CNIH

CNIH
Identifikatori
Aliasi	CNIH1
Vanjski ID-jevi	OMIM: 611287 MGI: 1277202 HomoloGene: 4219 GeneCards: CNIH1
Lokacija gena (čovjek)
Hrom.	Hromosom 14 (čovjek)
Kraj	54,441,391 bp
Lokacija gena (miš)
Hrom.	Hromosom 14 (miš)
Kraj	47,025,868 bp
Obrazac RNK ekspresije
	Više referentnih podataka o ekspresiji
Ortolozi
	10175
	12793
	ENSG00000100528
	ENSMUSG00000015759
	O95406
	O35372
	NM_005776; NM_001009551
	NM_009919; NM_001355011
	NP_005767
	NP_034049; NP_001341940
	Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek	Pogledaj/uredi – miš

Homolog kornihonskog proteina je protein koji je kod ljudi kodiran genom CNIH.^[5]^[6]

Scott (2007) je locorao gen CNIH na poziciji 14q22.2 hromosoma 14, na osnovu popravnanja sekvence CNIH (GenBank AC099790) sa genomskom sekvencom (36.2).^[7]

Aminokiselinska sekvenca uredi

Dužina polipeptidnog lanca je 144 aminokiseline, a molekulska težina 16.699 Da.^[8]

10	20	30	40	50
MAFTFAAFCY	MLALLLTAAL	IFFAIWHIIA	FDELKTDYKN	PIDQCNTLNP
LVLPEYLIHA	FFCVMFLCAA	EWLTLGLNMP	LLAYHIWRYM	SRPVMSGPGL
YDPTTIMNAD	ILAYCQKEGW	CKLAFYLLAF	FYYLYGMIYV	LVSS

Simboli

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

Kloniranje i ekspresija uredi

U potrazi za genima induciranim tokom rane faze aktivacije T-ćelija, Utku et al. (1999) identificirali su ljudski homolog Drosophila cornichon (cni). Diferencijalnim prikazom RT-PCR proizvoda dobili su fragment koji je korišten za identifikaciju kompletne cDNK CNIH-a, koju su označili kao TGAM77. CNIH kodira izvedeni protein od 134 aminokiseline sa 63% homologije sa proteinom vinske mušice. Northern blot analizom otkriven je 1,4-kb CNIH transkript na visokim nivoima u srcu, jetri, skeletnim mišićima, gušterači, kori i srži nadbubrežnih žlijezda, štitnjači, sjemenicima, slezeni, slijepom crijevu, limfocitima periferne krvi i koštanoj srži, te na niskim nivoima u mozgu, posteljici, plućima, bubrezima, jajnicima, tankom crijevu, želucu, limfnim čvorovima, timusu i fetusnoj jetri.

Castro et al. (2007) klonirali su ljudski CNIH pune dužine i otkrili da kodira izvedeni protein od 144 aminokiseline. Poput homologa drozofile i kvasca, sadrži tri transmembranska domena (TMD). Prva predviđena petlja između TMD1 i TMD2 ima tri konzervirana kiselinska ostatka i predviđa se da će se sučdeliti s lumenom endoplazmatskog retikuluma. Predviđa se da će segment između TMD2 i TMD3 biti u citosolu.

Funkcija gena uredi

Northern blot i RT-PCR analizom, Utku et al. (1999) potvrdili su regulaciju CNIH tokom aktivacije T-ćelija.^[9]

Bokel et al. (2006) pokazali su da je Drosophila cornichon član konzervirane porodice proteina koja uključuje Erv14p, protein kvaščeve membrane potreban za aksijalno pupanje koji je dio ranog sekretornog puta i javlja se u vezikulama proteinskog sloja II (COPII). Kod Drosophila, cni je potreban za transport TGF-alfa faktora rasta gurken (Grk) do površine oocita i najvjerojatnije regrutuje Grk u vezikule COPII.^[10]

Castro et al. (2007) pokazali su da je ljudski CNIH nadopunio gubitak Erv14p u kvascu. Eksperimenti imunofluorescencije pokazali su da su ljudski proteini i proteini Drosophila primarno lokalizirani u endoplazmatskom retikulumu, gdje se povezuju sa nezrelim (tj. neglikoziliranim) proteinima povezanim s TGF-alfa. TGF-alfa proteini se prvo sintetišu kao transmembranski proteini tipa I sa venćelijskim EGF domenskom jezgrom koje je potrebno za vezivanje i aktivaciju receptora. Da bi se dobio topljivi oblik u sekretornom Golgijevom putu uklanja se ektodomen, nakon transporta iz ER. Prekomjerna ekspresija CNIH uzrokovala je zadržavanje TGF-alfa proteina u ER. Zaključili su da je protein kornihon potreban za selektivni transport i sazrijevanje TGF-alfa proteina.^[11]

Schwenk et al. (2009), proteasomskom analizom, demonstrirali su da se većina AMPA receptora u mozgu pacova spaja sa dva člana porodice kornihonskih transmembranskih proteina, umjesto sa transmembranskim regulatornim proteinima AMPA receptora (TARP). Sklapanje homologa kornihona 2 (CNIH2; 611288) i CNIH3 utiče na AMPA receptore na dva načina: kornihoni povećavaju površinsku ekspresiju AMPA receptora i mijenjaju prolazak kanala, značajno usporavajući kinetiku deaktivacije i desenzibilizacije. Zaključili su da su njihovi rezultati pokazali da su kornihoni suštinske pomoćne podjedinice nativnih AMPA receptora i pružaju molekulske odrednice za glutamatergijsku neurotransmisiju u centralnom nervnom sistemu.^[12]

Reference uredi

^ ^a ^b ^c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000100528 - Ensembl, maj 2017
^ ^a ^b ^c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000015759 - Ensembl, maj 2017
^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ Utku N, Bulwin GC, Beinke S, Heinemann T, Beato F, Randall J, Schnieders B, Sandhoff K, Volk HD, Milford E, Gullans SR (maj 1999). "The human homolog of Drosophila cornichon protein is differentially expressed in alloactivated T-cells". Biochim Biophys Acta. 1449 (3): 203–10. doi:10.1016/S0167-4889(99)00026-9. PMID 10209299.
^ "Entrez Gene: CNIH cornichon homolog (Drosophila)".
^ Scott, A. F. Personal Communication. Baltimore, Md. 7/18/2007.
^ "UniProt, O95406". Pristupljeno 22. 7. 2021.
^ Utku, N., Bulwin, G.-C., Beinke, S., Heinemann, T., Beato, F., Randall, J., Schnieders, B., Sandhoff, K., Volk, H.-D., Milford, E., Gullans, S. R. The human homolog of Drosophila cornichon protein is differentially expressed in alloactivated T-cells. Biochim. Biophys. Acta 1449: 203-210, 1999. PubMed: 10209299
^ Bokel, C., Dass, S., Wilsch-Brauninger, M., Roth, S. Drosophila cornichon acts as cargo receptor for ER export of the TGF-alpha-like growth factor gurken. Development 133: 459-470, 2006. PubMed: 16396907
^ Castro, C. P., Piscopo, D., Nakagawa, T., Derynck, R. Cornichon regulates transport and secretion of TGF-alpha-related proteins in metazoan cells. J. Cell Sci. 120: 2454-2466, 2007. PubMed: 17607000
^ Schwenk, J., Harmel, N., Zolles, G., Bildl, W., Kulik, A., Heimrich, B., Chisaka, O., Jonas, P., Schulte, U., Fakler, B., Klocker, N. Functional proteomics identify cornichon proteins as auxiliary subunits of AMPA receptors. Science 323: 1313-1319, 2009. PubMed: 19265014

Dopunska literatura uredi

Castro CP, Piscopo D, Nakagawa T, Derynck R (2007). "Cornichon regulates transport and secretion of TGFalpha-related proteins in metazoan cells". J. Cell Sci. 120 (Pt 14): 2454–66. doi:10.1242/jcs.004200. PMID 17607000.
Otsuki T, Ota T, Nishikawa T, et al. (2007). "Signal sequence and keyword trap in silico for selection of full-length human cDNAs encoding secretion or membrane proteins from oligo-capped cDNA libraries". DNA Res. 12 (2): 117–26. doi:10.1093/dnares/12.2.117. PMID 16303743.
Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The Status, Quality, and Expansion of the NIH Full-Length cDNA Project: The Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
Clark HF, Gurney AL, Abaya E, et al. (2003). "The Secreted Protein Discovery Initiative (SPDI), a Large-Scale Effort to Identify Novel Human Secreted and Transmembrane Proteins: A Bioinformatics Assessment". Genome Res. 13 (10): 2265–70. doi:10.1101/gr.1293003. PMC 403697. PMID 12975309.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
Zhang QH, Ye M, Wu XY, et al. (2001). "Cloning and Functional Analysis of cDNAs with Open Reading Frames for 300 Previously Undefined Genes Expressed in CD34+ Hematopoietic Stem/Progenitor Cells". Genome Res. 10 (10): 1546–60. doi:10.1101/gr.140200. PMC 310934. PMID 11042152.

Vanjski linkovi uredi

CNIH lokacija ljudskog genoma UCSC Genome Browser.
Šablon:UCSC gen details
Lokacija ljudskog genoma CNIH1 i stranica sa detaljima o genu CNIH1 u UCSC Genome Browseru.

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000100528 - Ensembl, maj 2017

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000015759 - Ensembl, maj 2017

[3] "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[4] "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[pmid10209299-5] Utku N, Bulwin GC, Beinke S, Heinemann T, Beato F, Randall J, Schnieders B, Sandhoff K, Volk HD, Milford E, Gullans SR (maj 1999). "The human homolog of Drosophila cornichon protein is differentially expressed in alloactivated T-cells". Biochim Biophys Acta. 1449 (3): 203–10. doi:10.1016/S0167-4889(99)00026-9. PMID 10209299.

[entrez-6] "Entrez Gene: CNIH cornichon homolog (Drosophila)".

[7] Scott, A. F. Personal Communication. Baltimore, Md. 7/18/2007.

[UniProt-8] "UniProt, O95406". Pristupljeno 22. 7. 2021.

[9] Utku, N., Bulwin, G.-C., Beinke, S., Heinemann, T., Beato, F., Randall, J., Schnieders, B., Sandhoff, K., Volk, H.-D., Milford, E., Gullans, S. R. The human homolog of Drosophila cornichon protein is differentially expressed in alloactivated T-cells. Biochim. Biophys. Acta 1449: 203-210, 1999. PubMed: 10209299

[10] Bokel, C., Dass, S., Wilsch-Brauninger, M., Roth, S. Drosophila cornichon acts as cargo receptor for ER export of the TGF-alpha-like growth factor gurken. Development 133: 459-470, 2006. PubMed: 16396907

[11] Castro, C. P., Piscopo, D., Nakagawa, T., Derynck, R. Cornichon regulates transport and secretion of TGF-alpha-related proteins in metazoan cells. J. Cell Sci. 120: 2454-2466, 2007. PubMed: 17607000

[12] Schwenk, J., Harmel, N., Zolles, G., Bildl, W., Kulik, A., Heimrich, B., Chisaka, O., Jonas, P., Schulte, U., Fakler, B., Klocker, N. Functional proteomics identify cornichon proteins as auxiliary subunits of AMPA receptors. Science 323: 1313-1319, 2009. PubMed: 19265014

[5]

[6]

[1]

[2]

[3]

[4]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]