LEPREL2
Prolil 3-hidroksilaza 3 je enzim koji je kod ljudi kodiran genom LEPREL2 .[5][6]
LEPREL2 pripada porodici kolagenskih prolil-hidroksilaza, potrebnih za pravilnu biosintezu, savijanje i sastavljanje kolagena. utvrdili su da gen LEPREL2 sadrži 14 egzona. Intron 5 sadrži dva Alu ponavljanja, a intron 8 sadrži 3.[7] Analizom sekvenci, Ansari-Lari i sar. (1996.) mapirali su gen LEPREL2 na hromosomu 12, sekvenca 12p13.[8]
Aminokiselinska sekvenca
urediDužina polipeptidnog lanca je 736 aminokiselina, a molekulska težina 81.837 Da.[9].
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MLRLLRPLLL | LLLLPPPGSP | EPPGLTQLSP | GAPPQAPDLL | YADGLRAYAA | ||||
| GAWAPAVALL | REALRSQAAL | GRVRLDCGAS | CAADPGAALP | AVLLGAPEPD | ||||
| SGPGPTQGSW | ERQLLRAALR | RADCLTQCAA | RRLGPGGAAR | LRVGSALRDA | ||||
| FRRREPYNYL | QRAYYQLKKL | DLAAAAAHTF | FVANPMHLQM | REDMAKYRRM | ||||
| SGVRPQSFRD | LETPPHWAAY | DTGLELLGRQ | EAGLALPRLE | EALQGSLAQM | ||||
| ESCRADCEGP | EEQQGAEEEE | DGAASQGGLY | EAIAGHWIQV | LQCRQRCVGE | ||||
| TATRPGRSFP | VPDFLPNQLR | RLHEAHAQVG | NLSQAIENVL | SVLLFYPEDE | ||||
| AAKRALNQYQ | AQLGEPRPGL | GPREDIQRFI | LRSLGEKRQL | YYAMEHLGTS | ||||
| FKDPDPWTPA | ALIPEALREK | LREDQEKRPW | DHEPVKPKPL | TYWKDVLLLE | ||||
| GVTLTQDSRQ | LNGSERAVLD | GLLTPAECGV | LLQLAKDAAG | AGARSGYRGR | ||||
| RSPHTPHERF | EGLTVLKAAQ | LARAGTVGSQ | GAKLLLEVSE | RVRTLTQAYF | ||||
| SPERPLHLSF | THLVCRSAIE | GEQEQRMDLS | HPVHADNCVL | DPDTGECWRE | ||||
| PPAYTYRDYS | GLLYLNDDFQ | GGDLFFTEPN | ALTVTARVRP | RCGRLVAFSS | ||||
| GVENPHGVWA | VTRGRRCALA | LWHTWAPEHR | EQEWIEAKEL | LQESQEEEEE | ||||
| EEEEMPSKDP | SPEPPSRRHQ | RVQDKTGRAP | RVREEL |
- Simboli
Kloniranje i ekspresija
urediSekvenciranjem klastera bogatog genima na hromosomu 12, nakon čega slijedi analiza EST baze podataka i RT-PCR analiza, Ansari-Lari et al. (1996) klonirali su LEPREL2, koji su označili kao gen B. Northern blot analiza otkrila je tkivno specifičnu ekspresiju transkripata od 2,1 i 3,4 kb. Pretražujući baze podataka za sekvence slične piletini P3h1 (LEPRE1), Vranka et al. (2004) identificirali su tri povezana ljudska gena P3H, uključujući LEPREL2, koje su označili kao P3H3. Izvedeni protein sadrži 736 aminokiselina. Svi proteini P3H imaju visoko konzervirani C-terminalni domen, koji sadrži kritične katalitske ostatke u lizil i prolil 4-hidroksilazama, uključujući dva histidina koji vežu gvožđe i asparaginsku kiselinu, kao i motiv zadržavanja C-kraja (KDEL ) hrapavog endoplazmatskog retikuluma CU. Svojim divergentnijim polovinama N-terminala, svi proteini P3H sadrže 4 CxxxC ponavljanja.[10]
Životinjski model
urediKoristeći homologne tehnike rekombinacije, Hudson et al. (2017) kreirali su mutirane sojeve miša null za P3h3 ili Sc65 (P3H4). I miševi P3h3 –/– i Sc65 –/– se po grubom fizičkom izgledu nisu razlikovali od divljih tipova, ali mutirana koža oba soja nije imala strukturni integritet i bila je krhka u poređenju sa divljim tipom. Masena spektrometrijska analiza kolagena tipa I iz tkiva Sc65 –/ – i P3h3 –/– otkrila je ozbiljnu podhidroksilaciju ostataka lizina na mjestima umrežavanja trostruko spiralnog domena u koži, kostima, tetivama, rožnjači i aorti. Primijetili su da nedostaci u hidroksilaciji i umrežavanju kolagena lizina kod tih miševa nalikuju na one uočene u tkivima pacijenata s Ehlers-Danlosovim sindromom tipa VI, uzrokovane mutacijom u PLOD1 genu. Autori su predložili da P3H3 i SC65 funkcioniraju u proteinskom kompleksu s PLOD1, kako bi katalizirali hidroksilaciju kolagenskog lizina u endoplazmatskom retikulumu.[11]
Reference
uredi- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000110811 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000023191 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ Jarnum S, Kjellman C, Darabi A, Nilsson I, Edvardsen K, Aman P (Apr 2004). "LEPREL1, a novel ER and Golgi resident member of the Leprecan family". Biochem Biophys Res Commun. 317 (2): 342–51. doi:10.1016/j.bbrc.2004.03.060. PMID 15063763.
- ^ "Entrez Gene: LEPREL2 leprecan-like 2".
- ^ Jarnum et al. (2004) izvijestili su da gen LEPREL2 sadrži 15 egzona. Jarnum, S., Kjellman, C., Darabi, A., Nilsson, I., Edvardsen, K., Aman, P. LEPREL1, a novel ER and Golgi resident member of the Leprecan family. Biochem. Biophys. Res. Commun. 317: 342-351, 2004. PubMed: 15063763
- ^ Ansari-Lari, M. A., Muzny, D. M., Lu, J., Lu, F., Lilley, C. E., Spanos, S., Malley, T., Gibbs, R. A. A gene-rich cluster between the CD4 and triosephosphate isomerase genes at human chromosome 12p13. Genome Res. 6: 314-326, 1996. PubMed: 8723724
- ^ "UniProt, Q8IVL6". Pristupljeno 11. 8. 2021.
- ^ Vranka, J. A., Sakai, L. Y., Bachinger, H. P. Prolyl 3-hydroxylase 1, enzyme characterization and identification of a novel family of enzymes. J. Biol. Chem. 279: 23615-23621, 2004. PubMed: 15044469
- ^ Hudson, D. M., Weis, M., Rai, J., Joeng, K. S., Dimori, M., Lee, B. H., Morello, R., Eyre, D. R. P3h3-null and Sc65-null mice phenocopy the collagen lysine under-hydroxylation and cross-linking abnormality of Ehlers-Danlos syndrome type VIA. J. Biol. Chem. 292: 3877-3887, 2017. PubMed: 28115524
Dopunska literatura
uredi- Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
- Vranka JA, Sakai LY, Bächinger HP (2004). "Prolyl 3-hydroxylase 1, enzyme characterization and identification of a novel family of enzymes". J. Biol. Chem. 279 (22): 23615–21. doi:10.1074/jbc.M312807200. PMID 15044469.
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Ansari-Lari MA, Shen Y, Muzny DM, et al. (1997). "Large-scale sequencing in human chromosome 12p13: experimental and computational gene structure determination". Genome Res. 7 (3): 268–80. doi:10.1101/gr.7.3.268. PMID 9074930.
- Ansari-Lari MA, Muzny DM, Lu J, et al. (1996). "A gene-rich cluster between the CD4 and triosephosphate isomerase genes at human chromosome 12p13". Genome Res. 6 (4): 314–26. doi:10.1101/gr.6.4.314. PMID 8723724.