MetaCyc

MetaCyc baza podataka je jedna od najvećih baza podataka metaboličkih puteva i enzima trenutno dostupnih. Podaci u bazi podataka ručno su kurirani iz naučne literature i pokrivaju sve oblasti života. MetaCyc ima opsežne informacije o hemijskim spojevima, reakcijama, metaboličkim putevima i enzimima. Podaci su prikupljeni iz više od 58.000 publikacija.[1][2][3]

MetaCyc je dizajniran za više vrsta upotrebe. Često se koristi kao opsežna onlajn enciklopedija metabolizma. Pored toga, MetaCyc se koristi kao referentni skup podataka za kompjutersko predviđanje metaboličke mreže organizama iz njihovih sekvenciranih genoma; korišten je za predviđanje puta za hiljade organizama, uključujući i one u BioCyc kolekciji baze podataka. MetaCyc se također koristi u metaboličkom inženjerstvu i istraživanju metabolomike.

MetaCyc uključuje mini preglede za puteve i enzime koji pružaju osnovne informacije, kao i relevantne literaturne reference. Također pruža opsežne podatke o pojedinačnim enzimima, opisujući njihovu strukturu podjedinica, kofaktore, aktivatore i inhibitore, specifičnost supstrata i, kada su dostupni, kinetičke konstante. MetaCyc podaci o metabolitima uključuju hemijske strukture, predviđenu standardnu energiju formiranja i veze sa eksternim bazama podataka. Reakcije u MetaCyc-u su predstavljene u vizuelnom prikazu koji uključuje strukture svih komponenti. Reakcije su izbalansirane i uključuju EC brojeve, smjer reakcije, predviđena mapiranja atoma koja opisuju korespondenciju između atoma u jedinjenjima reaktanata i spojeva proizvoda, i izračunatu Gibbsovu slobodnu energiju .

Svi objekti u MetaCyc-u se mogu kliknuti i omogućavaju lahak pristup povezanim objektima. Na primjer, stranica za L-lizin navodi sve reakcije u kojima L-lizin učestvuje, kao i enzime koji ih kataliziraju i puteve na kojima se te reakcije odvijaju.

ReferenceUredi

 

  1. ^ "The MetaCyc database of metabolic pathways and enzymes and the BioCyc collection of Pathway/Genome Databases". Nucleic Acids Res. 38 (Database issue): D473–9. januar 2014. doi:10.1093/nar/gkp875. PMC 2808959. PMID 19850718.
  2. ^ "MetaCyc Publications".
  3. ^ "A survey of metabolic databases emphasizing the MetaCyc family". Arch. Toxicol. 85 (9): 1015–33. septembar 2011. doi:10.1007/s00204-011-0705-2. PMC 3352032. PMID 21523460.