VPS39
hVamp6/Vps39-liki protein je protein koji je kod ljudi kodiran genom VPS39.[5][6] Gross (2017) je gen VPS39 mapirao na hromosomu 15, sekvenca q15.1 na osnovu porevnanja sekvence VPS39 (GenBank AF281052) sa genomskom sekvencom (GRCh38).[7] Ovaj gen kodira protein koji može pospješiti nakupljanje i spajanje kasnih endosoma i lizosoma. Protein takođe može djelovati kao protein-adapter koji modulira transformirajući faktor rasta–beta odgovor spajanjem receptora transformirajućeg kompleksa faktora rasta-beta sa putem Smad-a.[6]
| VPS39 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | VPS39 | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | OMIM: 612188 MGI: 2443189 HomoloGene: 41025 GeneCards: VPS39 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 15: 42.16 – 42.21 Mb | Chr 2: 120.15 – 120.18 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Aminokiselinska sekvenca
urediDužina polipeptidnog lanca je 886 aminokiselina, a molekulska težina 101.809 Da.[8].
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MHDAFEPVPI | LEKLPLQIDC | LAAWEEWLLV | GTKQGHLLLY | RIRKDVVPAD | ||||
| VASPESGSCN | RFEVTLEKSN | KNFSKKIQQI | HVVSQFKILV | SLLENNIYVH | ||||
| DLLTFQQITT | VSKAKGASLF | TCDLQHTETG | EEVLRMCVAV | KKKLQLYFWK | ||||
| DREFHELQGD | FSVPDVPKSM | AWCENSICVG | FKRDYYLIRV | DGKGSIKELF | ||||
| PTGKQLEPLV | APLADGKVAV | GQDDLTVVLN | EEGICTQKCA | LNWTDIPVAM | ||||
| EHQPPYIIAV | LPRYVEIRTF | EPRLLVQSIE | LQRPRFITSG | GSNIIYVASN | ||||
| HFVWRLIPVP | MATQIQQLLQ | DKQFELALQL | AEMKDDSDSE | KQQQIHHIKN | ||||
| LYAFNLFCQK | RFDESMQVFA | KLGTDPTHVM | GLYPDLLPTD | YRKQLQYPNP | ||||
| LPVLSGAELE | KAHLALIDYL | TQKRSQLVKK | LNDSDHQSST | SPLMEGTPTI | ||||
| KSKKKLLQII | DTTLLKCYLH | TNVALVAPLL | RLENNHCHIE | ESEHVLKKAH | ||||
| KYSELIILYE | KKGLHEKALQ | VLVDQSKKAN | SPLKGHERTV | QYLQHLGTEN | ||||
| LHLIFSYSVW | VLRDFPEDGL | KIFTEDLPEV | ESLPRDRVLG | FLIENFKGLA | ||||
| IPYLEHIIHV | WEETGSRFHN | CLIQLYCEKV | QGLMKEYLLS | FPAGKTPVPA | ||||
| GEEEGELGEY | RQKLLMFLEI | SSYYDPGRLI | CDFPFDGLLE | ERALLLGRMG | ||||
| KHEQALFIYV | HILKDTRMAE | EYCHKHYDRN | KDGNKDVYLS | LLRMYLSPPS | ||||
| IHCLGPIKLE | LLEPKANLQA | ALQVLELHHS | KLDTTKALNL | LPANTQINDI | ||||
| RIFLEKVLEE | NAQKKRFNQV | LKNLLHAEFL | RVQEERILHQ | QVKCIITEEK | ||||
| VCMVCKKKIG | NSAFARYPNG | VVVHYFCSKE | VNPADT |
- Simboli
Kloniranje i ekspresija
urediSekvenciranjem klonova dobijenih iz frakcionirane biblioteke,moždane cDNK Nagase et al. (1998) klonirali su VPS39, koji su nazvali KIAA0770. Izvedeni protein sadrži 731 aminokiselinu i dijeli značajnu homologiju sa Vps39 S. cerevisiae. RT-PCR ELISA pokazala je sveprisutnu ekspresiju VPS39, sa najvećom u jajnicima, pa u srcu, mozgu, plućima, sjemenicia i bubrezima. Ekspresija je bila umjerenija u jetri, skeletnim mišićima, gušterači i sezeni.[9]
Pretragom baza podataka za homologe Vam6 / Vps39 S. cerevisiae, nakon čega slijede 5-bazna RACE i PCR biblioteka cDNK srca i mozga, Caplan et al. (2001) klonirali su ljudskog VPS39, kojeg su nazvali VAM6. Izvedeni protein od 886 aminokiselina] ima izračunatu molekulsku masu veću od 100 kD. Dijeli 26% identiteta sa C-terminalnom polovinom Vam6 S. cerevisiae i 21% identiteta sa TRAP1 (TGFBRAP1), drugim ljudskim homologom Vam6 S. cerevisiae. Ljudski VAM6 ima N-terminalni domen homologije citrona (CNH) i domen homologije ponovljenog centralnog klatrina (CLTC). CNH i CLH domeni konzervirani su u ljudskom TRAP1 i u Drosophila, C. elegans i Vam6 S. pombe, ali u Vam6 S. cerevisiae nedostaje CNH domen. Northern blot analiza otkrila je sveprisutnu ekspresiju VAM6 u ljudskim tkivima. Pretragom baza podataka za homologe TRAP1, nakon čega slijedi 5-glavna RACE biblioteke cDNK ćelijske linije hepatoma, Felici et al. (2003) klonirali su VPS39, koji su nazvali TLP.[10]
Izvedeni TLP protein od 875 aminokiselina, identičan je proteinu VAM6 o kojem su izvijestili Caplan et al. (2001), osim za inserciju 11 aminokiselina nakon val46 u VAM6. [[Northern blotgg analizom otkriven je transkript od 5,5 kb u svim ispitivanim tkivima, s najvećom ekspresijom u mozgu, srcu, skeletnim mišićima, bubrezima i slezini. Drugi transkript od 5,8 kb bio je prisutan u leukocitima periferne krvi.[11]
Funkcija gena
urediCaplan et al. (2001) otkrili su da je prekomjerna ekspresija VAM6 u HeLa ćelijama rezultirala masivnim nakupinama i fuzijom lizosoma i kasnih endosoma u velike jukstanuklearne strukture, što podsjeća na učinak izazvan ekspresijom konstitutivno aktivnog RAB7. Međutim, VAM6 je svoj učinak iskazao u prisustvu dominantno negativnog RAB7, što sugerira da funkcionira ili nizvodno ili nezavisno od RAB7. Analize gradijentne frakcionacije, 2-hibrida i koimunoprecipitacije pokazale su da je VAM6 formirao homooligomere. CLH domen VAM6 bio je potreban za homooligomerizaciju, a i CNH i CLH domeni bili su potrebni za indukciju grupisanja i fuzije lizosoma. Zaključili su da je VAM6 faktor vezanja/priključenja koji je uključen u fuziju lizosoma. Analizom imunoprecipitacije transficiranih COS-1 ćelija i endogenih proteina u ljudskim keratinocitima, Felici et al. (2003) otkrili su da je TLP povezan i sa aktivnim i sa nedostatkom kinaze TGF-beta receptorom-2 (TGFBR2) i aktivinskim receptorom-2B (ACVR2B). TLP je također komunicirao sa SMAD4, ali samo u prisustvu signalizacije TGFB/aktivin . TLP se kolokalizirao s kompleksom TGFB receptora na plazmsmembrani i podmembranskim vezikulskim domenima, neovisno o ligandu. U nekoliko ljudskih ćelijskih linija prekomjerna ekspresija TLP-a potisnula je TGFB-induciranu transkripciju iz SMAD3/SMAD4-specifičnog reportera, dok je potencirala TGFB-induciranu transkripciju iz SMAD2/ SMAD4-specifičnog reportera. TLP je inhibirao stvaranje kompleksa SMAD3/SMAD4, bez uticaja na fosforilaciju SMAD3 i nije imao efekta na fosforilaciju SMAD2 ili heterooligomerizaciju. Predložili su da TLP regulira ravnotežu signalizacije SMAD2 i SMAD3 unutarčelijskom lokalizacijom SMAD4, doprinoseći tako ćelijskoj specifičnosti transkripcijskih odgovora TGFB.
Reference
uredi- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000166887 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000027291 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ Caplan S, Hartnell LM, Aguilar RC, Naslavsky N, Bonifacino JS (Jul 2001). "Human Vam6p promotes lysosome clustering and fusion in vivo". J Cell Biol. 154 (1): 109–122. doi:10.1083/jcb.200102142. PMC 2196876. PMID 11448994.
- ^ a b "Entrez Gene: VPS39 vacuolar protein sorting 39 homolog (S. cerevisiae)".
- ^ Gross, M. B. Personal Communication. Baltimore, Md. 10/24/2017
- ^ "UniProt, Q96JC1". Pristupljeno 19. 7. 2021.
- ^ Nagase, T., Ishikawa, K., Suyama, M., Kikuno, R., Miyajima, N., Tanaka, A., Kotani, H., Nomura, N., Ohara, O. Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XI. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro. DNA Res. 5: 277-286, 1998. PubMed: 9872452
- ^ Felici, A., Wurthner, J. U., Parks, W. T., Giam, L. R., Reiss, M., Karpova, T. S., McNally, J. G., Roberts, A. B. TLP, a novel modulator of TGF-beta signaling, has opposite effects on Smad2- and Smad3-dependent signaling. EMBO J. 22: 4465-4477, 2003. PubMed: 12941698
- ^ Caplan, S., Hartnell, L. M., Aguilar, R. C., Naslavsky, N., Bonifacino, J. S. Human Vam6p promotes lysosome clustering and fusion in vivo. J. Cell Biol. 154: 109-121, 2001. PubMed: 11448994
Dopunska literatura
uredi- Nakajima D, Okazaki N, Yamakawa H, et al. (2003). "Construction of expression-ready cDNA clones for KIAA genes: manual curation of 330 KIAA cDNA clones". DNA Res. 9 (3): 99–106. doi:10.1093/dnares/9.3.99. PMID 12168954.
- Nagase T, Ishikawa K, Suyama M, et al. (1999). "Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XI. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro". DNA Res. 5 (5): 277–286. doi:10.1093/dnares/5.5.277. PMID 9872452.
- Hartley JL, Temple GF, Brasch MA (2001). "DNA cloning using in vitro site-specific recombination". Genome Res. 10 (11): 1788–1795. doi:10.1101/gr.143000. PMC 310948. PMID 11076863.
- Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R, et al. (2001). "Toward a catalog of human genes and proteins: sequencing and analysis of 500 novel complete protein coding human cDNAs". Genome Res. 11 (3): 422–435. doi:10.1101/gr.GR1547R. PMC 311072. PMID 11230166.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–16903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Felici A, Wurthner JU, Parks WT, et al. (2003). "TLP, a novel modulator of TGF-beta signaling, has opposite effects on Smad2- and Smad3-dependent signaling". EMBO J. 22 (17): 4465–4477. doi:10.1093/emboj/cdg428. PMC 202370. PMID 12941698.
- Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–2127. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
- Wiemann S, Arlt D, Huber W, et al. (2004). "From ORFeome to biology: a functional genomics pipeline". Genome Res. 14 (10B): 2136–2144. doi:10.1101/gr.2576704. PMC 528930. PMID 15489336.
- Rual JF, Venkatesan K, Hao T, et al. (2005). "Towards a proteome-scale map of the human protein-protein interaction network". Nature. 437 (7062): 1173–1178. doi:10.1038/nature04209. PMID 16189514.
- Mehrle A, Rosenfelder H, Schupp I, et al. (2006). "The LIFEdb database in 2006". Nucleic Acids Res. 34 (Database issue): D415–D418. doi:10.1093/nar/gkj139. PMC 1347501. PMID 16381901.