SLC22A5 je membranski transportni protein pridružen primarnom nedostatku karnitina. To jest protein koji je kod ljudi kodiran genom SLC22A5 sa hromosoma 5. Ovaj protein je uključen u aktivno ćelijsko preuzimanje karnitina. Djeluje kao simporter, pomičući natrijeve ione i druge organske katikone preko membrane, zajedno s karnitinom. Takvi polispecifični organski kationski transporteri u jetri, bubrezima, crijevima i drugim organima kritični su za uklanjanje mnogih endogenih malih organskih kationa, kao i širokog spektra lijekova i toksina iz okoliša.[5] Mutacije u genu SLC22A5 uzrokuju sistemski primarni nedostatak karnitina, što može dovesti do zatajenja srca.[6]

SLC22A5
Identifikatori
AliasiSLC22A5
Vanjski ID-jeviOMIM: 603377 MGI: 1329012 HomoloGene: 68295 GeneCards: SLC22A5
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 5 (čovjek)
Hrom.Hromosom 5 (čovjek)[1]
Hromosom 5 (čovjek)
Genomska lokacija za SLC22A5
Genomska lokacija za SLC22A5
Bend5q31.1Početak132,369,710 bp[1]
Kraj132,395,613 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 11 (miš)
Hrom.Hromosom 11 (miš)[2]
Hromosom 11 (miš)
Genomska lokacija za SLC22A5
Genomska lokacija za SLC22A5
Bend11 B1.3|11 32.02 cMPočetak53,755,368 bp[2]
Kraj53,782,486 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije
Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija nucleotide binding
PDZ domain binding
GO:0022891 transmembrane transporter activity
transporter activity
GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine
quaternary ammonium group transmembrane transporter activity
symporter activity
ATP binding
GO:0015238 xenobiotic transmembrane transporter activity
organic anion transmembrane transporter activity
carnitine transmembrane transporter activity
Ćelijska komponenta integral component of membrane
membrana
ćelijska membrana
integral component of plasma membrane
brush border membrane
apical plasma membrane
Egzosom
Biološki proces sodium ion transport
quaternary ammonium group transport
ion transport
sodium-dependent organic cation transport
positive regulation of intestinal epithelial structure maintenance
carnitine transport
carnitine metabolic process
xenobiotic transmembrane transport
transmembrane transport
organic anion transport
carnitine transmembrane transport
GO:0015915 transport
xenobiotic transport
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_001308122
NM_003060

NM_011396
NM_001362711
NM_001362712

RefSeq (bjelančevina)

NP_001295051
NP_003051

NP_035526
NP_001349640
NP_001349641

Lokacija (UCSC)Chr 5: 132.37 – 132.4 MbChr 11: 53.76 – 53.78 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Aminokiselinska sekvenca

uredi

Dužina polipeptidnog lanca je 557 aminokiselina, а molekulska težina 62.752 Da.[7]

1020304050
MRDYDEVTAFLGEWGPFQRLIFFLLSASIIPNGFTGLSSVFLIATPEHRC
RVPDAANLSSAWRNHTVPLRLRDGREVPHSCRRYRLATIANFSALGLEPG
RDVDLGQLEQESCLDGWEFSQDVYLSTIVTEWNLVCEDDWKAPLTISLFF
VGVLLGSFISGQLSDRFGRKNVLFVTMGMQTGFSFLQIFSKNFEMFVVLF
VLVGMGQISNYVAAFVLGTEILGKSVRIIFSTLGVCIFYAFGYMVLPLFA
YFIRDWRMLLVALTMPGVLCVALWWFIPESPRWLISQGRFEEAEVIIRKA
AKANGIVVPSTIFDPSELQDLSSKKQQSHNILDLLRTWNIRMVTIMSIML
WMTISVGYFGLSLDTPNLHGDIFVNCFLSAMVEVPAYVLAWLLLQYLPRR
YSMATALFLGGSVLLFMQLVPPDLYYLATVLVMVGKFGVTAAFSMVYVYT
AELYPTVVRNMGVGVSSTASRLGSILSPYFVYLGAYDRFLPYILMGSLTI
LTAILTLFLPESFGTPLPDTIDQMLRVKGMKHRKTPSHTRMLKDGQERPT
ILKSTAF

Struktura

uredi

Gen SLC22A5 ima 10 egzona,[8] nalazi se na q kraku hromosoma 5 u poziciji 31.1 i obuhvata 25.910 parova baza.[5] Gen proizvodi protein od 63 kDa sa 557 aminokiselina.[9][10] Protein ima 12 pretpostavljenih transmembranskih domena, sa dugom vanćelijskom petljom od 107 aminokiselina, između prve dva transmembranska domena i unutarćelijskom petljom između četvrtog i petog transmembranskog domena. Ova duga vanćelijska petlja ima tri potencijalna mjesta za N-glikozilaciju, a unutarćelijska petlja ima ATP/GTP vezujući motiv. U pretpostavljenim unutarćelijskim domenima postoji pet potencijalnih mjesta za fosforilaciju ovisne o protein-kinazi C i jedno za fosforilaciju ovisnu o protein-kinazi A.[11]

Funkcija

uredi

Gen SLC22A5 kodira plazmatski integralni membranski protein koji funkcionira i kao transporter organskih kationa i transporter visokog afiniteta karnitina ovisnog o natriju.[5] Kodirani protein uključen je u aktivno ćelijsko preuzimanje karnitina, prenoseći jedan natrijev ion s jednom molekulom karnitina. Organski kationi koji se prenose ovim proteinom uključuju tetraetilamonij (TEA) bez uključivanja natrija. Odnos relativne aktivnosti preuzimanja karnitina i TEA je 11,3.[12]

Klinički značaj

uredi

Glavni fenotipski učinak autosomno recesivnih mutacija, bilo složena heterozigotna ili homozigotna,[6] u genu SLC22A5 je sistemski primarni nedostatak karnitina,[8] karakterizirana je smanjenim transportom karnitina, gubitkom karnitina u urinu, niskim koncentracijama karnitina u serumu, smanjenom unutarćelijskom akumulacijom karnitina, smanjenom beta-oksidacijom i citosolnim masnimm kiselinama.[6] Pacijenti često pokazuju metaboličku dekompenzaciju, hipoketonsku hipoglikemija, jetrenu encefalopatiju, Reyeov sindrom i iznenadnu smrt novorođenčadi u prvoj godini, nakon čega jeslijedi kasniji početak kardiomiopatija ili skeletnih miopatija, aritmije, slabost mišića i zatajenje srca u ranom djetinjstvu.[6][13][14]

Pacijenti mogu biti asimptomski, pri čemu oko 70% takvih pacijenata ima misens mutacije ili delecije; učestalost nonsens mutacija je povećana kod simptomskih pacijenata.[15] Simptomi i ishod bolesti mogu se drastično poboljšati zamjenskom terapijom, uzimanjem L-karnitina.[16] Procijenjena incidencija primarnog nedostatka karnitina u novorođenčadi je oko 1/40.000.[17]

Interakcije

uredi

SLC22A5 ima interakcije sa PDZK1.[12]

Također pogledajte

uredi

References

uredi
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000197375 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000018900 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ a b c "Entrez Gene: SLC22A5 solute carrier family 22 (organic cation transporter), member 5". Pristupljeno 25. 7. 2018.
  6. ^ a b c d Lahrouchi N, Lodder EM, Mansouri M, Tadros R, Zniber L, Adadi N, Clur SB, van Spaendonck-Zwarts KY, Postma AV, Sefiani A, Ratbi I, Bezzina CR (juni 2017). "Exome sequencing identifies primary carnitine deficiency in a family with cardiomyopathy and sudden death". European Journal of Human Genetics. 25 (6): 783–787. doi:10.1038/ejhg.2017.22. PMC 5477358. PMID 28295041.
  7. ^ "UniProt, O76082" (jezik: engleski). Pristupljeno 20. 10. 2021.
  8. ^ a b Online Mendelian Inheritance in Man, OMIM®. Johns Hopkins University, Baltimore, MD. MIM Number: {603377}: {04/29/2015}: . World Wide Web URL: https://omim.org/
  9. ^ Zong NC, Li H, Li H, Lam MP, Jimenez RC, Kim CS, Deng N, Kim AK, Choi JH, Zelaya I, Liem D, Meyer D, Odeberg J, Fang C, Lu HJ, Xu T, Weiss J, Duan H, Uhlen M, Yates JR, Apweiler R, Ge J, Hermjakob H, Ping P (oktobar 2013). "Integration of cardiac proteome biology and medicine by a specialized knowledgebase". Circulation Research. 113 (9): 1043–53. doi:10.1161/CIRCRESAHA.113.301151. PMC 4076475. PMID 23965338.
  10. ^ "SLC22A5 - Solute carrier family 22 member 5". Cardiac Organellar Protein Atlas Knowledgebase (COPaKB). Arhivirano s originala, 26. 7. 2018. Pristupljeno 20. 10. 2021.
  11. ^ Wu X, Prasad PD, Leibach FH, Ganapathy V (maj 1998). "cDNA sequence, transport function, and genomic organization of human OCTN2, a new member of the organic cation transporter family". Biochemical and Biophysical Research Communications. 246 (3): 589–95. doi:10.1006/bbrc.1998.8669. PMID 9618255.
  12. ^ a b "SLC22A5 - Solute carrier family 22 member 5 - Homo sapiens (Human) - SLC22A5 gene & protein". www.uniprot.org (jezik: engleski). Pristupljeno 25. 7. 2018.
  13. ^ Yilmaz TF, Atay M, Toprak H, Guler S, Aralasmak A, Alkan A (10. 3. 2014). "MRI findings in encephalopathy with primary carnitine deficiency: a case report". Journal of Neuroimaging. 25 (2): 325–328. doi:10.1111/jon.12102. PMID 24612242. S2CID 35640542.
  14. ^ Mazzini M, Tadros T, Siwik D, Joseph L, Bristow M, Qin F, Cohen R, Monahan K, Klein M, Colucci W (2011). "Primary carnitine deficiency and sudden death: in vivo evidence of myocardial lipid peroxidation and sulfonylation of sarcoendoplasmic reticulum calcium ATPase 2". Cardiology (jezik: engleski). 120 (1): 52–8. doi:10.1159/000333127. PMID 22116472. S2CID 207687571.
  15. ^ Yoon YA, Lee DH, Ki CS, Lee SY, Kim JW, Lee YW, Park HD (2012). "SLC22A5 mutations in a patient with systemic primary carnitine deficiency: the first Korean case confirmed by biochemical and molecular investigation". Annals of Clinical and Laboratory Science. 42 (4): 424–8. PMID 23090741.
  16. ^ Agnetti A, Bitton L, Tchana B, Raymond A, Carano N (januar 2013). "Primary carnitine deficiency dilated cardiomyopathy: 28 years follow-up". International Journal of Cardiology. 162 (2): e34–5. doi:10.1016/j.ijcard.2012.05.038. PMID 22658351.
  17. ^ Koizumi A, Nozaki J, Ohura T, Kayo T, Wada Y, Nezu J, Ohashi R, Tamai I, Shoji Y, Takada G, Kibira S, Matsuishi T, Tsuji A (novembar 1999). "Genetic epidemiology of the carnitine transporter OCTN2 gene in a Japanese population and phenotypic characterization in Japanese pedigrees with primary systemic carnitine deficiency". Human Molecular Genetics. 8 (12): 2247–54. doi:10.1093/hmg/8.12.2247. PMID 10545605.

Dopunska literatura

uredi

Vanjski linkovi

uredi

Ovaj članak uključuje tekst iz Nacionalne medicinske biblioteke Sjedinjenih Država, koji je u javnom vlasništvu.