RNK polimeraza

RNK-polimeraza (skraćeno RNKP ili RNKpol i službeno DNK usmjerena RNA-polimeraza) – u molekulskoj biologiji – je enzim koji sintetizira RNK prema matričnom polulancu DNK .

DNK-usmjerena RNK-polimeraza
5iy8.jpg
Heteromer ljudske TNK-polimeraze II}
Identifikatori
EC broj2.7.7.6
CAS broj9014-24-8
Baze podataka
IntEnzIntEnz pregled
BRENDABRENDA unos
ExPASyNiceZyme pregled
KEGGKEGG unos
MetaCycmetabolički put
PRIAMprofil
PDB struktureRCSB PDB PDBe PDBsum
Ontologija genaAmiGO / QuickGO
Pretraga
PMCčlanci
PubMedčlanci
NCBIproteini
RNK- polimeraza (ljubičasta) odmotavajući dvostruku spiralu DNK koristi jedan lanac (tamnije narandžasta) kao predložak za stvaranje jednolančane informacijske RNK (zelena)

Korištenjem enzima helikaza, RNKP lokalno otvara dvolančanu DNK, tako da se jedan lanac izloženih nukleotida može koristiti kao predložak za sintezu RNK, u procesu zvanom transkripcija. Transkripcijski faktor i pridružena transkripcija kompleksa medijatora moraju biti vezani za mesto vezanja DNK zvano regija promotora, prije nego što RNKP može pokrenuti despiralizaciju DNK na tom položaju. RNKP ne samo da započinje transkripciju RNK, već i dovodi nukleotide u određeni položaj, olakšava vezanje i izduživanje, ima suštinske sposobnosti ispravki i zamjene, kao i sposobnost prepoznavanja završetka. Kod eukariota , RNKP može graditi lance dužine sve do 2,4 miliona nukleotida.

RNKP proizvodi RNK koja je, funkcijski, ili za kodiranje, proteinskog lanca tj. informacijska RNK (iRNK); ili nekodiranje (takozvani "RNK geni"). Postoje najmanje četiri funkcijska tipa RNK gena:

  1. transportna RNK (tRNK) – prenosi specifične aminokiseline na rastuće polipeptidne lance na ribosomskom mjestu sinteze proteina, tokom translacije;
  2. ribosomska RNK (rRNA) – ugrađuje se u ribosome;
  3. mikro-RNK (miRNK) – regulira aktivnost gena; i,
  4. katalitička RNK (ribozim) – funkcionira kao enzimski aktivna molekula RNK.

RNK-polimeraza je bitna za život i nalazi se u svim živim organizmima i mnogim virusima. Ovisno o organizmu, RNK-polimeraza može biti proteinski kompleks (multi-podjedinica RNKP) ili se sastojati samo od jedne podjedinice (RNKP, ssRNKP), od kojih svaka predstavlja neovisnu lozu. Prva se nalazi kod bakterija, arheja i eukariota, dijeleći sličnu strukturu jedra i mehanizam.[1] Potonji se nalazi u bakteriofagu, kao i u eukariotskim hloroplastima i mitohondrijama, a povezan je sa modernim DNK-polimerazama.[2] Eukariotski i arhejski RNKP-ovi imaju više podjedinica nego bakterijski i njima se drugačije kontrolira.

Bakterije i arheje imaju samo jednu RNK-polimerazu. Eukarioti imaju više tipova jedarnih RNKP-a, od kojih je svaki odgovoran za sintezu različitog podskupina RNK:

StrukturaUredi

Jezgro RNK-polimeraze T. aquaticus (PDB 1HQM).
Jezgro RNK-polimeraze II kvasca (PDB 1WCM)
Homologne podjedinice, jednako su obojene:[1]α1/RPB3 – orange, α2/RPB11 – yellow, β/RPB2 – wheat, β'/RPB1 – red, ω/RPB6 – pink.

Nobelova nagrada za hemiju za 2006. godinu dodeljena je Rogeru D. Kornbergu za stvaranje detaljnih molekularnih slika RNK-polimeraze tokom različitih faza procesa transkripcije.[3]

U većini prokariota, jedan tip RNK-polimeraze transkribira sve tipove RNK. RNK-polimeraza "jedra" E. coli sastoji se od pet podjedinica: dvije alfa (α) podjedinice od 36 kDa, beta (β) podjedinica od 150 kDa, beta podjedinica (β′) od 155 kDa i mala omega (ω) podjedinica. Faktor sigma (σ) veže se za jedro, tvoreći holoenzim. Nakon započinjanja transkripcije, faktor se može odvezati i pustiti jedarni enzim da nastavi sa svojom aktivnošću.[4][5] Jezgreni kompleks RNK-polimeraze tvori strukturu "rakova kandža" ili "stezna čeljust" sa unutrašnjim kanalom koji prolazi cijelom dužinom.][6] RNK-polimeraze eukariota i arhea imaju sličnu strukturu jezgra i rade na sličan način, iako imaju mnogo dodatnih podjedinica.[7]

Svi RNAP-ovi sadrže metalni kofaktori, posebno katione cinka i magnezij a, koji pomažu u procesu transkripcije.[8][9]

FunkcijaUredi

 
Elektronska micrografija DNK-polulanaca ukrašenih stotinama molekula RNKP, premalih su da bi se razložile. Svaki RNKP transkribira RNA-lanac, koji se može vidjeti kako se grana od DNK. "Begin" označava 3 'kraj DNK, gdje RNKP započinje transkripciju; "End" označava 5 'kraj, gdje su duže molekule RNK potpuno transkribirane.

Kontrola procesa transkripcije gena utiče na obrasce ekspresije gena i, prema tome, omogućava ćelijama da se prilagode promenljivom okruženju, obavlja specijalizovane uloge u organizmu i održava osnovne metaboličke procese neophodne za preživljavanje. Stoga nije iznenađujuće da je aktivnost RNKP-a duga, složena i visoko regulirana. U bakteriji Escherichia coli identificirano je više od 100 faktora transkripcije, koji modificirauju aktivnost RNKP-a.[10]

RNKP može inicirati transkripciju na specifičnim sekvencama DNK, poznatim kao promotori . Zatim proizvodi RNK-lanac, koji je komplementarna kopija DNK-lanca. Proces dodavanja nukleotida lancu RNK poznat je kao elongacija (izduživanje); u eukariotima RNKP može graditi lance sve dok 2,4 miliona nukleotida (puna dužina distrofinskog gena). RNKP će preferencijski prezentirati svoj RNK transkript na specifičnim sekvencama DNK, kodiranim na kraju gena, koji su poznati kao terminatori.

Proizvodi RNAP-a uključuju:

RNAP postiže sintezu de novo. To je u stanju učiniti jer specifične interakcije s inicirajućim nukleotidom čvrsto drže RNKP, olakšavajući hemijski napad na dolazni nukleotid. Takve specifične interakcije objašnjavaju zašto RNAP radije započinje transkripte s ATP-om (slijedi GTP, UTP, a zatim CTP). Za razliku od DNK polimeraze, RNAP uključuje helikazu aktivnost, stoga nije potreban poseban enzim za odmotavanje DNK.

AktivnostUredi

InicijacijaUredi

Vezanje RNK-polimeraze u bakterijama uključuje sigma faktor prepoznavanja promotorskog jezgra koje sadrži –35 i –10 elemenata (koji se nalaze prije početka sekvence koja će se transkribirati), a kod nekih promotora i α podjedinica C-krajevog domena koji prepoznaje uzlazne elemente promotora. Postoji više zamjenjivih sigma faktora, od kojih svaki prepoznaje zaseban skup promotora. Na primjer, u E. coli, σ70 izražen je u normalnim uvjetima i prepoznaje promotore za gene potrebne u normalnim uvjetima ("domaćinski geni"), dok σ32 prepoznaje promotore gena potrebnih na visokim temperaturama ("geni toplotnog šoka". U arhejama i eukariotima, funkcije bakterijskog općeg transkripcijskog faktora sigme obavljaju višestruki opći transkripcijski faktori, koji djeluju zajedno. Zatvoreni kompleks RNK-polimeraznog-promotora obično se naziva "kompleks transkripcijske inicijacije".[11][12]

Nakon vezanja za DNK, RNK-polimeraza prelazi iz zatvorenog u otvoreni kompleks. Ova promjena uključuje razdvajanje DNK lanaca kako bi se formirao odmotani dio od približno 13 bp, koji se naziva "mjehurić transkripcije". Superspirala ima važnu ulogu u aktivnosti polimeraze zbog odmotavanja i premotavanja DNK. Budući da su regije DNK ispred RNKP-a odmotane, postoje kompenzacijski pozitivni super-namotaji. Regije iza RNKP-a se premotavaju i prisutni su negativni supernamotaji.[12]

"Bijeg" promotoraUredi

RNK-polimeraza tada počinje sintetizirati početni DNK-RNK heterodupleks, s ribonukleotidima baznim uparenim u matricu DNK lanca prema Watson-Crickovoj interakciji baznog uparivanja. Kao što je gore napomenuto, RNK-polimeraza uspostavlja kontakt sa promotorskom regijom. Međutim, ovi stabilizacijski kontakti inhibiraju sposobnost enzima da pristupi DNK i dalje nizvodno, a time i sintezu produkta pune dužine. Da bi nastavila sintezu RNK, RNK-polimeraza mora „pobjeći“ iz promotora. Mora održavati kontakte promotora, dok odmotava više nizvodnih DNK za sintezu, "uvujanje" više nizvodnih DNK u inicijacijski kompleks.[13] > Za vrijeme tranzicije bijega promotora, RNK-polimeraza se smatra "intermedijarom pod stresom". Termodinamički stres akumulira se od aktivnosti odmotavanja i sabijanja DNK. Kada je DNK-RNK heterodupleks dovoljno dug (~ 10 bp), RNK-polimeraza oslobađa svoje gornje kontakte i efikasno postiže prelazak promotora u fazu izdužeivanja/elongacije. Heterodupleks u aktivnom centru stabilizira kompleks izduživanja.

Međutim, "bijeg" promotora nije jedini ishod. RNK-polimeraza također može ublažiti stres, oslobađanjem svojih nizvodnih kontakata, zaustavljanjem transkripcije. Pauzirani kompleks transkripcije ima dvije mogućnosti: (1) oslobađanje novonastalog transkripta i novo započinjanje kod promotora ili (2) ponovno uspostavljanje novog 3'OH na na aktivnom mjestu novonastalog transkripta, putem katalitske aktivnosti RNK-polimeraze i ponovnim probijanjem DNK kako bi se omogućio bijeg promotora. Abortivna inicijacija, neproduktivni ciklus RNK-polimeraze prije tranzicije bijega promotora, rezultira kratkim fragmentima RNK od oko 9 bp u procesu poznatom kao abortivna transkripcija. Opseg abortivnog započinjanja ovisi o prisutnosti faktora transkripcije i snazi kontakata promotora.[14]

ElongacijaUredi

 
TranskripcijA RNK-polymeraze II: proces izduživanja transkripta olakšan rastavljanjem nukleosoma.
 
RNKP T. aquaticus tokom izduživanja. Dijelovi enzima postali su prozirni kako bi put RNK i DNK bio jasniji. Magnezijev ion (žuti) nalazi se na aktivnom mjestu enzima.

Transkripcijski kompleks od 17 bp ima hibrid od 8 bp DNK-RNK, odnosno osam baznih parova uključuje RNA transkript vezan za matrični lanac DNK. Kako transkripcija odmiče, ribonukleotidi se dodaju na 3 'kraj RNK-transkripta i RNAKP kompleks se kreće duž DNK. Karakteristične brzine elongacije kod prokariota i eukariota su oko 10–100 nts/sec.[15]

Ostaci aspartila (asp) u RNKP-u zadržavaju se na ionima Mg2+, koji će zauzvrat koordinirati fosfate ribonukleotida. Prve Mg2+ zadržavat će α-fosfat NTP-a koji treba dodati. To omogućava nukleofilni napad 3'OH iz RNK-transkripta, dodajući još jedan NTP-lanac. Drugi ion Mg2+ zadržat će pirofosfat NTP-a.[16] Ukupna jednadžba reakcije je:

 n +   n+1 +  i

TačnostUredi

Za razliku od lektorskih mehanizama DNK-polimeraze, mehanizmi RNKP-a istraženi su tek nedavno. „Lektorsko“ ispravljanje započinje odvajanjem pogrešno uklopljenih nukleotida DNK predloška. Ovo zaustavlja transkripciju. Polimeraza se zatim vraća za položaj jedan i cijepa dinukleotid koji sadrži neusklađeni nukleotid. U RNK-polimerazi to se događa na istom aktivnom mjestu koje se koristi za polimerizaciju i stoga se znatno razlikuje od DNK-polimeraze, gdje se lektura događa na određenom aktivno mjesto|aktivnom mjestu nukleaze.[17]

Ukupna stopa grešaka je oko 10−4 to 10−6.[18]

TerminacijaUredi

U bakterija, završetak transkripcije RNK može biti rho-ovisan ili rho-neovisan. Prvi se oslanja na rho faktor, koji destabilizira DNK-RNK heterodupleks i uzrokuje oslobađanje RNK.[19] Potonji, poznat i kao suštinski završetak, oslanja se na palindromski region DNK. Transkribiranje regije uzrokuje stvaranje strukture "ukosnice" transkripcije RNK koja stvara petlju i veže se za sebe. Ova struktura ukosnice često je bogata baznim parovima G-C, što je čini stabilnijom od samog DNK-RNK hibrida. Kao rezultat, hibrid od osam bp DNK-RNK u transkripcijskom kompleksu prelazi u hibrid od četiri bp. Ova posljednja 4-bazna para su slabi A-U bazni parovi i cijeli RNK-transkript otpast će s DNK.

Završetak transkripcije u eukariota manje je razumljiv nego kod bakterija, ali uključuje cijepanje novog transkripta, praćeno dodavanjem adenina na novom 3' kraju, neovisno o matrici, u procesu koji se naziva poliadenilacija.[20]

Ostali organizmiUredi

S obzirom na to da DNK– i RNK-polimeraze provode polimerizaciju nukleotida ovisnu o kalupu, moglo bi se očekivati da će dva tipa enzima biti strukturno povezane. Međutim, rendgenska kristalografska studija oba tipa enzima otkrivaju da, osim što sadrže kritični ion Mg2+ na katalitskom mjestu, oni praktično nisu međusobno povezani ; zaista se čini da su nukleotidni polimerizacijski enzimi, koji su ovisni o predlošku nastali dva puta neovisno tokom rane evolucije ćelija. Jedna loza dovela je do modernih DNK-polimeraza i reverznih transkriptaza, kao i do nekoliko jednolančanih RNK-polimeraza (ssRNAP) iz faga i organela.[2] The other multi-subunit RNAP lineage formed all of the modern cellular RNA polymerases.[1][21]

BakterijeUredi

Kod bakterija, isti enzim katalizira sintezu iRNK i nekodirajuća RNK (ncRNA).

RNAP je velika molekula. Jezgro ima pet podjedinica (~ 400 kDa) [22]

  • β': β' podjedinica je najveća podjedinica i kodira je rpoC gen.[23] Podjedinica β' sadrži dio aktivnog centra odgovornog za sintezu RNK i neke odrednice za nesekvencu specifične interakcije s DNK i RNK u nastajanju. Podijeljen je na dvije podjedinice u cijanobakterijama i hloroplastima.[24]
  • α: α podjedinica je treća po veličini podjedinica i prisutna je u dvije kopije po molekulu RNKP-a, αI i α II (jedna i dvije). Svaka α podjedinica sadrži dva domena: αNTD (domen N-kraja) i αCTD (domen C-kraja). αNTD sadrži odrednice za sastavljanje RNKP-a. αCTD (domen C-kraja) sadrži odrednice za interakciju s promotorskom DNK, čineći nesljedne nespecifične interakcije kod većine promotora i specifične za sekvence interakcije na promotorima koji sadrže uzvodne elemente i odrednice za interakcije s regulatornim faktorima.
  • ω: ω podjedinica je najmanja od svih podjedinica. ω olakšava sastavljanje RNKP-a i stabilizira sklopljeni RNKP.[25]

Da bi se vezalo za promotore, jezgro RNKP povezuje se s faktorom inicijacije transkripcije sigma (σ) da bi se formirao holoenzim RNK-polimeraze. Sigma smanjuje afinitet RNAP-a za nespecifičnu DNK, istovremeno povećavajući specifičnost za promotore, omogućavajući započinjanje transkripcije na tačnim mjestima. Kompletni holoenzim stoga ima šest podjedinica: β'βαI and αIIωσ (~450 kDa).

EukariotiUredi

 
Struktura eukariotske RNK polimeraze II (svijetloplava) u kompleksu sa Alfa-amanitin α-amanitinom (crvena), jakim otrovom koji se nalazi u gljive sa smrtnim posljedicama koji cilja ovaj vitalni enzim

Eukaryoti imaju više tipova jedarnih RNKP-ova, od kojih je svaki odgovoran za sintezu posebne podskupine RNK. Svi su međusobno strukturno i mehanički povezani i s bakterijskim RNKP-om:

Eukariotski hloroplasti sadrže RNKP vrlo sličan bakterijskom RNKP ("polimeraza kodirana s plastidom, PEP"). Koriste sigma faktore kodirane u jedarnom genomu.[31]

Hloroplasti također sadrže drugu, strukturno i mehanički nepovezanu, jednopodjedinicu RNKP ("jedrom kodirana polimeraza , NEP"). Eukariotske mitohondrije koriste POLRMTjednodijelnu , kodiranu jezgru RNKP]].[2] Takve fagima-slične polimeraze u biljkama nazivaju se RpoT.[31]

ArchaeaUredi

Archaea imaju jedan tip RNKP-a, odgovornog za sintezu svih RNK. Njihov RNKP strukturno je i mehanički sličan bakterijskom RNKP-u i eukariotskom nuklearnom RNKP-u I, a posebno je usko strukturno i mehanički povezan s eukariotskim jedarnim RNKP-om II.[7][32]

Historija otkrića RNK-polimeraze arhea prilično je novijeg datuma. Prva analiza RNKP-a arhea izvršena je 1971., kada je RNKP iz krajnjeg halofilnog Halobacterium cutirubrum izolovan i pročišćen.[33] Kristalne strukture RNKP-a iz Sulfolobus solfataricus i Sulfolobus shibatae postavljaju ukupan broj identifikovanih arhejskih podjedinica na trinaest.[7][34]

Archaea imaju podjedinicu koja odgovara eukariotskom Rpb1. podijeljenu na dva dijela. Ne postoji homolog eukariotskog Rpb9 (POLR2I) u S. shibatae, iako je TFS (homolog TFIIS) predložen kao jedan na osnovu sličnosti. Postoji dodatna podjedinica nazvana Rpo13; zajedno s Rpo5 zauzima prostor ispunjen insercijom koja se nalazi u bakterijskim β' podjedinicama (1.377-1.420 u Taq).[7] Ranija studija niže rezolucije o strukturi S. solfataricus nije pronašla Rpo13 i samo je prostor dodijelila Rpo5 / Rpb5. Rpo3 je značajan po tome što je klaster protein željezo-sumpor. RNAP I / III podjedinica AC40, pronađena u nekih eukariota ima slične sekvence,[34], ali ne veže gvožđe.[35] This domain, in either case, serves a structural function.[36]

Podjedinica RNKP-a arhea prethodno je koristila "RpoX" nomenklaturu gdje je svakoj podjedinici dodeljeno slovo na način koji nije povezan sa bilo kojim drugim sistemom.[1] U 2009., predložene je numeriranje po novoj nomenklaturi, zasnovana na eukariotskoj Pol II podjedinici "Rpb.[7]

VirusiUredi

[[Datoteka:RNA pol.jpg|thumb|right|T7 RNK- polimeraza koja stvara iRNK (zelena) iz DNK predloška. Protein je prikazan u obliku ljubičaste vrpce. Slika je izvedena iz linka PDB 1MSW

Ortopoksvirus i neki drugi nukleocitoplazmatski veliki DNK virusi sintetiziraju RNK pomoću vizuelno kodiranog višepodjediničnog RNKP. Oni su najsličniji eukariotskim RNKP-ima, s tim da su neke podjedinice minimizirane ili uklonjene.[37] Exactly which RNAP they are most similar to is a topic of debate.[38] Većina drugih virusa koji sintetiziraju RNK koriste nepovezane mehanizme.

Mnogi virusi koriste RNKP koji ovisi o jednoj podjedinici (ssRNKP) , strukturno i mehanički povezanom sa jednostavnom podjedinicom RNKP-om eukariotskih hloroplasta (RpoT) i mitohondrija (POLRMT), a što je dalje i za DNK-polimeraze i reverzne transkriptaze . Možda je najšire proučavan takav jednojedinični RNKP bakteriofaga T7 RNK polimeraza. ssRNAP-ovi ne mogu lektorirati.[2]

Ostali virusi koriste RNK-zavisnu RNKP (RNKP koji koristi RNK kao obrazac umjesto DNK). To se događa u virusima negativnih lanaca RNK i virusi dsRNK, koji dio svog životnog ciklusa postoje kao dvolančana RNK . Međutim, neki RNK virusi pozitivnih lanaca, kao što je polio virus, sadrže i RNKP-zavisni RNKP.[39]

HistorijaUredi

RNKP su nezavisno otkrili Charles Loe, Audrey Stevens i Jerard Hurwitz 1960.[40] Do tada je polovinu Nobelove nagrada za fiziologiju ili medicinu dobio Severo Ochoa, za otkriće onoga za šta se vjerovalo da je RNKP, ,[41], ali se umjesto toga pokazalo da je to polinukleotid fosforilaza.

PrečišćavanjeUredi

RNK-polimeraza može se izolirati na sljedeće načine:

Također se primjenjuju i kombinacije gore navedenih tehnika.

Također pogledajteUredi

ReferenceUredi

  1. ^ a b c d Werner F, Grohmann D (februar 2011). "Evolution of multisubunit RNA polymerases in the three domains of life". Nature Reviews. Microbiology. 9 (2): 85–98. doi:10.1038/nrmicro2507. PMID 21233849. See also Cramer 2002: Cramer P (2002). "Multisubunit RNA polymerases". Curr Opin Struct Biol. 12 (1): 89–97. doi:10.1016/s0959-440x(02)00294-4. PMID 11839495.
  2. ^ a b c d Cermakian N, Ikeda TM, Miramontes P, Lang BF, Gray MW, Cedergren R (decembar 1997). "On the evolution of the single-subunit RNA polymerases". Journal of Molecular Evolution. 45 (6): 671–81. Bibcode:1997JMolE..45..671C. CiteSeerX 10.1.1.520.3555. doi:10.1007/PL00006271. PMID 9419244.
  3. ^ Nobel Prize in Chemistry 2006
  4. ^ Griffiths AJF, Miller JH, Suzuki DT, et al. An Introduction to Genetic Analysis. 7th edition. New York: W. H. Freeman; 2000. Chapter 10.
  5. ^ Finn RD, Orlova EV, Gowen B, Buck M, van Heel M (decembar 2000). "Escherichia coli RNA polymerase core and holoenzyme structures". The EMBO Journal. 19 (24): 6833–44. doi:10.1093/emboj/19.24.6833. PMC 305883. PMID 11118218.
  6. ^ Zhang G, Campbell EA, Minakhin L, Richter C, Severinov K, Darst SA (septembar 1999). "Crystal structure of Thermus aquaticus core RNA polymerase at 3.3 A resolution". Cell. 98 (6): 811–24. doi:10.1016/S0092-8674(00)81515-9. PMID 10499798.
  7. ^ a b c d e Korkhin Y, Unligil UM, Littlefield O, Nelson PJ, Stuart DI, Sigler PB, Bell SD, Abrescia NG (maj 2009). "Evolution of complex RNA polymerases: the complete archaeal RNA polymerase structure". PLOS Biology. 7 (5): e1000102. doi:10.1371/journal.pbio.1000102. PMC 2675907. PMID 19419240.
  8. ^ Alberts B (18. 11. 2014). Molecular biology of the cell (Sixth izd.). New York, NY. ISBN 9780815344322. OCLC 887605755.
  9. ^ Markov D, Naryshkina T, Mustaev A, Severinov K (septembar 1999). "A zinc-binding site in the largest subunit of DNA-dependent RNA polymerase is involved in enzyme assembly". Genes & Development. 13 (18): 2439–48. doi:10.1101/gad.13.18.2439. PMC 317019. PMID 10500100.
  10. ^ Ishihama A (2000). "Functional modulation of Escherichia coli RNA polymerase". Annual Review of Microbiology. 54: 499–518. doi:10.1146/annurev.micro.54.1.499. PMID 11018136.
  11. ^ Roeder, Robert G. (1991). "The complexities of eukaryotic transcription initiation: regulation of preinitiation complex assembly". Trends in Biochemical Sciences. 16 (11): 402–408. doi:10.1016/0968-0004(91)90164-Q. ISSN 0968-0004. PMID 1776168.
  12. ^ a b Watson JD, Baker TA, Bell SP, Gann AA, Levine M, Losick RM (2013). Molecular Biology of the Gene (7th izd.). Pearson.
  13. ^ Revyakin A, Liu C, Ebright RH, Strick TR (novembar 2006). "Abortive initiation and productive initiation by RNA polymerase involve DNA scrunching". Science. 314 (5802): 1139–43. Bibcode:2006Sci...314.1139R. doi:10.1126/science.1131398. PMC 2754787. PMID 17110577.
  14. ^ Goldman SR, Ebright RH, Nickels BE (maj 2009). "Direct detection of abortive RNA transcripts in vivo". Science. 324 (5929): 927–8. Bibcode:2009Sci...324..927G. doi:10.1126/science.1169237. PMC 2718712. PMID 19443781. CS1 održavanje: nepreporučeni parametar (link)
  15. ^ Milo, Ron; Philips, Rob. "Cell Biology by the Numbers: What is faster, transcription or translation?". book.bionumbers.org. Arhivirano s originala, 20. 4. 2017. Pristupljeno 8. 3. 2017.
  16. ^ Svetlov V, Nudler E (januar 2013). "Basic mechanism of transcription by RNA polymerase II". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Gene Regulatory Mechanisms. 1829 (1): 20–8. doi:10.1016/j.bbagrm.2012.08.009. PMC 3545073. PMID 22982365.
  17. ^ Sydow JF, Cramer P (decembar 2009). "RNA polymerase fidelity and transcriptional proofreading" (PDF). Current Opinion in Structural Biology. 19 (6): 732–9. doi:10.1016/j.sbi.2009.10.009. PMID 19914059.
  18. ^ Philips R, Milo R. "What is the error rate in transcription and translation?" (jezik: engleski). Pristupljeno 26. 3. 2019.
  19. ^ Richardson JP (septembar 2002). "Rho-dependent termination and ATPases in transcript termination". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Gene Structure and Expression. 1577 (2): 251–260. doi:10.1016/S0167-4781(02)00456-6. PMID 12213656.
  20. ^ Lykke-Andersen S, Jensen TH (oktobar 2007). "Overlapping pathways dictate termination of RNA polymerase II transcription". Biochimie. 89 (10): 1177–82. doi:10.1016/j.biochi.2007.05.007. PMID 17629387.
  21. ^ Stiller JW, Duffield EC, Hall BD (septembar 1998). "Amitochondriate amoebae and the evolution of DNA-dependent RNA polymerase II". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 95 (20): 11769–74. Bibcode:1998PNAS...9511769S. doi:10.1073/pnas.95.20.11769. PMC 21715. PMID 9751740.
  22. ^ Ebright RH (decembar 2000). "RNA polymerase: structural similarities between bacterial RNA polymerase and eukaryotic RNA polymerase II". Journal of Molecular Biology. 304 (5): 687–98. doi:10.1006/jmbi.2000.4309. PMID 11124018.
  23. ^ Monastyrskaya GS, Gubanov VV, Guryev SO, Salomatina IS, Shuvaeva TM, Lipkin VM, Sverdlov ED (juli 1982). "The primary structure of E. coli RNA polymerase, Nucleotide sequence of the rpoC gene and amino acid sequence of the beta'-subunit". Nucleic Acids Research. 10 (13): 4035–44. doi:10.1093/nar/10.13.4035. PMC 320776. PMID 6287430.
  24. ^ Bergsland KJ, Haselkorn R (juni 1991). "Evolutionary relationships among eubacteria, cyanobacteria, and chloroplasts: evidence from the rpoC1 gene of Anabaena sp. strain PCC 7120". Journal of Bacteriology. 173 (11): 3446–55. doi:10.1128/jb.173.11.3446-3455.1991. PMC 207958. PMID 1904436.
  25. ^ Mathew R, Chatterji D (oktobar 2006). "The evolving story of the omega subunit of bacterial RNA polymerase". Trends in Microbiology. 14 (10): 450–5. doi:10.1016/j.tim.2006.08.002. PMID 16908155.
  26. ^ Grummt I (1999). Regulation of mammalian ribosomal gene transcription by RNA polymerase I. Progress in Nucleic Acid Research and Molecular Biology. 62. str. 109–54. doi:10.1016/S0079-6603(08)60506-1. ISBN 9780125400626. PMID 9932453.
  27. ^ Lee Y; Kim M; Han J; Yeom KH; Lee S; Baek SH; Kim VN. (oktobar 2004). "MicroRNA genes are transcribed by RNA polymerase II". EMBO J. 23 (20): 4051–60. doi:10.1038/sj.emboj.7600385. PMC 524334. PMID 15372072.
  28. ^ Willis IM. (februar 1993). "RNA polymerase III. Genes, factors and transcriptional specificity". Eur. J. Biochem. 212 (1): 1–11. doi:10.1111/j.1432-1033.1993.tb17626.x. PMID 8444147.
  29. ^ Herr AJ, Jensen MB, Dalmay T, Baulcombe DC (april 2005). "RNA polymerase IV directs silencing of endogenous DNA". Science. 308 (5718): 118–20. Bibcode:2005Sci...308..118H. doi:10.1126/science.1106910. PMID 15692015.
  30. ^ Wierzbicki AT, Ream TS, Haag JR, Pikaard CS (maj 2009). "RNA polymerase V transcription guides ARGONAUTE4 to chromatin". Nature Genetics. 41 (5): 630–4. doi:10.1038/ng.365. PMC 2674513. PMID 19377477.
  31. ^ a b Schweer J, Türkeri H, Kolpack A, Link G (decembar 2010). "Role and regulation of plastid sigma factors and their functional interactors during chloroplast transcription - recent lessons from Arabidopsis thaliana". European Journal of Cell Biology. 89 (12): 940–6. doi:10.1016/j.ejcb.2010.06.016. PMID 20701995.
  32. ^ Werner F (septembar 2007). "Structure and function of archaeal RNA polymerases". Molecular Microbiology. 65 (6): 1395–404. doi:10.1111/j.1365-2958.2007.05876.x. PMID 17697097.
  33. ^ Louis BG, Fitt PS (februar 1971). "Nucleic acid enzymology of extremely halophilic bacteria. Halobacterium cutirubrum deoxyribonucleic acid-dependent ribonucleic acid polymerase". The Biochemical Journal. 121 (4): 621–7. doi:10.1042/bj1210621. PMC 1176638. PMID 4940048.
  34. ^ a b Hirata A, Klein BJ, Murakami KS (februar 2008). "The X-ray crystal structure of RNA polymerase from Archaea". Nature. 451 (7180): 851–4. Bibcode:2008Natur.451..851H. doi:10.1038/nature06530. PMC 2805805. PMID 18235446.
  35. ^ Fernández-Tornero C, Moreno-Morcillo M, Rashid UJ, Taylor NM, Ruiz FM, Gruene T, Legrand P, Steuerwald U, Müller CW (oktobar 2013). "Crystal structure of the 14-subunit RNA polymerase I". Nature. 502 (7473): 644–9. Bibcode:2013Natur.502..644F. doi:10.1038/nature12636. PMID 24153184.
  36. ^ Jennings ME, Lessner FH, Karr EA, Lessner DJ (februar 2017). "The [4Fe-4S] clusters of Rpo3 are key determinants in the post Rpo3/Rpo11 heterodimer formation of RNA polymerase in Methanosarcina acetivorans". MicrobiologyOpen. 6 (1): e00399. doi:10.1002/mbo3.399. PMC 5300874. PMID 27557794.
  37. ^ Mirzakhanyan Y, Gershon PD (septembar 2017). "Multisubunit DNA-Dependent RNA Polymerases from Vaccinia Virus and Other Nucleocytoplasmic Large-DNA Viruses: Impressions from the Age of Structure". Microbiology and Molecular Biology Reviews. 81 (3). doi:10.1128/MMBR.00010-17. PMC 5584312. PMID 28701329.
  38. ^ Guglielmini, Julien; Woo, Anthony C.; Krupovic, Mart; Forterre, Patrick; Gaia, Morgan (10. 9. 2019). "Diversification of giant and large eukaryotic dsDNA viruses predated the origin of modern eukaryotes". Proceedings of the National Academy of Sciences (jezik: engleski). 116 (39): 19585–19592. doi:10.1073/pnas.1912006116. ISSN 0027-8424. PMC 6765235. PMID 31506349.
  39. ^ Ahlquist P (maj 2002). "RNA-dependent RNA polymerases, viruses, and RNA silencing". Science. 296 (5571): 1270–3. Bibcode:2002Sci...296.1270A. doi:10.1126/science.1069132. PMID 12016304.
  40. ^ Hurwitz J (decembar 2005). "The discovery of RNA polymerase". The Journal of Biological Chemistry. 280 (52): 42477–85. doi:10.1074/jbc.X500006200. PMID 16230341.
  41. ^ Nobel Prize 1959
  42. ^ Kelly JL, Lehman IR (august 1986). "Yeast mitochondrial RNA polymerase. Purification and properties of the catalytic subunit". The Journal of Biological Chemistry. 261 (22): 10340–7. PMID 3525543.
  43. ^ Honda A, Mukaigawa J, Yokoiyama A, Kato A, Ueda S, Nagata K, Krystal M, Nayak DP, Ishihama A (april 1990). "Purification and molecular structure of RNA polymerase from influenza virus A/PR8". Journal of Biochemistry. 107 (4): 624–8. doi:10.1093/oxfordjournals.jbchem.a123097. PMID 2358436.
  44. ^ Hager DA, Jin DJ, Burgess RR (august 1990). "Use of Mono Q high-resolution ion-exchange chromatography to obtain highly pure and active Escherichia coli RNA polymerase". Biochemistry. 29 (34): 7890–4. doi:10.1021/bi00486a016. PMID 2261443.

Vanjski linkoviUredi

(Wayback Machine copy)