SLZ1

SLZ1
Identifikatori
Aliasi	SLX1B
Vanjski ID-jevi	OMIM: 615823 MGI: 1915220 HomoloGene: 11434 GeneCards: SLX1B
Lokacija gena (čovjek)
Hrom.	Hromosom 16 (čovjek)
Kraj	29,458,219 bp
Lokacija gena (miš)
Hrom.	Hromosom 7 (miš)
Kraj	126,294,956 bp
Ontologija gena
Molekularna funkcija	• nuclease activity; • endonuclease activity; • GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine; • hydrolase activity; • vezivanje iona metala; • 5'-flap endonuclease activity; • endodeoxyribonuclease activity; • crossover junction endodeoxyribonuclease activity;
Ćelijska komponenta	• jedro; • nukleoplazma; • Slx1-Slx4 complex;
Biološki proces	• DNA double-strand break processing involved in repair via single-strand annealing; • cellular response to DNA damage stimulus; • DNA recombination; • interstrand cross-link repair; • positive regulation of t-circle formation; • nucleic acid phosphodiester bond hydrolysis; • GO:0100026 Popravka DNK; • double-strand break repair via homologous recombination; • telomere maintenance via telomere lengthening; • t-circle formation; • negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening; • telomeric D-loop disassembly;
	Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
	79008
	75764
	ENSG00000181625
	ENSMUSG00000059772
	Q9BQ83
	Q8BX32
	NM_178044; NM_024044; NM_001400286; NM_001400287
	NM_029420
	NP_001014999; NP_001015000
	NP_083696
	Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek	Pogledaj/uredi – miš

Podjedinica homologa B kvaščeve SLX1 strukturno-specifične endondonukleaze je protein koji je kod ljudi kodiran genom SLX1B. ^[5]

Analizom genomske sekvence, Hildebrandt et al. (2004) mapirali su gen SLX1B na hromosomu 16, regija 16p12.1, gde leži telomerno u odnosu na gen SLX1A na hromosomu 16p11.2.

Gross (2014) mapirao je gen SLX1B na hromosom 16p11.2, na osnovu poravnanja sekvence SLX1B (GenBank BC000754) sa genomskom sekvencom (GRCh37). SLX1B se nalazi približno 736 kb telomerno prema SLX1A, koji je također na hromosomu 16p11.2.

Ovaj gen kodira protein koji je važan regulator stabilnosti genoma. Protein predstavlja katalitsku podjedinicu SLX1-SLX4 specifičnu za strukturu endonukleaza, koja može razriješiti DNK sekundarne strukture koje nastaju tokom popravaki i rekombinacijskih procesa. Dvije identične kopije ovog gena nalaze se na p kraku hromosoma 16 zbog segmentne duplikacije; ovaj zapis predstavlja telomerniju kopiju. Alternativna prerada RNK rezultira u više varijanti transkripta. Pročitana transkripcija takođe se javlja između ovog gena i gena SULT1A4 (citosolna sulfotransferaza 1A, gen koji preferira fenol, član 4).

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 275 aminokiselina, a molekulska težina 30.771 Da.^[6].

10	20	30	40	50
MGPAGVAARP	GRFFGVYLLY	CLNPRYRGRV	YVGFTVNTAR	RVQQHNGGRK
KGGAWRTSGR	GPWEMVLVVH	GFPSSVAALR	FEWAWQHPHA	SRRLAHVGPR
LRGETAFAFH	LRVLAHMLRA	PPWARLPLTL	RWVRPDLRQD	LCLPPPPHVP
LAFGPPPPQA	PAPRRRAGPF	DDAEPEPDQG	DPGACCSLCA	QTIQDEEGPL
CCPHPGCLLR	AHVICLAEEF	LQEEPGQLLP	LEGQCPCCEK	SLLWGDLIWL
CQMDTEKEVE	DSELEEAHWT	DLLET

Simboli

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

Kloniranje i ekspresija

Sekvenciranjem genomskih klonova iz 146 kb duplirane regije hromosoma 16p, Hildebrandt et al. (2004) identificirali su dvije kopije gena SLX1, SLX1A i SLX1B, koje su nazivali MGC5178 kopije. SLX1A i SLX1B dijele egzone s dupliranim genima SULT1A3 i SULT1A4. Geni SLX1 transkribiraju se u istoj orijentaciji kao i geni SULT1A.^[7]

Struktura gena

Hildebrandt et al. (2004) utvrdili su da gen SLX1B sadrži šest egzona i preklapa gen SULT1A4, koji je transkribiran u istoj orijentaciji. Egzoni 3, 4 i 5 SLX1B koriste se kao alternativni SULT1A4 egzoni 1D, 1C i 1B. SULT1A4 egzon 1E nalazi se između SLX1B egzona 1 i 2, ali nije pronađen u SLX1B transkriptima. Identično preklapanje egzona nalazi se u centromernijim genima SLX1A i SULT1A3.

Funkcija gena

Analizom proteina koji su prečišćeni epitopom označenim SLX4 iz ćelija ljudskog embrionskog bubrega, Svendsen et al. (2009) pokazali su da je SLX4 povezan sa heterodimernim endonukleazama režnja DNK ERCC4 (133520) -ERCC1 i MUS81-EME1 i ljudskim ortologom kvaščeve Slx1 endonukleaze. Kod ljudi, dva gena kodiraju identične SLX1 proteine. SLX4 se također pridružio proteinu TERF2 u interakciji s telomerama i njegovim partnerom TERF2IP, protein-kinazom PLK1, kompleksom za popravak neusklađenosti MSH2-MSH3 i C20ORF94 (SLX4IP) . Slični kompleksi otkriveni su i u drugim ispitivanim ljudskim ćelijskim linijama. SLX1 povezan s ekstremnim C-krajem SLX4. Kompleks SLX4 regrutovan je na mjesta oštećenja DNK i popravljen na tri mjesta, petmjesta replikacijske viljuške, u skladu s aktivnostima faktora popravljanja DNK povezanih sa SLX4. Modul SLX1-SLX4 posebno je promovirao simetrično cijepanje statičkih i migrirajućih Hollidayevih čvorova. PLK1 je fosforilirao SLX4 in situ, što sugerira da fosforilacija SLX4 regulira obnavljanje DNK, kompleksom SLX4. Zaključili su da je kompleks SLX4 potreban za saniranje određenih tipova lezija na DNK i da je kritičan za ćelijskii odgovor na neuspjeh replikacijskih viljuški.^[8] Korištenjem 2-hibridnih testova kvasca, Fekairi et al. (2009) pokazali su da je ljudski SLX4 komunicirao sa SLX1. Analiza mutacija pokazala je da je za interakciju potreban C-terminalni domen SLX4. Dupleks SLX1-SLX4 funkcionirao je kao endonukleaza zaliska sa pet glavnih klastera protiv supstrata matične petlje i razlučio je Hollidayeve spojeve u linearne dupleks-proizvode u prisustvu Mn (2+). Dupleksna aktivnost SLX1-SLX4 ovisila je o SLX1. Međutim, SLX4, ali ne i SLX1, bio je potreban za popravak poprečnih veza, što sugerira da za popravak prepletenih veza SLX4 funkcionira s drugim endonukleazama.^[9]

Reference

^ ^a ^b ^c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000181625 - Ensembl, maj 2017
^ ^a ^b ^c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000059772 - Ensembl, maj 2017
^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ "Entrez Gene: SLX1 structure-specific endonuclease subunit homolog B (S. cerevisiae)". Pristupljeno 19. 5. 2013.
^ "UniProt, Q9BQ83". Pristupljeno 9. 7. 2021.
^ Hildebrandt, M. A. T., Salavaggione, O. E., Martin, Y. N., Flynn, H. C., Jalal, S., Wieben, E. D., Weinshilboum, R. M. Human SULT1A3 pharmacogenetics: gene duplication and functional genomic studies. Biochem. Biophys. Res. Commun. 321: 870-878, 2004. PubMed: 15358107
^ Svendsen, J. M., Smogorzewska, A., Sowa, M. E., O'Connell, B. C., Gygi, S. P., Elledge, S. J., Harper, J. W. Mammalian BTBD12/SLX4 assembles a Holliday junction resolvase and is required for DNA repair. Cell 138: 63-77, 2009. PubMed: 19596235
^ Fekairi, S., Scaglione, S., Chahwan, C., Taylor, E. R., Tissier, A., Coulon, S., Dong, M.-Q., Ruse, C., Yates, J. R., III, Russell, P., Fuchs, R. P., McGowan, C. H., Gaillard, P.-H. L. Human SLX4 is a Holliday junction resolvase subunit that binds multiple DNA repair/recombination endonucleases. Cell 138: 78-89, 2009. PubMed: 19596236

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000181625 - Ensembl, maj 2017

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000059772 - Ensembl, maj 2017

[3] "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[4] "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[entrez-5] "Entrez Gene: SLX1 structure-specific endonuclease subunit homolog B (S. cerevisiae)". Pristupljeno 19. 5. 2013.

[UniProt-6] "UniProt, Q9BQ83". Pristupljeno 9. 7. 2021.

[7] Hildebrandt, M. A. T., Salavaggione, O. E., Martin, Y. N., Flynn, H. C., Jalal, S., Wieben, E. D., Weinshilboum, R. M. Human SULT1A3 pharmacogenetics: gene duplication and functional genomic studies. Biochem. Biophys. Res. Commun. 321: 870-878, 2004. PubMed: 15358107

[8] Svendsen, J. M., Smogorzewska, A., Sowa, M. E., O'Connell, B. C., Gygi, S. P., Elledge, S. J., Harper, J. W. Mammalian BTBD12/SLX4 assembles a Holliday junction resolvase and is required for DNA repair. Cell 138: 63-77, 2009. PubMed: 19596235

[9] Fekairi, S., Scaglione, S., Chahwan, C., Taylor, E. R., Tissier, A., Coulon, S., Dong, M.-Q., Ruse, C., Yates, J. R., III, Russell, P., Fuchs, R. P., McGowan, C. H., Gaillard, P.-H. L. Human SLX4 is a Holliday junction resolvase subunit that binds multiple DNA repair/recombination endonucleases. Cell 138: 78-89, 2009. PubMed: 19596236

[5]

[1]

[2]

[3]

[4]

[6]

[7]

[8]

[9]