Wikipedia

TMEM260

šablon na Wikimediji
(Preusmjereno sa C14orf101)

TMEM260 je protein koji jr kod ljudi kodiran genom TMEM260 . TMEM260 poznat je i kao UPF0679, c14orf101 i FLJ0392, a njegova funkcija još uvijek nije dovoljno poznata.[5][6]

TMEM260
Identifikatori
AliasiTMEM260
Vanjski ID-jeviOMIM: 617449 MGI: 2443219 HomoloGene: 49506 GeneCards: TMEM260
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 14 (čovjek)
Hrom.Hromosom 14 (čovjek)[1]
Hromosom 14 (čovjek)
Genomska lokacija za TMEM260
Genomska lokacija za TMEM260
Bend14q22.3Početak56,488,354 bp[1]
Kraj56,650,606 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 14 (miš)
Hrom.Hromosom 14 (miš)[2]
Hromosom 14 (miš)
Genomska lokacija za TMEM260
Genomska lokacija za TMEM260
Bend14|14 C1Početak48,683,581 bp[2]
Kraj48,761,703 bp[2]
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez

54916

218989

Ensembl

ENSG00000070269

ENSMUSG00000036339

UniProt

Q9NX78

Q8BMD6

RefSeq (mRNK)

NM_017799

NM_172600
NM_001310584

RefSeq (bjelančevina)

NP_060269

NP_001297513
NP_766188

Lokacija (UCSC)Chr 14: 56.49 – 56.65 MbChr 14: 48.68 – 48.76 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Gen

uredi

Lokacija

uredi

TMEM260 se nalazi na traci 22.3, na kratkom (p) krku ljudskog hromoaoma 14. Genomska sekvenca započinje na 56.955.072 bp i završava na 57.117.324 bp, a veličina enoma je 162.253 bp. Veličina iRNK za TMEM260 je 4.278 bp. i sastoji se od 15 egzona.[6]

Kloniranje i ekspresija

uredi

Ta-Shma et al. (2017) klonirali su dvije glavne varijante prerade ljudskog TMEM260 koje su se razlikovale po 5-prim-egzonu. Analizom baze podataka identificirali su moguće dodatne varijante prerade TMEM260. Dva glavna transkripta kodiraju zaključene proteine od 707 i 409 aminokiselina. Obje izoforme imaju po pet predviđenih transmembranskih domena i DUF2723 domen, ali duža izoforma ima C-terminalni domen upredene zavojnice, koja nedostaje u kratkoj izoformi. RT-PCR analiza pokazala je ekspresiju dvba glavna transkripta u mozgu, srcu, bubrezima, jetri, plućima, gušterači i posteljici, ali ne i u skeletnim mišićima. U mišjim transficiranim ćelijama Neuro2a, duga izoforma bila je eksprimirana u citoplazmi, s koncentracijom blizu plazmamembrane, dok je kraća izoforma bila uglavnom perijedarna. Činilo se da je TMEM260 gotovo sveprisutan tokom evolucije kičmenjaka.

Molekulska genetika

uredi

U črtero oboljele djece iz dvije nepovezane porodice srodnika sa strukturnim srčanim mahanama i sindromom bubrežnih anomalija (SHDRA), Ta-Shma et al. (2017) identificirali su homozigotnost za besmislenu mutaciju (Q465X) i 4-bp deleciju u genu TMEM260.

Gensko susjedstvo

uredi

U susjedstvu TMEM260 postoje još četiri gena. Dva leže uzvodno od TMEM260, uključujući LINC00520, koji je dugi intergenski gen protein nekodirajuče RNK, gen 520 i PELI2 koji je gen dvije ubikvitinske proteinske ligaze pelino E3. Dolje nizvodno je jedan pseudogen, RPL36AP1 i gen OTX2, koji je ortodentni homeoboks gen 2.[7]

Konzervirani domeni

uredi

TMEM260 sadrži jedan konzervirani domen, DUF2723. Domen DUF2723 je konzerviran unatrag do bakterija i njegova funkcija nije poznata.

Homologija

uredi

TMEM260 je konzerviran u mnogim vrstama. Ortolozi mogu naći se u svim eukariotima, kod Viridiplantae, gljiva, protista, bakterija i eubakterija. Još nisu pronađeni paralozi.[8]

Izoforme

uredi

Postoje dvije poznate izoforme za TMEM260, koje se proizvode alternativnom preradom. Njihovi uniprot ID-ovi su Q9NX78-1 i Q9NX78-2. Izoforma 1 sastoji se od svih 707 aminokiselina u cijeloj proteinskoj sekvenci, koja se sastoji od 15 egzona. Izoform 2 je spojen na aminokiselinu 286 sa 3' krajnjim, tako da u sekvenci sadrži samo prvih sedam egzona. Teška je samo 30.707 Da.[6]

Protein

uredi

Aminokiselinska sekvenca

uredi

Dužina polipeptidnog lanca je 707 aminokiselina, a molekulska težina 79.536 Da.[9]

1020304050
MSPHGDGRGQAQGRAVRVGLRRSGGIRGGVAVFAAVAAVFTFTLPPSVPG
GDSGELITAAHELGVAHPPGYPLFTLVAKLAITLFPFGSIAYRVNLLCGL
FGAVAASLLFFTVFRLSGSSAGGILAAGVFSFSRLTWQWSIAAEVFSLNN
LFVGLLMALTVHFEEAATAKERSKVAKIGAFCCGLSLCNQHTIILYVLCI
IPWILFQLLKKKELSLGSLLKLSLYFSAGLLPYVHLPISSYLNHARWTWG
DQTTLQGFLTHFLREEYGTFSLAKSEIGSSMSEILLSQVTNMRTELSFNI
QALAVCANICLATKDRQNPSLVWLFTGMFCIYSLFFAWRANLDISKPLFM
GVVERFWMQSNAVVAVLAGIGLAAVVSETNRVLNSNGLQCLEWLSATLFV
VYQIYSNYSVCDQRTNYVIDKFAKNLLTSMPHDAIILLRGDLPGNSLRYM
HYCEGLRPDISLVDQEMMTYEWYLPKMAKHLPGVNFPGNRWNPVEGILPS
GMVTFNLYHFLEVNKQKETFVCIGIHEGDPTWKKNYSLWPWGSCDKLVPL
EIVFNPEEWIKLTKSIYNWTEEYGRFDPSSWESVANEEMWQARMKTPFFI
FNLAETAHMPSKVKAQLYAQAYDLYKEIVYLQKEHPVNWHKNYAIACERM
LRLQARDADPEVLLSETIRHFRLYSQKAPNDPQQADILGALKHLRKELQS
LRNRKNV
Simboli

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

Opća svojstva

uredi

Protein TMEM260 sastoji se od 707 aminokiselina s predviđenom molekulskom težinom od 79.536 Da. Protein ima izoelektričnu tačku od 8,4. TMEM260 je membranski protein s više prolaza koji uključuje osam spiralnih transmembranskih domena.[5][6]

Konzervacija

uredi

Aminokiselinska sekvenca za TMEM260 je visoko konzervirana u sisara, sa približno 86% do 100% sličnosti sekvence. Ptice, žabe i gušteri također imaju visok stepen sličnosti sa sekvencom ljudskog TMEM260, sa sličnostima između 76% i 83%. Ribe imaju sličnosti u sekvenci između 56% i 66%. Alge imaju oko 52% sličnosti sekvenci, dok diatomeje imaju samo 39%. Iako sisari sadrže vrlo visok stupanj sličnosti sekvenci, a druge životinje pokazuju prilično visok stupanj sličnosti, druge vrste, poput algi, diatomeje i bakterije imaju praznine i krnji 3' kraj. Segment sekvence TMEM260 koji je visoko konzerviran u organizmima još u vrijeme algi, dijatomeja i bakterija je konzervirani domen DUF2723.[10][11]

Rod i vrsta Uobičajeno ime Pristuoni broj bazi podataka BLAST[10] Dužina sekvence (aminokiseline)[10] Identitet sekvence sa ljudskim proteinom[10] Slilnost sekvence sa ljudskim proteinom [10]
Homo sapiens Čovjek NP_060269 707
Pan troglodytes Čimpanza XP_522861 707 99% 99%
Canis familiaris Pas XP_003930546 707 91% 95%
Loxodonta africana Slon XP_00340871 707 90% 94%
Mus musculus Miš NP_76188 707 82% 90%
Ornithorhynchus anatinus Kljunar XP_001520783 549 75% 86%
Taeniopygia guttata Zebra sta zeba XP_00200425 705 71% 83%
Xenopus tropicalis Žaba XP _002933788 687 66% 81%
Anolis carolinensis Gušter XP_003228513 730 65% 76%
Danio rerio Zebrica XP_688103 740 48% 66%
Guillardia theta Alga EKX49772 733 36% 52%
Thalassiosira pseudonana Diatomeja XP_972174.2 716 25% 39%

Posttraslacijske modifikacije

uredi

Protein TMEM260 prolazi kroz nekoliko različitih tipova posttranslacijskih modifikacija. Tu spadaju N-kraj acetilacija, N-glikozilacija i fosforilacija.[12]

Životinjski model

uredi

Ta-Shma et al. (2017) izvijestili su da zebricin tmem260 kodira jedan protein koji odgovara dugoj izoformi ljudskog TMEM260. Koristeći morfolinose koji blokiraju translaciju, otkrili su da je obaranje tmem260 u 3,5 dana postfertilizacije (dpf) zebrici smanjilo veličinu optičke tekte i broj intertektnih neurona, koji služe kao zamjena za veličinu glave, odnosno corpus callosum. Koinjekcija duge izoforme ljudskog TMEM260 i, u manjoj mjeri, kratke izoforme, značajno je spasila ove abnormalnosti. Primijetili su da je destrukcija tmem260 također rezultirala perikardnim edemom, defektom bubrežne filtracije i tupim prsnim perajama na dozno ovisan način, kao i smanjenom bubrežnom konvolucijom pri visokim dozama. Međutim, autori nisu uspjeli spasiti ove fenotipove pa se nisu mogli uvjeriti u njihovu specifičnost. Delecija tmem260 putem CRISPR/Cas9 rezultirala je sličnim nedostacima kod zebrice od 3,5 dpf.[13]

Reference

uredi
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000070269 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000036339 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ a b "NCBI-nucleotide". Pristupljeno 25. 4. 2013.
  6. ^ a b c d "GeneCards". Arhivirano s originala, 3. 2. 2014. Pristupljeno 25. 4. 2013.
  7. ^ "TMEM260 transmembrane protein 260 [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI".
  8. ^ "BLAST-orthologs". Pristupljeno 25. 4. 2013.
  9. ^ "UniProt, Q9NX78". Pristupljeno 11. 9. 2017.
  10. ^ a b c d e "BLAST: Basic Local Alignment Search Tool".
  11. ^ "SDSC Biology Workbench".
  12. ^ "ExPASy: SIB Bioinformatics Resource Portal - Categories".
  13. ^ Ta-Shma, A., Khan, T. N., Vivante, A., Willer, J. R., Matak, P., Jalas, C., Pode-Shakked, B., Salem, Y., Anikster, Y., Hildebrandt, F., Katsanis, N., Elpeleg, O., Davis, E. E. Mutations in TMEM260 cause a pediatric neurodevelopmental, cardiac, and renal syndrome. Am. J. Hum. Genet. 100: 666-675, 2017. PubMed: 28318500
Preuzeto iz "https://bs.wikipedia.org/w/index.php?title=TMEM260&oldid=3510293"