ZMYND8

Protein-kinazni C-vezujuči protein 1 je enzim koji je kod ljudi kodiran genom ZMYND8.

ZMYND8
Dostupne strukture PDB Pretraga Human UniProta: PDBe RCSB Spisak PDB ID kodova 4COS
Identifikatori
Aliasi	ZMYND8
Vanjski ID-jevi	OMIM: 615713 MGI: 1918025 HomoloGene: 32679 GeneCards: ZMYND8
Lokacija gena (čovjek) Hrom. Hromosom 20 (čovjek) Bend 20q13.12 Početak 47,209,214 bp Kraj 47,356,889 bp
Lokacija gena (miš) Hrom. Hromosom 2 (miš) Bend 2|2 H3 Početak 165,626,072 bp Kraj 165,740,936 bp
Obrazac RNK ekspresije Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena Molekularna funkcija • GO:0001106 transcription corepressor activity • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding • chromatin binding • GO:0001104 transcription coregulator activity • GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine • vezivanje iona metala • methylated histone binding • lysine-acetylated histone binding • protein N-terminus binding • vezivanje iona cinka • protein domain specific binding Ćelijska komponenta • citoplazma • dendritic shaft • dendritična kičma • jedro Biološki proces • regulation of postsynaptic density protein 95 clustering • positive regulation of filopodium assembly • positive regulation of dendritic spine development • positive regulation of dendritic spine maintenance • modulation of excitatory postsynaptic potential • transcription, DNA-templated • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • negative regulation of cell migration • negative regulation of nucleic acid-templated transcription Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
Vrste	Čovjek	Miš
Entrez	23613	228880
Ensembl	ENSG00000101040	ENSMUSG00000039671
UniProt	Q9ULU4	n/a
RefSeq (mRNK)	NM_001281769 NM_001281771 NM_001281772 NM_001281773 NM_001281774 NM_001281775 NM_001281776 NM_001281777 NM_001281778 NM_001281779 NM_001281780 NM_001281781 NM_001281782 NM_001281783 NM_001281784 NM_012408 NM_183047 NM_183048 NM_001363714 NM_001363741	NM_001252584 NM_001252585 NM_001252587 NM_001281926 NM_001291158 NM_027230 NM_172270 NM_001363018 NM_001363019 NM_001363020 NM_001363021
RefSeq (bjelančevina)	NP_001268698 NP_001268700 NP_001268701 NP_001268702 NP_001268703 NP_001268704 NP_001268705 NP_001268706 NP_001268707 NP_001268708 NP_001268709 NP_001268710 NP_001268711 NP_001268712 NP_001268713 NP_036540 NP_898868 NP_898869 NP_001350643 NP_001350670	n/a
Lokacija (UCSC)	Chr 20: 47.21 – 47.36 Mb	Chr 2: 165.63 – 165.74 Mb
PubMed pretraga
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek Pogledaj/uredi – miš

Protein koji je kodiran ovim genom je receptor za aktivirani protein C-kinaze (RACK). Dokazano je da se kodirani protein in vitro veže na aktiviranu protein kinazu C beta I. Pored toga, ovaj protein je antigen povezan s kožnim limfomom T-ćelija. Napokon, protein sadrži bromodomen i dva cinkova prsta, a smatra se da je regulator transkripcije. Za ovaj gen pronađeno je više varijanti transkripta koji kodiraju nekoliko različitih izoformi.

Kloniranje i ekspresija

Upotreba monoklonskog antitijela usmjerenog protiv RACK1 (GNB2L1; 176981) za scrining biblioteke ljudske hipokampusne cDNK, praćeno EST pomjeranjem sa pet primjeraka i RACE u pet glavnih grupa, Fossey et al. (2000) klonirali su ZMYND8, koji su nazvali PRKCBP1. Izvedeni protein s 615 aminokiselina ima N-terminalni osnovni domen konzerviran u proteinima neurofilamenta i citoskeleta, navodni motiv C4 cinkovog prsta i C-terminalnu sekvencu WD40. Northern blot analizom otkriven je transkript od 3.1 kb u svim ispitivanim ljudskim tkivima, s najvećom ekspresijom u mozgu, plućima, pankreasu i posteljici. Analiza baze podataka RT-PCR i EST predložila je sveprisutnu ekspresiju ZMYND8.

Funkcija gena

Koristeći imunoprecipitaciju i testove pada proteina, Fossey et al. (2000) pokazali su da je C-terminalni WD40 domen PRKCBP1 specifično u interakciji s PKC-beta-1 (PRKCB1; 176970). FHOD1 (606881) regulira transkripciju gena, strukturu aktin-citoskeleta i migraciju ćelija. Koristeći 2-hibridni zaslon kvasca s bibliotekom ekspresije cDNK ljudske koštane srži, Westendorf i Koka (2004) otkrili su da je FHOD1 u interakciji sa središnjim dijelom PRKCBP1, kao i sa ciklofilinom B (PPIB; 123841) i izoformom B WISH (NCKIPSD; 606671).

Utvrđivanjem hromatinskog okruženja genomskih lokacija vezanih za RACK7 u ćelijama ljudskogog raka dojke, Shen et al. (2016) otkrili su da su RACK7 i KDM5C (314690) zauzeli mnoga aktivna mjesta za poboljšanje, uključujući gotovo sve super-pojačivače. Gubitak RACK7 ili KDM5C rezultirao je preaktivacijom pojačivača, koje karakterizira taloženje histone H3 (vidi 602810) trimetilacije lys4 (H3K4me3) i acetilacije H3K27 (H3K27Ac) i gubitka H3K4me1, kao i povećana transkripcija pojačivača RNK i obližnjih gena. Gubitak RACK7 značajno je oslabio uključivanje KDM5C za pojačivače. Ljudske ćelije karcinoma dojke kojima nedostaje RACK7 ili KDM5C pokazale su poboljšani rast, migraciju i invaziju, neovisno o sidrenju in vitro, kao i pojačani rast tumora u modelu ksentransplanta na mišu. Shen et al. (2016) zaključili su da aktivni pojačivači podliježu negativnoj regulaciji i da RACK7 i KDM5C djeluju zajedno kao 'kočnica' za aktivne pojačivaće kontrolirajući dinamičku izmjenu između H3K4me1 i H3K4me3.

Aminokiselinska sekvenca

Simboli

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

10		20		30		40		50
MDISTRSKDP		GSAERTAQKR		KFPSPPHSSN		GHSPQDTSTS		PIKKKKKPGL
LNSNNKEQSE		LRHGPFYYMK		QPLTTDPVDV		VPQDGRNDFY		CWVCHREGQV
LCCELCPRVY		HAKCLRLTSE		PEGDWFCPEC		EKITVAECIE		TQSKAMTMLT
IEQLSYLLKF		AIQKMKQPGT		DAFQKPVPLE		QHPDYAEYIF		HPMDLCTLEK
NAKKKMYGCT		EAFLADAKWI		LHNCIIYNGG		NHKLTQIAKV		VIKICEHEMN
EIEVCPECYL		AACQKRDNWF		CEPCSNPHPL		VWAKLKGFPF		WPAKALRDKD
GQVDARFFGQ		HDRAWVPINN		CYLMSKEIPF		SVKKTKSIFN		SAMQEMEVYV
ENIRRKFGVF		NYSPFRTPYT		PNSQYQMLLD		PTNPSAGTAK		IDKQEKVKLN
FDMTASPKIL		MSKPVLSGGT		GRRISLSDMP		RSPMSTNSSV		HTGSDVEQDA
EKKATSSHFS		ASEESMDFLD		KSTASPASTK		TGQAGSLSGS		PKPFSPQLSA
PITTKTDKTS		TTGSILNLNL		DRSKAEMDLK		ELSESVQQQS		TPVPLISPKR
QIRSRFQLNL		DKTIESCKAQ		LGINEISEDV		YTAVEHSDSE		DSEKSDSSDS
EYISDDEQKS		KNEPEDTEDK		EGCQMDKEPS		AVKKKPKPTN		PVEIKEELKS
TSPASEKADP		GAVKDKASPE		PEKDFSEKAK		PSPHPIKDKL		KGKDETDSPT
VHLGLDSDSE		SELVIDLGED		HSGREGRKNK		KEPKEPSPKQ		DVVGKTPPST
TVGSHSPPET		PVLTRSSAQT		SAAGATATTS		TSSTVTVTAP		APAATGSPVK
KQRPLLPKET		APAVQRVVWN		SSSKFQTSSQ		KWHMQKMQRQ		QQQQQQQNQQ
QQPQSSQGTR		YQTRQAVKAV		QQKEITQSPS		TSTITLVTST		QSSPLVTSSG
SMSTLVSSVN		ADLPIATASA		DVAADIAKYT		SKMMDAIKGT		MTEIYNDLSK
NTTGSTIAEI		RRLRIEIEKL		QWLHQQELSE		MKHNLELTMA		EMRQSLEQER
DRLIAEVKKQ		LELEKQQAVD		ETKKKQWCAN		CKKEAIFYCC		WNTSYCDYPC
QQAHWPEHMK		SCTQSATAPQ		QEADAEVNTE		TLNKSSQGSS		SSTQSAPSET
ASASKEKETS		AEKSKESGST		LDLSGSRETP		SSILLGSNQG		SDHSRSNKSS
WSSSDEKRGS		TRSDHNTSTS		TKSLLPKESR		LDTFWD

Model organizmi

Fenotip Zmynd8 nokaut miša

Svojstvo	Fenotip
Vijabilmost homozigota	Nenormalna
Studija letalne recesivnosti	Nenormalna
Tjelesna težina	Normalna
Anksioznost u test otvorenog polja	Normalna
Neurološka procjena	Normalna
Snaga stiska	Normalna
Vruća ploča test	Normalan
Dismorfologija	Normalna
Indirektna kalorimetrija	Normalna
Test tolerancije glukoze	Normalan
Slušni odgovor moždanog stabla	Normalan
DEXA	Normalna
Radiografija	Normalna
Tjelesna temperatura	Normalna
Morfologija oka	Normalna
Klinička hemija	Normalna
Hematologija	Normalna
Limfociti periferne krvi	Normalni
Mikronukleus test	Normalan
Težina srca	Normalna
Histopatologija kože	Normalna
Svi podaci nsu prema linku

U studiji funkcije gena ZMYND8 upotrebljavani su i modelni organizmi. Linija uvjetnog nokaut miša, zvanog Zmynd8^{tm1a(EUCOMM)Wtsi} generiran je kao dio programa Međunarodnog konzorcija za miševe – visokopropusnog projekta mutageneze za generisanje i distribuciju životinjskih modela bolesti zainteresiranim naučnicima.

Muške i ženske životinje prolazile su standardizirani fenotipski pregled, kako bi se utvrdili efekti delecije. Izvršen je dvadeset jedan test na mutantnim miševima i uočene su dvije značajne abnormalnosti. Nekoliko homozigotnih mutanata embriona je identifikovano tokom gestacije, a nijedan nije preživio do odvikavanja. Preostali testovi izvedeni su na heterozigotnim mutiranim odraslim miševima; kod ovih životinja nisu opažene nikakve dodatne značajne abnormalnosti.

Dopunska literatura

• Maruyama K, Sugano S (1994). "Oligo-capping: a simple method to replace the cap structure of eukaryotic mRNAs with oligoribonucleotides". Gene. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
• Suzuki Y; Yoshitomo-Nakagawa K; Maruyama K; et al. (1997). "Construction and characterization of a full length-enriched and a 5'-end-enriched cDNA library". Gene. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016/S0378-1119(97)00411-3. PMID 9373149.
• Mahony D, Kalionis B, Antalis TM (1999). "Plasminogen activator inhibitor type-2 (PAI-2) gene transcription requires a novel NF-kappaB-like transcriptional regulatory motif". Eur. J. Biochem. 263 (3): 765–72. doi:10.1046/j.1432-1327.1999.00552.x. PMID 10469140.
• Hirosawa M; Nagase T; Ishikawa K; et al. (2000). "Characterization of cDNA clones selected by the GeneMark analysis from size-fractionated cDNA libraries from human brain". DNA Res. 6 (5): 329–36. doi:10.1093/dnares/6.5.329. PMID 10574461.
• Fossey SC; Kuroda S; Price JA; et al. (2000). "Identification and characterization of PRKCBP1, a candidate RACK-like protein". Mamm. Genome. 11 (10): 919–25. doi:10.1007/s003350010174. PMID 11003709. S2CID 646555.
• Eichmuller S; Usener D; Dummer R; et al. (2001). "Serological detection of cutaneous T-cell lymphoma-associated antigens". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 98 (2): 629–34. doi:10.1073/pnas.021386498. PMC 14639. PMID 11149944.
• Deloukas P; Matthews LH; Ashurst J; et al. (2002). "The DNA sequence and comparative analysis of human chromosome 20". Nature. 414 (6866): 865–71. doi:10.1038/414865a. PMID 11780052.
• Strausberg RL; Feingold EA; Grouse LH; et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
• Galey D; Becker K; Haughey N; et al. (2003). "Differential transcriptional regulation by human immunodeficiency virus type 1 and gp120 in human astrocytes". J. Neurovirol. 9 (3): 358–71. doi:10.1080/13550280390201119. PMID 12775419. S2CID 22016092.
• Ota T; Suzuki Y; Nishikawa T; et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
• Westendorf JJ, Koka S (2004). "Identification of FHOD1-binding proteins and mechanisms of FHOD1-regulated actin dynamics". J. Cell. Biochem. 92 (1): 29–41. doi:10.1002/jcb.20031. PMID 15095401. S2CID 40202935.
• Colland F; Jacq X; Trouplin V; et al. (2004). "Functional Proteomics Mapping of a Human Signaling Pathway". Genome Res. 14 (7): 1324–32. doi:10.1101/gr.2334104. PMC 442148. PMID 15231748.
• Beausoleil SA; Jedrychowski M; Schwartz D; et al. (2004). "Large-scale characterization of HeLa cell nuclear phosphoproteins". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 101 (33): 12130–5. Bibcode:2004PNAS..10112130B. doi:10.1073/pnas.0404720101. PMC 514446. PMID 15302935.
• Gerhard DS; Wagner L; Feingold EA; et al. (2004). "The Status, Quality, and Expansion of the NIH Full-Length cDNA Project: The Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
• Miles RR, Crockett DK, Lim MS, Elenitoba-Johnson KS (2006). "Analysis of BCL6-interacting proteins by tandem mass spectrometry". Mol. Cell. Proteomics. 4 (12): 1898–909. doi:10.1074/mcp.M500112-MCP200. PMID 16147992.
• Lim J; Hao T; Shaw C; et al. (2006). "A protein-protein interaction network for human inherited ataxias and disorders of Purkinje cell degeneration". Cell. 125 (4): 801–14. doi:10.1016/j.cell.2006.03.032. PMID 16713569. S2CID 13709685.
• Olsen JV; Blagoev B; Gnad F; et al. (2006). "Global, in vivo, and site-specific phosphorylation dynamics in signaling networks". Cell. 127 (3): 635–48. doi:10.1016/j.cell.2006.09.026. PMID 17081983. S2CID 7827573.