QRICH1, znan i kao glutaminom bogati protein 1, jest protein koji je kod ljudi kodiran genom QRICH1 sa hromosoma 3.[5] Jedna od značajnijih karakteristika ovog proteina je da sadrži domen aktiviranja regrutacuje kaspaza, također poznat kao CARD-domen.[6] Kao posjedovanja ovog domena, vjeruje se da je QRICH1 uključen u apoptotske, upalne i imunske puteve odgovora domaćina.[7]

QRICH1
Identifikatori
AliasiQRICH1
Vanjski ID-jeviOMIM: 617387 MGI: 1916482 HomoloGene: 9803 GeneCards: QRICH1
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 3 (čovjek)
Hrom.Hromosom 3 (čovjek)[1]
Hromosom 3 (čovjek)
Genomska lokacija za QRICH1
Genomska lokacija za QRICH1
Bend3p21.31Početak49,029,707 bp[1]
Kraj49,094,363 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 9 (miš)
Hrom.Hromosom 9 (miš)[2]
Hromosom 9 (miš)
Genomska lokacija za QRICH1
Genomska lokacija za QRICH1
Bend9|9 F2Početak108,394,005 bp[2]
Kraj108,437,362 bp[2]
Ontologija gena
Molekularna funkcija GO:0001948, GO:0016582 protein binding
GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
DNA binding
molecular function
Ćelijska komponenta citoplazma
Nukleoplazma
ćelijska komponenta
Jedro
Biološki proces cytoskeleton organization
regulation of cell morphogenesis
GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II
multicellular organism development
GO:0022610 biološki proces
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)
NM_017730
NM_198880
NM_001320580
NM_001320581
NM_001320582

NM_001320583
NM_001320584
NM_001320585

NM_001114119
NM_175143

RefSeq (bjelančevina)
NP_001307509
NP_001307510
NP_001307511
NP_001307512
NP_001307513

NP_001307514
NP_060200
NP_942581
NP_060200.2
NP_942581.1
NP_001307509.1
NP_001307510.1
NP_001307511.1
NP_001307512.1
NP_001307513.1
NP_001307514.1

NP_001107591
NP_780352

Lokacija (UCSC)Chr 3: 49.03 – 49.09 MbChr 9: 108.39 – 108.44 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Aminokiselinska sekvenca uredi

Dužina polipeptidnog lanca je 776 aminokiselina, а molekulska težina 86.436 Da.[8]

1020304050
MNNSLENTISFEEYIRVKARSVPQHRMKEFLDSLASKGPEALQEFQQTAT
TTMVYQQGGNCIYTDSTEVAGSLLELACPVTTSVQPQTQQEQQIQVQQPQ
QVQVQVQVQQSPQQVSAQLSPQLTVHQPTEQPIQVQVQIQGQAPQSAAPS
IQTPSLQSPSPSQLQAAQIQVQHVQAAQQIQAAEIPEEHIPHQQIQAQLV
AGQSLAGGQQIQIQTVGALSPPPSQQGSPREGERRVGTASVLQPVKKRKV
DMPITVSYAISGQPVATVLAIPQGQQQSYVSLRPDLLTVDSAHLYSATGT
ITSPTGETWTIPVYSAQPRGDPQQQSITHIAIPQEAYNAVHVSGSPTALA
AVKLEDDKEKMVGTTSVVKNSHEEVVQTLANSLFPAQFMNGNIHIPVAVQ
AVAGTYQNTAQTVHIWDPQQQPQQQTPQEQTPPPQQQQQQLQVTCSAQTV
QVAEVEPQSQPQPSPELLLPNSLKPEEGLEVWKNWAQTKNAELEKDAQNR
LAPIGRRQLLRFQEDLISSAVAELNYGLCLMTREARNGEGEPYDPDVLYY
IFLCIQKYLFENGRVDDIFSDLYYVRFTEWLHEVLKDVQPRVTPLGYVLP
SHVTEEMLWECKQLGAHSPSTLLTTLMFFNTKYFLLKTVDQHMKLAFSKV
LRQTKKNPSNPKDKSTSIRYLKALGIHQTGQKVTDDMYAEQTENPENPLR
CPIKLYDFYLFKCPQSVKGRNDTFYLTPEPVVAPNSPIWYSVQPISREQM
GQMLTRILVIREIQEAIAVANASTMH

Gen uredi

Gen QRICH1 dug je 64.363 parova baza i kodira transkript iRNK dužine 3331 bp.[9] QRICH1 nalazi se na hromosomskoj poziciji 3p21.31 i sadrži 11 egzona.[10] Genomska sekvenca počinje na baznom paru 49,057.531 i završava se na baznom paru 49,141.201.[9]

 
Gensko susjedstvo QRICH1 koje je konstruirao NCBI Gene.[11]

Protein uredi

Protein bogat glutaminom 1 dug je 776 aminokiselina. Glutaminski ostaci su u izobilju, a sastoje se od 109 aminokiselina ili 14% ukupnog proteina.[12] Protein sadrži tri različita domena. Prvi, CARD domen, je član natporodice DEATH-nabora i uključen je u signalne puteve apoptoze, imunsku signalizaciju, upale i mehanizme odbrane domaćina.[6] Drugi domen bogat glutaminom sadrži većinu proteina i visoko je konzerviran među ortolozima.[6] Treći domen je domen nepoznate funkcije (DUF3504) pronađen blizu kraja sekvencu proteina.[6] Sva tri ova domena su dobro konzervirana preko tipskih ortologa.

Funkcija uredi

Naučna zajednica nije dobro razumjela tačnu funkciju QRICH1. Međutim, smatra se da je uključen u procese kao što su upala i apoptoza zbog prisustva CARD-domena, blizu početka sekvence proteina.[7] Predviđeno je da se ovaj protein nalazi na jedru i poznato je da stupa u interakciju s proteinima ATXN1 i ATF7IP prikazanim na slici gore.[13]

Predviđena svojstva uredi

Svojstva QRICH1 koja su predviđena pomoću Bioinformatics alata:

Ekspresija uredi

QRICH1 je eksprimiran na visokom nivou, 3,3 puta većem od prosječnog gena.[23] Eksprimira se sveprisutno u cijelom ljudskom tijelu, iako podaci EST profila otkrivaju da je QRICH1 posebno izražen u tkivima kao što su timus, sjemenici, moždana kora i druga područja mozga, traheja i u embrionskom tkivu. Zdravstvena stanja kao što su tumori zametnih ćelija, leukemija, limfom i hondrosarkom također imaju visoku ekspresiju QRICH1.

Homologija uredi

Ortolozi uredi

QRICH1 je visoko konzerviran među ortolozima sisavra, zajedno sa drugim hordatima kao što su ribe, ptice i vodozemci. Gen ima određenu konzervaciju među insektima, ali nije bilo ortologa u biljkama, gljivama ili kvascima.[24]

Rod i vrsta Uobičajeno ime Pristupni broj Identitet sekvence Sličnost sekvence Dužina (AA)
Pan troglodytes Čimpanza XP_001161499.1 99% 99% 766
Macaca mulatta Rezus-makak XP_001110386.2 99% 99% 659
Pongo abelii Orangutan XP_002813809.1 99% 99% 777
Mus musculus Kućni miš NP_780352.2 99% 99% 777
Rattus norvegicus Smeđi pacov NP_001128004.1 99% 99% 687
Canis familiaris Pas XP_850904.1 99% 99% 780
Bos taurus Govedo NP_001091484.1 99% 99% 779
Sus scrofa Divlja svinja XP_003132250.1 99% 99% 781
Oryctolagus cuniculus Evropsaki kunić XP_002713458.1 99% 99% 777
Ailuropoda melanoleuca Gigantski panda XP_002920598.1 99% 99% 780
Callithrix jacchus Marmozet XP_002758378.1 99% 99% 777
Equus caballus Konj XP_001498380.2 98% 98% 780
Monodelphis domestica Oposum XP_001367745.1 95% 97% 776
Gallus gallus Kokoš XP_001233527.1 94% 96% 773
Ornithorhynchus anatinus Kljunar XP_001505372.1 94% 95% 741
Taeniopygia guttata Zebrasta zeba XP_002187824.1 93% 97% 772
Xenopus laevis Afrička kandžasta žaba NP_001083416.1 79% 85% 755
Tetraodon nigroviridis Pufer-riba CAG11318.1 71% 80% 729
Danio rerio Zebrica NP_001020633.1 63% 73% 717
Apis mellifera Pčela XP_624959.2 47% 64% 1356
Camponotus floridanus Mrav sjekač EFN71787.1 45% 63% 1724

Paralozi uredi

QRICH1 ima pet paraloga od kojih svi kodiraju protein cinkovog prsta.[25]

Reference uredi

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000198218 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000006673 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ "Entrez Gene: QRICH1 glutamine-rich 1". Pristupljeno 22. 4. 2011.
  6. ^ a b c d "UniprotKB". Pristupljeno 3. 3. 2011.
  7. ^ a b "The Pawson Lab: CARD Domain". Arhivirano s originala, 28. 9. 2011. Pristupljeno 28. 4. 2011.
  8. ^ "UniProt, Q2TAL8" (jezik: engleski). Pristupljeno 5. 11. 2021.
  9. ^ a b "Gene: 54780". Pristupljeno 2. 2. 2011.
  10. ^ "GenBank: Homo Sapiens glutamine-rich 1 (QRICH1), transcript variant 1, mRNA". Pristupljeno 29. 1. 2011.
  11. ^ "NCBI Gene: 54870". Pristupljeno 2. 2. 2011.
  12. ^ "SAPS: Biology Workbench". Pristupljeno 19. 4. 2011.
  13. ^ "Predicted Functional Partners". Pristupljeno 1. 5. 2017.
  14. ^ Brendel V, Bucher P, Nourbakhsh IR, Blaisdell BE, Karlin S (mart 1992). "Methods and algorithms for statistical analysis of protein sequences". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 89 (6): 2002–6. Bibcode:1992PNAS...89.2002B. doi:10.1073/pnas.89.6.2002. PMC 48584. PMID 1549558.
  15. ^ "Computer pI/Mw". Arhivirano s originala, 28. 3. 2010. Pristupljeno 11. 4. 2011.
  16. ^ "PhosphoSitePlus". Pristupljeno 13. 4. 2011.
  17. ^ "NetPhos". Pristupljeno 13. 4. 2011.
  18. ^ "Sulfinator". Pristupljeno 11. 4. 2011.
  19. ^ Bendtsen JD, Nielsen H, von Heijne G, Brunak S (juli 2004). "Improved prediction of signal peptides: SignalP 3.0". Journal of Molecular Biology. 340 (4): 783–95. doi:10.1016/j.jmb.2004.05.028. PMID 15223320.
  20. ^ "STRING8.3". Pristupljeno 22. 4. 2011.
  21. ^ "Spinocerebellar ataxia type 1". Pristupljeno 22. 4. 2011.
  22. ^ "Activating Transcription Factor 7 Interacting Protein". Pristupljeno 23. 4. 2011.
  23. ^ "AceView: Homo sapiens complex locus QRICH1, encoding glutamine-rich 1". Pristupljeno 16. 2. 2011.
  24. ^ "BLAST". Pristupljeno 16. 2. 2011.
  25. ^ "GeneCards". Pristupljeno 18. 4. 2011.

Ovaj članak uključuje tekst iz Nacionalne medicinske biblioteke Sjedinjenih Država, koji je u javnom vlasništvu.