RTRAF
Faktor transcripcije, translascije i transporta RNK je protein koji je kod ljudi kodiran genom RTRAF.[5][6]
Hartz (2014) locirala je gen C14ORF166 na hromosomu 14, skvenca q22.1, na osnovu poravnavanja sekvence C14ORF166 (GenBank AF151857) sa genomskom sekvencom (GRCh38).[7] CLE ili C14ORF166 je sržna komponenta različitih granula koje transportuju citosolnu RNK, splajsosome i kompleks ligaza koje spajaju tRNK. Također stupa u interakciju s enzimima koji prerađuju RNK i modulira transkripciju ovisnu o RNK-polimerazi II (sažetak Perez-Gonzalez et al., 2014).[8]
Aminokiselinska sekvenca
urediDužina polipeptidnog lanca je 244 aminokiseline, a molekulska težina 28.068 Da.[9]
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MFRRKLTALD | YHNPAGFNCK | DETEFRNFIV | WLEDQKIRHY | KIEDRGNLRN | ||||
| IHSSDWPKFF | EKYLRDVNCP | FKIQDRQEAI | DWLLGLAVRL | EYGDNAEKYK | ||||
| DLVPDNSKTA | DNATKNAEPL | INLDVNNPDF | KAGVMALANL | LQIQRHDDYL | ||||
| VMLKAIRILV | QERLTQDAVA | KANQTKEGLP | VALDKHILGF | DTGDAVLNEA | ||||
| AQILRLLHIE | ELRELQTKIN | EAIVAVQAII | ADPKTDHRLG | KVGR |
- Simboli
Kloniranje i ekspresija
urediZa identifikaciju proteina u interakciji s devetinom (NIN), Howng et al. (2004) izveli su 2-hibridni skrining kvasca u biblioteci cDNK ljudskih sjemenika, koristeći C-terminalni domen NIN-a kao sondu i identificirali C14ORF166, koji su nazvali CGI99. Pretpostavljeni 244-aminokiselinski protein ima predviđenu molekulsku masu od 28,1 kD i sadrži signal jedarne lokalizacije i C-terminalnu strukturu upredene zavojnice. Fluorescentna mikroskopija HeLa ćelija, lokaliziranih C14ORF166 u jedarnom odjeljku s nekim označenim žarištima u perijedarnoj regiji; međutim, C14ORF166 se također lokalizirao na tijelu vretena tokom metafaze.
Northern blot analiza otkrila je transkript od 1,1 kb u većini pregledanih tkiva odraslih ljudi. Najveća ekspresija bila je u srcu i skeletnim mišićima, zatim u gušterači, jetri, posteljici i bubrezima, a ekspresija nije otkrivena u mozgu i plućima. Transkript C14ORF166 eksprimiran je na višim nivoima u mozgu i plućima fetusa, u usporedbi s mozgom i plućima odraslih, što ukazuje na potencijalnu ulogu u razvoju.
Korištenjem PA podjedinice RNK-polimeraze virusa gripe A u 2-hibridnom skriningu kvaščeve biblioteke cDNK ljudskog bubrega, nakon čega je prošao skrining biblioteke cDNK HeLa ćelija, Huarte et al. (2001) klonirali C14ORF166, koji su nazvali CLE. Northern blot analiza otkrila je veliki transkript od 1,2 kb u svim pregledanim tkivima i manji transkript od 3,5 kb u većini tkiva. CLE obilježen epitopom lokaliziran je pretežno u citoplazmi transficiranih ćelija COS-1, ali neke lokalizirane i u jedrima.
Funkcija gena
uredi2-hibridnom analizom kvasca i GST pull-down testom, Howng et al. (2004) otkrili su da struktura C-terminala upredene zavojnice C14ORF166 posebno stupa u interakciju s domenom upredene zavojnice C-terminala NIN-a, ali ne i s domenom njegove dimerizacije. GST padajući test sugerira da C14ORF166 tvori dimer. Utvrđeno je da su koekspresijski NIN i C14ORF166 djelimično kolokalizirani u centrosomima HeLa ćelija tokom interfaze, a mogu se kolokalizirati na tijelu vretena tokom metafaze. Interakcija između C14ORF166 i NIN-a mogla bi blokirati fosforilizaciju NIN-a GSK3B. Primijetili su da se područje NIN-a koje se veže za C14ORF166 preklapa s mjestom vezivanja GSK3B, što ukazuje na to da C14ORF166 može regulirati funkciju NIN-a konkurirajući GSK3B.[10]
RT-PCR analiza otkrila je prekomjernu ekspresiju C14ORF166 u 22 od 26 tumora mozga kod ljudi. Nije bilo značajne razlike u ekspresiji između različitih tumora mozga, čak ni tumora niskog i visokog stupnja, što sugerira da prekomjerna ekspresija C14ORF166 može biti uključena u rane faze stvaranja tumora mozga, ali ne i malignu progresiju tumora mozga. Koristeći in vitro test vezanja proteina, Huarte et al. (2001) potvrdili su da je CLE u interakciji s virusnom PA. Za interakciju su bile potrebne dvije regije unutar C-terminala PA. CLE je interakcijom sa PA također reagirao s transkripcijski aktivnim rekonstituiranim virusnim ribonukleoproteinima u ćelijama COS-1.
Perez-Gonzalez et al. (2006) pokazali su da je CLE lokaliziran na jedarnim mjestima aktivne sinteze iRNK u ljudskim i psećim ćelijama. CLE se nije kolokalizirao sintezom nukleolusne RNK. CLE i različiti fosforilirani oblici najveće podjedinice RNK-polimeraze (RNAP) II (POLR2A) koimunoprecipitirani su i kolokalizirani, a povezanost CLE s RNAP II bila je vatrostalna na inhibiciju transkripcije usmjerene na RNAP II. Utišavanje CLE interferencijom RNK, inhibiralo je RNAP II usmjerenu sintezu RNK za oko 50%. Analizom mikrozraka identificirano je 290 gena koji su pokazali 1,5 ili veću promjenu ekspresije nakon utišavanja CLE-a, a više od 90% ovih gena imalo je sniženu ekspresiju. Štaviše, do 10% (2.322) od ukupno analiziranih gena smanjeno je za jedan puta pod utišavanjem CLE.
Masenom spektrometrijskom analizom tripskih peptida imunoprecipitiranih sa CLE, iz ćelija HEK293T, Perez-Gonzalez et al. (2014) identifikovali su proteinski kompleks od 220 do 480 kD koji je uključivao DDX1, HSPC117 (RTCB) i FAM98B, pored CLE; kompleks je takođe uključivao i RNK. Regulacija CLE u HEK293T zavisna od kratkih ukosnica, zavisna od RNK, smanjila je jedarnu i citosolnu akumulaciju DDX1, HSPC117 i FAM98B. Prekomjerna ekspresija CLE stabilizirala je kompleks u oba odjeljka, a liječenje RNazom uzrokovalo je djelomičnu disocijaciju CLE i HSPC117, sugerirajući da se radi o kompleksu ribonukleoproteina. Inhibicija transkripcije smanjila je jedarni unos kompleksa, što je rezultiralo citosolnom akumulacijom CLE.[11][12]
Reference
uredi- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000087302 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000021807 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ Lai CH, Chou CY, Ch'ang LY, Liu CS, Lin W (Aug 2000). "Identification of novel human genes evolutionarily conserved in Caenorhabditis elegans by comparative proteomics". Genome Res. 10 (5): 703–13. doi:10.1101/gr.10.5.703. PMC 310876. PMID 10810093.
- ^ "RTRAF RNA transcription, translation and transport factor [ Homo sapiens (human) ]". Pristupljeno 28. 4. 2019.
- ^ Hartz, P. A. Personal Communication. Baltimore, Md. 12/18/2014.
- ^ Perez-Gonzalez, A., Pazo, A., Navajas, R., Ciordia, S., Rodriguez-Frandsen, A., Nieto, A. hCLE/C14orf166 associates with DDX1-HSPC117-FAM98B in a novel transcription-dependent shuttling RNA-transporting complex. PLoS One 9: e90957, 2014. Note: Electronic Article. PubMed: 24608264
- ^ "UniProt, Q9Y224". Pristupljeno 28. 7. 2021.
- ^ Howng, S.-L., Hsu, H.-C., Cheng, T.-S., Lee, Y.-L., Chang, L.-K., Lu, P.-J., Hong, Y.-R. A novel ninein-interaction protein, CGI-99, blocks ninein phosphorylation by GSK3-beta and is highly expressed in brain tumors. FEBS Lett. 566: 162-168, 2004. PubMed: 15147888
- ^ Huarte, M., Sanz-Ezquerro, J. J., Roncal, F., Ortin, J., Nieto, A. PA subunit from influenza virus polymerase complex interacts with a cellular protein with homology to a family of transcriptional activators. J. Virol. 75: 8597-8604, 2001. PubMed: 11507205
- ^ Perez-Gonzalez, A., Rodriguez, A., Huarte, M., Salanueva, I. J., Nieto, A. hCLE/CGI-99, a human protein that interacts with the influenza virus polymerase, is a mRNA transcription modulator. J. Molec. Biol. 362: 887-900, 2006. PubMed: 16950395
Dopunska literatura
uredi- Rual JF, Venkatesan K, Hao T, et al. (2005). "Towards a proteome-scale map of the human protein-protein interaction network". Nature. 437 (7062): 1173–8. Bibcode:2005Natur.437.1173R. doi:10.1038/nature04209. PMID 16189514.
- Andersen JS, Lam YW, Leung AK, et al. (2005). "Nucleolar proteome dynamics". Nature. 433 (7021): 77–83. Bibcode:2005Natur.433...77A. doi:10.1038/nature03207. PMID 15635413.
- Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
- Howng SL, Hsu HC, Cheng TS, et al. (2004). "A novel ninein-interaction protein, CGI-99, blocks ninein phosphorylation by GSK3beta and is highly expressed in brain tumors". FEBS Lett. 566 (1–3): 162–8. doi:10.1016/j.febslet.2004.04.024. PMID 15147888.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002PNAS...9916899M. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Huarte M, Sanz-Ezquerro JJ, Roncal F, et al. (2001). "PA subunit from influenza virus polymerase complex interacts with a cellular protein with homology to a family of transcriptional activators". J. Virol. 75 (18): 8597–604. doi:10.1128/JVI.75.18.8597-8604.2001. PMC 115105. PMID 11507205.
- Dawson SJ, White LA (1992). "Treatment of Haemophilus aphrophilus endocarditis with ciprofloxacin". J. Infect. 24 (3): 317–20. doi:10.1016/S0163-4453(05)80037-4. PMID 1602151.