MAP11
MAP11 (skr. od: Mikroubula-asocirani protein 11) je protein koji je kod ljudi kodiran genom MAP11. Ranije je vio poznat pod generičkim imenom C7orf43.[1] C7orf43 nema drugi ljudski pseudonim, ali se u miševa može naći kao BC037034.[2]
| MAP11 | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||
| Aliasi | |||||||
| Vanjski ID-jevi | GeneCards: [1] | ||||||
| Ortolozi | |||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||
| Entrez |
|
| |||||
| Ensembl |
|
| |||||
| UniProt |
| ||||||
| RefSeq (mRNK) |
|
| |||||
| RefSeq (bjelančevina) |
|
| |||||
| Lokacija (UCSC) | n/a | n/a | |||||
| PubMed pretraga | n/a | n/a | |||||
| Wikipodaci | |||||||
| |||||||
Aminokiselinska sekvenca
urediDužina polipeptidnog lanca je 580 aminokiselina, а molekulska težina 62.597 Da.[3].
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MESQCDYSMY | FPAVPLPPRA | ELAGDPGRYR | ALPRRNHLYL | GETVRFLLVL | ||||
| RCRGGAGSGT | GGGPGLGSRG | AWAELATALA | ALASVSAGGG | MPGGGGAGDQ | ||||
| DSEPPGGGDP | GGGGLFRGCS | PLLTHGPGPA | TSGGATTLPV | EEPIVSTDEV | ||||
| IFPLTVSLDR | LPPGTPKAKI | VVTVWKREIE | APEVRDQGYL | RLLQTRSPGE | ||||
| TFRGEQSAFK | AQVSTLLTLL | PPPVLRCRQF | TVAGKHLTVL | KVLNSSSQEE | ||||
| ISIWDIRILP | NFNASYLPVM | PDGSVLLVDN | VCHQSGEVSM | GSFCRLPGTS | ||||
| GCFPCPLNAL | EEHNFLFQLR | GGEQPPPGAK | EGLEVPLIAV | VQWSTPKLPF | ||||
| TQSIYTHYRL | PSVRLDRPCF | VMTASCKSPV | RTYERFTVTY | TLLNNLQDFL | ||||
| AVRLVWTPEH | AQAGKQLCEE | ERRAMQAALD | SVVCHTPLNN | LGFSRKGSAL | ||||
| TFSVAFQALR | TGLFELSQHM | KLKLQFTASV | SHPPPEARPL | SRKSSPSSPA | ||||
| VRDLVERHQA | SLGRSQSFSH | QQPSRSHLMR | SGSVMERRAI | TPPVASPVGR | ||||
| PLYLPPDKAV | LSLDKIAKRE | CKVLVVEPVK |
Kod ljudi, MAP11 nalazi se u dugom kraku hromosoma 7 (7q22.1), i nalazi se na negativnom (antisens) lancu.[1] Geni koji se nalaze oko C7orf43 uključuju GAL3ST4, LAMTOR4, GPC2.[1] Kod ljudi, C7orf43 ima devet otkrivenih uobičajenih jednonukleotidnih polimorfizama (SNP), koji se svi nalaze u nekodirajućim regijama i stoga ne utiču na aminokiselinsku sekvencu.[4]
MAP11 kodira dvije izoforme, dužu C7orf43 izoformu 1, od 2.585 sa 11 egzona i 10 intron.[1] C7orf43 izoforma 1 kodira protein dug 580 aminokiselina s samo jednim mjestom poliadenilacije.[1] C7orf43 izoformA 2 duga je 2.085 parova baza i kodira protein od 311 aminokiselina. U više navrata prijavljene su dvije dodatne izoforme koje kodiraju proteine sa 199 i 206 aminokiselina.[5]
Protein
urediSastav i domeni
urediLjudski protein MAP11 ima izoelektričnu tačku od 8,94. MAP11 također ima glicin-bogato područje koje obuhvata aminokiseline 54 do 134.[6] Analiza pomoću alata SAPS SDSC Biology Workbencha pokazala je da ovo područje bogato glicinom nije konzervirano u smislu specifičnih položaja ostataka glicina, ali je dobro konzervirano u ukupnom sadržaju glicina u sisara i gmizavaca, iako ne u košljoriba.[7][8] C7orf43 uglavnom je nenaelektrisan, a ova neutralna raspodjela naboja očuvana je kod sisara i gmizavaca, ali košljoribe imaju najmanje jednu skupinu negativnog naboja [7][8] Predviđeno je da C7orf43 nema signalni peptid u svojih prvih 70 aminokiselinskih ostataka. Međutim, predviđa se da vakuolno ciljani motiv u ljudskom proteinu počinje od ostatka 258.[9] Pokazalo se da je ovaj motiv vakuolnog ciljanja konzerviran kod sisara, gmizavaca, ptica, vodozemaca i košljoriba.
Tkivna ekspresija
urediMAP11 ima široko rasprostranjenu umjerenu ekspresiju sa varijabilnošću tkiva do tkiva kod ljudi i kod ostalih sisarskih vrsta.[10][11] Pokazalo se da je mišji ortolog C7orf43 sveprisutno izražen u mozgu,[12] kao i kod mišjeg embrionskom centralnog nervnog sistema.[13]
Regulacija
urediMAP11 ima jednu promotorsku regiju, uzvodno od svog mjesta za transkripciju, kako je predviđeno Genomatix. Ovaj promotor je dug 657 parova baza i nalazi se na pozicijama 99756182 do 99756838 pb u negativnom lancu hromosoma 7.[14] Postoji nekoliko mjesta vezanja transkripcijskog faktora. koja se nalaze u ovom promotoru, uključujući mjesta vezanja za cinkov prst i faktore transkripcije slične Kruppelu.[15] 20 najboljih mjesta vezivanja transkripcije koje je predvidio ElDorado iz Genomatixa navedeno je u sljedećoj tablici.
| Detaljni podaci o porodici | Detaljni podaci o matriksu | Početni položaj | Položaj kraja | Sidreni položaj | Lanac | Rezultat sličnosti matriksa | Sekvenca |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Brachyury gen, faktor razvoja mezoderma | T-kutijski transkripcijski faktor TBX20 | 617 | 645 | 631 | + | 1 | agcagccggAGGTgtcgggaccctctgga |
| C2H2 transkripcijski faktori cinkovog prsta 2 | KRAB-proteion 300 sa cinkovim prstom | 596 | 618 | 607 | + | 1 | ccggccgCCCCagccgggcgcag |
| Domenski faktori replikacijske viljuške | Alternativno prerađena varijanta FOXP1, aktivirana u ESC-ovima | 37 | 53 | 45 | – | 1 | aaaaaaaAACAaccctt |
| Gen pleomorfnog adenoma | Gen 1 pleomorfnog adenoma | 411 | 433 | 422 | – | 1 | gaGGGGgcggggtcccgctgctc |
| Gen pleomorfnog adenoma | Pleomorphic adenoma gene 1 | 464 | 486 | 475 | – | 1 | gaGGGGgcgtggccgccgaggcc |
| Transkripcijski faktor II B RNK-polimeraze II | Transkripcijski faktor II B (TFIIB) element prepoznavanja | 197 | 203 | 200 | + | 1 | ccgCGCC |
| Protein TGF-beta indicirane apoptoze | Cistein-serin-bogati jedarni protein 1 (AXUD1, AXIN1 nadregulirani 1) | 73 | 79 | 76 | – | 1 | AGAGtga |
| GC-kutijski faktori SP1/GC | Stimulirajući protein 1, sveprisutni faktor transkripcije cinkovih prstiju | 418 | 434 | 426 | – | 0,998 | ggaggGGGCggggtccc |
| Ljudski i mišji faktori ETS1 | Ets varijanta 3 | 486 | 506 | 496 | – | 0,996 | gagaaacaGGAAgcggaaggg |
| Kruepeloliki transkripcijski faktori | Krueppeloliki faktor obogaćen crijevima / KLF4 | 469 | 485 | 477 | – | 0,994 | agggggcGTGGccgccg |
| Dvošaki homeodomen transkripcijskih faktora cinkovog prsta | AREB6 (Atp1a1 regulatorni faktor vezanja elementa 6) | 495 | 507 | 501 | + | 0,994 | ttcctGTTTctct |
| Transkripcijski faktor RU49 cinkovog prsta, proliferecija cinkovog prsta 1 - Zipro1 | Transkripcijski faktor RU49 cinkovog prsta , proliferecija cinkovog prsta 1 - Zipro1). RU49 pokazuje snažnu sklonost vezivanju za tandemska ponavljanja minimalnog mjesta vezivanja za konsenzusni RU49. | 522 | 528 | 525 | + | 0,994 | cAGTAcc |
| Krueppeloliki transkripcijski faktori | Sržni promotor-vezujući protein (CPBP) sa 3 Krueppel-tipom cinkovih prstiju (KLF6, ZF9) | 418 | 434 | 426 | – | 0,992 | ggagGGGGcggggtccc |
| C2H2 transkripcijski faktori cinkovog prsta 7 | Protein 263 cinkovog prsta, ZKSCAN12 (zinc protein cinkovog prrsta 12 sa domenima KRAB i SCAN ) | 425 | 439 | 432 | + | 0,99 | cgccccCTCCtccac |
| C2H2 transkrippcijski faktori cinkovog prsta 6 | Protein cinkovog prsta i BTB sa domenom 7, oroto-onkogen FBI-1, Pokémon (preferira sekundarno vezanje DNK) | 252 | 264 | 258 | – | 0,989 | caaGACCaccctg |
| Krueppeloliki transkripcijski faktori | Kruppeloliki faktor 7 (sveprisutni, UKLF) | 416 | 432 | 424 | – | 0,989 | agggGGCGgggtcccgc |
| GC-kutijski faktori SP1/GC | Transkripcijski faktor Sp4 | 471 | 487 | 479 | – | 0,986 | ggagggGGCGtggccgc |
| Krueppeloliki transkripcijski faktori | Krueppeloliki faktor obogaćen crijevima | 137 | 153 | 145 | + | 0,986 | gggctcAAAGgatcctc |
| Krueppeloliki transkripcijski faktori | Krueppeloliki faktor 2 (plućni) (LKLF) | 641 | 657 | 649 | – | 0,986 | cgctaGGGTgggtccag |
| Ljudska i mišja varijanta and faktora ETS1 | Ets varijanta 1 | 6 | 26 | 16 | – | 0,984 | ttctcccaGGAAgattctcca |
Reference
uredi- ^ a b c d e "C7orf43 chromosome 7 open reading frame 43 [ Homo sapiens (human) ]". NCBI Gene. Pristupljeno 9. 5. 2015.
- ^ "BC037034 cDNA sequence BC037034 [ Mus musculus (house mouse) ]". NCBI Gene. Pristupljeno 9. 5. 2015.
- ^ "UniProt, Q8WVR3". Pristupljeno 26. 9. 2021.
- ^ "C7orf43 UCSC Genome Browser". UCSC Genome Browser. Pristupljeno 1. 5. 2015.
- ^ "Q8WVR3 -CG043_HUMAN". UniProt. Pristupljeno 8. 5. 2015.
- ^ "Uncharacterized protein C7orf43 [Homo sapiens]". NCBI Protein. Pristupljeno 8. 5. 2015.
- ^ a b Brendel, V.; Bucher, P.; Nourbakhsh, I.R.; Blaisdell, B.E. & Karlin, S. "Methods and algorithms for statistical analysis of protein sequences". SAPS (Statistical Analysis of PS). Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. PMID 1549558. Pristupljeno 26. 4. 2015.
- ^ a b "SDSC Biology Workbench". Department of Bioengineering. University of California Sand Diego. Pristupljeno 1. 5. 2015.
- ^ Nakai, K; Horton, P (januar 1999). "PSORT: a program for detecting sorting signals in proteins and predicting their subcellular localization". Trends in Biochemical Sciences. 24 (1): 34–6. doi:10.1016/s0968-0004(98)01336-x. PMID 10087920.
- ^ "C7orf43-Large-scale analysis of the human transcriptome (HG-U133A)". NCBI GEO Profiles. Pristupljeno 2. 4. 2015.
- ^ "C7orf43-Multiple normal tissues". NCBI GEO Profiles. Pristupljeno 2. 4. 2015.
- ^ "BC037034-sagittal". Allen Brain Atlas. Pristupljeno 2. 4. 2015.
- ^ "BC037034 expression". GenePaint. Arhivirano s originala, 26. 9. 2021. Pristupljeno 2. 4. 2015.
- ^ "C7orf43 promoter GXP_116482". Genomatix. Pristupljeno 5. 4. 2015.[mrtav link]
- ^ "C7orf43-promoter binding sites". Genomatix. Pristupljeno 5. 4. 2015.[mrtav link]
Dopunska literatura
uredi- Hartley JL, Temple GF, Brasch MA (2001). "DNA cloning using in vitro site-specific recombination". Genome Res. 10 (11): 1788–95. doi:10.1101/gr.143000. PMC 310948. PMID 11076863.
- Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R, et al. (2001). "Toward a catalog of human genes and proteins: sequencing and analysis of 500 novel complete protein coding human cDNAs". Genome Res. 11 (3): 422–35. doi:10.1101/gr.GR1547R. PMC 311072. PMID 11230166.
- Simpson JC, Wellenreuther R, Poustka A, et al. (2001). "Systematic subcellular localization of novel proteins identified by large-scale cDNA sequencing". EMBO Rep. 1 (3): 287–92. doi:10.1093/embo-reports/kvd058. PMC 1083732. PMID 11256614.
- Scherer SW, Cheung J, MacDonald JR, et al. (2003). "Human chromosome 7: DNA sequence and biology". Science. 300 (5620): 767–72. doi:10.1126/science.1083423. PMC 2882961. PMID 12690205.
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
- Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
- Wiemann S, Arlt D, Huber W, et al. (2004). "From ORFeome to biology: a functional genomics pipeline". Genome Res. 14 (10B): 2136–44. doi:10.1101/gr.2576704. PMC 528930. PMID 15489336.
- Mehrle A, Rosenfelder H, Schupp I, et al. (2006). "The LIFEdb database in 2006". Nucleic Acids Res. 34 (Database issue): D415–8. doi:10.1093/nar/gkj139. PMC 1347501. PMID 16381901.
Vanjski linkovi
uredi- Lokacija ljudskog genoma C7orf43 i stranica sa detaljima o genu C7orf43 u UCSC Genome Browseru.