KIAA1958
Protein KIAA1958 je protein koji je kod ljudi kodiran genom KIAA1958.[5] Ortolozi KIAA1958 sežu u evoluciji do hordata, iako je u homologiji bliže primatima od bilo kojeg drugog ortologa. KIAA1958 nema poznatih paraloga.
| KIAA1958 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | KIAA1958 | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | OMIM: 617390 MGI: 2442164 HomoloGene: 136743 GeneCards: KIAA1958 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 9: 112.49 – 112.67 Mb | Chr 4: 59.63 – 59.76 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Gen
urediKIAA1958 nalazi se na dugom kraku hromosoma 9 (9.q32), kod ljudi na plus lancu, od 115249248. do 115427597. bp.[6] Its mRNA has 2683 bp.[5] U susjedstvu su mu ovi geni:
HSDL2: Protein 2 sličan hidroksisteroid dehidrogenazi 2 ima ulogu u vezivanju nukleotida, oksidoreduktaza i vezivanju sterola.[7] C9orf147: otvoreni okvir čitanja 147 hromosoma 9 nema poznatih funkcija.[8]
C9orf80: otvoreni okvir čitanja 80 hromosoma 9 j komponenta SOSS kompleksa, multiproteinskog kompleksa koji funkcionira nizvodno od MRN kompleksa za podsticanje popravki DNK i G2/M kontrolna tačka. SOSS kompleks povezuje se s jednolančanom DNK na njenim lezijama i utiče na različite krajnje tačke u ćelijskom odgovoru na oštećenje DNA, uključujući kontrolna tačka ćelijskog ciklusa, rekombinacijsko popravljanje i održavanje genomske stabilnosti.[9]
SNX30: Sortiranje neksina-30 može biti povezano sa vezivanjem fosfatidilinositola.[10]
Protein
uredi
KIAA1958 sadrži 716 aminokiselina sa atomskom težimom os 79.212 Da i izoelektričnom tačkom od 6,375.[11] Iako se o proteinu KIAA1958 ne zna mnogo, naučna su predviđanja napravljena pomoću superračunara za predviđanje strukture i funkcije KIAA1958. KIAA1958 prolazi posttranslacijske modifikacije. Najzanimljivija modifikacija je fosforilacija. U usporedbi s drugim proteinima, KIAA1958 ima značajno značajnu količinu fosfoliranih serina tokom posttranslacijske modifikacije. Predviđeno je fosforiliranje 36 serina.
Aminokiselinska sekvenca
urediDužina polipeptidnog lanca je 716 aminokiselina, а molekulska težina 79.212 Da.[12]
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MEDCLHTSSE | NLSKLVSWAH | SHGTICSLIP | NLKHLLSEGS | HGNLTAMWGC | ||||
| SAGHAYHWPL | TATCRAGSQE | RVCFQDNRSF | NSDSPSIIGV | PSETQTSPVE | ||||
| RYPGRPVKAK | LDCNRTRDSC | DFSYCSEPSE | LDETVEEYED | ENTLFDMVCE | ||||
| SSVTDEDSDF | EPQTQRPQSI | ARKRPGVVPS | SLHSSSQTQM | VDECSNDVII | ||||
| KKIKQEIPED | YYIVANAELT | GGVDGPALSL | TQMAKPKPQT | HAGPSCVGSA | ||||
| KLIPHVTSAI | STELDPHGMS | ASPSVISRPI | VQKTARVSLA | SPNRGPPGTH | ||||
| GTNQQVAMQM | PVSTSHPNKQ | ISIPLSALQL | PGQDEQVASE | EFLSHLPSQV | ||||
| SSCEVALSPS | VNTEPEVSSS | QQQPPVAPAI | TTEATAQCIP | AYSTKLNKFP | ||||
| VFNINDDLND | LCTSAVSPNT | TKATRYALNV | WRYWCMTNGL | KDHTDITKIP | ||||
| AVKLNELLEN | FYVTVKKSDG | SDFLATSLHA | IRRGLDRILK | NAGVGFSITS | ||||
| STFSSSTKKL | KEKLWVLSKA | GMSGARSRNI | VYFSLSDEEE | MWQAGCLGDD | ||||
| SPITLLSTVV | KYNSQYLNMR | TLQEHADLMY | GDIELLKDPQ | NQPYFARTDS | ||||
| VKRESRSGST | RVCHGKIYHE | HSRGHKQCPY | CLLYKYMYIH | RPPTQMEAKS | ||||
| PFYLTARKEA | TDMGSVWYEE | QRMGLRSLRG | IVPNLAKKVK | LENCENFTFV | ||||
| SFTQVSRRLG | SHSCCQ |
C: Cistein
D: Aspartat
E: Glutamat
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
- W: Triptofan
Y: Tirozin
Struktura
urediPELE na SDSC Biology WorkBench je superračunar koji može predvidjeti sekundarnu strukturu proteina KIAA1958.[13] Prema ovom alatu, sekundarna struktura KIAA1958 je kombinacija alfa-heliksa i beta-listova, u gotovo jednakim količinama i ravnomjerno raspoređena po proteinu.
Interakcije
urediJoš nema poznatih dokaza da KIAA1958 stupa u interakciju s bilo kojim drugim proteinom.[14]
Ekspresija
urediKIAA1958 je u najvećim količinama eksprimiran u grkljanu, kako je predložio EST.[15] Najjača ekspresija u postnatanom razvoju je i blastocistama, a zbog zdravstvenog stanja najviše se nalazi u tumorima maternice.[15] Podaci prema NCBI GEO Profile[16] pokazuje da ekspresija KIAA1958 uključuje mnoge tipovee tkiva u ljudskom tijelu. Koristeći EMBL-EBI, utvrđeno je da je KIAA1958 prekomjerno eksprimiran u RNK pseudopodija, tokom migracije ćelija metastatskog raka.[17] KIAA1958 je također bio prekomjerno izražen u stat5/ab i stat 3, koji su transkripcijski faktori za koje se izvještava da su kritični za rast i održivost ćelija raka prostate[17] i embrionskih matičnih ćelija i pluripotentnih matičnih ćelija.[17]
Homologija
uredi| Rod i vrsta | Uobičajeno ime | Pristupni broj | Dužina sekvence | Identitet sekvence | Sličnost sekvence |
| Pan troglodytes | Čimpanza | XM_528391 | 7945 bp | 99% | 99% |
| Mus musculus | Mouse | BAC38268 | 719 a | 97% | 98% |
| Callithrix jacchus | Obični marmozet | XM_002743204 | 2346bp | 97% | 82% |
| Pongo abelii | Sumatranski orangutan | XM_002820112 | 1120bp | 96% | 4% |
| Sus scrofa | Divlja svinja | XM_003122070 | 2502 bp | 93% | 81% |
| Ailuropoda melanoleuca | Gigantska panda | XM_002925938 | 2151 bp | 85% | 91% |
| Nomascus leucogenys | Bjeliobrazni gibon | XM_003263945 | 950 bp | 93% | 5% |
| Oryctolagus cuniculus | Evropski kunić | XM_002707990 | 2223 bp | 93% | 43% |
| Loxodonta africana | Afrički žbunasti slon | XM_003407521 | 2388 bp | 93% | 80% |
| Cricetulus griseus | Kineski hrčak | XM_003505508 | 2534 bp | 92% | 42% |
| Equus caballus | Konj | XM_001916302 | 2536 bp | 91% | 93% |
| Bos taurus | Govedo | XM_876102.5 | 2480 bp | 91% | 81% |
| Rattus norvegicus | Pacov | XM_002726532 | 1364 bp | 91% | 36% |
| Cavia porcellus | Zamorčić | XM_003463791 | 2217 bp | 91% | 43% |
| Monodelphis domestica | Oposum | XM_001375976 | 2217 bp | 78% | 41% |
| Branchiostoma floridae | Kopljača | XP_002611438 | 719 a | 29% | 48% |
| Amphimedon queenslandica | Sunđer | XP_003390994 | 388 a | 25% | 48% |
| Acyrthosiphon pisum | Graškova uš | XP_001943720 | 1197 aa | 24% | 43% |
| Oikopleura dioica | Hordata | CBY34656 | 629 a | 22% | 43% |
| Ciona intestinalis | Peharasti tunikat | XP_002125964 | 1004 aa | 23% | 43% |
| Xenopus (silurana) tropicalis | Zapadna kandžasta žaba | AAI61073 | 679 a | 23% | 43% |
| Halocynthia roretzi | Morski ananas | BAB40645 | 980 a | 23% | 45% |
Reference
uredi- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000165185 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000045071 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ a b "Homo sapiens KIAA1958 (KIAA1958), mRNA". NCBI. Pristupljeno 20. 4. 2012.
- ^ "Homo sapiens gene KIAA1958, encoding KIAA1958". AceView. Pristupljeno 19. 4. 2012.
- ^ "Q6YN16 (HSDL2_HUMAN) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot". UniProt. Pristupljeno 1. 5. 2012.
- ^ "Homo sapiens gene C9orf147, encoding chromosome 9 open reading frame 147". AceView. Pristupljeno 1. 5. 2012.
- ^ "Q9NRY2 (SOSSC_HUMAN) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot". Pristupljeno 1. 5. 2012.
- ^ "Q5VWJ9 (SNX30_HUMAN) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot". Pristupljeno 1. 5. 2012.
- ^ "Biology WorkBench". SDSC. Pristupljeno 3. 5. 2012.
- ^ "UniProt, Q8N8K9". Pristupljeno 9. 9. 2021.
- ^ "Biology Workbench". SDSC Biology WorkBench. Pristupljeno 28. 4. 2012.
- ^ "Protein Interactions". String. Pristupljeno 7. 5. 2012.
- ^ a b "Unigene EST profile". Unigene. Pristupljeno 8. 5. 2012.
- ^ "Geo Profiles". NCBI. Pristupljeno 28. 4. 2012.
- ^ a b c "Gene Expression Profiles". Embl-Ebi. Pristupljeno 8. 5. 2012.
Dopunska literatura
uredi- Olsen JV, Blagoev B, Gnad F, Macek B, Kumar C, Mortensen P, Mann M (novembar 2006). "Global, in vivo, and site-specific phosphorylation dynamics in signaling networks". Cell. 127 (3): 635–48. doi:10.1016/j.cell.2006.09.026. PMID 17081983. S2CID 7827573.