Wikipedia

C3orf70

C3orf70, znan i kao otvoreni okvir čitanja 70 hromosoma 3, jest protein koji je kod ljudi kodiran genom C3orf70 sa hromosoma 3. Predviđeno je da je kodirani protein jedarni protein; međutim, njegova tačna funkcija još nije poznata.[5] C3orf70 može se identificirati s poznatim aliasima: AK091454, UPF0524 i LOC285382.[5][6]

C3orf70
Identifikatori
AliasiC3orf70
Vanjski ID-jeviMGI: 1919440 HomoloGene: 78167 GeneCards: C3orf70
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 3 (čovjek)
Hrom.Hromosom 3 (čovjek)[1]
Hromosom 3 (čovjek)
Genomska lokacija za C3orf70
Genomska lokacija za C3orf70
Bend3q27.2Početak185,076,838 bp[1]
Kraj185,153,060 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 16 (miš)
Hrom.Hromosom 16 (miš)[2]
Hromosom 16 (miš)
Genomska lokacija za C3orf70
Genomska lokacija za C3orf70
Bend16|16 B1Početak21,467,795 bp[2]
Kraj21,513,415 bp[2]
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez

285382

72190

Ensembl

ENSG00000187068

ENSMUSG00000043391

UniProt

A6NLC5

Q6GQU0

RefSeq (mRNK)

NM_001025266

NM_001001881

RefSeq (bjelančevina)

NP_001020437

NP_001001881

Lokacija (UCSC)Chr 3: 185.08 – 185.15 MbChr 16: 21.47 – 21.51 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Aminokiselinska sekvenca

uredi

Dužina polipeptidnog lanca je 250 aminokiselina, а molekulska težina 27.769 Da.[7].

1020304050
MSAAASPASERGWKSEKLDEAQALARSCAARRPDFQPCDGLSICATHSHG
KCFKLHWCCHLGWCHCKYMYQPMTPVEQLPSTEIPARPREPTNTIQISVS
LTEHFLKFASVFQPPLPPDSPRYCMISDLFIDNYQVKCINGKMCYVQKQP
APHSHRMSPEEVSAHDALISKESNTPKIDHCSSPSSSEDSGINAIGAHYV
ESCDEDTEEGAELSSEEDYSPESSWEPDECTLLSPSQSDLEVIETIETTV

Gen

uredi

Kod ljudi, C3orf70 nalazi se na obrnutom lancu [[hromosom]a 3, pozicija 3q27.2 (vidi sliku 1).[8] Ovo identifikuje njegovu lokaciju počevši od baznog para 184,795.838 i završavajući sa bp 184,870.802 lokusa PTER, kraja kratkog (p) kraka hromosoma 3. C3orf70 obuhvata 74.964 baza koje sadrže po dva egzona i [intron]]a.

iRNK

uredi

Transkribovana iRNK je transkript 5.901 baznog para. C3orf70 se sastoji od jedne poznate prerađene varijante transkripta sa dva egzona od 388, odnosno 5.512 baznih parova (vidi sliku 2); lokacija prerade je na 67. aaC.[5] Identifikovani su jedan 5' kapa i tri moguća 3’ poliadenilacijska signala.[5]

Protein

uredi

Kompozicija

uredi

Prevedeni protein je proizvod od 250 aminokiselina. Prekursorski protein je predviđen sa molekulskom težinom od 27,8 kdal i izoelektričnom tačkom od 4,67.[9] Sa 33 serina i 8 glizina, protein C3orf70 je i Serin bogat i Glicin siromašan.[9]

Domeni

uredi

C3orf70 protein nema poznate signalne peptide ili domene.

Homologija

uredi

C3orf70 nema poznatih paraloga kod ljudi; međutim ima konzervirane homologe. Visoko je konzerviran među vrstama, isključujući beskičmenjake, biljke, gljive i bakterije, C3orf70 pokazuje umjerenu stopu evolucije.[10]

 
Prikupljeni podaci za odabrane ortologe C3orf70 po vrstama
 
Slika 2: Divergencija homologa proteina C3orf70, od Homo sapiens. Identifikacija boja specifična za vrste. Vrijeme divergencije izračunato prema programu timetree.org. Neidentitet izračunat na osnovu (identitet sekvence 1-NCBI).
 
Slika 3: Stopa divergencije C3orf70 u odnosu na citohrom C i fibrinogen pokazuje umjerenu do sporu stopu divergencije.

Regulacija

uredi

Transkripcija

uredi

Promotor

uredi

Postoji samo jedan poznati promotor koji je predvidio Genomatix za protein C3orf70, na minus lancu hromosoma 3, na lokaciji 184870702 – 184871302 bp, prema tome identifikovan sa dužinom od 600 bp.[11] Uočena je visoka očuvanost kod sisara za identifikovanu promotorsku sekvencu.

Faktori transkripcije

uredi
 
Slika 4: Uopćena lista odabira mjesta vezanja faktora transkripcije u promotoru C3orf70

Korištenjem Genomatixa, napravljena je tabela 20 najboljih transkripcijskih faktora i njihovih vezivnih mesta u promotoru C3orf70).[11]

Translacija

uredi

Posttranslacijske modifikacije

uredi

Koristeći NetPhos, predviđeno je ukupno 25 lokacija fosforilacije (20 serinskih, tri treoninska i dva tirozinska) kojiase javljaju u cijelom proteinu ukazujući na unutarćelijsku lokalizaciju.[12] Slike precizno ukazuju na lokaciju 25 potencijalnih mjesta fosforilacije. Dodatno, predviđena su dva mjesta N-miriizolacije na poziciji aminokiselina 40–45 i 210–215, što ukazuje na mogući N– i C-terminalno sidreni region membrane.[13] U ljudskom C3orf70, također postoji 28 potencijalnih misens mutacija.[14]

Subćelijska lokalizacija

uredi

PSORT II ukazuje na subćelijsku lokalizaciju C3orf70 u jedru.[15] Pored toga, prema SAPS kNN-prediction SDSC-ovog Biology Workbench-a, ljudski protein C3orf70 ima 60,9% vjerovatnoće da će završiti u jedarnoj regiji ćelije, što je određeno aminokiselinskim sastavom C3orf70.[9] Homolozi, uključujući čimpanze, miša, aligatora i zebrice imaju istu jedarnu regiju s vjerovatnoćom >60%.[15] Mjesto jedarne lokalizacije u sekvenci C3orf70 nije identificirano.

Ekspresija

uredi

Prema Unigene-ovom EST cDNK prikazu obilja tkiva (pogledajte sliku 8), C3orf70 nije sveprisutno eksprimiran i ima relativno niske nivoe ekspresije sa nešto višim nivoima u mozgu.[16] Također, profil podataka mikromreža GDS426 (pogledajte sliku 9) pokazuje ekspresiju C3orf70 u normalnim tkivima sa značajno visoko prisustvom u mozgu, kičmenoj moždini i tkivu prostate.[17]

Reference

uredi
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000187068 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000043391 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ a b c d NCBI AceView. "Homo sapiens gene C3orf70, encoding chromosome 3 open reading frame 70". Pristupljeno 10. 4. 2015.
  6. ^ NCBI. "C3orf70 chromosome 3 open reading frame 70 [ Homo sapiens (human) ]". Pristupljeno 10. 4. 2015.
  7. ^ "UniProt, A6NLC5" (jezik: engleski). Pristupljeno 6. 11. 2021.
  8. ^ "NCBI C3orf70 protein". Conserved Domain Database. National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 18. 4. 2015.
  9. ^ a b c Department of Bioengineering. "SDSC Biology Workbench". University of California, San Diego. Pristupljeno 18. 4. 2015.
  10. ^ "BLAST: Basic Local Alignment Search Tool". Conserved Domain Database. National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 18. 4. 2015.
  11. ^ a b Genomatix Software. "Genomatix ElDorado". Arhivirano s originala, 2. 12. 2021. Pristupljeno 18. 4. 2015.
  12. ^ Blom, N.; Gammeltoft, S.; Brunak, S. (1999). "Sequence- and structure-based prediction of eukaryotic protein phosphorylation sites". Journal of Molecular Biology. 294 (5): 1351–62. doi:10.1006/jmbi.1999.3310. PMID 10600390. Pristupljeno 19. 4. 2015.
  13. ^ Sigrist CJ, Cerutti L, de Castro E, Langendijk-Genevaux PS, Bulliard V, Bairoch A, Hulo N. "a protein domain database for functional characterization and annotation". Nucleic Acids Res. Pristupljeno 19. 4. 2015.
  14. ^ "dbSNP". Conserved Domain Database. National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  15. ^ a b Paul Horton. "PSORT II". Psort.hgc.jp. Pristupljeno 19. 4. 2015.
  16. ^ "Unigene". Conserved Domain Database. National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 19. 4. 2015.
  17. ^ "C3orf70 –Normal human tissue expression profiling". NCBI GEO Profile. National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 19. 4. 2015.

Vanjski linkovi

uredi
Preuzeto iz "https://bs.wikipedia.org/w/index.php?title=C3orf70&oldid=3490608"