Protein KIAA1958 je protein koji je kod ljudi kodiran genom KIAA1958.[3] Ortolozi KIAA1958 sežu u evoluciji do hordata, iako je u homologiji bliže primatima od bilo kojeg drugog ortologa. KIAA1958 nema poznatih paraloga.

KIAA1958
Identifikatori
AliasiKIAA1958
Vanjski ID-jeviOMIM: 617390 HomoloGene: 136743 GeneCards: KIAA1958
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 9 (čovjek)
Hrom.Hromosom 9 (čovjek)[1]
Hromosom 9 (čovjek)
Genomska lokacija za KIAA1958
Genomska lokacija za KIAA1958
Bend9q32Početak112,486,827 bp[1]
Kraj112,669,397 bp[1]
Ontologija gena
Molekularna funkcija GO:0001948, GO:0016582 protein binding
GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
DNA binding
Ćelijska komponenta citoplazma
Nukleoplazma
Biološki proces GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_001287036
NM_001287038
NM_133465

n/a

RefSeq (bjelančevina)

NP_001273965
NP_001273967
NP_597722

n/a

Lokacija (UCSC)Chr 9: 112.49 – 112.67 Mbn/a
PubMed pretraga[2]n/a
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek

Gen uredi

KIAA1958 nalazi se na dugom kraku hromosoma 9 (9.q32), kod ljudi na plus lancu, od 115249248. do 115427597. bp.[4] Its mRNA has 2683 bp.[3] U susjedstvu su mu ovi geni:

 
Susjedni geni KIAA1958

HSDL2: Protein 2 sličan hidroksisteroid dehidrogenazi 2 ima ulogu u vezivanju nukleotida, oksidoreduktaza i vezivanju sterola.[5] C9orf147: otvoreni okvir čitanja 147 hromosoma 9 nema poznatih funkcija.[6]

C9orf80: otvoreni okvir čitanja 80 hromosoma 9 j komponenta SOSS kompleksa, multiproteinskog kompleksa koji funkcionira nizvodno od MRN kompleksa za podsticanje popravki DNK i G2/M kontrolna tačka. SOSS kompleks povezuje se s jednolančanom DNK na njenim lezijama i utiče na različite krajnje tačke u ćelijskom odgovoru na oštećenje DNA, uključujući kontrolna tačka ćelijskog ciklusa, rekombinacijsko popravljanje i održavanje genomske stabilnosti.[7]

SNX30: Sortiranje neksina-30 može biti povezano sa vezivanjem fosfatidilinositola.[8]

Protein uredi

 
Predviđena mjesta fosforilacija KIAA1958

KIAA1958 sadrži 716 aminokiselina sa atomskom težimom os 79.212 Da i izoelektričnom tačkom od 6,375.[9] Iako se o proteinu KIAA1958 ne zna mnogo, naučna su predviđanja napravljena pomoću superračunara za predviđanje strukture i funkcije KIAA1958. KIAA1958 prolazi posttranslacijske modifikacije. Najzanimljivija modifikacija je fosforilacija. U usporedbi s drugim proteinima, KIAA1958 ima značajno značajnu količinu fosfoliranih serina tokom posttranslacijske modifikacije. Predviđeno je fosforiliranje 36 serina.

Aminokiselinska sekvenca uredi

Dužina polipeptidnog lanca je 716 aminokiselina, а molekulska težina 79.212 Da.[10]

1020304050
MEDCLHTSSENLSKLVSWAHSHGTICSLIPNLKHLLSEGSHGNLTAMWGC
SAGHAYHWPLTATCRAGSQERVCFQDNRSFNSDSPSIIGVPSETQTSPVE
RYPGRPVKAKLDCNRTRDSCDFSYCSEPSELDETVEEYEDENTLFDMVCE
SSVTDEDSDFEPQTQRPQSIARKRPGVVPSSLHSSSQTQMVDECSNDVII
KKIKQEIPEDYYIVANAELTGGVDGPALSLTQMAKPKPQTHAGPSCVGSA
KLIPHVTSAISTELDPHGMSASPSVISRPIVQKTARVSLASPNRGPPGTH
GTNQQVAMQMPVSTSHPNKQISIPLSALQLPGQDEQVASEEFLSHLPSQV
SSCEVALSPSVNTEPEVSSSQQQPPVAPAITTEATAQCIPAYSTKLNKFP
VFNINDDLNDLCTSAVSPNTTKATRYALNVWRYWCMTNGLKDHTDITKIP
AVKLNELLENFYVTVKKSDGSDFLATSLHAIRRGLDRILKNAGVGFSITS
STFSSSTKKLKEKLWVLSKAGMSGARSRNIVYFSLSDEEEMWQAGCLGDD
SPITLLSTVVKYNSQYLNMRTLQEHADLMYGDIELLKDPQNQPYFARTDS
VKRESRSGSTRVCHGKIYHEHSRGHKQCPYCLLYKYMYIHRPPTQMEAKS
PFYLTARKEATDMGSVWYEEQRMGLRSLRGIVPNLAKKVKLENCENFTFV
SFTQVSRRLGSHSCCQ

Struktura uredi

PELE na SDSC Biology WorkBench je superračunar koji može predvidjeti sekundarnu strukturu proteina KIAA1958.[11] Prema ovom alatu, sekundarna struktura KIAA1958 je kombinacija alfa-heliksa i beta-listova, u gotovo jednakim količinama i ravnomjerno raspoređena po proteinu.

Interakcije uredi

Još nema poznatih dokaza da KIAA1958 stupa u interakciju s bilo kojim drugim proteinom.[12]

Ekspresija uredi

KIAA1958 je u najvećim količinama eksprimiran u grkljanu, kako je predložio EST.[13] Najjača ekspresija u postnatanom razvoju je i blastocistama, a zbog zdravstvenog stanja najviše se nalazi u tumorima maternice.[13] Podaci prema NCBI GEO Profile[14] pokazuje da ekspresija KIAA1958 uključuje mnoge tipovee tkiva u ljudskom tijelu. Koristeći EMBL-EBI, utvrđeno je da je KIAA1958 prekomjerno eksprimiran u RNK pseudopodija, tokom migracije ćelija metastatskog raka.[15] KIAA1958 je također bio prekomjerno izražen u stat5/ab i stat 3, koji su transkripcijski faktori za koje se izvještava da su kritični za rast i održivost ćelija raka prostate[15] i embrionskih matičnih ćelija i pluripotentnih matičnih ćelija.[15]

Homologija uredi

Rod i vrsta Uobičajeno ime Pristupni broj Dužina sekvence Identitet sekvence Sličnost sekvence
Pan troglodytes Čimpanza XM_528391 7945 bp 99% 99%
Mus musculus Mouse BAC38268 719 a 97% 98%
Callithrix jacchus Obični marmozet XM_002743204 2346bp 97% 82%
Pongo abelii Sumatranski orangutan XM_002820112 1120bp 96% 4%
Sus scrofa Divlja svinja XM_003122070 2502 bp 93% 81%
Ailuropoda melanoleuca Gigantska panda XM_002925938 2151 bp 85% 91%
Nomascus leucogenys Bjeliobrazni gibon XM_003263945 950 bp 93% 5%
Oryctolagus cuniculus Evropski kunić XM_002707990 2223 bp 93% 43%
Loxodonta africana Afrički žbunasti slon XM_003407521 2388 bp 93% 80%
Cricetulus griseus Kineski hrčak XM_003505508 2534 bp 92% 42%
Equus caballus Konj XM_001916302 2536 bp 91% 93%
Bos taurus Govedo XM_876102.5 2480 bp 91% 81%
Rattus norvegicus Pacov XM_002726532 1364 bp 91% 36%
Cavia porcellus Zamorčić XM_003463791 2217 bp 91% 43%
Monodelphis domestica Oposum XM_001375976 2217 bp 78% 41%
Branchiostoma floridae Kopljača XP_002611438 719 a 29% 48%
Amphimedon queenslandica Sunđer XP_003390994 388 a 25% 48%
Acyrthosiphon pisum Graškova uš XP_001943720 1197 aa 24% 43%
Oikopleura dioica Hordata CBY34656 629 a 22% 43%
Ciona intestinalis Peharasti tunikat XP_002125964 1004 aa 23% 43%
Xenopus (silurana) tropicalis Zapadna kandžasta žaba AAI61073 679 a 23% 43%
Halocynthia roretzi Morski ananas BAB40645 980 a 23% 45%

Reference uredi

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000165185 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  3. ^ a b "Homo sapiens KIAA1958 (KIAA1958), mRNA". NCBI. Pristupljeno 20. 4. 2012.
  4. ^ "Homo sapiens gene KIAA1958, encoding KIAA1958". AceView. Pristupljeno 19. 4. 2012.
  5. ^ "Q6YN16 (HSDL2_HUMAN) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot". UniProt. Pristupljeno 1. 5. 2012.
  6. ^ "Homo sapiens gene C9orf147, encoding chromosome 9 open reading frame 147". AceView. Pristupljeno 1. 5. 2012.
  7. ^ "Q9NRY2 (SOSSC_HUMAN) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot". Pristupljeno 1. 5. 2012.
  8. ^ "Q5VWJ9 (SNX30_HUMAN) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot". Pristupljeno 1. 5. 2012.
  9. ^ "Biology WorkBench". SDSC. Pristupljeno 3. 5. 2012.
  10. ^ "UniProt, Q8N8K9". Pristupljeno 9. 9. 2021.
  11. ^ "Biology Workbench". SDSC Biology WorkBench. Pristupljeno 28. 4. 2012.
  12. ^ "Protein Interactions". String. Pristupljeno 7. 5. 2012.
  13. ^ a b "Unigene EST profile". Unigene. Pristupljeno 8. 5. 2012.
  14. ^ "Geo Profiles". NCBI. Pristupljeno 28. 4. 2012.
  15. ^ a b c "Gene Expression Profiles". Embl-Ebi. Pristupljeno 8. 5. 2012.

Dopunska literatura uredi