DEAH-kutijska helikaza 8

DEAH-kujtijska helikaza 8, jest protein/enzim koji je kod ljudi kodiran genom DHX8 sa hromosoma 17. Ovaj protein je član porodice polipepti DEAH-kutije. Glavna karakteristika ove grupe je njihov konzervirani motiv DEAH (Asp- Glu- Ala- His). Širok spektar RNK-helikaza pripada ovoj porodici. Konkretno, DHX8 djeluje kao ATP-zavisna RNK-helikaza, uključena u splajsing i regulaciju oslobađanja prerađenih iRNK iz splajsosoma iz jedra. Objavljene studije su pokazale posljedice mutacija DHX8, aneke od njih su kritične za biološke procese kao što je hematopoeza i povezane su s nekim bolestima..

DEAH-kutijska helikaza 8
Dostupne strukture PDB Pretraga ortologa: PDBe RCSB Spisak PDB ID kodova 2EQS, 3I4U
Identifikatori
Aliasi	DHX8
Vanjski ID-jevi	OMIM: 600396 MGI: 1306823 HomoloGene: 3628 GeneCards: DHX8
Lokacija gena (čovjek) Hrom. Hromosom 17 (čovjek) Bend 17q21.31 Početak 43,483,865 bp Kraj 43,610,338 bp
Lokacija gena (miš) Hrom. Hromosom 11 (miš) Bend 11|11 D Početak 101,623,745 bp Kraj 101,658,184 bp
Ontologija gena Molekularna funkcija • nucleotide binding • GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine • ATP binding • GO:0008026 helicase activity • hydrolase activity • vezivanje identičnih proteina • nucleic acid binding • vezivanje sa RNK • GO:0034459 3'-5' RNA helicase activity Ćelijska komponenta • catalytic step 2 spliceosome • spliceosomal complex • jedro • nukleoplazma • citoplazma • nuclear body • U2-type catalytic step 2 spliceosome Biološki proces • mRNA processing • GO:0033168, GO:0036404, GO:1902360 RNA processing • Prerada RNK • mRNA splicing, via spliceosome • spliceosomal complex disassembly Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
Vrste	Čovjek	Miš
Entrez	1659	217207
Ensembl	ENSG00000067596	ENSMUSG00000034931
UniProt	Q14562 Q05CV4	A2A4P0
RefSeq (mRNK)	NM_001302623 NM_004941 NM_001322216 NM_001322217 NM_001322218 NM_001322219 NM_001322220 NM_001322221	NM_144831
RefSeq (bjelančevina)	NP_001289552 NP_001309145 NP_001309146 NP_001309147 NP_001309148 NP_001309149 NP_001309150 NP_004932 NP_001289552.1 NP_004932.1	NP_659080
Lokacija (UCSC)	Chr 17: 43.48 – 43.61 Mb	Chr 11: 101.62 – 101.66 Mb
PubMed pretraga
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek Pogledaj/uredi – miš

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 1.220 aminokiselina, a molekulska težina 139.315 Da.

• C: Cistein
• D: Asparaginska kiselina
• E: Glutaminska kiselina
• F: Fenilalanin
• G: Glicin
• H: Histidin
• I: Izoleucin
• K: Lizin
• L: Leucin
• M: Metionin
• N: Asparagin
• P: Prolin
• Q: Glutamin
• R: Arginin
• S: Serin
• T: Treonin
• V: Valin
• W: Triptofan
• Y: Tirozin

10		20		30		40		50
MAVAVAMAGA		LIGSEPGPAE		ELAKLEYLSL		VSKVCTELDN		HLGINDKDLA
EFVISLAEKN		TTFDTFKASL		VKNGAEFTDS		LISNLLRLIQ		TMRPPAKPST
SKDPVVKPKT		EKEKLKELFP		VLCQPDNPSV		RTMLDEDDVK		VAVDVLKELE
ALMPSAAGQE		KQRDAEHRDR		TKKKKRSRSR		DRNRDRDRDR		ERNRDRDHKR
RHRSRSRSRS		RTRERNKVKS		RYRSRSRSQS		PPKDRKDRDK		YGERNLDRWR
DKHVDRPPPE		EPTIGDIYNG		KVTSIMQFGC		FVQLEGLRKR		WEGLVHISEL
RREGRVANVA		DVVSKGQRVK		VKVLSFTGTK		TSLSMKDVDQ		ETGEDLNPNR
RRNLVGETNE		ETSMRNPDRP		THLSLVSAPE		VEDDSLERKR		LTRISDPEKW
EIKQMIAANV		LSKEEFPDFD		EETGILPKVD		DEEDEDLEIE		LVEEEPPFLR
GHTKQSMDMS		PIKIVKNPDG		SLSQAAMMQS		ALAKERRELK		QAQREAEMDS
IPMGLNKHWV		DPLPDAEGRQ		IAANMRGIGM		MPNDIPEWKK		HAFGGNKASY
GKKTQMSILE		QRESLPIYKL		KEQLVQAVHD		NQILIVIGET		GSGKTTQITQ
YLAEAGYTSR		GKIGCTQPRR		VAAMSVAKRV		SEEFGCCLGQ		EVGYTIRFED
CTSPETVIKY		MTDGMLLREC		LIDPDLTQYA		IIMLDEAHER		TIHTDVLFGL
LKKTVQKRQD		MKLIVTSATL		DAVKFSQYFY		EAPIFTIPGR		TYPVEILYTK
EPETDYLDAS		LITVMQIHLT		EPPGDILVFL		TGQEEIDTAC		EILYERMKSL
GPDVPELIIL		PVYSALPSEM		QTRIFDPAPP		GSRKVVIATN		IAETSLTIDG
IYYVVDPGFV		KQKVYNSKTG		IDQLVVTPIS		QAQAKQRAGR		AGRTGPGKCY
RLYTERAYRD		EMLTTNVPEI		QRTNLASTVL		SLKAMGINDL		LSFDFMDAPP
METLITAMEQ		LYTLGALDDE		GLLTRLGRRM		AEFPLEPMLC		KMLIMSVHLG
CSEEMLTIVS		MLSVQNVFYR		PKDKQALADQ		KKAKFHQTEG		DHLTLLAVYN
SWKNNKFSNP		WCYENFIQAR		SLRRAQDIRK		QMLGIMDRHK		LDVVSCGKST
VRVQKAICSG		FFRNAAKKDP		QEGYRTLIDQ		QVVYIHPSSA		LFNRQPEWVV
YHELVLTTKE		YMREVTTIDP		RWLVEFAPAF		FKVSDPTKLS		KQKKQQRLEP
LYNRYEEPNA		WRISRAFRRR

Struktura

Aminokiselinska sekvenca DHX8 i njegova sekundarna struktura.

Protein DHX8 je dio proteinskog kompleksa zvanog splajsosom, koji je zadužen za preradu pre-iRNK. Splajsosom ima osam glavnih funkcionalnih stanja, svako sa različitim sastavom i strukturom; pet od osam stanje je strukturno okarakterisano.

DHX8 ima različite domene: S1-RNK vezujući domen (DEAD/DEAH kutija), helikazni konzervirani C-terminalni domen, domen povezan s helikazom (HA2) i oligonukleotid/oligosaharid-vezujući OB)- preklopni domen (svaki prerađen sa unutrašnje poremećenim regijana).

Postoje neke regije proteina koji su veoma važne za njegovu aktivnost, kao što je R620 i regioni sa kukom i zaokretom. Također, DHX8Δ547 je katalitskki aktivno jezgro proteina DHX8. Sastoji se od dva RecA domena i C-terminalnog WH, ustavljački OB-nabrani domena i N-terminalnu regiju.

Ukupna težina DHX8 strukture je 156580,13 Da.

Sekundarna struktura:

• 36% alfa-heliksa: 26 heliksa i 246 ostataka
• 16% beta-listova: 29 lanaca i 110 ostataka.

Funkcija

DHX8 je lokalizovan u ćelijskom jedu i stimuliran prisustvom RNK. Ovaj protein je komponenta splajsosoma, tako da učestvuje u pereradipre-iRNK. Splajsing je proces spajanja egzona iz primarnih transkripata iRNK i eliminacije intronskih sekvenci, pomoću splajsosomnog mehanizma, tako da je proizvedena iRNK bez introna, koja se sastoji isključivo od spojenih egzona. Prerada se završava rastavljanjem splajsosomnog kompleksa i oslobađanjem rezultirajućih zrelih RNK-a do vanjskog dijela jedra, ovisno o ATP-u. Splajsosom zahtijeva konformacijske promjene da bi mogao katalizirati reakcije spajanja i kasnije zrelih iRNK koje se oslobađaju na vanjski dio jedra. Jedna od ATP-ovisnih helikaza potrebnih za ove konformacijske promjene je DHX8. Nadalje, DHX8 ima ključnu ulogu u oslobađanju, olakšavanju jedarnog eksporta prerađene iRNK. Karakterizacija proteina je pokazala da DHX8 ima prednost vezanja za RNK bogate adeninom. Ovo vezivanje je praćeno hidrolizom ATP-a i time oslobađanjem ADP-a.

Vanjski linksovi

• Q14562