLLDF
LDTHCITFTTAATRREKLQGRRRQPRGKKKVERN

Modelni organizmi

uredi

Modelni organizmi su bili istaknuti u proučavanju funkcije SLX4. Identifikovan je 2001. tokom skrininga na smrtonosne mutacije u ćelijama Saccharomyces cerevisiae kojima nedostaje funkcionalna kopija proteina Sgs1. Na osnovu toga, SLX4 je grupiran sa nekoliko drugih proteina proizvedenih od SLX (sintetski letalni gen nepoznate funkcije).[12]

Fenotip Slx4 nokaut-miševa
Svojstvo Fenotip
Vijabilnost homozigota Nenormalan
Plodnost Nenormalan
Body weight NeNormalan[13]
Anksioznost otvorenog polja Normalan
Neurološka procjena Normalan
Snaka stiska Normalan
Test vruće ploče Normalan
Dismorfologija Nenormalan[14]
Indirektna kalorimetrija Normalan
Test tolerancije glukoze Normalan
Auditivni odgovor moždanog stabla Normalan
DEXA Nenormalan[15]
Radiografija Nenormalan[16]
Tjelesna temperatura Normalan
Morfologija oka Nenormalan[17]
Klinička hemija Normalan
Hematologija Nenormalan[18]
Limfociti periferne krvi Normalan
Mikronukleus test Nenormalan
Težina srca Nenormalan[19]
Histopatologija kože Normalan
Histopatologija mozga Normalan
Salmonella infekcija Normalan[20]
Citrobacter infekcija Normalan[21]
Svi testovi i analize urađenu su prtema izvoru:[22][23]

Uslovna linija nokaut-miševa, zvana Slx4tm1a(EUCOMM)Wtsi[24] je generiran kao dio programa Međunarosnog konzorcija za nokaut-miševe, projekta mutageneze visoke propusnosti za generiranje i distribuciju životinjskih modela bolesti zainteresiranim naučnicima.[25][26][27]

Mužjaci i ženke su podvrgnute standardiziranom fenotipskom pregledu kako bi se utvrdili efekti delecija.[7][22] Dvadeset četiri testa obavljena su na mutantnim miševima i uočeno je deset značajnih abnormalnosti.[22] Studija održivosti pri odbijanju je pokazala da je prisutno manje homozigotnih mutantnih životinja nego što je predviđeno Mendelovim omjerom. Homozigotne mutantne životinje oba spola bile su subfertilne, a homozigotne ženke su imale smanjenu tjelesnu težinu i dužinu, težinu srca, broj trombocita i masnu masu.[28] Homozigoti oba spola su imali abnormalne veličine očiju, uske otvore za oči, defekte skeleta (uključujući skoliozu i fuziju pršljenova) i pokazali su povećanje nestabilnosti DNK što je pokazao mikronukleus test.[22] Ova i daljnja analiza otkrila je fenotip miša za modeliranje ljudske genetičke bolesti, Fanconijeva anemija.[7][28] Povezanost je potvrđena kada je otkriveno da pacijenti sa bolešću imaju mutacije u svom genu SLX4.[6]

Reference

uredi
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000188827 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000039738 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Klein, HL; Symington, LS (10. 7. 2009). "Breaking up just got easier to do". Cell. 138 (1): 20–22. doi:10.1016/j.cell.2009.06.039. PMID 19596231. S2CID 15429205.
  6. ^ a b Kim Y; Lach FP; Desetty R; Hanenberg H; Auerbach AD; Smogorzewska A (februar 2011). "Mutations of the SLX4 gene in Fanconi anemia". Nat. Genet. 43 (2): 142–6. doi:10.1038/ng.750. PMC 3345287. PMID 21240275.
  7. ^ a b c van der Weyden L; White JK; Adams DJ; Logan DW (2011). "The mouse genetics toolkit: revealing function and mechanism". Genome Biol. 12 (6): 224. doi:10.1186/gb-2011-12-6-224. PMC 3218837. PMID 21722353.
  8. ^ Svendsen, JM; et al. (10. 7. 2009). "Mammalian BTBD12/SLX4 assembles a Holliday junction resolvase and is required for DNA repair". Cell. 138 (1): 63–77. doi:10.1016/j.cell.2009.06.030. PMC 2720686. PMID 19596235.
  9. ^ Zhang, Huimin; Chen, Zhen; Ye, Yin; Ye, Zu; Cao, Dan; Xiong, Yun; Srivastava, Mrinal; Feng, Xu; Tang, Mengfan; Wang, Chao; Tainer, John A. (4. 11. 2019). "SLX4IP acts with SLX4 and XPF-ERCC1 to promote interstrand crosslink repair". Nucleic Acids Research. 47 (19): 10181–10201. doi:10.1093/nar/gkz769. ISSN 1362-4962. PMC 6821277. PMID 31495888.
  10. ^ Mimitou, EP; Symington, LS (2. 9. 2009). "DNA end resection: Many nucleases make light work". DNA Repair. 8 (9): 983–995. doi:10.1016/j.dnarep.2009.04.017. PMC 2760233. PMID 19473888.
  11. ^ Liu, Q; Underwood, TA (1. 5. 2016). "Disruption of SLX4-MUS81 Function Increases the Relative Biological Effectiveness of Proton Radiation". Int J Radiation Oncol Biol Phys. 95 (1): 78–85. doi:10.1016/j.ijrobp.2016.01.046. PMC 4889010. PMID 27084631.
  12. ^ Mullen, JR; et al. (januar 2001). "Requirement for three novel protein complexes in the absence of the Sgs1 DNA helicase in Saccharomyces cerevisiae". Genetics. 157 (1): 103–118. doi:10.1093/genetics/157.1.103. PMC 1461486. PMID 11139495.
  13. ^ "Body weight data for Slx4". Wellcome Trust Sanger Institute.
  14. ^ "Dysmorphology data for Slx4". Wellcome Trust Sanger Institute.
  15. ^ "DEXA data for Slx4". Wellcome Trust Sanger Institute.
  16. ^ "Radiography data for Slx4". Wellcome Trust Sanger Institute.
  17. ^ "Eye morphology data for Slx4". Wellcome Trust Sanger Institute.
  18. ^ "Haematology data for Slx4". Wellcome Trust Sanger Institute.
  19. ^ "Heart weight data for Slx4". Wellcome Trust Sanger Institute.
  20. ^ "Salmonella infection data for Slx4". Wellcome Trust Sanger Institute.
  21. ^ "Citrobacter infection data for Slx4". Wellcome Trust Sanger Institute.
  22. ^ a b c d Gerdin AK (2010). "The Sanger Mouse Genetics Programme: High throughput characterisation of knockout mice". Acta Ophthalmologica. 88 (S248). doi:10.1111/j.1755-3768.2010.4142.x. S2CID 85911512.
  23. ^ Mouse Resources Portal, Wellcome Trust Sanger Institute.
  24. ^ "International Knockout Mouse Consortium".
  25. ^ Skarnes, W. C.; Rosen, B.; West, A. P.; Koutsourakis, M.; Bushell, W.; Iyer, V.; Mujica, A. O.; Thomas, M.; Harrow, J.; Cox, T.; Jackson, D.; Severin, J.; Biggs, P.; Fu, J.; Nefedov, M.; De Jong, P. J.; Stewart, A. F.; Bradley, A. (2011). "A conditional knockout resource for the genome-wide study of mouse gene function". Nature. 474 (7351): 337–342. doi:10.1038/nature10163. PMC 3572410. PMID 21677750.
  26. ^ Dolgin E (juni 2011). "Mouse library set to be knockout". Nature. 474 (7351): 262–3. doi:10.1038/474262a. PMID 21677718.
  27. ^ Collins FS; Rossant J; Wurst W (januar 2007). "A mouse for all reasons". Cell. 128 (1): 9–13. doi:10.1016/j.cell.2006.12.018. PMID 17218247. S2CID 18872015.
  28. ^ a b Crossan GP, van der Weyden L, Rosado IV, et al. (februar 2011). "Disruption of mouse Slx4, a regulator of structure-specific nucleases, phenocopies Fanconi anemia". Nat. Genet. 43 (2): 147–52. doi:10.1038/ng.752. PMC 3624090. PMID 21240276.

Vanjski linkovi

uredi
Preuzeto iz "https://bs.wikipedia.org/w/index.php?title=SLX4&oldid=3482152"