Ccdc109b
Protein sa upredenom zavojnicom 109B (CCDC109B) je protein koji je kod ljudi kodiran genom CCDC109B sa hromosoma 4. To je potencijalni uniporter kalcija koji se nalazi u membrani ljudskih ćelija. Iako je CCDC109B transmembranski protein, nije jasno da li se nalazi unutar ćelijske ili mitohondrijske membrane.
Aminokiselinska sekvenca
urediDužina polipeptidnog lanca je 336 aminokiselina, a molekulska težina 39.082 Da.[5]
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MLQRGLWPWR | TRLLPTPGTW | RPARPWPLPP | PPQVLRVKLC | GNVKYYQSHH | ||||
| YSTVVPPDEI | TVIYRHGLPL | VTLTLPSRKE | RCQFVVKPML | STVGSFLQDL | ||||
| QNEDKGIKTA | AIFTADGNMI | SASTLMDILL | MNDFKLVINK | IAYDVQCPKR | ||||
| EKPSNEHTAE | MEHMKSLVHR | LFTILHLEES | QKKREHHLLE | KIDHLKEQLQ | ||||
| PLEQVKAGIE | AHSEAKTSGL | LWAGLALLSI | QGGALAWLTW | WVYSWDIMEP | ||||
| VTYFITFANS | MVFFAYFIVT | RQDYTYSAVK | SRQFLQFFHK | KSKQQHFDVQ | ||||
| QYNKLKEDLA | KAKESLKQAR | HSLCLQMQVE | ELNEKN |
Gen
urediCCDC109B nalazi se poziciji na 4q25 i dug je 128.520 bp. CCDC109B sadrži osam egzona, nalazi na pozitivnom lancu hromosoma 4. Zbog alternativne prerade, CCDC109B ima devet varijanti transkripta.[6] Neprerađena verzija ovog gena je najduža i najčešća varijanta pronađena u ljudskim ćelijama i duga je 1298 parova baza.
Protein
urediKada se prevede, CCDC109B protein sastoji se od 336 aminokiselina i ima molekulsku težinu od 39,1 kDa. 3' kraj ovog proteina je visoko konzerviran i sadrži domene ključne za funkciju proteina.
- Domen nepoznate funkcije 607 (DUF607): Funkcija ovog domena je uglavnom nepoznata, iako može poslužiti kao transporter kalcija, kada CCDC109B formira homo-oligimere. DUF607 je konzerviran u ortolozima i nalazi se bliže 3' kraju ovog proteina, iako je DUF607 prisutan na većini dužine proteina..[7]
- Transmembranska regija: CCDC109B sadrži dvije ovakve regije unutar DUF607, što ga čini višeprolaznim membranskim proteinom. Pošto postoje dva transmembranska regiona, i N– i C-terminal nalaze se na jednoj strani membrane, na citosolnoj strani ćelijske membrane.[7]
Motiv DIME ima pretpostavljenu ulogu u transportu kalcija i najvjerovatnije je bitan u DUF607.[8]
Mjesta fosforilacije
urediProtein CCDC109B sadrži nekoliko vjerovatnih mjesta fosforilacije na ostacima serina, treonina i tirozina.[9]
- Mesta fosforilacije serina: pozicije aminokiselina 77, 213, 315 i 322.
- Mjesto fosforilacije treonina: pozicija aminokiselina 53.
- Mjesto fosforilacije tirozina: pozicija aminokiselina 274.
Mjesta sumoilacije
urediPostoji jedno vjerovatno mjesto sumoilacije unutar CCDC109B, na aminokiselinskom ostatku 306, a to je lizin.[10] This residue is highly conserved among orthologs.
Iako je poznato da je CCDC109B transmembranski protein, pravilno savijanje njegovog N-terminala i C-kraja nije jasno.
Homologija
urediCCDC109B pokazuje konzerviranost kod kičmenjaka, uključujući sisare, ptice, gmizavce i vodozemce. Postoji određena konzervacija u ranijim organizmima kao što su muhe, gliste i biljke, ali postotak identiteta je vrlo nizak i ovi organizmi imaju mnogo ortolognih struktura koje možda nisu CCDC109B. Ortolozi pronađeni u organizmima koji nisu kičmenjaci mogu zapravo biti paralozi CCDC109B koji još uvijek proizvodi određeni identitet CCDC109B.
Tabela ispod prikazuje konzerviranost CCDC109B među odabranim kičmenjacima.
| Rod i vrsta | Uobičajeno ime | Divergencija od ljudi (milioni godina) [11] | NCBI Protein Accession | Sequence Similarity [7] | Protein Length |
|---|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens | Čovjek | -- | NP_060388.2 | 100% | 336 |
| Pongo abelii | Orangutan | 15,7 | XP_002815099 | 96% | 336 |
| Ailuropoda melanoleuca | Panda | 94.2 | XP_002929388.1 | 86% | 469 |
| Felis catus | Domaća mačka | 94,2 | XP_003985143.1 | 86% | 333 |
| Oryctolagus cuniculus | Kunić | 92,3 | XP_002717237.1 | 83% | 325 |
| Canis lupus familiaris | Domaći pas | 94.2 | XP_535692.2 | 82% | 337 |
| Bos taurus | Govedo | 94,1 | NP_001068639.1 | 81% | 335 |
| Cricetulus griseus | Hrčak | 92,3 | XP_003512344.1 | 79% | 348 |
| Mus musculus | Miš | 92,3 | NP_080055.2 | 74% | 345 |
| Loxodonta africana | Slon | 98,7 | XP_003410529.1 | 74% | 428 |
| Gallus gallus | Kokoš | 296 | XP_420651.3 | 63% | 345 |
| Anolis carolinensis | Gušter | 296 | XP_003221841.1 | 59% | 319 |
| Sarcophilus harrisii | Tasmanijski đavo | 162.6 | XP_003772954.1 | 59% | 342 |
| Xenopus laevis | Frog | 371,2 | NP_001087837.1 | 55% | 319 |
Paralog CCDC109B
urediCCDC109B ima jedan paralog u čovjekovom genomu. Ovaj paralog je CCDC109A, poznatiji je kao Mitohondrijski kalcijev uniporter (MCU).[8] MCU se nalazi u unutrašnjoj membrani mitohondrija, kao oligomer koji transportuje ione kalcija u mitohondrije. MCU je bitna komponenta mitohondrijske membrane, a utišavanje MCU-a ukida unos kalcija. DIME motiv, koji je također konzerviran u CCDC109B, odgovoran je za unos kalcija i mutacija u ovoj regiji, inhibira ovu funkciju.[8] CCDC109B i MCU dijele 43% identiteta u kojem je DIME motiv u potpunosti konzerviran.
Profil ekspresije
uredi
CCDC109B se eksprimira u visokim nivoima u imunskom cirkulatornom sistemu.[12] CCDC109B se eksprimira u B–, dendritskim i T-ćelijama, te prirodnim ćelijama ubicama. Ekspresija CCDC109B nije prisutna u ljudskom masnom tkivu, nadbubrežnim žlijezdama, mokraćnoj bešici, koštanoj srži, uhu, jednjaku, larinksu, paratireoidnoj žlijezdi, hipofizi, slezeni, štitnoj žlijezdi, traheji ili tkivima pupčane vrpce[13]
Klinički zn ačaj
urediCCDC109B može doprinijeti brojnim bolestima, uključujući različite limfome i leukemije.[14] Promjene u ekspresiji CCDC109B također su prisutne kod drugih bolesti kao što su glioblastomi, Daudi Burkittov limfom, Duchenneova mišićna distrofija, karcinomi dojke i promijelocitna leukemija HL-60. CCDC109B također može doprinijeti atopijskom dermatitisu lezijama kože i Jobovom sindromu.[15] Međutim, mehanizmi koji stoje iza uloge CCDC109B u ovim bolestima su nejasni i nisu dobro okarakterisani kroz istraživanja.
CCDC109B ima promotorsko područje koje sadrži mjesta za vezivanje transkripcijskog faktora. Ova regija promotora duga je približno 500 nukleotida i nalazi se neposredno prije početka translacije. Značajni faktori transkripcije koji vezuju CCDC109B uključuju:[16]
- Faktori domena glave viljuške (FKHD)
- Faktori mijeloidnog cinkovog prsta 1 (MZF1)
- Gen pleomorfnog adenoma (PLAG)
- C2H2 faktori transkripcije cinkovog prsta 2 (ZF02)
- Porodica transkripcionih faktora SMAD kičmenjaka (SMAD)
- Potporodica klase B bHLH uvijenih faktora transkripcije (RUKA)
- CCAAT/ Pojačivač vezujućih proteina (CEBP)
- Jedarni faktor aktiviranih T-ćelija (NFAT)
Ćelijski proteini
urediCCDC109B stupa u interakciju sa ZBTB16, koji je transkripcijski faktor cinkovog prsta i ima vjerovatnu ulogu u razgradnji proteina. Interakcija CCDC109B sa ZBTB16 određena je skrningom dvohibridnog kvasca[17] Još uvijek nije jasno kako CCDC109B stupa u interakciju sa ZBTB16.
Drugi proteini sa kojima CCDC109B stupa u interakciju još su nepoznati.
Reference
uredi- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000005059 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000027994 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "UniProt, Q9NWR8" (jezik: engleski). Pristupljeno 22. 10. 2021.
- ^ "NCBI AceView CCDC109B". Pristupljeno 10. 10. 2016.
- ^ a b c "NCBI BLAST".
- ^ a b c Baughman JM, Perocchi F, Girgis HS, Plovanich M, Belcher-Timme CA, Sancak Y, Bao XR, Strittmatter L, Goldberger O, Koteliansky V, Mootha VK (2011). "Integrative genomics identifies MCU as an essential component of the mitochondrial calcium uniporter". Nature. 476 (7360): 341–345. doi:10.1038/nature10234. PMC 3486726. PMID 21685886.
- ^ "NetPhos".
- ^ "SUMOPlot Analysis Program".
- ^ "Time Tree".
- ^ "GEOProfile CCDC109B".
- ^ "NCBI EST".
- ^ "Genevestigator". Arhivirano s originala, 11. 7. 2011.
- ^ Rebane A, Zimmermann M, Aab A, Baurecht H, Koreck A, Karelson M, et al. (maj 2012). "Mechanisms of IFN-γ-induced apoptosis of human skin keratinocytes in patients with atopic dermatitis". J Allergy Clin Immunol. 129 (5): 1297–1306. doi:10.1016/j.jaci.2012.02.020. PMID 22445417.
- ^ "Genomatix ElDorado". Arhivirano s originala, 2. 12. 2021. Pristupljeno 22. 10. 2021.
- ^ "GeneCards ZBTB16".
