CKLF
Hemokinoliki faktor je protein koji je kod ljudi kodiran genom CKLF.[5][6][7]
STS i hibridnim analizama zračenja gen CKLF mapiran u sekvenci u hromosom 16q23. Proizvod ovog gena je citokin. Citokini su mali proteini koji imaju bitnu ulogu u imunskim i upalnim odgovorima. Ovaj gen je jedan od nekoliko gena za hemokinu slične faktore koji se nalaze u grupi na hromozomu 16.
Protein koji kodira ovaj gen moćan je hemoatraktant za neutrofile, monocite i limfocite. Također može stimulirati proliferaciju ćelija skeletnih mišića. Ovaj protein može imati važnu ulogu u upali i regeneraciji tih mišića. Identificirane su alternativno prerađene varijante transkripta koje kodiraju različite izoforme.[7]
Struktura
urediHan et al. (2001) utvrdili su da gen CKLF sadrži četiri egzona. Sve varijante sadrže ekgzone 1 i 4, dok su egzoni 2 i 3 alternativno prerađeni.
Xu et al. (2004) otkrili su da posljednji intron CKLF sadrži promotor za nizvodni gen, CMTM1. Promotor sadrži tipski TATA okvir i više mjesta vezivanja za faktor transkripcije. Analiza luciferaze, potvrdila je funkcionalnost promotora. Northern blot i RT-PCR analize pokazale su da su CKLF i CMTM1, koji su odvojeni sa samo 325 bp, nezavisno eksprimirani.
Aminokiselinska sekvenca
urediDužina polipeptidnog lanca je 152 aminokiseline, a molekulska težina 17.170 Da.[8]
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MDNVQPKIKH | RPFCFSVKGH | VKMLRLALTV | TSMTFFIIAQ | APEPYIVITG | ||||
| FEVTVILFFI | LLYVLRLDRL | MKWLFWPLLD | IINSLVTTVF | MLIVSVLALI | ||||
| PETTTLTVGG | GVFALVTAVC | CLADGALIYR | KLLFNPSGPY | QKKPVHEKKE | ||||
| VL |
- Simboli
Kloniranje i ekspresija
urediZhang et al. (2000) klonirali su CKLF, koji su nazvali HSPC224, iz CD34 pozitivnih hematopoetskih matičnih /prekursorskih ćelija. Predviđeni protein sa 152 aminokiseline, koji sadrži leucinski zatvarač , snažno je izražen u ćelijskoj liniji promijelocitne leukemije, ali ne i u četiri ostale testirane ćelijske linije.
Korištenjem supresijske suptraktivne hibridizacije za pregled mitogenom stimulirane ćelijske linije ljudskog monocita U937, da bi se identificirali geni koji bi mogli biti inhibirani IL10, nakon čega slijedi RT-PCR, Han et al. (2001) klonirali su četiri varijante CKLF. Izoforme CKLF1, CKLF2, CKLF3 i CKLF4 sadrže 99, 152, 67, odnosno 120 ostataka i dijele uobičajene [[N-kraj|N– i C-terminalne sekvence. Sve četiri izoforme sadrže po tri ostatka cisteina, od kojih su dva organizirana u CC-hemokinskom obrascu. Izoforme CKLF2 i CKLF4 sadrže transmembranske domene kojih nema u CKLF1 i CKLF3. Northern blot analiza ćelija U937 otkrila je transkript od 0,6 kb. RT-PCR ljudskih tkiva pokazao je najvišu ekspresiju CKLF varijanti u slezeni, plucima, sjemenicima, jajnicima, leukocitima periferne krvi, posteljicama i gušterači odraslih, te u fetusnom mozgu, skeletnim mišićima, timusu i srcu, sa nižom ekspresijom u ostalim tkivima odraslih i fetusa. Za većinu tkiva nivoi ekspresije CKLF1 i CKLF2 bili su slični i viši od nivoa CKLF4 i CKLF3, koji su pokazali najnižu ekspresiju. Fluorescentna mikroskopija pokazala je difuznu ekspresiju CKLF1 i ekspresiju CKLF2 i CKLF4 pretežno na ćelijskoj periferiji. Western blot analiza otkrila je CKLF1, ali ne i CKLF2 i CKLF4, u supernatantima ćelija, ukazujući da je CKLF1 izlučeni protein.
Funkcija gena
urediAnalizirajući hemotaksičku funkciju, Han i sur. (2001) otkrili su da izoforma CKLF1 privlači neutrofile, monocite i limfocite. CKLF1 je takođe pojačao proliferaciju i diferencijaciju ćelija skeletnih mišića miša.[9][10][11]
Reference
uredi- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000217555 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000054400 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ Zhang QH, Ye M, Wu XY, Ren SX, Zhao M, Zhao CJ, Fu G, Shen Y, Fan HY, Lu G, Zhong M, Xu XR, Han ZG, Zhang JW, Tao J, Huang QH, Zhou J, Hu GX, Gu J, Chen SJ, Chen Z (Nov 2000). "Cloning and functional analysis of cDNAs with open reading frames for 300 previously undefined genes expressed in CD34+ hematopoietic stem/progenitor cells". Genome Res. 10 (10): 1546–60. doi:10.1101/gr.140200. PMC 310934. PMID 11042152.
- ^ Han W, Lou Y, Tang J, Zhang Y, Chen Y, Li Y, Gu W, Huang J, Gui L, Tang Y, Li F, Song Q, Di C, Wang L, Shi Q, Sun R, Xia D, Rui M, Tang J, Ma D (Jun 2001). "Molecular cloning and characterization of chemokine-like factor 1 (CKLF1), a novel human cytokine with unique structure and potential chemotactic activity". Biochem J. 357 (Pt 1): 127–35. doi:10.1042/0264-6021:3570127. PMC 1221935. PMID 11415443.
- ^ a b "Entrez Gene: CKLF chemokine-like factor".
- ^ "UniProt, Q9UBR5". Pristupljeno 3. 7. 2021.
- ^ Han, W., Lou, Y., Tang, J., Zhang, Y., Chen, Y., Li, Y., Gu, W., Huang, J., Gui, L., Tang, Y., Li, F., Song, Q., Di, C., Wang, L., Shi, Q., Sun, R., Xia, D., Rui, M., Tang, J., Ma, D. Molecular cloning and characterization of chemokine-like factor 1 (CKLF1), a novel human cytokine with unique structure and potential chemotactic activity. Biochem. J. 357: 127-135, 2001. [PubMed]: 11415443
- ^ Xu, M., Han, W., Qian, M., Ma, X., Ding, P., Wang, Y., Xia, D., Rui, M., Wang, L., Zhang, Y., Ma, D. Last intron of the chemokine-like factor gene contains a putative promoter for the downstream CKLF super family member 1 gene. Biochem. Biophys. Res. Commun. 313: 135-141, 2004. PubMed: 14672709
- ^ Zhang, Q.-H., Ye, M., Wu, X.-Y., Ren, S.-X., Zhao, M., Zhao, C.-J., Fu, G., Shen, Y., Fan, H.-Y., Lu, G., Zhong, M., Xu, X.-R., and 9 others. Cloning and functional analysis of cDNAs with open reading frames for 300 previously undefined genes expressed in CD34+ hematopoietic stem/progenitor cells. Genome Res. 10: 1546-1560, 2000. [PubMed]: 11042152
Dopunska literatura
uredi- Boudinot P, Salhi S, Blanco M, Benmansour A (2002). "Viral haemorrhagic septicaemia virus induces vig-2, a new interferon-responsive gene in rainbow trout". Fish Shellfish Immunol. 11 (5): 383–97. doi:10.1006/fsim.2000.0326. PMID 11478515.
- Xia D, Li X, Lou Y, et al. (2002). "Overexpression of chemokine-like factor 2 promotes the proliferation and survival of C2C12 skeletal muscle cells". Biochim. Biophys. Acta. 1591 (1–3): 163–173. doi:10.1016/S0167-4889(02)00270-7. PMID 12183067.
- Ke X, Jia L, Jing H, et al. (2002). "Effects of novel human chemokine-like factor 1 (CKLF1) on bone marrow hematopoietic stem cell/progenitor cell in vitro". Zhonghua Xue Ye Xue Za Zhi. 23 (6): 301–3. PMID 12411060.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Clark HF, Gurney AL, Abaya E, et al. (2003). "The secreted protein discovery initiative (SPDI), a large-scale effort to identify novel human secreted and transmembrane proteins: a bioinformatics assessment". Genome Res. 13 (10): 2265–70. doi:10.1101/gr.1293003. PMC 403697. PMID 12975309.
- Xu M, Han W, Qian M, et al. (2004). "Last intron of the chemokine-like factor gene contains a putative promoter for the downstream CKLF super family member 1 gene". Biochem. Biophys. Res. Commun. 313 (1): 135–41. doi:10.1016/j.bbrc.2003.11.100. PMID 14672709.
- Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
- Kimura K, Wakamatsu A, Suzuki Y, et al. (2006). "Diversification of transcriptional modulation: large-scale identification and characterization of putative alternative promoters of human genes". Genome Res. 16 (1): 55–65. doi:10.1101/gr.4039406. PMC 1356129. PMID 16344560.
Vanjski linkovi
uredi- Lokacija ljudskog genoma CKLF i stranica sa detaljima o genu CKLF u UCSC Genome Browseru.