EC broj enzima

Komisijski broj enzima (EC: Enzyme Commision Number) je oznaka svakog enzima u pregledu njihove klasifikacije, na osnovu hemijske reakcije koju kataliziraju. Ova sistemska nomenklatura enzima, svaki EC broj je povezuje s preporučenim imenom za odgovarajući enzim.^[1]^[2]

Strogo govoreći, EC brojevi ne preciziraju enzim, već enzim katalizirane reakcije. Ako različiti enzimi (naprimjer, iz različitih organizama) kataliziraju istu reakciju, onda oni dobiju isti EC broj. Osim toga, usljed konvergentne evolucije, potpuno drugačiji proteinski oblici mogu katalizirati identičnu reakcija i stoga će im biti dodijeljen identičan broj EC. Ovi se označavaju kao nehomologni izofunkcijski enzimi, ili NISE). Za razliku od toga, UniProt identifikatori jedinstveno određuju proteinsku sekvencu po aminokiselinama.^[3]

Format broja

Oznaka svakog od enzima sastoji se od slova "EC", a zatim četiri broja odvojena razmacima. Ti brojevi predstavljaju progresivno finiju klasifikaciju enzima. Postoje i preliminarni EC brojevi koji imaju oznaku n u sklopu četvrtog (serijskog) broja (npr. EC 3.5.1.n3).^[4] Primjerice, tripeptid aminopeptidaza ima kod "EC 3.4.11.4", čije komponente ukazuju na sljedeće skupine enzima:

EC 3 – enzimi su hidrolaze (enzimi koji koriste vodu za razgradnju nekih drugih molekula);
EC 3.4 – hidrolaze koje djeluju na peptidne veze;
EC 3.4.11 – hidrolaze koje odnose amino-terminal aminokiseline iz polipeptida;
EC 3.4.11.4 – hidrolaze koje skidaju amino-terminal tripeptida.

Sličnost reakcije

Sličnost između enzimskih reakcija (EC) može se izračunati pomoću promjene veza, reakcijskih centara ili podkonstrukcije metrike (tj. EC-BLAST).

Historija

Šema nomenklature enzima je razvijen početkom 1955. godine, kada je Međunarodni kongres za biohemiju u Bruxellesu postavio Komisiju za enzime. Prva verzija je objavljena u 1961. Sadašnje šesto izdanju, koje je objavila Međunarodna unija za biohemiju i molekularnu biologiju 1992. godine, sadrži 3196 različitih enzima. Suplementi 1-4 objavljeni su od 1993. do 1999. Naknadni suplementi su objavljeni elektronskim putem, na internet stranici Odbora za nomenklaturu Međunarodne unije za biohemiju i molekularnu biologiju.

Razina kodova

Najvažniji EC brojevi^[5]
Grupa	Katalizirana reakcija	Tipska reakcija	Primjer enzima (trivijalni naziv)
EC 1 Oksidoreduktaze	Redoks reakcije; transfer H i O atoma ili elektrona iz jedne supstance na drugu	AH + B → A + BH (redukcija) A + O → AO (oksidacija)	Dehidrogenaza, Oksidaza
EC 2 Transferaze	Transfer funkcijske grupe od jedne supstance do druge. Grupa može biti metil-, acil-, amino- ili fosfatna grupa	AB + C → A + BC	Transaminaza, Kinaza
EC 3 Hidrolaze	Formiranje dva proizvoda od jednog supstrata putem Hidrolize	AB + H₂O → AOH + BH	Lipaza, Amilaza, Peptidaza
EC 4 Lijaze	Nehidrolitsko dodavanje ili oduzimanje grupa i supstrata. Mogu biti razgrađene C-C, C-N, C-O ili C-S veze.	RCOCOOH → RCOH + CO₂ ili [X-A-B-Y] → [A=B + X-Y]	Dekarboksilaza
EC 5 Izomeraze	Unutarmolekulski rearanžmani, tj. izomerizacijske promjene unutaj jedne molekule.	ABC → BCA	Izomeraze, Mutaze
EC 6 Ligaze	Povezuju dvije molekule sintezom novih C-O, C-S, C-N ili C-C kovalentnih veza putem simultane razgradnje Adenozin trifosfata (ATP)	X + Y + ATP → XY + ADP + Pi	Sintetaza

Također pogledajte

Spisak EC brojeva
Spisak enzima
TC broj (klasifikacija membranskih transportnih proteina)

Reference

^ Webb E. C. (1992); Enzyme nomenclature 1992: recommendations of the Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology on the nomenclature and classification of enzymes. Published for the International Union of Biochemistry and Molecular Biology by Academic Press. San Diego, ISBN 0-12-227164-5: http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/.
^ ExPASy: Enzyme (Enzyme nomenclature database): http://www.expasy.org/enzyme/.
^ Omelchenko M. V., Galperin M. Y., Wolf Y. I., Koonin E. V. (2010). "Non-homologous isofunctional enzymes: a systematic analysis of alternative solutions in enzyme evolution". Biology Direct. 5: 31. doi:10.1186/1745-6150-5-31. PMC 2876114. PMID 20433725.CS1 održavanje: upotreba parametra authors (link)
^ Apweiler R., Bairoch A., Wu C. H., Barker W. C., Boeckmann B., Ferro S., Gasteiger E., Huang H., Lopez R., Magrane M., Martin M. J., Natale D. A., O'Donovan C., Redaschi N., Yeh L. S. (jan 2004). "UniProt: the Universal Protein knowledgebase". Nucleic Acids Research. 32 (Database issue): D115–9. doi:10.1093/nar/gkh131. PMC 308865. PMID 14681372.CS1 održavanje: upotreba parametra authors (link)
^ Moss G. P. (2006): Recommendations of the Nomenclature Committee. International Union of Biochemistry and Molecular Biology on the Nomenclature and Classification of Enzymes by the Reactions they Catalyse: http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/.

[1] Webb E. C. (1992); Enzyme nomenclature 1992: recommendations of the Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology on the nomenclature and classification of enzymes. Published for the International Union of Biochemistry and Molecular Biology by Academic Press. San Diego, ISBN 0-12-227164-5: http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/.

[2] ExPASy: Enzyme (Enzyme nomenclature database): http://www.expasy.org/enzyme/.

[pmid20433725-3] Omelchenko M. V., Galperin M. Y., Wolf Y. I., Koonin E. V. (2010). "Non-homologous isofunctional enzymes: a systematic analysis of alternative solutions in enzyme evolution". Biology Direct. 5: 31. doi:10.1186/1745-6150-5-31. PMC 2876114. PMID 20433725.CS1 održavanje: upotreba parametra authors (link)

[pmid14681372-4] Apweiler R., Bairoch A., Wu C. H., Barker W. C., Boeckmann B., Ferro S., Gasteiger E., Huang H., Lopez R., Magrane M., Martin M. J., Natale D. A., O'Donovan C., Redaschi N., Yeh L. S. (jan 2004). "UniProt: the Universal Protein knowledgebase". Nucleic Acids Research. 32 (Database issue): D115–9. doi:10.1093/nar/gkh131. PMC 308865. PMID 14681372.CS1 održavanje: upotreba parametra authors (link)

[5] Moss G. P. (2006): Recommendations of the Nomenclature Committee. International Union of Biochemistry and Molecular Biology on the Nomenclature and Classification of Enzymes by the Reactions they Catalyse: http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]