FAM193A

FAM193A
Identifikatori
Aliasi	FAM193A
Vanjski ID-jevi	MGI: 2447768 HomoloGene: 2746 GeneCards: FAM193A
Lokacija gena (čovjek)
Hrom.	Hromosom 4 (čovjek)
Kraj	2,732,573 bp
Lokacija gena (miš)
Hrom.	Hromosom 5 (miš)
Kraj	34,643,800 bp
Ortolozi
	8603
	231128
	ENSG00000125386
	ENSMUSG00000037210
	P78312
	Q8CGI1
NM_001256666; NM_001256667; NM_001256668; NM_003704; NM_001366316;
	NM_001366318
	NM_001030306; NM_001243123
NP_001243595; NP_001243596; NP_001243597; NP_003695; NP_001353245;
	NP_001353247
	NP_001230052
	Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek	Pogledaj/uredi – miš

Član A porodice proteina sa sličnošću sekvence 193 jest protein koji je kod ljudi kodiran genom FAM193A sa hromosoma 4, pozicija p16.3.^[5]^[6] FAM193A je također poznat kao C4orf8, otvoreni okvir čitanja 8 hromosoma 4, RES4-22, protein IT143 i hipotetski protein LOC86032.^[7]

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 1.265 aminokiselina, а molekulska težina 139.988 Da.^[8]

C: Cistein

D: Asparaginska kiselina

E: Glutaminska kiselina

F: Fenilalanin

G: Glicin

H: Histidin

I: Izoleucin

K: Lizin

L: Leucin

M: Metionin

N: Asparagin

P: Prolin

Q: Glutamin

R: Arginin

S: Serin

T: Treonin

V: Valin

W: Triptofan

Y: Tirozin

10	20	30	40	50
MKVRLLRQLS	AAAKVKAPSG	LQGPPQAHQF	ISLLLEEYGA	LCQAARSIST
FLGTLENEHL	KKFQVTWELH	NKHLFENLVF	SEPLLQSNLP	ALVSQIRLGT
TTHDTCSEDT	YSTLLQRYQR	SEEELRRVAE	EWLECQKRID	AYVDEQMTMK
TKQRMLTEDW	ELFKQRRFIE	EQLTNKKAVT	GENNFTDTMR	HMLSSRLSMP
DCPNCNYRRR	CACDDCSLSH	ILTCGIMDPP	VTDDIHIHQL	PLQVDPAPDY
LAERSPPSVS	SASSGSGSSS	PITIQQHPRL	ILTDSGSAPT	FCSDDEDVAP
LSAKFADIYP	LSNYDDTEVV	ANMNGIHSEL	NGGGENMALK	DESPQISSTS
SSSSEADDEE	ADGESSGEPP	GAPKEDGVLG	SRSPRTEESK	ADSPPPSYPT
QQAEQAPNTC	ECHVCKQEAS	GLTPSAMTAG	ALPPGHQFLS	PEKPTHPALH
LYPHIHGHVP	LHTVPHLPRP	LIHPTLYATP	PFTHSKALPP	APVQNHTNKH
QVFNASLQDH	IYPSCFGNTP	EWNSSKFISL	WGSEVMNDKN	WNPGTFLPDT
ISGSEILGPT	LSETRPEALP	PPSSNETPAV	SDSKEKKNAA	KKKCLYNFQD
AFMEANKVVM	ATSSATSSVS	CTATTVQSSN	SQFRVSSKRP	PSVGDVFHGI
SKEDHRHSAP	AAPRNSPTGL	APLPALSPAA	LSPAALSPAS	TPHLANLAAP
SFPKTATTTP	GFVDTRKSFC	PAPLPPATDG	SISAPPSVCS	DPDCEGHRCE
NGVYDPQQDD	GDESADEDSC	SEHSSSTSTS	TNQKEGKYCD	CCYCEFFGHG
GPPAAPTSRN	YAEMREKLRL	RLTKRKEEQP	KKMDQISERE	SVVDHRRVED
LLQFINSSET	KPVSSTRAAK	RARHKQRKLE	EKARLEAEAR	AREHLHLQEE
QRRREEEEDE	EEEEDRFKEE	FQRLQELQKL	RAVKKKKKER	PSKDCPKLDM
LTRNFQAATE	SVPNSGNIHN	GSLEQTEEPE	TSSHSPSRHM	NHSEPRPGLG
ADGDAADPVD	TRDSKFLLPK	EVNGKQHEPL	SFFFDIMQHH	KEGNGKQKLR
QTSKASSEPA	RRPTEPPKAT	EGQSKPRAQT	ESKAKVVDLM	SITEQKREER
KVNSNNNNKK	QLNHIKDEKS	NPTPMEPTSP	GEHQQNSKLV	LAESPQPKGK
NKKNKKKKGD	RVNNSIDGVS	LLLPSLGYNG	AILAHCNLRL	PGSSDCAASA
SQVVGITDDV	FLPKDIDLDS	VDMDETEREV	EYFKRFCLDS	ARQTRQRLSI
NWSNFSLKKA	TFAAH

Struktura

Koristeći NCBI-jev cBLAST pronađeno je pet struktura koje su donekle usklađene sa FAM193A. Od struktura su samo dvije ispitane za lanac A: RNK-polimeraza II iz Schizosaccharomyces pombe i lanac A tropomiozina. Poređenje sa prethodnom strukturom enzima iz pupajućeg kvasca Saccharomyces cerevisiae otkriva razlike u regionima koji su uključeni u odabir početne lokacije i interakciju transkripcijskih faktora. Ovi aspekti mehanizma transkripcije razlikuju se između S. pombe i S. cerevisiae, ali su konzervirani između S. pombe i ljudi. Promjene aminokiselina koje su očito odgovorne za strukturne razlike također su konzerviraneane između S. pombe i ljudi, što sugerira da struktura S. pombe može biti dobar surogat za strukturu ljudskog enzima.

Predviđena sekundarna struktura FAM193A ispitana preko predictprotein.org pokazala je da više od ¾ ostataka otkriva više od 16% svoje površine. Ovaj program takođe pokazuje da je FAM193A približno ½ alfa-heliksni.^[9]

Gen

Upoređujući varijacije prerade preko gena FAM193A pomoću Ensembla, pronađeno je 11 varijanti transkripata od kojih su tri pogrešni ili skraćeni proteini, a dva su zadržani introni iz ne-CDS transkripata.^[10] Svi predstavljeni transkripti otkrivaju potpuno istu početnu tačku u odnosu na egzon 1. Ovaj kontinuitet se vidi prko 5' UTR-a u svim alternativno prerađenim iRNK, sa izuzetkom u prerađenoj varijanti 4. Postoje tri područja unutar eksprimiranog proteina koja mogu imati motive; leucinski zatvarač unutar upredene zavojnice. Ova tri motiva leže unutar egzona 5, 16 i 17. Područja su ili eksprimirana ili potpuno pogrešna, a drugi dijelovi su eksprimirani.

Tkivna distribucija

Gen „FAM193A“ je uočen kao najeksprimiraniji, ispitivanjem intenziteta obojenosti iz njegovog EST profila Hs.652364, u tkivima embriona, limfnih čvorova, živaca, maternice, testisa, grkljana i nešto u krvi.^[11] Gen se eksprimira u brojnim zdravstvenim stanjima, naprimjer, tumorima nadbubrežnih žlijezda, hondrosarkoma i maternice, također je uključen u tumore mehkog/mišićnog tkiva.^[12]

Mikročip sa BRAINSPAN.org u okviru podataka prenatusnih LCM mikromreža pokazuje veliku količinu ekspresije FAM193A kod ljudi svuda u mozgu. Jedna od tri sonde pokazala je vrlo malu ekspresiju gena FAM193A (A_24_P126465). Najznačajnije strukture u smislu intenziteta signala iz mikromreže su; potiljačni režanj, hipokampusna formacija, globus pallidus, parahipokampusni girus, amigdala, ali relativno mala ekspresija u insuli.^[13]

Regulacija

FAM193A ima nekoliko specifičnih hemijsko-genskih interakcija odabranih iz objavljene literature. Interakcije sa aflatoksinom B1, mikotoksinom koji se pojavljuje u prirodi, ispitane su zbog kancerogenog potencijala procijenjenog primjenom biotestova hroničnosti na glodarima. Ovaj spojpovećava ekspresiju "FAM193A" iRNK i hijerarhijskim grupiranjem^[14] implicira ovaj gen u procese koji se odnose na makromolekule, ćelijsku organizaciju i regulaciju.^[15]

Dihidrotestosteron je androgen muškog spolnog hormona. Androgeni imaju važnu ulogu u održavanju i rastu ćelija prostate. U studiji koja je koristila ćelijsku liniju raka prostate LNCaP tretiranu dihidrotestosteronom i bikalutamidom tokom šest, 24 i 48 sati, registrirano je 56 različitih transkripata koji su pokazali homologiju sa faktorima transkripcije, regulatorima ćelijskog ciklusa, metaboličkim enzimima i hipotetskim proteinima. Ekspresija ovih gena pojačala je ispoljavanje FAM193A u prisustvu dihidrotestosterona tokom 48 sati.^[16]

Interaktivni proteini

Postoji novi gen, IRIZIO, koji kooperira sa PAX3-FOXO1, fuzijskim genom i može doprinijeti rabdomiosarkomagenezi kod djece. Pokazako se da je ovaj novi gen homologan sa FAM193 A korištenjem baze podataka Nacionalnog centra za informacije u biotehnologiji. Osnovni alat za pretraživanje lokalnog poravnanja otkrio je ukupnu homologiju od 53%. Nadalje, najveća sličnost je u posljednjih 76 aminokiselina (89% homologije) oba proteina.^[17]

Kvantitativna svojstva lokusa

Lokus kvantitativne osobine:^[18]

Svojstvo	Hromosom	Pozicija	p-vrijednost
Osjetljivost na tumor prostate QTL 185	4	751.056 – 26,751.056	0,0053
Osetljivost na infarkt miokarda QTL 19	4	1 – 13,115.992
Osjetljivost na tumor prostate QTL 351	4	751.056 – 26,751.056	0,00012

Srodni geni

Ortolozi

Primati: čimpanze i giboni, imaju najbliže grupe ortolognih proteina u odnosu na ljude (E-raspon = 0,0–0,0), koji su zajedno sa ostalima korišteni za višestruko poravnanje sekvenci (MSA). Svi MSA najbližeg kladusa ljudima potpali su pod isti oblik duplikacija. Ptice (zebrasta zeba, kokoši, ćurka) i ribe (zebrica, puferriba) su životinje koje su imale ovaj protein prije događaja duplikacije. Oni su pronađeni BLAST-ovim poređenjem ljudskog genoma. Transkripti RNK koji su tražili BLASTp protiv ljudskog genoma nisu dali nikakve rezultate od značaja. Slično, pronađene su životinje koje su daleki srodnici, pomoću BLAST-p-a, ali od podudarnih sekvenci proteina, samo mali dijelovi koreliraju sa FAM193A.

Paralozi

Podrška za jedan paralog, FAM193B, pokazuje homologiju sa krajem C-terminala FAM193A. FAM193B je dug 2961 nukleotida, dok je FAM193A 4710 i kada se poravna pomoću Biology Workbench-a dobio je nisku ocjenu od –4490.

Reference

^ ^a ^b ^c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000125386 - Ensembl, maj 2017
^ ^a ^b ^c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000037210 - Ensembl, maj 2017
^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ "Entrez Gene: Family with sequence similarity 193, member A".
^ Šablon:Gene
^ GeneCard za FAM193A
^ "UniProt, P78312" (jezik: engleski). Pristupljeno 26. 10. 2021.
^ PredictProtein - Sequence Analysis, Structure and Function Prediction
^ [1] Ensemble
^ [2] Unigene
^ [3] Unigene
^ Prenatal LMD Microarray :: BrainSpan: Atlas of the Developing Human Brain
^ Reich M, Liefeld T, Gould J, Lerner J, Tamayo P, Mesirov JP (maj 2006). "GenePattern 2.0". Nature Genetics. 38 (5): 500–1. doi:10.1038/ng0506-500. PMID 16642009. S2CID 5503897.
^ Mathijs K, Brauers KJ, Jennen DG, Boorsma A, van Herwijnen MH, Gottschalk RW, Kleinjans JC, van Delft JH (decembar 2009). "Discrimination for genotoxic and nongenotoxic carcinogens by gene expression profiling in primary mouse hepatocytes improves with exposure time". Toxicological Sciences. 112 (2): 374–84. doi:10.1093/toxsci/kfp229. PMID 19770486.
^ Coutinho-Camillo CM, Salaorni S, Sarkis AS, Nagai MA (april 2006). "Differentially expressed genes in the prostate cancer cell line LNCaP after exposure to androgen and anti-androgen". Cancer Genetics and Cytogenetics. 166 (2): 130–8. doi:10.1016/j.cancergencyto.2005.09.012. PMID 16631469.
^ Picchione F, Pritchard C, Lagutina I, Janke L, Grosveld GC (april 2011). "IRIZIO: a novel gene cooperating with PAX3-FOXO1 in alveolar rhabdomyosarcoma (ARMS)". Carcinogenesis. 32 (4): 452–61. doi:10.1093/carcin/bgq273. PMC 3105580. PMID 21177767.
^ FAM193A QTL (quantitative trait loci) Search Result - Rat Genome Database

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000125386 - Ensembl, maj 2017

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000037210 - Ensembl, maj 2017

[3] "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[4] "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[entrez-5] "Entrez Gene: Family with sequence similarity 193, member A".

[GeneNames-6] Šablon:Gene

[GeneCard-7] GeneCard za FAM193A

[UniProt-8] "UniProt, P78312" (jezik: engleski). Pristupljeno 26. 10. 2021.

[PProtein-9] PredictProtein - Sequence Analysis, Structure and Function Prediction

[Ensemble-10] [1] Ensemble

[Unigene-11] [2] Unigene

[autogenerated1-12] [3] Unigene

[BrainSpan-13] Prenatal LMD Microarray :: BrainSpan: Atlas of the Developing Human Brain

[Cluster-14] Reich M, Liefeld T, Gould J, Lerner J, Tamayo P, Mesirov JP (maj 2006). "GenePattern 2.0". Nature Genetics. 38 (5): 500–1. doi:10.1038/ng0506-500. PMID 16642009. S2CID 5503897.

[Aflatoxin-15] Mathijs K, Brauers KJ, Jennen DG, Boorsma A, van Herwijnen MH, Gottschalk RW, Kleinjans JC, van Delft JH (decembar 2009). "Discrimination for genotoxic and nongenotoxic carcinogens by gene expression profiling in primary mouse hepatocytes improves with exposure time". Toxicological Sciences. 112 (2): 374–84. doi:10.1093/toxsci/kfp229. PMID 19770486.

[Dihydrotestosterone-16] Coutinho-Camillo CM, Salaorni S, Sarkis AS, Nagai MA (april 2006). "Differentially expressed genes in the prostate cancer cell line LNCaP after exposure to androgen and anti-androgen". Cancer Genetics and Cytogenetics. 166 (2): 130–8. doi:10.1016/j.cancergencyto.2005.09.012. PMID 16631469.

[Irizio-17] Picchione F, Pritchard C, Lagutina I, Janke L, Grosveld GC (april 2011). "IRIZIO: a novel gene cooperating with PAX3-FOXO1 in alveolar rhabdomyosarcoma (ARMS)". Carcinogenesis. 32 (4): 452–61. doi:10.1093/carcin/bgq273. PMC 3105580. PMID 21177767.

[QTLs-18] FAM193A QTL (quantitative trait loci) Search Result - Rat Genome Database

[5]

[6]

[7]

[1]

[2]

[3]

[4]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]