VXN
Veksin je protein koji je kod ljudi kodiran genom VXN.[5] Visoko je eksprimiran u regijama mozga i kičmene moždine.
| VXN | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | VXN | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | MGI: 1924232 HomoloGene: 17666 GeneCards: VXN | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 8: 66.49 – 66.52 Mb | Chr 1: 9.67 – 9.7 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Aminokiselinska sekvenca
urediDužina polipeptidnog lanca je 207 aminokiselina, а molekulska težina 22.584 Da.[6].
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MMHQIYSCSD | ENIEVFTTVI | PSKVSSPARR | RAKSSQHLLT | KNVVIESDLY | ||||
| THQPLELLPH | RGDRRDPGDR | RRFGRLQTAR | PPTAHPAKAS | ARPVGISEPK | ||||
| TSNLCGNRAY | GKSLIPPVPR | ISVKTSASAS | LEATAMGTEK | GAVLMRGSRH | ||||
| LKKMTEEYPA | LPQGAEASLP | LTGSASCGVP | GILRKMWTRH | KKKSEYVGAT | ||||
| NSAFEAD |
Gen
urediLokacija
urediVXN se nalazi duž plus lanca hromosoma 8.[7] The entire gene is 58,522 bp long.[7] VXN je okružen genima za alkoholnu dehidrogenazu sa gvožđem 1 i myb protoonkogenoliki protenin 1.[5]
VXN nema nijednu alternativno prerađenu varijantu iRNK. Zrela iRNK je duga približno 3.741 parova baza i sadrži šest egzona.[7]
Protein
urediOpća svojstva
uredi
Veksin ima 207 aminokiselina, što odgovara molekulskoj težini od 22,6 kdal.[7] Izoelektrična tačka proteina je 10,42, što ukazuje da mu je pH bazni.[8] Veksin sadrži domen nepoznate funkcije (DUF4648) i dio je porodice domena SH3, za koju se zna da se veže za ligande bogate prolinom.[5] Sekundarna i tercijarna struktura ovog proteina nije dobro poznata.
Kompozicija
urediSmatra se da je veksin bogat argininom, a siromašan fenilalaninom, u poređenju sa sastavom prosječnog ljudskog proteina.[8] Veksin sadrži nekoliko regija pozitivno nabijenih puteva i ima visoku koncentraciju esencijalnih aminokiselina.[8]
Post-translacijske modifikacije
urediPredviđa se da veksin ima nekoliko tipova posttranslacijskih modifikacija. S visokim stupnjem sigurnosti, predviđa je veksin podvrgnut glikacijama lizina, O-glikozilaciji serina, treonina i tirozina, fosforilacijama, sumolizaciji i acetilaciji početnog metionina.[9]
| Tip modifikacija | Položaj aminokiselina | Djelovanje na protein[10] |
|---|---|---|
| Glikacija epsilon lizinskih amino-grupa | Lys33, Lys41, Lys124, Lys152. Lys153, Lys193 | Umanjuje enzimsku funkciju proteina |
| Inicijalna acetilacija metionina | Met1 | Posreduje stabilnost, sortiranje i lokalizaciju proteina. |
| Mjesta O-glikozilacija | Ser25, Ser90, Ser97, Ser102, Ser113, Ser122, Ser126, Ser128 Ser130, Ser148, Ser194, Thr78, Thr101, Thr125, Thr134, Thr155 | Regulira transkripciju i faktore translacije |
| Mjesta fosforilacija | Ser22, Ser25, Ser26, Ser34, Ser35, Ser97, Ser122, Ser126, Ser130, Ser194, Thr78, Thr83, Thr138, Tyr50, Tyr158, Tyr196 | Regulira funkciju proteina, ćelijsku signalizaciju i enzimske funkcije proteina |
| Mjesta sumoilacija | Lys141, Lys195 | Ima ulogu u jedarno-citosolnom transportu, djeluje kao mjesto vezanja |
Subćelijska lokacija
uredi
Predviđa se da je veksin jedarni protein, s obzirom na klasični signal jedarne lokalizacije, koji se nalazi na aminokiselinama Lys191 do Lys193.[9] Veksin ne sadrži transmembranske domene ili signalne peptide, što upućuje da je riječ o unutarćelijskom proteinu.[9]
Ekspresija
uredi
VX je pokazao sveprisutnu ekspresiju u tijelu. Gen se eksprimira u 13 različitih tipova tkiva u cijelom tijelu, pri čemu mozak, kičmena moždina i živci pokazuju povišenu ekspresiju gena.[12] Konkretno, područja izokorteksa i hipokampusne formacije mozga pokazuju visok nivo ekspresije. Osim u zdravom tkivu, veksin se nalazi i u nekoliko bolesnih stanja. Ova stanja uključuju hondrosarkom, gliom, tumore bubrega, tumore jetre i zametnih ćelija.[12] VXN se ekspimira samo kod dojenčadi i odraslih.[12]
Regulacija ekpresije
urediPromotor
uredipromotorska regija "'VXN"', GXP_80707, je duga približno 1.044 bp.[13] Promotorska sekvenca počinje pri bp 66,492.708 i završava pri 66,493.751 bp.[13] Postoji nekoliko važnih transkripcijskih faktora za koje se predviđa da se vežu za promotorsku sekvencu VXN. Najčešći transkripcijski faktori uključuju: protein 1 koji sadrži HMG-kutiju, represivni glukokortikoidni receptor, vezujući protein koji reaguje na cAMP i faktor domena homeo Pbx-1.
Homologija
urediParalozi
urediNisu identifikovani ljudski paralozi za VXN.[5]
Veksin se nalazi u svim klasama kičmenjaka, uključujući sisare, ptice, ribe, vodozemce i gmizavce.[5] Najdalji ortolog VXN je u australijske duh-ajkule, koji je divergirao od ljudske verzije gena prije otprilike 482,9 miliona godina.[14] Ovaj gen nije nađen ni kod jedne biljke, gljive ili jrdnoćelijskih organizama.[5]
Homologni domeni
urediN i C-kraj su visoko konzervirana područja na udaljenim i bliskim ortolozima. Svi ortolozi veksina pokazuju porodice konzerviranih proteinskih domena SH3, kao i domena nepoznate funkcije (DUF4648).
Klinički značaj
urediVXN je povezan s rakom dojke kod ljudi. Gen je istražen u vezi s pojačivačem estrogenih receptora 1 (ESR1), čija ekspresija određuje da li pacijentica s rakom dojke prima endokrinu terapiju.[15] Predviđa se da VXN ima regije za pojačavanje ESR1, koje postaju hipermetilirane i podstiču stečenu endokrinu rezistenciju kod raka dojke.[15]
Reference
uredi- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000169085 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000067879 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ a b c d e f "VXN vexin [ Homo sapiens (human) ]". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 6. 1. 2021.
- ^ "UniProt, Q8TAG6" (jezik: eng). Pristupljeno 22. 9. 2021.CS1 održavanje: nepoznati jezik (link)
- ^ a b c d "www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=C8orf46". www.genecards.org. Pristupljeno 25. 4. 2016.
- ^ a b c "SDSC Biology Workbench". Arhivirano s originala, 11. 8. 2003. Pristupljeno 22. 9. 2021.
- ^ a b c "ExPASy: SIB Bioinformatics Resource Portal - Home". www.expasy.org. Pristupljeno 25. 4. 2016.
- ^ "Overview of Post-Translational Modification". www.thermofisher.com. Pristupljeno 9. 5. 2016.
- ^ "ISH Data :: Allen Brain Atlas: Developing Mouse Brain" Provjerite vrijednost parametra
|url=(pomoć). developingmouse.brain-map.org. Pristupljeno 9. 5. 2016. - ^ a b c "EST Profile - Hs.268869". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 9. 5. 2016.
- ^ a b "ElDorado Introduction". www.genomatix.de. Arhivirano s originala, 2. 6. 2016. Pristupljeno 9. 5. 2016.
- ^ "TimeTree :: The Timescale of Life". www.timetree.org. Pristupljeno 9. 5. 2016.
- ^ a b Stone A, Zotenko E, Locke WJ, Korbie D, Millar EK, Pidsley R, et al. (juli 2015). "DNA methylation of oestrogen-regulated enhancers defines endocrine sensitivity in breast cancer". Nature Communications. 6: 7758. doi:10.1038/ncomms8758. PMC 4510968. PMID 26169690.
Dopunska literatura
uredi- de Leeuw CN, Dyka FM, Boye SL, Laprise S, Zhou M, Chou AY, et al. (januar 2014). "Targeted CNS Delivery Using Human MiniPromoters and Demonstrated Compatibility with Adeno-Associated Viral Vectors". Molecular Therapy. Methods & Clinical Development. 1: 5. doi:10.1038/mtm.2013.5. PMC 3992516. PMID 24761428.
- Stone A, Zotenko E, Locke WJ, Korbie D, Millar EK, Pidsley R, et al. (juli 2015). "DNA methylation of oestrogen-regulated enhancers defines endocrine sensitivity in breast cancer". Nature Communications. 6: 7758. doi:10.1038/ncomms8758. PMC 4510968. PMID 26169690.
- Pandey AK, Lu L, Wang X, Homayouni R, Williams RW (2014). "Functionally enigmatic genes: a case study of the brain ignorome". PLOS ONE. 9 (2): e88889. Bibcode:2014PLoSO...988889P. doi:10.1371/journal.pone.0088889. PMC 3921226. PMID 24523945.