PTPLAD1
Tirozinski fosfatazoliki protein PTPLAD1 je enzim koji je kod ljudi kodiran genom PTPLAD1.[5][6][7] Sabbah et al. (2006) utvrdili su da promotorska regija PTPLAD1 sadrži proksimalne CG kutije i nekoliko mjesta vezivanja za faktore transkripcije.[8] Patficia Hartz (2014) mapiraka je gen PTPLAD1 na [[hromosom 15|hromosomu 15, sekvenca 15q22.31. na osnovu poravnanja PTPLAD1 sekvence (GenBank AF161470) sa genomskom sekvencom (GRCh38).[9] Dugolančane masne kiseline (LCFA) mogu se pretvoriti u vrlo dugolančane masne kiseline (VLCFA) pomoću enzima vezanih za endoplazmatski retikulum (ER) u četverostepenom ciklusu kondenzacije, redukcije, dehidracije i dalje redukcije, uz dodavanje 2 ugljika po ciklusu. PTPLAD1 pripada porodici enzima koji kataliziraju korak dehidracije sinteze VLCFA (sažetak Ikeda et al., 2008).
Aminokiselinska sekvenca uredi
Dužina polipeptidnog lanca je 362 aminokiseline, a molekulska težina 43.160 Da.[10]
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MENQVLTPHV | YWAQRHRELY | LRVELSDVQN | PAISITENVL | HFKAQGHGAK | ||||
| GDNVYEFHLE | FLDLVKPEPV | YKLTQRQVNI | TVQKKVSQWW | ERLTKQEKRP | ||||
| LFLAPDFDRW | LDESDAEMEL | RAKEEERLNK | LRLESEGSPE | TLTNLRKGYL | ||||
| FMYNLVQFLG | FSWIFVNLTV | RFCILGKESF | YDTFHTVADM | MYFCQMLAVV | ||||
| ETINAAIGVT | TSPVLPSLIQ | LLGRNFILFI | IFGTMEEMQN | KAVVFFVFYL | ||||
| WSAIEIFRYS | FYMLTCIDMD | WKVLTWLRYT | LWIPLYPLGC | LAEAVSVIQS | ||||
| IPIFNETGRF | SFTLPYPVKI | KVRFSFFLQI | YLIMIFLGLY | INFRHLYKQR | ||||
| RRRYGQKKKK | IH |
Simboli
Kloniranje i ekspresija uredi
Korištenje mišjeg Bind1 za ispitivanje cDNK biblioteke ljudskog mozga, Courilleau et al. (2000) klonirali PTPLAD1, koji su označili BIND1. Izvedeni protein od 370 aminokiselina ima značajnu sličnost sa PTPLA i p23 (PTGES3). Northern blot analiza otkrila je varijabilnu ekspresiju Bind1 u svim ispitivanim tkivima miša, s najvećom ekspresijom u sjemenicima, bubrezima, mozgu i jetri, a znatno nižom u skeletnim mišićima, slezeni i srcu. Ortolozi PTPLAD1 otkriveni su u C. elegans' (obla glista) i S. cerevisiae (kvasac) PCR-om biblioteke cDNK u ćelijama HEK293, Ikeda et al. (2008) klonirali su PTPLAD1, kojeg su označili kao HACD3. Izvedeni protein od 362 aminokiseline ima šest transmembranskih domena i PTP-sličan motiv između transmembranskih domena 2 i 3. Northern blot analizom otkrivena je varijabilna ekspresija prevladavajućeg transkripta HACD3 od 3,2 kb u svim ispitivanim ljudskim tkivima, osim u leukocitima. Najjača ekspresija bila je u mozgu, bubrezima, jetri i posteljici. Epitop-označen kao HACD3 eksprimiran je u ER-u transficiranih HeLa ćelija.
Funkcija gena uredi
Natrij-butirat je reverzibilni inhibitor histon-deacetilaze, što rezultira hiperacetilacijom histona i promjenama u ekspresiji gena da inducira diferencijaciju i inhibira proliferaciju ćelija. Korištenjem PCR analize diferencijalnog prikaza, Courilleau et al. (2000) otkrili su da natrij-butirat inducira ekspresiju mišjeg Bind1. Ljudski BIND1 je direktno stupio u interakciju s RAC1 u transficiranim ćelijama i potencirao RAC1-induciranu aktivaciju NFKB i JNK.[11]
Koristeći analizu delecija, Sabbah et al. (2006) identificirali su elemente u ljudskom BIND1 promotoru koji su posredovali njegovu aktivaciju inhibitorima HDAC. Ikeda et al. (2008) otkrili su da je afinitet HACD3 pročišćen iz transficiranih HeLa ćelija pretvorio 3-hidroksipalmitoil-CoA u 2,3-trans heksadecenoil-CoA. Ostali članovi porodice enzima HACD, uključujući HACD1 (PTPLA), HACD2 (PTPLB) i HACD4 (PTPLAD2), pokazali su istu aktivnost, ali svaki je imao različit afinitet i brzinu reakcije. Analiza koimunoprecipitacije transficiranih ćelija HEK293T otkrila je da HACD3 preferira interakciju s nekoliko enzima kondenzacije FA , vjerovatno u kompleksu FA elongaze.[12]
Reference uredi
- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000074696 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000033629 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ Courilleau D, Chastre E, Sabbah M, Redeuilh G, Atfi A, Mester J (Jul 2000). "B-ind1, a novel mediator of Rac1 signaling cloned from sodium butyrate-treated fibroblasts". J Biol Chem. 275 (23): 17344–8. doi:10.1074/jbc.M000887200. PMID 10747961.
- ^ Zhang QH, Ye M, Wu XY, Ren SX, Zhao M, Zhao CJ, Fu G, Shen Y, Fan HY, Lu G, Zhong M, Xu XR, Han ZG, Zhang JW, Tao J, Huang QH, Zhou J, Hu GX, Gu J, Chen SJ, Chen Z (Nov 2000). "Cloning and functional analysis of cDNAs with open reading frames for 300 previously undefined genes expressed in CD34+ hematopoietic stem/progenitor cells". Genome Res. 10 (10): 1546–60. doi:10.1101/gr.140200. PMC 310934. PMID 11042152.
- ^ "Entrez Gene: PTPLAD1 protein tyrosine phosphatase-like A domain containing 1".
- ^ Sabbah, M., Saucier, C., Redeuilh, G. Human B-ind1 gene promoter: cloning and regulation by histone deacetylase inhibitors. Gene 374: 128-133, 2006. PubMed: 16516406
- ^ Hartz, P. A. Personal Communication. Baltimore, Md. 8/12/2014.
- ^ "UniProt, Q9P035". Pristupljeno 17. 7. 2021.
- ^ Courilleau, D., Chastre, E., Sabbah, M., Redeuilh, G., Atfi, A., Mester, J. B-ind1, a novel mediator of Rac1 signaling cloned from sodium butyrate-treated fibroblasts. J. Biol. Chem. 275: 17344-17348, 2000. PubMed: 10747961
- ^ Ikeda, M., Kanao, Y., Yamanaka, M., Sakuraba, H., Mizutani, Y., Igarashi, Y., Kihara, A. Characterization of four mammalian 3-hydroxyacyl-CoA dehydratases involved in very long-chain fatty acid synthesis. FEBS Lett. 582: 2435-2440, 2008. PubMed: 18554506
Dopunska literatura uredi
- Maruyama K, Sugano S (1994). "Oligo-capping: a simple method to replace the cap structure of eukaryotic mRNAs with oligoribonucleotides". Gene. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
- Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, et al. (1997). "Construction and characterization of a full length-enriched and a 5'-end-enriched cDNA library". Gene. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016/S0378-1119(97)00411-3. PMID 9373149.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
- Bouwmeester T, Bauch A, Ruffner H, et al. (2004). "A physical and functional map of the human TNF-alpha/NF-kappa B signal transduction pathway". Nat. Cell Biol. 6 (2): 97–105. doi:10.1038/ncb1086. PMID 14743216.
- Beausoleil SA, Jedrychowski M, Schwartz D, et al. (2004). "Large-scale characterization of HeLa cell nuclear phosphoproteins". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 101 (33): 12130–5. doi:10.1073/pnas.0404720101. PMC 514446. PMID 15302935.
- Ballif BA, Villén J, Beausoleil SA, et al. (2005). "Phosphoproteomic analysis of the developing mouse brain". Mol. Cell. Proteomics. 3 (11): 1093–101. doi:10.1074/mcp.M400085-MCP200. PMID 15345747.
- Otsuki T, Ota T, Nishikawa T, et al. (2007). "Signal sequence and keyword trap in silico for selection of full-length human cDNAs encoding secretion or membrane proteins from oligo-capped cDNA libraries". DNA Res. 12 (2): 117–26. doi:10.1093/dnares/12.2.117. PMID 16303743.
- Sabbah M, Saucier C, Redeuilh G (2006). "Human B-ind1 gene promoter: cloning and regulation by histone deacetylase inhibitors". Gene. 374: 128–33. doi:10.1016/j.gene.2006.01.022. PMID 16516406.
- Ewing RM, Chu P, Elisma F, et al. (2007). "Large-scale mapping of human protein-protein interactions by mass spectrometry". Mol. Syst. Biol. 3 (1): 89. doi:10.1038/msb4100134. PMC 1847948. PMID 17353931.