Serumska amiloidna komponenta P

Serumska amiloidna komponenta P
Dostupne strukture
PDB	Pretraga ortologa: PDBe RCSB
Spisak PDB ID kodova
	4AYU, 1GYK, 1LGN, 1SAC, 2A3W, 2A3X, 2A3Y, 2W08, 3D5O, 3KQR, 4AVS, 4AVT, 4AVV
Identifikatori
Aliasi	APCS
Vanjski ID-jevi	OMIM: 104770 MGI: 98229 HomoloGene: 123932 GeneCards: APCS
Lokacija gena (čovjek)
Hrom.	Hromosom 1 (čovjek)
Kraj	159,588,865 bp
Lokacija gena (miš)
Hrom.	Hromosom 1 (miš)
Kraj	172,722,608 bp
Obrazac RNK ekspresije
	Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija	• calcium ion binding; • unfolded protein binding; • vezivanje iona metala; • virion binding; • complement component C1q complex binding; • carbohydrate binding; • vezivanje identičnih proteina; • low-density lipoprotein particle binding;
Ćelijska komponenta	• blood microparticle; • GO:0005578 Vanćelijski matriks; • Egzosom; • jedro; • Vanćelijsko; • extracellular region; • collagen-containing extracellular matrix;
Biološki proces	• negative regulation of monocyte differentiation; • negative regulation of acute inflammatory response; • negative regulation of viral entry into host cell; • chaperone-mediated protein complex assembly; • negative regulation of viral process; • negative regulation of glycoprotein metabolic process; • Savijanje proteina; • acute-phase response; • negative regulation of exo-alpha-sialidase activity; • negative regulation of wound healing; • Urođeni imunski sistem; • complement activation, classical pathway;
	Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
	325
	20219
	ENSG00000132703
	ENSMUSG00000026542
	P02743
	P12246
	NM_001639
	NM_011318
	NP_001630
	NP_035448
	Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek	Pogledaj/uredi – miš

Komponenta P serumskog amiloida P (SAP) je identičan serumski oblik amiloidne P komponente (AP), 25kDa pentamerni protein koji je prvi put identificiran kao pentagonoidni sastojak in vivo patoloških naslaga zvanih "amiloidi".^[5] APCS jest ljudski gen.^[6]

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 223 aminokiseline, a molekulska težina 25.387 Da.^[6]

C: Cistein

D: Asparaginska kiselina

E: Glutaminska kiselina

F: Fenilalanin

G: Glicin

H: Histidin

I: Izoleucin

K: Lizin

L: Leucin

M: Metionin

N: Asparagin

P: Prolin

Q: Glutamin

R: Arginin

S: Serin

T: Treonin

V: Valin

W: Triptofan

Y: Tirozin

10	20	30	40	50
MNKPLLWISV	LTSLLEAFAH	TDLSGKVFVF	PRESVTDHVN	LITPLEKPLQ
NFTLCFRAYS	DLSRAYSLFS	YNTQGRDNEL	LVYKERVGEY	SLYIGRHKVT
SKVIEKFPAP	VHICVSWESS	SGIAEFWING	TPLVKKGLRQ	GYFVEAQPKI
VLGQEQDSYG	GKFDRSQSFV	GEIGDLYMWD	SVLPPENILS	AYQGTPLPAN
ILDWQALNYE	IRGYVIIKPL	VWV

Struktura

SAP je član porodice pentraksina, a odlikuje ga vezanje liganda ovisno o kalciju i karakteristična spljoštena struktura β-žele rolata slična onoj kod lektina u mahunarki.^[7] Naziv "pentraksin" izveden je iz grčke riječi za pet (penta) i bobice (ragos) koje se odnose na radijalnu simetriju pet monomera koji formiraju prsten približnog prečnika od 95 Å i dubine 35 Å. Ljudski SAP ima 51% homologija sekvence sa C-reaktivnim proteinom (CRP), klasičnim proteinom plazmatskog odgovora na akutnu fazu, i udaljeniji je u odnosu na "duge" pentraksine kao što je PTX3 (molekula modulirana citokinom) i nekoliko neuronskih pentraksina. I SAP i CRP su evolucijski konzervirani kod svih kičmenjaka, a također se nalaze i kod udaljenih beskičmenjaka kao što je rakova potkovica (Limulus polyphemus).^[8]

Kod amiloidoze

AP čini 14% suhe mase amiloidnih naslaga ^[9] i smatra se da je važan faktor koji doprinosi patogenezi srodne grupe bolesti zvanih amiloidoze.^[10] Ova stanja karakteriše uređena agregacija normalnih globulastih proteina i peptida u nerastvorljiva vlakna koja narušavaju arhitekturu tkiva i povezana su sa ćelijskom smrću. Smatra se da AP označava i stabilizuje agregate sprečavajući proteolitsko cijepanje i stoga inhibira uklanjanje fibrila putem normalnih mehanizama hvatanja proteina.^[11] Ova povezanost se koristi u rutinskoj kliničkoj dijagnostičkoj tehnici zvanoj SAP-scintigrafija, pri čemu se radioobilježeni protein ubrizgava u pacijente kako bi se locirala područja taloženja amiloida.^[12] Povezanost SAP-amiloida također je identificirana kao moguća meta lijeka za antiamiloidnu terapiju, s nedavnim razvojem i kliničkim ispitivanjima prve faze spoja pod nazivom CPHPC (R-1-[6-[R- 2-karboksi-pirolidin-1-il[-6-oksoheksanoil] pirolidin-2-karboksilna kiselina), mala molekula koja može ukloniti AP iz naslaga smanjenjem nivoa cirkulirajućeg SAP.^[13]

Reference

^ ^a ^b ^c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000132703 - Ensembl, maj 2017
^ ^a ^b ^c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000026542 - Ensembl, maj 2017
^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ Cathcart ES; Shirahama T; Cohen AS (1967). "Isolation and identification of a plasma component of amyloid". Biochim. Biophys. Acta. 147 (2): 392–393. doi:10.1016/0005-2795(67)90420-5.
^ ^a ^b "Entrez Gene: APCS amyloid P component, serum".
^ Emsley J, White HE, O'Hara BP, Oliva G, Srinivasan N, Tickle IJ, Blundell TL, Pepys MB, Wood SP (januar 1994). "Structure of pentameric human serum amyloid P component". Nature. 367 (6461): 338–45. doi:10.1038/367338a0. PMID 8114934. S2CID 4284282.
^ Pepys MB, Booth DR, Hutchinson WL, Gallimore JR, Collins PM, Hohenester E (1997). "Amyloid P component. A critical review". Amyloid. 4 (4): 274–295. doi:10.3109/13506129709003838.
^ Skinner M; Pepys MB; Cohen AS; Heller LM; Lian JB (1980). Freitas, Antonio Falcão de; Glenner, George G.; Costa, Pedro Pinho e. (ured.). Amyloid and amyloidosis: proceedings of the Third International Symposium on Amyloidosis, Póvoa de Varzim, Portugal, 23–28 September 1979. Amsterdam: Excerpta Medica. str. 384–391. ISBN 0-444-90124-8.
^ Botto M, Hawkins PN, Bickerstaff MC, Herbert J, Bygrave AE, McBride A, Hutchinson WL, Tennent GA, Walport MJ, Pepys MB (august 1997). "Amyloid deposition is delayed in mice with targeted deletion of the serum amyloid P component gene". Nature Medicine. 3 (8): 855–9. doi:10.1038/9544. PMID 9256275. S2CID 19553541.
^ Tennent GA, Lovat LB, Pepys MB (maj 1995). "Serum amyloid P component prevents proteolysis of the amyloid fibrils of Alzheimer disease and systemic amyloidosis" (PDF). Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 92 (10): 4299–303. doi:10.1073/pnas.92.10.4299. PMC 41931. PMID 7753801.
^ Hawkins PN, Pepys MB (juli 1995). "Imaging amyloidosis with radiolabelled SAP". European Journal of Nuclear Medicine. 22 (7): 595–9. doi:10.1007/BF01254559. PMID 7498219. S2CID 8549928.
^ Pepys MB, Herbert J, Hutchinson WL, Tennent GA, Lachmann HJ, Gallimore JR, Lovat LB, Bartfai T, Alanine A, Hertel C, Hoffmann T, Jakob-Roetne R, Norcross RD, Kemp JA, Yamamura K, Suzuki M, Taylor GW, Murray S, Thompson D, Purvis A, Kolstoe S, Wood SP, Hawkins PN (maj 2002). "Targeted pharmacological depletion of serum amyloid P component for treatment of human amyloidosis". Nature. 417 (6886): 254–9. doi:10.1038/417254a. PMID 12015594. S2CID 733818.

Vaanjski linkovi

N-vezana proteinska glikozilacija (N-glikozilacija N glikana) na Asn ostatku (Asn-x-Ser/Thr motivi) u glikoproteinima

Glikoproteini su složene bjelančevine koje, uz proteinsku komponentu, sadrže i oligosaharidne lance (glikane). Šećerna komponenta se kovalentno veže za bočne polipeptidne lance. Ta veza se ostvaruje tokom kotranslacijskih ili posttranslacijskih modifikacija. Ovaj proces se označava terminom glikozilacija, kroz koju često prolaze izlučevinski ekstracelularni proteini. Vanjski segmenti proteina čiji su segmenti u ekstracelularnom prostoru su također glikozirani.

N-glikolizacija i O-glikolizacija

Postoje dva tipa glikolizacije:

U N-glizaciji, dodavanje šećera se može desiti na amidnom azotu bočnog lanca asparagina.
U O-glikolizaciji, dodavanje šećera se dešava na hidroksil kisiku na bočnom lancu hidroksilizina, hidroksiprolina, serina ili treonina.

Monosaharidi

Osam uobičajenih šećera u glikoproteinima

Monosaharidi koji se obično nalaze u eukariotskim glikoproteinima:^[1]

Glavni šećeri u glikoproteinima čovjeka^[2]
Šećer	Tip	Skraćenica
β-D-Glukoza	Heksoza	Glc
β-D-Galaktoza	Heksoza	Gal
β-D-Manoza	Heksoza	Man
α-L-Fukoza	Deoksiheksoza	Fuc
N-Acetilgalaktozamin	Aminoheksoza	GalNAc
N-Acetilglukozamin	Aminoheksoza	GlcNAc
N-Acetilneuraminska kiselina	Aminononulosonska kiselina (Sijalinska kiselina)	NeuNAc
Ksiloza	Pentoza	Xyl

Šećerna grupa ili grupe pomažu savijanje ili održavanje stabilnosti proteina.

Glikoproteini su široko rasprostranjeni u žjezdanim tkivima životinja koja sintetiziraju sekrete i ekskrete.^[3] Osobito značajne integracijske membranski komponente, koje učestvuju u međućelijskim interakcijama. Formiraju se i u citosolu, ali su njihove funkcije i način formiraja, kao i moguće modifikacije manje poznati. Komponente su mnogih tkivnih antigen]a ((krvnih grupa, npr.)

Reference

^ Murray R. K., Granner D. K., Rodwell V. W. (2006): Harper's Illustrated Biochemistry 27th Ed. McGraw–Hill, New York.
^ Glycan classification Arhivirano 27. 10. 2012. na Wayback Machine SIGMA
^ Sofradžija A., Šoljan D., Hadžiselimović R. (1996): Biologija 1, Svjetlost, Sarajevo, ISBN 9958-10-686-8.

Također pogledajte

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000132703 - Ensembl, maj 2017

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000026542 - Ensembl, maj 2017

[3] "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[4] "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[Cathcart_1967-5] Cathcart ES; Shirahama T; Cohen AS (1967). "Isolation and identification of a plasma component of amyloid". Biochim. Biophys. Acta. 147 (2): 392–393. doi:10.1016/0005-2795(67)90420-5.

[entrez-6] "Entrez Gene: APCS amyloid P component, serum".

[pmid8114934-7] Emsley J, White HE, O'Hara BP, Oliva G, Srinivasan N, Tickle IJ, Blundell TL, Pepys MB, Wood SP (januar 1994). "Structure of pentameric human serum amyloid P component". Nature. 367 (6461): 338–45. doi:10.1038/367338a0. PMID 8114934. S2CID 4284282.

[Pepys_1997-8] Pepys MB, Booth DR, Hutchinson WL, Gallimore JR, Collins PM, Hohenester E (1997). "Amyloid P component. A critical review". Amyloid. 4 (4): 274–295. doi:10.3109/13506129709003838.

[isbn0-444-90124-8-9] Skinner M; Pepys MB; Cohen AS; Heller LM; Lian JB (1980). Freitas, Antonio Falcão de; Glenner, George G.; Costa, Pedro Pinho e. (ured.). Amyloid and amyloidosis: proceedings of the Third International Symposium on Amyloidosis, Póvoa de Varzim, Portugal, 23–28 September 1979. Amsterdam: Excerpta Medica. str. 384–391. ISBN 0-444-90124-8.

[pmid9256275-10] Botto M, Hawkins PN, Bickerstaff MC, Herbert J, Bygrave AE, McBride A, Hutchinson WL, Tennent GA, Walport MJ, Pepys MB (august 1997). "Amyloid deposition is delayed in mice with targeted deletion of the serum amyloid P component gene". Nature Medicine. 3 (8): 855–9. doi:10.1038/9544. PMID 9256275. S2CID 19553541.

[pmid7753801-11] Tennent GA, Lovat LB, Pepys MB (maj 1995). "Serum amyloid P component prevents proteolysis of the amyloid fibrils of Alzheimer disease and systemic amyloidosis" (PDF). Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 92 (10): 4299–303. doi:10.1073/pnas.92.10.4299. PMC 41931. PMID 7753801.

[pmid7498219-12] Hawkins PN, Pepys MB (juli 1995). "Imaging amyloidosis with radiolabelled SAP". European Journal of Nuclear Medicine. 22 (7): 595–9. doi:10.1007/BF01254559. PMID 7498219. S2CID 8549928.

[pmid12015594-13] Pepys MB, Herbert J, Hutchinson WL, Tennent GA, Lachmann HJ, Gallimore JR, Lovat LB, Bartfai T, Alanine A, Hertel C, Hoffmann T, Jakob-Roetne R, Norcross RD, Kemp JA, Yamamura K, Suzuki M, Taylor GW, Murray S, Thompson D, Purvis A, Kolstoe S, Wood SP, Hawkins PN (maj 2002). "Targeted pharmacological depletion of serum amyloid P component for treatment of human amyloidosis". Nature. 417 (6886): 254–9. doi:10.1038/417254a. PMID 12015594. S2CID 733818.

[Murray-14] Murray R. K., Granner D. K., Rodwell V. W. (2006): Harper's Illustrated Biochemistry 27th Ed. McGraw–Hill, New York.

[15] Glycan classification Arhivirano 27. 10. 2012. na Wayback Machine SIGMA

[16] Sofradžija A., Šoljan D., Hadžiselimović R. (1996): Biologija 1, Svjetlost, Sarajevo, ISBN 9958-10-686-8.

[5]

[6]

[1]

[2]

[3]

[4]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[1]

[2]

[3]