Wikipedia

TSR3

TSR3 ili faktor TSR3 sazrijevanja ribosoma, je hipotetski ljudski protein ćiji je lokus na hromosomu 16.[5] Njegov protein dug je 312 aminokiselina, a njegova cDNK ima 1.214 baznih parova. Ranije je označavan kao C16orf42.

TSR3
Identifikatori
AliasiTSR3
Vanjski ID-jeviOMIM: 617058 MGI: 1915577 HomoloGene: 6922 GeneCards: TSR3
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 16 (čovjek)
Hrom.Hromosom 16 (čovjek)[1]
Hromosom 16 (čovjek)
Genomska lokacija za TSR3
Genomska lokacija za TSR3
Bend16p13.3Početak1,349,240 bp[1]
Kraj1,351,878 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 17 (miš)
Hrom.Hromosom 17 (miš)[2]
Hromosom 17 (miš)
Genomska lokacija za TSR3
Genomska lokacija za TSR3
Bend17|17 A3.3Početak25,240,170 bp[2]
Kraj25,242,798 bp[2]
Ontologija gena
Molekularna funkcija• aktivnost sa transferazom
Ćelijska komponenta• citosol
Biološki proces• rRNA processing
• maturation of SSU-rRNA
• ribosome biogenesis
• rRNA modification
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez

115939

68327

Ensembl

ENSG00000007520

ENSMUSG00000015126

UniProt

Q9UJK0

Q5HZH2

RefSeq (mRNK)

NM_001001410

NM_001163718
NM_026676

RefSeq (bjelančevina)

NP_001001410

NP_001157190
NP_080952

Lokacija (UCSC)Chr 16: 1.35 – 1.35 MbChr 17: 25.24 – 25.24 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Aminokiselinska sekvenca uredi

Dužina polipeptidnog lanca je 312 aminokiselina, a molekulska težina 33.596 Da.[6].

1020304050
MGRRRAARGPGAEGGRPRHLPTRSLEAFAEEVGAALQASVEPGAADGEGG
PGPAALPCTLAMWELGHCDPRRCTGRKLARLGLVRCLRLGHRFGGLVLSP
VGKQYASPADRQLVAQSGVAVIDCSWARLDETPFGKMRGSHLRLLPYLVA
ANPVNYGRPYRLSCVEAFAATFCIVGFPDLAVILLRKFKWGKGFLDLNRQ
LLDKYAACGSPEEVLQAEQEFLANAKESPQEEEIDPFDVDSGREFGNPNR
PVASTRLPSDTDDSDASEDPGPGAERGGASSSCCEEEQTQGRGAEARAPA
EVWKGIKKRQRD
Simboli

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

Funkcija uredi

Funkcija C16orf42 je nepoznata. Predviđa se da je to transmembranski protein, ali ćelijska ili potćelijska membrana u kojoj se nalazi je također nepoznata[7]

Espresija uredi

C16orf42 se ne ispoljava sveprisutno kod ljudi. Najizrazitiji je i u jajnicima, ali uopće nije eksprimiran u krvi, a vrlo malo u mozgu.[8] Jedan eksperiment s mikro zracima sugerirao je da njegovu ekspresiju u krvi uzrokuje malarija,[8] ali za potkrepljivanje ove tvrdnje potrebno je dodatno eksperimentiranje. Njegova ekspresija u tkivima obično ostaje konstantna i kada je tkivo bolesno.[8] Međutim, kratka analiza njegovih ortologa pokazuje nedosljednosti u ekspresiji po tkivima. To bi moglo biti zbog nedostatka ekspresije kod drugih vrsta.

Struktura uredi

Struktura C16orf42 nije poznata. Predviđa se da ima više regija alfa-heliksa i nekoliko kratkih dijelova beta-lanaca.[7] It contains a potential metal binding domain between amino acids 60–90. Ima predviđenu molekulsku masu od 33,6 kdal i izoelektričnu tačku 6,496000, što ga čini lagano kiselim.[7] Compared to other human proteins, C16orf42 is high in the amino acids arginine and alanine, and low in the amino acid threonine.[7] Kratka analiza njegovih striktnih ortologa pokazuje da i oni uglavnom općenito imaju visok sadržaj arginina i nizak teonina, kao i u poređenju sa tipskim proteinima u pripadajućim vrstama.[7]

Homologija uredi

C16orf42 se takođe može naći u mnogim drugim organizmima, uključujući sisare, te određene gljive i biljke.[9] Nijer nađen kod bakterija.[9] C16orf42 je visoko konzerviran u mnogim svojim ortolozima, posebno u ortolozima sisara, čak do 95% identiteta u resus makakima.[9] Također ima prilično visoka konzerviranost u udaljenijim homolozima, 53% identiteta u kukuruzu, naprimjer.[9] Ima jedan potencijalni paralog kod ljudi, protein EGFL6.[10]

Analiza ortologa:

Rod i vrsta Uobičajeno ime Pristup bazi NCBI Dužina Identitet Sličnost
Macaca mulatta Rezus maka XP_001088384 312 aa 95% 96%
Bos taurus Govedo NP_001092381 315 aa 82% 87%
Canis familiaris Pas XP_537015 312 aa 79% 85%
Equus caballus Konj XP_001915599 324 aa 78% 83%
Rattus norvegicus Pacov EMD03916 324 aa 73% 80%
Mus musculus Miš NP_080952 323 aa 73% 80%
Gallus gallus Chicken XP_414890 311 aa 63% 76%
Danio rerio Zebrica NP_001002370 297 aa 62% 75%
Tetraodon nigroviridis Zelens pjrgsvs pufer-riba CAG04371 247 aa 62% 74%
Trichoplax adhaerens Trihoplaks XP_002118089 284 aa 46% 64%
Ciona intestinalis Morski mlaz XP_002129931 265 aa 52% 68%
Ornithorhynchus anatinus Kljunar XP_001517034 285 aa 74% 85%
Hydra magnipapillata Hidra XP_002161680 232 aa 55% 71%
Aedes aegypti Žuti groznični komarac XP_001654463 269 aa 52% 70%
Drosophila melanogaster Vinska mušica NP_650441 274 aa 54% 70%
Apis mellifera Zapadna medonosna pčela XP_625167 258 aa 50% 69%
Debaryomyces hansenii Morski kvasac XP_461733 333 aa 49% 64%
Aspergillus oryzae Sluzava plijesan XP_001818982 374 aa 50% 69%
Saccharomyces cerevisiae Kvasac NP_014648 313 aa 52% 68%
Zea mays Kukuruz ACG47566 271 aa 53% 69%
Caenorhabditis elegans Obla glista NP_741332 261 aa 47% 65%

Reference uredi

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000007520 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000015126 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (decembar 2002). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002PNAS...9916899M. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
  6. ^ "UniProt, Q9UJK0". Pristupljeno 10. 7. 2021.
  7. ^ a b c d e Biology Workbench
  8. ^ a b c UniGene
  9. ^ NCBI BLAST

Dopunska literatura uredi

Vanjski linkovi uredi

Preuzeto iz "https://bs.wikipedia.org/w/index.php?title=TSR3&oldid=3580685"