Wikipedia

IRX1

Irokezna klasa homeodomenskog proteina IRX-1, znana i kao irokezni homeoboksni protein 1, jest protein koji je kod ljudi kodiran genom IRX1 sa hromosoma 5.[5][6] Svi članovi irokezne proteinske porodice (IRO) imaju po dva visoko konzervirana obilježja, koja kodiraju homeodomen i karakteristični IRO motiv sekvence.[7] Poznato je da imaju brojne uloge u ranom uzorkovanju embriona.[5] Pokazalo se da IRX1 djeluje i kao gen supresije tumora in u nekoliko oblika kancera.[8][9][10][11]

IRX1
Identifikatori
AliasiIRX1
Vanjski ID-jeviOMIM: 606197 MGI: 1197515 HomoloGene: 19065 GeneCards: IRX1
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 5 (čovjek)
Hrom.Hromosom 5 (čovjek)[1]
Hromosom 5 (čovjek)
Genomska lokacija za IRX1
Genomska lokacija za IRX1
Bend5p15.33Početak3,595,832 bp[1]
Kraj3,601,403 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 13 (miš)
Hrom.Hromosom 13 (miš)[2]
Hromosom 13 (miš)
Genomska lokacija za IRX1
Genomska lokacija za IRX1
Bend13 C1|13 38.43 cMPočetak72,106,040 bp[2]
Kraj72,111,842 bp[2]
Ontologija gena
Molekularna funkcija• vezivanje sa DNK
• GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific
• sequence-specific DNA binding
• GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
Ćelijska komponenta• jedro
Biološki proces• specification of loop of Henle identity
• metanephros development
• GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated
• proximal/distal pattern formation involved in metanephric nephron development
• GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez

79192

16371

Ensembl

ENSG00000170549

ENSMUSG00000060969

UniProt

P78414

P81068

RefSeq (mRNK)

NM_024337

NM_010573

RefSeq (bjelančevina)

NP_077313

NP_034703

Lokacija (UCSC)Chr 5: 3.6 – 3.6 MbChr 13: 72.11 – 72.11 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Aminokiselinska sekvenca

uredi

Dužina polipeptidnog lanca je 480 aminokiselina, а molekulska težina 49.621 Da.[12]

1020304050
MSFPQLGYPQYLSAAGPGAYGGERPGVLAAAAAAAAAASSGRPGAAELGG
GAGAAAVTSVLGMYAAAGPYAGAPNYSAFLPYAADLSLFSQMGSQYELKD
NPGVHPATFAAHTAPAYYPYGQFQYGDPGRPKNATRESTSTLKAWLNEHR
KNPYPTKGEKIMLAIITKMTLTQVSTWFANARRRLKKENKVTWGARSKDQ
EDGALFGSDTEGDPEKAEDDEEIDLESIDIDKIDEHDGDQSNEDDEDKAE
APHAPAAPSALARDQGSPLAAADVLKPQDSPLGLAKEAPEPGSTRLLSPG
AAAGGLQGAPHGKPKIWSLAETATSPDGAPKASPPPPAGHPGAHGPSAGA
PLQHPAFLPSHGLYTCHIGKFSNWTNSAFLAQGSLLNMRSFLGVGAPHAA
PHGPHLPAPPPPQPPVAIAPGALNGDKASVRSSPTLPERDLVPRPDSPAQ
QLKSPFQPVRDNSLAPQEGTPRILAALPSA

Gen

uredi

IRX1 se nalazi na prednjem lancu DNK hromosoma 5, između parova baza 3,596.054 i 3,601.403, na lokaciji 5p15.3.[5] Ljudski genski proizvod dug je 1.858 baznih parova iRNK sa 4 predviđena egzona kod ljudi.[13] Analiza promotora je priređena je pomoću programa El Dorado putem stranice softvera Genomatix.[14] Predviđena regija promotora obuhvata 1.040 parova bazaod položaja 3,595.468 do 3,595.468 bp na prednjoj niti hromosoma 5.

Gensko susjedstvo

uredi

IRX1 je relativno izoliran, bez drugih gena koji kodiraju proteine s položaja 3,177.835 – 50,70.004.[5]

Protein

uredi

Glavna obilježja

uredi

Zreli protein IRX1 ima 480 aminokiselinskih ostataka, sa molekulskom masom od 49.600 Da i izoelektičnom tačkom od 5,7. Pretraživanje BLAST-a otkrilo je da IRX1 sadrži dva visoko konzervirana domena: homeodomen i karakteristični IRO motiv nepoznate funkcije[15] Homeodomen pripada TALE klasi (tri aminokiselinske ekstenzije) klase homeodomena koju karakterizira dodavanje tri dodatne aminokiseline između prve i druge spirale u tri alfa-heliksa koji čine domen.[16] Prisustvo ovog dobro karakteriziranog homeodomana snažno sugerira da IRX1 djeluje kao transkripcijski faktor. Ovo je dodatno potkrijepljeno predviđenom lokalizacijom IRX1 u jedru.[17] IRO motiv je regija nizvodno od homeodomena koji se nalazi samo u pripadnicima proteina homeodomenske klase Irokez, iako je njegova funkcija slabo shvaćena. Međutim, njegova sličnost s unutrašnjom regijom receptora zareznog proteina sugerira da može biti uključen u interakcije protein-protein.[7] Osim ova dva karakteristična domena, IRX1 sadrži treći domen iz HARE-HTH potporodice[18] spojen sa C-terminalnim krajen homeodomena.[19] Ovaj domen dobija krilati heliks-obrt-heliksni preklop za koji se predviđa da veže DNK i smatra se da ima ulogu u regrutiranju efektorskih aktivnosti na DNK. Predviđa se nekoliko oblika posttranslacijskih modifikacija, uključujući SUMOilaciju, C-manozilaciju i fosforilaciju, koristeći bioinformatičkwe alate iz baze ExPASy[20] Bioinformatička analiza IRX1 pomoću alata NetPhos predvidjela je 71 potencijalno mjesto fosforilacija u cijelom proteinu.[21]

Ekspresija

uredi

Podaci iz mikročipova i RNK seq ukazuju na to da se IRX1 sveprisutno eksprimira na niskim razinama u tkivima odraslih, a najveći relativni nivo ekspresije javlja se u tkivima srca, masnog tkiva, bubrega i dojke .[22][23] Umjerene do visoke razine također su izražene u plućima, prostati i želucu.[23][24] Analiza promotora El Dorado programom iz Genomatixa predvidjela je da je ekspresija IRX1 regulirana faktorima koji uključuju E2F regulatore ćelijskog ciklusa, NRF1 i ZF5,[25] i brahiuriju.[14] Podaci o ekspresiji u mozgu ljudi, miša i miša u razvoju dostupni su putem Allen Brain Atlasa.[26]

Proteinske interakcije

uredi

Potencijalni partneri u interakciji s proteinima za IRX1 pronađeni su pomoću računarskih alata. U bazi podataka STRING navedeno je devet navodno interaktivnih partnera podržanih dokazima rudarenjem teksta, iako pažljivija analiza rezultata pokazuje slabu podršku za većinu ovih predviđenih interakcija.[27] Međutim, moguće je da je jedan od ovih proteina, CDKN1A, uključen u predviđenu regulaciju IRX1, pomoću regulatora ćelijskog ciklusa E2F.[14][27]

Konzervacija

uredi

Ortolozi

uredi

IRX1 ima visok stupanj konzerviranosti kod vrsta kičmenjaka i beskičmenjaka. Cjelokupni protein je potpunije konzeviran kod kičmenjaka, dok su samo homeodomena i IRO motiv konzervirani u udaljenijim homolozima.

Homologija sekvence pronađena je u vrstama koje su u srodnoj vezi sa ljudima, kao i svinjskom glistom Ascaris suum, iz porodice Ascarididae, koristeći BLAST i ALIGN alat preko San Diego Super Computer Computer Biology Workbench-a.[15] U nastavku je tabela koja opisuje evolucijsko konzerviranje IRX1.

Rod i vrsta Uobičajeno ime Divergencija od ljudi (milioni godina) [28] Pristupni broi u bazu NCBI Identitet sekvence [15] Dužina proteina Oznaka gena
Homo sapiens[19] Čovjek -- NP_077313 100% 480 IRX-1
Pongo abelii[29] Sumatransku orangutan 15,7 XP_002815448 99% 480 IRX-1
Bos taurus[30] Govedo 94,2 XP_002696496 92,3% 476 IRX-1
Mus musculus[31] Kućni miš 92,3 NP_034703 91,5% 480 IRX-1
Rattus norvegicus[32] Smeđi pacov 92,3 NP_001100801 90,4% 480 IRX-1
Gallus gallus[33] Crvena kokoš 296 NP_001025509 72,9% 467 IRX-1
Xenopus tropicalis[34] Zapadna kandžasta žaba 371,2 NP_001188351 68% 467 IRX-1
Latimeria chalumnae[35] Zapadni indijskookeanski celakant 441,9 XP_006002089 65,1% 460 Irx-1-A-lika izoforma X1
Danio rerio[36] Zebrica 400,1 NP_997067 61,1% 426 Irx-1 izoforma 1
Taeniopygia guttata[37] Zebrasta zeba 296 XP_002189063 59,7% 400 Irx-1-A-liki
Astyanax mexicanus[38] Meksička tetra 400,1 XP_007254591.1 58% 450 IRX-1
Ophiophagus hannah[39] Kraljevska kobra 296 ETE68928 54,5% 387 Irx-1-A parcijalni
Ovis aries[40] Ovca 94,2 XP_004017207 433,% 260 IRX-1
Condylura cristata[41] Zvjezdastonosa krtica 942 XP_004678440 41,7% 342 IRX-1
Branchiostoma floridae[42] Kopljača 713,2 ACF10237.1 35,5% 461 Irokeska A izoforma 1
Strongylocentrotus purpuratus[43] Purpurni morski jež 742,9 NP_001123285 31,7% 605 Irokeski homeoboks A
Ascaris suum[44] Svinjska obla glista 937,5 F1KXE6 29% 444 IRX-1
Caenorhabditis elegans[45] Nematoda 937,5 NP_492533.2 28,6% 377 IRX-1
Drosophila melanogaster[46] Vinska mušica 782,7 NP_524045 27% 717 Araukanska izpforma A

Paralozi

uredi

Kod ljudi, IRX1 je jedan od šest članova proteina homeodomenske klase Irokez: IRX2, IRX3, IRX4 , IRX5 i IRX6. IRX1, IRX2 i IRX4 nalaze se na hromosomu 5, a njihova orijentacija odgovara onoj kod IRX3, IRX5 i IRX6 nađenih na ljudskom hromosomu 16.

Reference

uredi
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000170549 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000060969 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ a b c d "Entrez Gene: iroquois homeobox 1".
  6. ^ Ogura K, Matsumoto K, Kuroiwa A, Isobe T, Otoguro T, Jurecic V, Baldini A, Matsuda Y, Ogura T (2001). "Cloning and chromosome mapping of human and chicken Iroquois (IRX) genes". Cytogenet. Cell Genet. 92 (3–4): 320–5. doi:10.1159/000056921. PMID 11435706. S2CID 46509502.
  7. ^ a b Cavodeassi F, Modolell J, Gómez-Skarmeta JL (2001). "The Iroquois family of genes: from body building to neural patterning" (PDF). Development. 128 (15): 2847–55. doi:10.1242/dev.128.15.2847. hdl:10261/198505. PMID 11532909.
  8. ^ Bennett KL, Karpenko M, Lin MT, Claus R, Arab K, Dyckhoff G, Plinkert P, Herpel E, Smiraglia D, Plass C (2008). "Frequently methylated tumor suppressor genes in head and neck squamous cell carcinoma". Cancer Res. 68 (12): 4494–9. doi:10.1158/0008-5472.CAN-07-6509. PMID 18559491.
  9. ^ Marcinkiewicz KM, Gudas LJ (2014). "Altered epigenetic regulation of homeobox genes in human oral squamous cell carcinoma cells". Exp. Cell Res. 320 (1): 128–43. doi:10.1016/j.yexcr.2013.09.011. PMC 3880227. PMID 24076275.
  10. ^ Guo X, Liu W, Pan Y, Ni P, Ji J, Guo L, Zhang J, Wu J, Jiang J, Chen X, Cai Q, Li J, Zhang J, Gu Q, Liu B, Zhu Z, Yu Y (2010). "Homeobox gene IRX1 is a tumor suppressor gene in gastric carcinoma". Oncogene. 29 (27): 3908–20. doi:10.1038/onc.2010.143. PMID 20440264.
  11. ^ Park SH, Kim SK, Choe JY, Moon Y, An S, Park MJ, Kim DS (2013). "Hypermethylation of EBF3 and IRX1 genes in synovial fibroblasts of patients with rheumatoid arthritis". Mol. Cells. 35 (4): 298–304. doi:10.1007/s10059-013-2302-0. PMC 3887890. PMID 23456299.
  12. ^ "UniProt, P78414" (jezik: engleski). Pristupljeno 16. 10. 2021.
  13. ^ "NCBI Nucleotide: IRX1". Pristupljeno januar 2014. Provjerite vrijednost datuma u parametru: |access-date= (pomoć)
  14. ^ a b c "El Dorado". Genomatix. Pristupljeno mart 2014. Provjerite vrijednost datuma u parametru: |access-date= (pomoć)[mrtav link]
  15. ^ a b c "IRX1 Analysis". Biology Workbench. San Diego Supercomputing Center- University of California San Diego. Arhivirano s originala, 11. 8. 2003. Pristupljeno 8. 5. 2014.
  16. ^ Bürglin TR (1997). "Analysis of TALE superclass homeobox genes (MEIS, PBC, KNOX, Iroquois, TGIF) reveals a novel domain conserved between plants and animals". Nucleic Acids Res. 25 (21): 4173–80. doi:10.1093/nar/25.21.4173. PMC 147054. PMID 9336443.
  17. ^ "Expasy: Psort". Pristupljeno 18. 5. 2014.[trajno mrtav link]
  18. ^ Aravind, L.; Iyer, Lakshminarayan M. (2012). "The HARE-HTH and associated domains: novel modules in the coordination of epigenetic DNA and protein modifications". Cell Cycle. 11 (1): 119–131. doi:10.4161/cc.11.1.18475. PMC 3272235. PMID 22186017. Pristupljeno 17. 5. 2014.
  19. ^ a b "NCBI Protein: IRX1". Pristupljeno 18. 5. 2014.
  20. ^ "ExPASy: Bioinformatics Resource Portal". Pristupljeno 18. 5. 2014.
  21. ^ "NetPhos". Pristupljeno 18. 5. 2014.
  22. ^ "BioGPS: IRX1". Pristupljeno 17. 5. 2014.
  23. ^ a b "GeneCards: IRX1". Pristupljeno 17. 5. 2014.
  24. ^ "GEO Profile: IRX1". Pristupljeno mart 2014. Provjerite vrijednost datuma u parametru: |access-date= (pomoć)
  25. ^ Numoto M, Yokoro K, Koshi J (24. 3. 1999). "ZF5, which is a Kruppel-type transcriptional repressor, requires the zinc finger domain for self-association". Biochemical and Biophysical Research Communications. 256 (3): 573–578. doi:10.1006/bbrc.1999.0375. PMID 10080939.
  26. ^ "Allen Brain Atlas". Pristupljeno mart 2014. Provjerite vrijednost datuma u parametru: |access-date= (pomoć)
  27. ^ a b "STRING Database". Pristupljeno 5. 5. 2014.
  28. ^ "Time Tree".
  29. ^ "NCBI Nucleotide: XP_002815448". Pristupljeno 18. 5. 2014.
  30. ^ "NCBI Nucleotide: XP_002696496". Pristupljeno 18. 5. 2014.
  31. ^ "NCBI Nucleotide: NP_034703". Pristupljeno 18. 5. 2014.
  32. ^ "NCBI Nucleotide: NP_001100801". Pristupljeno 18. 5. 2014.
  33. ^ "NCBI Nucleotide: NP_001025509". Pristupljeno 18. 5. 2014.
  34. ^ "NCBI Nucleotide: NP_001188351". Pristupljeno 18. 5. 2014.
  35. ^ "NCBI Nucleotide: XP_006002089". Pristupljeno 18. 5. 2014.
  36. ^ "NCBI Nucleotide: NP_997067". Pristupljeno 18. 5. 2014.
  37. ^ "NCBI Nucleotide: XP_002189063". Pristupljeno 18. 5. 2014.
  38. ^ "NCBI Nucleotide: XP_007254591.1". Pristupljeno 18. 5. 2014.
  39. ^ "NCBI Nucleotide: ETE68928". Pristupljeno 18. 5. 2014.
  40. ^ "NCBI Nucleotide: XP_004017207". Pristupljeno 18. 5. 2014.
  41. ^ "NCBI Nucleotide: XP_004678440". Pristupljeno 18. 5. 2014.
  42. ^ "NCBI Nucleotide: ACF10237.1". Pristupljeno 18. 5. 2014.
  43. ^ "NCBI Nucleotide: NP_001123285". Pristupljeno 18. 5. 2014.
  44. ^ "UniProt: F1KXE6". Pristupljeno 18. 5. 2014.
  45. ^ "NCBI Nucleotide: NP_492533.2". Pristupljeno 18. 5. 2014.
  46. ^ "NCBI Nucleotide: NP_524045". Pristupljeno 18. 5. 2014.

Dopunska literatura

uredi

Vanjski linkovi

uredi

Ovaj članak uključuje tekst iz Nacionalne medicinske biblioteke Sjedinjenih Država, koji je u javnom vlasništvu.


Preuzeto iz "https://bs.wikipedia.org/w/index.php?title=IRX1&oldid=3580967"