CMTM2
CKLF-oliki MARVEL-ski protein 2 sa transmembranskim domenom je protein koji je kod ljudi kodiran genom CMTM2.[5]
| CMTM2 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | CMTM2 | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | OMIM: 607885 MGI: 2447311 HomoloGene: 88915 GeneCards: CMTM2 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 16: 66.58 – 66.59 Mb | Chr 8: 105.05 – 105.06 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Ovaj gen pripada superporodici gena hemokinolikih faktora, novoj porodici koja povezuje hemokine i superporodice transmembranskih proteina 4 superfamilija, superporodice signalizacijskih molekula. Protein koji kodira ovaj gen može imati važnu ulogu u razvoju sjemenika.[5]
Članovi superporodice hemokinolikih protrina, uključujući CKLFSF2, slični su sa hemokinima i transmembranskim proteinom 4 superporodice signalnih molekula.
Aminokiselinska sekvenca
urediDužina polipeptidnog lanca je 248 aminokiselina, a molekulska težina 27.496 Da.[6].
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MAPKAAKGAK | PEPAPAPPPP | GAKPEEDKKD | GKEPSDKPQK | AVQDHKEPSD | ||||
| KPQKAVQPKH | EVGTRRGCRR | YRWELKDSNK | EFWLLGHAEI | KIRSLGCLIA | ||||
| AMILLSSLTV | HPILRLIITM | EISFFSFFIL | LYSFAIHRYI | PFILWPISDL | ||||
| FNDLIACAFL | VGAVVFAVRS | RRSMNLHYLL | AVILIGAAGV | FAFIDVCLQR | ||||
| NHFRGKKAKK | HMLVPPPGKE | KGPQQGKGPE | PAKPPEPGKP | PGPAKGKK |
- Simboli
Kloniranje i ekspresija
urediPregledom baza podataka za sekvence homologa s hemokinolikim faktorom (CKLF), a zatim i RT-PCR biblioteke cDNK sjemenika, Han et al. (2003) klonirali su CKLFSF2. Izvedeni protein od 248 aminokiselina sadrži četiri transmembranska segmenta. CKLFSF2 ima najbližu sličnost sa CKLF, CKLFSF1 i CKLFSF7. Northern blot analizom otkriven je transkript od 1,07 kb, koji je bio visoko eksprimiran u sjemenicima. Nije otkrivena ekspresija u leukocitima i placenti. Također su klonirali dva mišja ortologa CKLFSF2, koje su označili kao Cklfsf2a i Cklfsf2b. Mišji proteini imaju približno 46%, odnosno 48% sličnosti sekvenci sa CKLFSF2.
Mapiranje
urediAnalizom genomske sekvence, Han et al. (2003) mapirali su gen CKLFSF2 u hromosomu 16, sekvenca 16q22, gdje se nalazi u uskom klasteru gena s genima CKLF, CKLFSF1, CKLFSF3 i CKLFSF4. Gene Cklfsf2a i Cklfsf2b mapirali su u hromosom 8, gdje su ugrađeni u sličan genski klasteri[7] Članovi superporodice hemokinolikih roteina, uključujući CKLFSF2, slični su hemokinima i transmembranskom proteinu 4 superporodice signalnih molekula.
Reference
uredi- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000140932 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000035785 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ a b "Entrez Gene: CMTM2 CKLF-like MARVEL transmembrane domain containing 2".
- ^ "UniProt, Q8TAZ6". Pristupljeno 4. 7. 2021.
- ^ Han, W., Ding, P., Xu, M., Wang, L., Rui, M., Shi, S., Liu, Y., Zheng, Y., Chen, Y., Yang, T., Ma, D. Identification of eight genes encoding chemokine-like factor superfamily members 1-8 (CKLFSF1-8) by in silico cloning and experimental validation. Genomics 81: 609-617, 2003. PubMed: 12782130
Dopunska literatura
uredi- Liu G, Xin ZC, Chen L, et al. (2007). "Expression and localization of CKLFSF2 in human spermatogenesis". Asian J. Androl. 9 (2): 189–198. doi:10.1111/j.1745-7262.2007.00249.x. PMID 17334588.
- Shi S, Rui M, Han W, et al. (2005). "CKLFSF2 is highly expressed in testis and can be secreted into the seminiferous tubules". Int. J. Biochem. Cell Biol. 37 (8): 1633–1640. doi:10.1016/j.biocel.2004.04.028. PMID 15896670.
- Xu M, Yang S, Gao Y, et al. (2005). "A functional promoter region of the CKLFSF2 gene is located in the last intron/exon region of the upstream CKLFSF1 gene". Int. J. Biochem. Cell Biol. 37 (6): 1296–1307. doi:10.1016/j.biocel.2005.01.004. PMID 15778092.
- Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–2127. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–45. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
- Han W, Ding P, Xu M, et al. (2004). "Identification of eight genes encoding chemokine-like factor superfamily members 1-8 (CKLFSF1-8) by in silico cloning and experimental validation". Genomics. 81 (6): 609–617. doi:10.1016/S0888-7543(03)00095-8. PMID 12782130.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–16903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Denef B, Werf FV, Geest HD, Kesteloot H (1976). "Calibrated apexcardiography and assessment of left ventricular dynamics in man". European Journal of Cardiology. 4 Suppl: 143–52. PMID 1278213.