Wikipedia

Homeoboks

(Preusmjereno sa Homeodomen)

Homeoboks je sekvenca DNK, od oko 180 baznih parova, u genima koji su uključeni u regulaciju obrazaca anatomskog razvoja (morfogeneza) u životinja, gljiva, biljaka i brojnih jednoćelijskih eukariota.[2] Geni Homeoboksni geni kodiraju homeodomenske proteinske proizvode koji su faktori transkripcije sa karakterističninom strukturom sklapanja proteina koja veže DNK za regulatore ekspresije ciljnih gena.[2][3][4] Homeodomenski proteini reguliraju ekspresiju gena i diferencijaciju ćelija tokom ranog embrionskog razvoja, pa mutacije u homeoboksnim genima mogu izazvati razvojne poremećaje.[5]

Homeodomen
Antenapedijski homeodomenski protein Drosophila melanogaster vezan za fragment DNK.[1] Prepoznavanja heliksa i nestrukturirani N-kraj vezani su u glavnom i sporednom žlijebu.
Identifikatori
SimbolHomeodomen
PDB[http://www.rcsb.org/pdb/cgi/explore.cgi?pdbId=1ahd 1ahd, 1akh, 1apl, 1au7, 1b72, 1b8i, 1bw5, 1cqt, 1du0, 1du6, 1e3o, 1enh, 1f43, 1fjl, 1ftt, 1ftz, 1gt0, 1hdd, 1hdp, 1hf0, 1hom, 1ic8, 1ig7, 1jgg, 1k61, 1kz2, 1le8, 1lfb, 1lfu, 1mh3, 1mh4, 1mnm, 1nk2, 1nk3, 1o4x, 1ocp, 1oct, 1p7i, 1p7j, 1pog, 1puf, 1qry, 1s7e, 1san, 1uhs, 1vnd, 1wi3, 1x2m, 1x2n, 1yrn, 1yz8, 1zq3, 1ztr, 2cqx, 2cra, 2cue, 2cuf, 2dmq, 2e1o, 2ecb, 2ecc, 2h8r, 2hdd, 2hi3, 2hoa, 2jwt, 2lfb, 2p81, 2r5y, 2r5z, 3hdd, 9ant 1ahd, 1akh, 1apl, 1au7, 1b72, 1b8i, 1bw5, 1cqt, 1du0, 1du6, 1e3o, 1enh, 1f43, 1fjl, 1ftt, 1ftz, 1gt0, 1hdd, 1hdp, 1hf0, 1hom, 1ic8, 1ig7, 1jgg, 1k61, 1kz2, 1le8, 1lfb, 1lfu, 1mh3, 1mh4, 1mnm, 1nk2, 1nk3, 1o4x, 1ocp, 1oct, 1p7i, 1p7j, 1pog, 1puf, 1qry, 1s7e, 1san, 1uhs, 1vnd, 1wi3, 1x2m, 1x2n, 1yrn, 1yz8, 1zq3, 1ztr, 2cqx, 2cra, 2cue, 2cuf, 2dmq, 2e1o, 2ecb, 2ecc, 2h8r, 2hdd, 2hi3, 2hoa, 2jwt, 2lfb, 2p81, 2r5y, 2r5z, 3hdd, 9ant]

Homeoza je pojam koji je uveo William Bateson za opisivanje izravne zamjene diskretnog dijela tijela drugim dijelom tijela, npr. antenapedija – zamjena antene na glavi voćne mušice – nogama.[6] Prefiks "home –" u riječima "homeoboks" i "homeodomen" proizlazi iz ovog mutantnog fenotipa, koji se uočava kada su neki od ovih gena mutirani u životinja. Domen homeoboksa prvi je put identificiran u brojnim homeozama u rodu Drosophila i segmentacijskim proteinima, ali je sada poznato da je dobro konzerviran kod mnogih drugih životinja, uključujući i kičmenjake.[3][7][8]

Otkriće

uredi
 
Drosophila sa mutiranim fenotipom antenapedija ima homeotsku transformaciju antena u strukture poput nogu na glavi.

Postojanje omeoboksnih gena prvi je put otkriveno u rodu Drosophila, izoliranjem gena odgovornog za homeotsku transformaciju, gdje noge rastu iz glave umjesto očekivanih antena. Walter Gehring identificirao je gen zvani antenapedija koji je uzrokovao ovaj homeotski fenotip.[9] Analiza antenapedija otkrila je da ovaj gen sadrži sekvencu od 180 baznih parova, za kodiranje domena koji veže DNK, a koji je William McGinnis nazvao "homeoboks".[10] O postojanju dodatnih gena roda Drosophila koji sadrže sekvencu homeoboksa antenapedija nezavisno su izvijestili Ernst Hafen, Michael Levine, William McGinnis i Walter Jakob Gehring sa Univerziteta u Bazelu u Švicarskoj i Matthew P. Scott i Amy Weiner sa University of Indiana u Bloomingtonu 1984. godine.[11][12] Izolacija homolognih gena koju su izveli Edward de Robertis i William McGinnis otkrila je da su brojni geni iz različitih vrsta sadržali homeoboks.[13][14] Naknadna filogenetička studija koja detaljno opisuje evolucijski odnos između gena koji sadrže homeoboks pokazala su da su ti geni prisutni u svim životinjama grupe Bilateralia.

Struktura homeodomena

uredi

Karakteristični homeodomen savijenog proteina sastoji se od domena dugog 60 aminokiselina, koji se sastoji od tri alfa-heliksa. Sljedeće prikazuje konsenzusni homeodomen (~ 60 aminokiselinskih lanaca):[15] 

           Heliks 1          Heliks 2         Heliks 3/4
         ______________    __________    _________________
RRRKRTAYTRYQLLELEKEFHFNRYLTRRRRIELAHSLNLTERHIKIWFQNRRMKWKKEN
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
         10        20        30        40        50        60
 
Kompleks vnd/NK-2 homeodomen-DNK. Heliks 3 homeodomena veže se u glavnom žljebu DNK, a N-krajev krak veže u sporednom žljebu, analogno ostalim kompleksima homeodomen-DNK.

Heliksi 2 i 3 tvore takozvanu uvijenu zavojničku (HTH) strukturu, gdje su dva alfa-heliksa povezana područjem kratke petlje. N-krajevi dvije zavojnice homeodomena su Antiparalelnost (biohemija) antiparalelne, a duži C-krajev heliks je približno okomit na uspostavljene osi prve dvije. Ovaj treći heliks izravno stupa u interakciju sa DNK, putem većeg broja vodikoih vveza i hidrofobnih interakcija, kao i posrednih interakcija putem molekula vode, koje se javljaju između određenih bočnih lanaca i izložene baze u glavni žlijeb DNK.[7]

Proteini homeodomena nalaze se kod eukariota.[2] Preko motivq HTH dijele ograničenu sličnost sekvence i strukturnu sličnost s prokariotskim faktorima transkripcije,[16] kao što su lambda phagni proteini koji mijenjaju ekspresiju gena u prokariotima. Motiv HTH pokazuje sličnost sekvence, ali sličnu strukturu u širokom spektru proteina koji vežu DNK (npr. cro i represivni protein, proteini homeodoma, itd. Jedna od glavnih razlika između motiva HTH u ovim različitim proteinima proizlazi iz stereohemijske potrebe za glicinom, koja je zauzvrat potrebna da bi se izbjegla sterna interferencija beta-ugljika s glavnim lancem: za represorske proteine čini se da je glicin obavezan, dok je za mnoge homeotske i druge DNK-vezujuće proteine zahtjev ublažen.

Specifičnost sekvence

uredi

Homeodomeni se mogu specifično i nespecifično vezati za B-DNK, pomoću heliksa za prepoznavanje C-kraja koji se poravnava u glavnom utoru DNK i nestrukturiranog peptidnog "repa" na N-kraju, poravnavajući u manjem žljebu. Spirala za prepoznavanje i međuheliksne petlje bogate su ostacima arginina i lizina, koji čine vodikovu vezu s DNK okosnicom. Konzervirani hidrofobni ostaci u središtu prepoznatljive zavojnice pomažu u stabilizaciji pakovanja heliksa. Proteini homeodomena pokazuju sklonost prema DNK sekvenci 5'-TAAT-3 '; vezanje neovisno o sekvenci javlja se sa znatno nižim afinitetom. Specifičnost pojedinog homeodomenskog proteina obično nije dovoljna za prepoznavanje specifičnih promotora ciljnih gena, što čini vezanje kofaktora važnim mehanizmom za kontrolu specifičnosti sekvence vezanja i ekspresije ciljnog gena. Da bi se postigla veća ciljna specifičnost, homeodomenski proteini formiraju komplekse sa drugim faktorima transkripcije da bi prepoznali promotorsku regiju određenog ciljnog gena.

Biološka funkcija

uredi

Proteini homeodomena funkcioniraju kao faktori transkripcije, zbog svojstava vezanja DNK konzerviranog motiva HTH. Homeodomenski proteini smatraju se glavnim kontrolnim genima, što znači da jedan protein može regulirati ekspresiju mnogih ciljnih gena. Homeodomenski proteini usmjeravaju stvaranje tjelesnih osi i tjelesnih struktura tokom ranog razvoja embriona.[17] Mnogi proteini homeodomena induciraju ćelijsku diferencijaciju, pokretanjem kaskada koreguliranih gena potrebnih za proizvodnju pojedinačnih tkiva i organa. Ostali proteini u porodici, poput NANOG uključeni su u održavanje pluripotencije i sprečavanje diferencijacije ćelija.

Regulacija

uredi

Hox geni i njima pridružene mikroRNK visoko su konzervirani razvojni glavni regulatori sa čvrstom prostorno-vremenskom kontrolom specifičnom za tkivo. Poznato je da su ovi geni neregulisani kod nekoliko karcinoma i često se kontroliraju metilacijom DNK.[18][19] Hox geni su vrlo složeni i uključuju uzajamne interakcije, uglavnom inhibitorne. Poznato je da Drosophila koristi komplekse polikomb i trithorax za održavanje ekspresije Hox gena nakon donje regulacije pravila para i geni gena koji se javljaju tokom razvoja larvi. Proteini polikombnih grupa mogu utišati HOX gene modulacijom strukture hromatina.[20]

Mutacije

uredi

Mutacije homeobosknih gena mogu proizvesti lahko vidljive fenotipske promjene u identitetu tjelesnog segmenta, kao što su mutirani fenotipovi antenapedija i bitoraks u Drosophila. Umnožavanje homeoboksnih gena može proizvesti nove segmente tijela, a takva duplikacija će vjerovatno biti važna u evoluciji segmentiranih životinja.

Evolucija

uredi

Sam homeoboks možda je evoluirao iz ne-DNK vezujućen transmembranskom domenu na C-kraju enzima MraY. Ovo se zasniva na metagenomskim podacima prikupljenim iz prijelaznog arheona, Lokiarchaeum, koji se smatra prokariotom, najbližim pretku svih eukariota.[21][nepouzdani izvor?]

Filogenetička analiza sekvenci homeoboknih gena i proteinskih struktura homeodomena sugerira da je posljednji zajednički predak biljaka, gljiva i životinja imao najmanje dva homeoboksna gena.[22] Molekulski dokazi pokazuju da je određeni broj hox gena postojao u Cnidaria još prije najranijih pravih Bilateralia, što ove gene čini pre-paleozojskim.[23] Prihvaćeno je da su tri glavne skupine životinja sa ANTP klasom, Hox, ParaHox i NK (MetaHox), rezultat dupliranja segmenata. Prvo dupliranje stvorilo je MetaHox i ProtoHox, od kojih se potonji kasnije duplirao u Hox i ParaHox. Sami klasteri stvoreni su tandemskim duplikacijama jednog homeoboksnog gena klase.[24] Umnožavanje gena, praćeno neofunkcionalizacijom, odgovorno je za mnoge homeoboksne gene pronađene u eukariotima.[25][26] Usporedba homeoboksni i klasterskih gena korištena je za razumijevanje evolucije strukture genoma i tjelesne morfologije metazoa.[27]

Tipovi homeoboks gena

uredi

Hox geni

uredi
 
Ekspresija hox gena kod Drosophila melanogaster.
Glavni članak: Hox gen

Hox geni su najpoznatija podskupina homeoboksnih gena. Oni su esencijalni geni u Metazoa, koji određuju identitet embrionskih regija duž prednje-zadnje osi.[28] Prvi kičmenjački Hox gen izolirali su u rodu Xenopus Edward De Robertis i kolege 1984.[29] Glavni interes za ovaj skup gena proizlazi iz njihovog jedinstvenog ponašanja i rasporeda u genomu. Hox geni se obično nalaze u organiziranom klasteru. Linearni poredak Hox gena unutar klastera izravno je povezan sa redoslijedom njihovog izražavanja u vremenu i prostoru tokom razvoja. Taj se fenomen naziva kolinearnost.

Mutacije ovih homeotskih gena uzrokuju pomicanje segmenata tijela tokom embrionskog razvoja. To se naziva ektopija. Naprimjer, kada se izgubi jedan gen, segment se razvija u prednji, dok mutacija koja dovodi do povećanja funkcije uzrokuje da se segment razvije u stražnji. Poznati primjeri su antennapedija i bithoraks u Drosophila , što može uzrokovati razvoj nogu umjesto antena i razvoj dupliranog toraksa.[30]

Kod kičmenjaka, četiri paralogne nakupine djelomično su suvišne u funkciji, ali su stekle i nekoliko izvedenih funkcija. Naprimjer, HoxA i HoxD navode identitet segmenta duž osi udova.[31][32] Određeni članovi porodice Hox upleteni su u vaskularno preuređivanje, angiogenezu i bolesti, orkestriranjem promjena u razgradnji matrice, integrinima i komponentama ECM.[33] HoxA5 is implicated in atherosclerosis.[18][34] HoxD3 i HoxB3 su proinvazivni, angiogeni geni koji povećavaju b3, a5 integrine i Efna1 u EC.[35][36][37][38] HoxA3 indukuje migraciju endotelnih ćelija (EC) reguliranjem MMP14 i uPAR. Suprotno tome, HoxD10 i HoxA5 imaju suprotan efekat suzbijanja EC migracije i angiogeneze i stabilizacije adherencijskih spojeva, povišavanjem regulacije TIMP1 / smanjenjem uPAR i MMP14, te regulacijom Tsp2 / smanjenjem VEGFR2, Efna1, Hif1alpha i COX-2.[39][40] HoxA5 također regulira supresore tumora p53 i Akt1, smanjenjem regulacije PTEN.[41] Dokazano je da supresija HoxA5 umanjuje rast hemangioma.[42] HoxA5 ima dalekosežne učinke na ekspresiju gena, zbog čega ~ 300 gena postaje regulirano nakon indukcije u ćelijskim linijama karcinoma dojke. Prekomjerna ekspresija domena transdukcije proteina HoxA5 sprečava upalu koja se pokazuje inhibicijom monocitnih inducibilnih TNFalfa koji se vežu za HUVEC.[43][44]

Geni LIM

uredi
Glavni članak: Dimen LIM

LIM geni (nazvani po početnim slovima imena tri proteina kod kojih je karakteristični domen prvi put identificiran) kodiraju dva LIM domena 60 L-aminokiselina, bogata cisteinom i histidinom i homeodomen. LIM domeni funkcioniraju u interakcijama protein-protein i mogu vezati molekule cinka. Proteini LIM domena nalaze se i u citosolu i u jedru. Djeluju u preuređivanju citoskeleta, na mjestima fokalne adhezije, kao skele za proteinske komplekse i kao faktori transkripcije.[45]

Geni Pax

uredi
Glavni članak: Pax geni

Većina Pax gena sadrži homeoboks i upareni domen koji takođe vezuju DNK za povećanje specifičnosti vezanja, iako su neki Pax geni izgubili cijeli ili dio homeoboksne ekvence.[46] Pax geni funkcioniraju u segmentacija, embriona, razvoju nervnog sistema, stvaranju frontalnih očnih polja, skeleta i formiranju struktura lica. Pax 6 je glavni regulator razvoja oka, takav da je gen neophodan za razvoj optičkog mjehurića i naknadnih struktura oka.[47]

POU geni

uredi
Glavni članak: Porodica POU

Proteini koji sadrže POU regiju sastoje se od homeodomena i zasebne, strukturno homolognog POU domena koji sadrži dva motiva uvujene zavojnice i takođe veže DNK. Dva domena povezana su fleksibilnom petljom koja je dovoljno duga da se proteže oko spirale DNK, omogućavajući da se dva domena vežu na suprotnim stranama ciljane DNK, zajedno pokrivajući segment od osam baza sa konsenzusnom sekvencom 5 ' -ATGCAAAT-3 '. Pojedinačni domeni POU proteina vežu DNK samo slabo, ali imaju jak afinitet, specifičan za sekvence kada su povezani. Sam POU domen ima značajnu strukturnu sličnost sa represorima izraženim u bakteriofagu, posebno lambda fagu.

Biljnu homeoboksni geni

uredi

Kao i kod životinja, biljni homeoboksni geni kodiraju tipski homeodomen koji veže DNK sa 60 aminokiselina ili u slučaju TALE (produženje tri aminokiselinske petlje) gene za atipski homeodomen koji se sastoji od 63 aminokiseline. Prema konzerviranoj strukturi intron-egzon i jedinstvenim kodomenskim arhitekturama grupirani su u 14 različitih klasa: HD-ZIP I do IV, BEL, KNOX, PLINC, WOX, PHD, DDT, NDX, LD, SAWADEE i PINTOX.[25] Conservation of codomains suggests a common eukaryotic ancestry for TALE[48] i proteini homeodomena koji nisu TALE.[49]

Ljudski homeoboksni geni

uredi

Ljudski Hox geni organizirani su u četiri hromosomska klastera:

Naziv Hromosom Gen
HOXA (ili HOX1) - HOXA@ Hromosom 7 HOXA1, HOXA2, HOXA3, HOXA4, HOXA5, HOXA6, HOXA7, HOXA9, HOXA10, HOXA11, HOXA13
HOXB - HOXB@ Hromosom 17 HOXB1, HOXB2, HOXB3, HOXB4, HOXB5, HOXB6, HOXB7, HOXB8, HOXB9, HOXB13
HOXC - HOXC@ Hromosom 12 HOXC4, HOXC5, HOXC6, HOXC8, HOXC9, HOXC10, HOXC11, HOXC12, HOXC13
HOXD - HOXD@ Hromosom 2 HOXD1, HOXD3, HOXD4, HOXD8, HOXD9, HOXD10, HOXD11, HOXD12, HOXD13

Geni ParaHox analogno se nalaze u četiri područja. Uključuju CDX1, CDX2, CDX4; GSX1, GSX2; i PDX1. Ostali geni koji se smatraju hox-sličnima uključuju EVX1, EVX2; GBX1, GBX2; MEOX1, MEOX2; i MNX1. NK-slični (NKL) geni, od kojih se neki smatraju "MetaHox", grupirani su s Hox-sličnim genima u veliku ANTP-sličnu grupu.[50][51]

Ljudi imaju porodicu "distalno manjeg homeoboksa": DLX1, DLX2, DLX3, DLX4, DLX5 i DLX6. Dlx geni su uključeni u razvoj nervnog sistema i udova.[52]

Ljudski TALE (tri aminokiselinske petlje produženja) geni homeoboksa za atipskim homeodomenom sastoje se od 63, a ne od 60 aminokiselina:: IRX1, IRX2, IRX3, IRX4, IRX5, IRX6; MEIS1, MEIS2, MEIS3; MKX; PBX1, PBX2, PBX3, PBX4; PKNOX1, PKNOX2; TGIF1, TGIF2, TGIF2LX, TGIF2LY.

Pored toga, ljudi imaju i sljedeće homeoboksne gene i proteine:[50]

Također ogledajte

uredi

Reference

uredi
  1. ^ PDB 1AHD; Billeter M, Qian YQ, Otting G, Müller M, Gehring W, Wüthrich K (decembar 1993). "Determination of the nuclear magnetic resonance solution structure of an Antennapedia homeodomain-DNA complex". Journal of Molecular Biology. 234 (4): 1084–93. doi:10.1006/jmbi.1993.1661. PMID 7903398.
  2. ^ a b c Bürglin TR, Affolter M (juni 2016). "Homeodomain proteins: an update". Chromosoma. 125 (3): 497–521. doi:10.1007/s00412-015-0543-8. PMC 4901127. PMID 26464018.
  3. ^ a b Gehring WJ (august 1992). "The homeobox in perspective". Trends in Biochemical Sciences. 17 (8): 277–80. doi:10.1016/0968-0004(92)90434-B. PMID 1357790.
  4. ^ Gehring WJ (decembar 1993). "Exploring the homeobox". Gene. 135 (1–2): 215–21. doi:10.1016/0378-1119(93)90068-E. PMID 7903947.
  5. ^ Reference, Genetics Home. "Homeoboxes". Genetics Home Reference (jezik: engleski).
  6. ^ Materials for the study of variation, treated with especial regard to discontinuity in the origin of species William Bateson 1861–1926. London : Macmillan 1894 xv, 598 p
  7. ^ a b Schofield PN (1987). "Patterns, puzzles and paradigms - The riddle of the homeobox". Trends Neurosci. 10: 3–6. doi:10.1016/0166-2236(87)90113-5.
  8. ^ Scott MP, Tamkun JW, Hartzell GW (juli 1989). "The structure and function of the homeodomain". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Reviews on Cancer. 989 (1): 25–48. doi:10.1016/0304-419x(89)90033-4. PMID 2568852.
  9. ^ Garber RL, Kuroiwa A, Gehring WJ (1983). "Genomic and cDNA clones of the homeotic locus Antennapedia in Drosophila". The EMBO Journal. 2 (11): 2027–36. doi:10.1002/j.1460-2075.1983.tb01696.x. PMC 555405. PMID 6416827.
  10. ^ "Walter Jakob Gehring (1939-2014) | The Embryo Project Encyclopedia". embryo.asu.edu. Pristupljeno 9. 12. 2019.
  11. ^ McGinnis W, Levine MS, Hafen E, Kuroiwa A, Gehring WJ (1984). "A conserved DNA sequence in homoeotic genes of the Drosophila Antennapedia and bithorax complexes". Nature. 308 (5958): 428–33. Bibcode:1984Natur.308..428M. doi:10.1038/308428a0. PMID 6323992. S2CID 4235713.
  12. ^ Scott MP, Weiner AJ (juli 1984). "Structural relationships among genes that control development: sequence homology between the Antennapedia, Ultrabithorax, and fushi tarazu loci of Drosophila". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 81 (13): 4115–9. Bibcode:1984PNAS...81.4115S. doi:10.1073/pnas.81.13.4115. PMC 345379. PMID 6330741.
  13. ^ Carrasco, Andrés E.; McGinnis, William; Gehring, Walter J.; De Robertis, Eddy M. (1984). "Cloning of an X. laevis gene expressed during early embryogenesis coding for a peptide region homologous to Drosophila homeotic genes". Cell (jezik: engleski). 37 (2): 409–414. doi:10.1016/0092-8674(84)90371-4. PMID 6327066. S2CID 30114443.
  14. ^ McGinnis W, Garber RL, Wirz J, Kuroiwa A, Gehring WJ (juni 1984). "A homologous protein-coding sequence in Drosophila homeotic genes and its conservation in other metazoans". Cell (jezik: engleski). 37 (2): 403–8. doi:10.1016/0092-8674(84)90370-2. PMID 6327065. S2CID 40456645.
  15. ^ Bürglin TR. "The homeobox page" (gif). Karolinksa Institute.
  16. ^ "CATH Superfamily 1.10.10.60". www.cathdb.info. Arhivirano s originala, 9. 8. 2017. Pristupljeno 27. 3. 2018.
  17. ^ Corsetti MT, Briata P, Sanseverino L, Daga A, Airoldi I, Simeone A, et al. (septembar 1992). "Differential DNA binding properties of three human homeodomain proteins". Nucleic Acids Research. 20 (17): 4465–72. doi:10.1093/nar/20.17.4465. PMC 334173. PMID 1357628.
  18. ^ a b Dunn J, Thabet S, Jo H (juli 2015). "Flow-Dependent Epigenetic DNA Methylation in Endothelial Gene Expression and Atherosclerosis". Arteriosclerosis, Thrombosis, and Vascular Biology. 35 (7): 1562–9. doi:10.1161/ATVBAHA.115.305042. PMC 4754957. PMID 25953647.
  19. ^ Bhatlekar S, Fields JZ, Boman BM (regulation August 2014). "HOX genes and their role in the development of human cancers". Journal of Molecular Medicine. 92 (8): 811–23. doi:10.1007/s00109-014-1181-y. PMID 24996520. S2CID 17159381. Provjerite vrijednost datuma u parametru: |date= (pomoć)
  20. ^ Portoso M, Cavalli G (2008). "The Role of RNAi and Noncoding RNAs in Polycomb Mediated Control of Gene Expression and Genomic Programming". RNA and the Regulation of Gene Expression: A Hidden Layer of Complexity. Caister Academic Press. ISBN 978-1-904455-25-7.
  21. ^ Bozorgmehr JH (2018). "The origin of the Homeobox at the C-terminus of MraY in Lokiarchaea". doi:10.13140/RG.2.2.35941.65760 – preko ResearchGate. journal zahtijeva |journal= (pomoć)
  22. ^ Bharathan G, Janssen BJ, Kellogg EA, Sinha N (decembar 1997). "Did homeodomain proteins duplicate before the origin of angiosperms, fungi, and metazoa?". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 94 (25): 13749–53. Bibcode:1997PNAS...9413749B. doi:10.1073/pnas.94.25.13749. JSTOR 43805. PMC 28378. PMID 9391098.
  23. ^ Ryan JF, Mazza ME, Pang K, Matus DQ, Baxevanis AD, Martindale MQ, Finnerty JR (januar 2007). "Pre-bilaterian origins of the Hox cluster and the Hox code: evidence from the sea anemone, Nematostella vectensis". PLOS ONE. 2 (1): e153. Bibcode:2007PLoSO...2..153R. doi:10.1371/journal.pone.0000153. PMC 1779807. PMID 17252055.
  24. ^ Garcia-Fernàndez J (decembar 2005). "The genesis and evolution of homeobox gene clusters". Nature Reviews Genetics. 6 (12): 881–92. doi:10.1038/nrg1723. PMID 16341069. S2CID 42823485.
  25. ^ a b Mukherjee K, Brocchieri L, Bürglin TR (decembar 2009). "A comprehensive classification and evolutionary analysis of plant homeobox genes". Molecular Biology and Evolution. 26 (12): 2775–94. doi:10.1093/molbev/msp201. PMC 2775110. PMID 19734295.
  26. ^ Holland PW (2013). "Evolution of homeobox genes". Wiley Interdisciplinary Reviews: Developmental Biology. 2 (1): 31–45. doi:10.1002/wdev.78. PMID 23799629. S2CID 44396110.
  27. ^ Ferrier, David E. K. (2016). "Evolution of Homeobox Gene Clusters in Animals: The Giga-Cluster and Primary vs. Secondary Clustering". Frontiers in Ecology and Evolution (jezik: engleski). 4. doi:10.3389/fevo.2016.00036. ISSN 2296-701X.
  28. ^ Alonso CR (novembar 2002). "Hox proteins: sculpting body parts by activating localized cell death". Current Biology. 12 (22): R776-8. doi:10.1016/S0960-9822(02)01291-5. PMID 12445403. S2CID 17558233.
  29. ^ Carrasco AE, McGinnis W, Gehring WJ, De Robertis EM (juni 1984). "Cloning of an X. laevis gene expressed during early embryogenesis coding for a peptide region homologous to Drosophila homeotic genes". Cell. 37 (2): 409–14. doi:10.1016/0092-8674(84)90371-4. PMID 6327066. S2CID 30114443.
  30. ^ Schneuwly S, Klemenz R, Gehring WJ (1987). "Redesigning the body plan of Drosophila by ectopic expression of the homoeotic gene Antennapedia". Nature. 325 (6107): 816–8. Bibcode:1987Natur.325..816S. doi:10.1038/325816a0. PMID 3821869. S2CID 4320668.
  31. ^ Fromental-Ramain C, Warot X, Messadecq N, LeMeur M, Dollé P, Chambon P (oktobar 1996). "Hoxa-13 and Hoxd-13 play a crucial role in the patterning of the limb autopod". Development. 122 (10): 2997–3011. PMID 8898214.
  32. ^ Zákány J, Duboule D (april 1999). "Hox genes in digit development and evolution". Cell and Tissue Research. 296 (1): 19–25. doi:10.1007/s004410051262. PMID 10199961. S2CID 3192774.
  33. ^ Gorski DH, Walsh K (novembar 2000). "The role of homeobox genes in vascular remodeling and angiogenesis". Circulation Research. 87 (10): 865–72. doi:10.1161/01.res.87.10.865. PMID 11073881.
  34. ^ Dunn J, Simmons R, Thabet S, Jo H (oktobar 2015). "The role of epigenetics in the endothelial cell shear stress response and atherosclerosis". The International Journal of Biochemistry & Cell Biology. 67: 167–76. doi:10.1016/j.biocel.2015.05.001. PMC 4592147. PMID 25979369.
  35. ^ Boudreau N, Andrews C, Srebrow A, Ravanpay A, Cheresh DA (oktobar 1997). "Induction of the angiogenic phenotype by Hox D3". The Journal of Cell Biology. 139 (1): 257–64. doi:10.1083/jcb.139.1.257. PMC 2139816. PMID 9314544.
  36. ^ Boudreau NJ, Varner JA (februar 2004). "The homeobox transcription factor Hox D3 promotes integrin alpha5beta1 expression and function during angiogenesis". The Journal of Biological Chemistry. 279 (6): 4862–8. doi:10.1074/jbc.M305190200. PMID 14610084.
  37. ^ Myers C, Charboneau A, Boudreau N (januar 2000). "Homeobox B3 promotes capillary morphogenesis and angiogenesis". The Journal of Cell Biology. 148 (2): 343–51. doi:10.1083/jcb.148.2.343. PMC 2174277. PMID 10648567.
  38. ^ Chen Y, Xu B, Arderiu G, Hashimoto T, Young WL, Boudreau N, Yang GY (novembar 2004). "Retroviral delivery of homeobox D3 gene induces cerebral angiogenesis in mice". Journal of Cerebral Blood Flow and Metabolism. 24 (11): 1280–7. doi:10.1097/01.WCB.0000141770.09022.AB. PMID 15545924.
  39. ^ Myers C, Charboneau A, Cheung I, Hanks D, Boudreau N (decembar 2002). "Sustained expression of homeobox D10 inhibits angiogenesis". The American Journal of Pathology. 161 (6): 2099–109. doi:10.1016/S0002-9440(10)64488-4. PMC 1850921. PMID 12466126.
  40. ^ Mace KA, Hansen SL, Myers C, Young DM, Boudreau N (juni 2005). "HOXA3 induces cell migration in endothelial and epithelial cells promoting angiogenesis and wound repair". Journal of Cell Science. 118 (Pt 12): 2567–77. doi:10.1242/jcs.02399. PMID 15914537.
  41. ^ Rhoads K, Arderiu G, Charboneau A, Hansen SL, Hoffman W, Boudreau N (2005). "A role for Hox A5 in regulating angiogenesis and vascular patterning". Lymphatic Research and Biology. 3 (4): 240–52. doi:10.1089/lrb.2005.3.240. PMID 16379594.
  42. ^ Arderiu G, Cuevas I, Chen A, Carrio M, East L, Boudreau NJ (2007). "HoxA5 stabilizes adherens junctions via increased Akt1". Cell Adhesion & Migration. 1 (4): 185–95. doi:10.4161/cam.1.4.5448. PMC 2634105. PMID 19262140.
  43. ^ Zhu Y, Cuevas IC, Gabriel RA, Su H, Nishimura S, Gao P, et al. (juni 2009). "Restoring transcription factor HoxA5 expression inhibits the growth of experimental hemangiomas in the brain". Journal of Neuropathology and Experimental Neurology. 68 (6): 626–32. doi:10.1097/NEN.0b013e3181a491ce. PMC 2728585. PMID 19458547.
  44. ^ Chen H, Rubin E, Zhang H, Chung S, Jie CC, Garrett E, et al. (maj 2005). "Identification of transcriptional targets of HOXA5". The Journal of Biological Chemistry. 280 (19): 19373–80. doi:10.1074/jbc.M413528200. PMID 15757903.
  45. ^ Kadrmas JL, Beckerle MC (novembar 2004). "The LIM domain: from the cytoskeleton to the nucleus". Nature Reviews Molecular Cell Biology. 5 (11): 920–31. doi:10.1038/nrm1499. PMID 15520811.
  46. ^ Gruss P, Walther C (maj 1992). "Pax in development". Cell (jezik: engleski). 69 (5): 719–22. doi:10.1016/0092-8674(92)90281-G. PMID 1591773. S2CID 44613005.
  47. ^ Walther C, Gruss P (decembar 1991). "Pax-6, a murine paired box gene, is expressed in the developing CNS". Development. 113 (4): 1435–49. PMID 1687460.
  48. ^ Bürglin TR (novembar 1997). "Analysis of TALE superclass homeobox genes (MEIS, PBC, KNOX, Iroquois, TGIF) reveals a novel domain conserved between plants and animals". Nucleic Acids Research. 25 (21): 4173–80. doi:10.1093/nar/25.21.4173. PMC 147054. PMID 9336443.
  49. ^ Derelle R, Lopez P, Le Guyader H, Manuel M (2007). "Homeodomain proteins belong to the ancestral molecular toolkit of eukaryotes". Evolution & Development. 9 (3): 212–9. doi:10.1111/j.1525-142X.2007.00153.x. PMID 17501745.
  50. ^ a b Holland PW, Booth HA, Bruford EA (oktobar 2007). "Classification and nomenclature of all human homeobox genes". BMC Biology. 5 (1): 47. doi:10.1186/1741-7007-5-47. PMC 2211742. PMID 17963489.
  51. ^ Coulier, François; Popovici, Cornel; Villet, Régis; Birnbaum, Daniel (15. 12. 2000). "MetaHox gene clusters". Journal of Experimental Zoology. 288 (4): 345–351. doi:10.1002/1097-010X(20001215)288:4<345::AID-JEZ7>3.0.CO;2-Y. PMID 11144283.
  52. ^ Kraus P, Lufkin T (juli 2006). "Dlx homeobox gene control of mammalian limb and craniofacial development". American Journal of Medical Genetics. Part A. 140 (13): 1366–74. doi:10.1002/ajmg.a.31252. PMID 16688724. S2CID 32619323.

Dopunska literatura

uredi

Vanjski linkovi

uredi
Ovaj članak uključuje tekst iz javnog domena Pfam i InterPro: IPR001356


Greška kod citiranja: <ref> oznake postoje za grupu pod imenom "lower-alpha", ali nije pronađena pripadajuća <references group="lower-alpha"/> oznaka, ili zatvarajući </ref> nedostaje

Preuzeto iz "https://bs.wikipedia.org/w/index.php?title=Homeoboks&oldid=3496182"