TMEM260
TMEM260 je protein koji jr kod ljudi kodiran genom TMEM260 . TMEM260 poznat je i kao UPF0679, c14orf101 i FLJ0392, a njegova funkcija još uvijek nije dovoljno poznata.[5][6]
TMEM260 | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
Aliasi | TMEM260 | ||||||||||||||||||||||||
Vanjski ID-jevi | OMIM: 617449 MGI: 2443219 HomoloGene: 49506 GeneCards: TMEM260 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
Entrez | |||||||||||||||||||||||||
Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
UniProt | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
Lokacija (UCSC) | Chr 14: 56.49 – 56.65 Mb | Chr 14: 48.68 – 48.76 Mb | |||||||||||||||||||||||
PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
|
Gen
urediLokacija
urediTMEM260 se nalazi na traci 22.3, na kratkom (p) krku ljudskog hromoaoma 14. Genomska sekvenca započinje na 56.955.072 bp i završava na 57.117.324 bp, a veličina enoma je 162.253 bp. Veličina iRNK za TMEM260 je 4.278 bp. i sastoji se od 15 egzona.[6]
Kloniranje i ekspresija
urediTa-Shma et al. (2017) klonirali su dvije glavne varijante prerade ljudskog TMEM260 koje su se razlikovale po 5-prim-egzonu. Analizom baze podataka identificirali su moguće dodatne varijante prerade TMEM260. Dva glavna transkripta kodiraju zaključene proteine od 707 i 409 aminokiselina. Obje izoforme imaju po pet predviđenih transmembranskih domena i DUF2723 domen, ali duža izoforma ima C-terminalni domen upredene zavojnice, koja nedostaje u kratkoj izoformi. RT-PCR analiza pokazala je ekspresiju dvba glavna transkripta u mozgu, srcu, bubrezima, jetri, plućima, gušterači i posteljici, ali ne i u skeletnim mišićima. U mišjim transficiranim ćelijama Neuro2a, duga izoforma bila je eksprimirana u citoplazmi, s koncentracijom blizu plazmamembrane, dok je kraća izoforma bila uglavnom perijedarna. Činilo se da je TMEM260 gotovo sveprisutan tokom evolucije kičmenjaka.
Molekulska genetika
urediU črtero oboljele djece iz dvije nepovezane porodice srodnika sa strukturnim srčanim mahanama i sindromom bubrežnih anomalija (SHDRA), Ta-Shma et al. (2017) identificirali su homozigotnost za besmislenu mutaciju (Q465X) i 4-bp deleciju u genu TMEM260.
Gensko susjedstvo
urediU susjedstvu TMEM260 postoje još četiri gena. Dva leže uzvodno od TMEM260, uključujući LINC00520, koji je dugi intergenski gen protein nekodirajuče RNK, gen 520 i PELI2 koji je gen dvije ubikvitinske proteinske ligaze pelino E3. Dolje nizvodno je jedan pseudogen, RPL36AP1 i gen OTX2, koji je ortodentni homeoboks gen 2.[7]
Konzervirani domeni
urediTMEM260 sadrži jedan konzervirani domen, DUF2723. Domen DUF2723 je konzerviran unatrag do bakterija i njegova funkcija nije poznata.
Homologija
urediTMEM260 je konzerviran u mnogim vrstama. Ortolozi mogu naći se u svim eukariotima, kod Viridiplantae, gljiva, protista, bakterija i eubakterija. Još nisu pronađeni paralozi.[8]
Izoforme
urediPostoje dvije poznate izoforme za TMEM260, koje se proizvode alternativnom preradom. Njihovi uniprot ID-ovi su Q9NX78-1 i Q9NX78-2. Izoforma 1 sastoji se od svih 707 aminokiselina u cijeloj proteinskoj sekvenci, koja se sastoji od 15 egzona. Izoform 2 je spojen na aminokiselinu 286 sa 3' krajnjim, tako da u sekvenci sadrži samo prvih sedam egzona. Teška je samo 30.707 Da.[6]
Protein
urediAminokiselinska sekvenca
urediDužina polipeptidnog lanca je 707 aminokiselina, a molekulska težina 79.536 Da.[9]
10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
MSPHGDGRGQ | AQGRAVRVGL | RRSGGIRGGV | AVFAAVAAVF | TFTLPPSVPG | ||||
GDSGELITAA | HELGVAHPPG | YPLFTLVAKL | AITLFPFGSI | AYRVNLLCGL | ||||
FGAVAASLLF | FTVFRLSGSS | AGGILAAGVF | SFSRLTWQWS | IAAEVFSLNN | ||||
LFVGLLMALT | VHFEEAATAK | ERSKVAKIGA | FCCGLSLCNQ | HTIILYVLCI | ||||
IPWILFQLLK | KKELSLGSLL | KLSLYFSAGL | LPYVHLPISS | YLNHARWTWG | ||||
DQTTLQGFLT | HFLREEYGTF | SLAKSEIGSS | MSEILLSQVT | NMRTELSFNI | ||||
QALAVCANIC | LATKDRQNPS | LVWLFTGMFC | IYSLFFAWRA | NLDISKPLFM | ||||
GVVERFWMQS | NAVVAVLAGI | GLAAVVSETN | RVLNSNGLQC | LEWLSATLFV | ||||
VYQIYSNYSV | CDQRTNYVID | KFAKNLLTSM | PHDAIILLRG | DLPGNSLRYM | ||||
HYCEGLRPDI | SLVDQEMMTY | EWYLPKMAKH | LPGVNFPGNR | WNPVEGILPS | ||||
GMVTFNLYHF | LEVNKQKETF | VCIGIHEGDP | TWKKNYSLWP | WGSCDKLVPL | ||||
EIVFNPEEWI | KLTKSIYNWT | EEYGRFDPSS | WESVANEEMW | QARMKTPFFI | ||||
FNLAETAHMP | SKVKAQLYAQ | AYDLYKEIVY | LQKEHPVNWH | KNYAIACERM | ||||
LRLQARDADP | EVLLSETIRH | FRLYSQKAPN | DPQQADILGA | LKHLRKELQS | ||||
LRNRKNV |
- Simboli
C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
Opća svojstva
urediProtein TMEM260 sastoji se od 707 aminokiselina s predviđenom molekulskom težinom od 79.536 Da. Protein ima izoelektričnu tačku od 8,4. TMEM260 je membranski protein s više prolaza koji uključuje osam spiralnih transmembranskih domena.[5][6]
Konzervacija
urediAminokiselinska sekvenca za TMEM260 je visoko konzervirana u sisara, sa približno 86% do 100% sličnosti sekvence. Ptice, žabe i gušteri također imaju visok stepen sličnosti sa sekvencom ljudskog TMEM260, sa sličnostima između 76% i 83%. Ribe imaju sličnosti u sekvenci između 56% i 66%. Alge imaju oko 52% sličnosti sekvenci, dok diatomeje imaju samo 39%. Iako sisari sadrže vrlo visok stupanj sličnosti sekvenci, a druge životinje pokazuju prilično visok stupanj sličnosti, druge vrste, poput algi, diatomeje i bakterije imaju praznine i krnji 3' kraj. Segment sekvence TMEM260 koji je visoko konzerviran u organizmima još u vrijeme algi, dijatomeja i bakterija je konzervirani domen DUF2723.[10][11]
Rod i vrsta | Uobičajeno ime | Pristuoni broj bazi podataka BLAST[10] | Dužina sekvence (aminokiseline)[10] | Identitet sekvence sa ljudskim proteinom[10] | Slilnost sekvence sa ljudskim proteinom [10] |
---|---|---|---|---|---|
Homo sapiens | Čovjek | NP_060269 | 707 | ||
Pan troglodytes | Čimpanza | XP_522861 | 707 | 99% | 99% |
Canis familiaris | Pas | XP_003930546 | 707 | 91% | 95% |
Loxodonta africana | Slon | XP_00340871 | 707 | 90% | 94% |
Mus musculus | Miš | NP_76188 | 707 | 82% | 90% |
Ornithorhynchus anatinus | Kljunar | XP_001520783 | 549 | 75% | 86% |
Taeniopygia guttata | Zebra sta zeba | XP_00200425 | 705 | 71% | 83% |
Xenopus tropicalis | Žaba | XP _002933788 | 687 | 66% | 81% |
Anolis carolinensis | Gušter | XP_003228513 | 730 | 65% | 76% |
Danio rerio | Zebrica | XP_688103 | 740 | 48% | 66% |
Guillardia theta | Alga | EKX49772 | 733 | 36% | 52% |
Thalassiosira pseudonana | Diatomeja | XP_972174.2 | 716 | 25% | 39% |
Protein TMEM260 prolazi kroz nekoliko različitih tipova posttranslacijskih modifikacija. Tu spadaju N-kraj acetilacija, N-glikozilacija i fosforilacija.[12]
Životinjski model
urediTa-Shma et al. (2017) izvijestili su da zebricin tmem260 kodira jedan protein koji odgovara dugoj izoformi ljudskog TMEM260. Koristeći morfolinose koji blokiraju translaciju, otkrili su da je obaranje tmem260 u 3,5 dana postfertilizacije (dpf) zebrici smanjilo veličinu optičke tekte i broj intertektnih neurona, koji služe kao zamjena za veličinu glave, odnosno corpus callosum. Koinjekcija duge izoforme ljudskog TMEM260 i, u manjoj mjeri, kratke izoforme, značajno je spasila ove abnormalnosti. Primijetili su da je destrukcija tmem260 također rezultirala perikardnim edemom, defektom bubrežne filtracije i tupim prsnim perajama na dozno ovisan način, kao i smanjenom bubrežnom konvolucijom pri visokim dozama. Međutim, autori nisu uspjeli spasiti ove fenotipove pa se nisu mogli uvjeriti u njihovu specifičnost. Delecija tmem260 putem CRISPR/Cas9 rezultirala je sličnim nedostacima kod zebrice od 3,5 dpf.[13]
Reference
uredi- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000070269 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000036339 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ a b "NCBI-nucleotide". Pristupljeno 25. 4. 2013.
- ^ a b c d "GeneCards". Arhivirano s originala, 3. 2. 2014. Pristupljeno 25. 4. 2013.
- ^ "TMEM260 transmembrane protein 260 [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI".
- ^ "BLAST-orthologs". Pristupljeno 25. 4. 2013.
- ^ "UniProt, Q9NX78". Pristupljeno 11. 9. 2017.
- ^ a b c d e "BLAST: Basic Local Alignment Search Tool".
- ^ "SDSC Biology Workbench".
- ^ "ExPASy: SIB Bioinformatics Resource Portal - Categories".
- ^ Ta-Shma, A., Khan, T. N., Vivante, A., Willer, J. R., Matak, P., Jalas, C., Pode-Shakked, B., Salem, Y., Anikster, Y., Hildebrandt, F., Katsanis, N., Elpeleg, O., Davis, E. E. Mutations in TMEM260 cause a pediatric neurodevelopmental, cardiac, and renal syndrome. Am. J. Hum. Genet. 100: 666-675, 2017. PubMed: 28318500