FAM46C

FAM46C
Identifikatori
Aliasi	TENT5C
Vanjski ID-jevi	OMIM: 613952 MGI: 1921895 HomoloGene: 56783 GeneCards: TENT5C
Lokacija gena (čovjek)
Hrom.	Hromosom 1 (čovjek)
Kraj	117,628,389 bp
Lokacija gena (miš)
Hrom.	Hromosom 3 (miš)
Kraj	100,396,640 bp
Ontologija gena
Molekularna funkcija	• GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine; • aktivnost sa transferazom; • nucleotidyltransferase activity; • polynucleotide adenylyltransferase activity; • RNA adenylyltransferase activity; • vezivanje sa RNK;
Ćelijska komponenta	• jedro; • citoplazma;
Biološki proces	• mRNA stabilization;
	Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
	54855
	74645
	ENSG00000183508
	ENSMUSG00000044468
	Q5VWP2
	Q5SSF7
	NM_017709
	NM_001142952
	NP_060179
	NP_001136424
	Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek	Pogledaj/uredi – miš

Protein FAM46C, znan i kao član C porodice sa sličnošću sekvence 46 jest protein koji je kod ljudi kodiran genom FAM46C sa hromosoma 1, lokus 1p12, između baznih parova 118,148.556 i 118,171.011.

Amiokiselininska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 391 aminokiselina, a molekulska težina 44.944 Da.^[5]

C: Cistein

D: Asparaginska kiselina

E: Glutaminska kiselina

F: Fenilalanin

G: Glicin

H: Histidin

I: Izoleucin

K: Lizin

L: Leucin

M: Metionin

N: Asparagin

P: Prolin

Q: Glutamin

R: Arginin

S: Serin

T: Treonin

V: Valin

W: Triptofan

Y: Tirozin

10	20	30	40	50
MAEESSCTRD	CMSFSVLNWD	QVSRLHEVLT	EVVPIHGRGN	FPTLEITLKD
IVQTVRSRLE	EAGIKVHDVR	LNGSAAGHVL	VKDNGLGCKD	LDLIFHVALP
TEAEFQLVRD	VVLCSLLNFL	PEGVNKLKIS	PVTLKEAYVQ	KLVKVCTDTD
RWSLISLSNK	NGKNVELKFV	DSIRRQFEFS	VDSFQIILDS	LLFFYDCSNN
PISEHFHPTV	IGESMYGDFE	EAFDHLQNRL	IATKNPEEIR	GGGLLKYSNL
LVRDFRPTDQ	EEIKTLERYM	CSRFFIDFPD	ILEQQRKLET	YLQNHFAEEE
RSKYDYLMIL	RRVVNESTVC	LMGHERRQTL	NLISLLALRV	LAEQNIIPSA
TNVTCYYQPA	PYVSDGNFSN	YYVAHPPVTY	SQPYPTWLPC	N

Struktura proteina

Ljudski FAM46C kodira protein od 391 aminokiseline bez poznatih izoformi. FAM46C u "Homo sapiens" nije kristaliziran i njegova sekundarna struktura još nije utvrđena (maj, 2013). FAM46C ima predviđenu izoelektričnu tačku od 5,338. Protein sadrži jedan domen nepoznate funkcije, DUF1693 [https://web.archive.org/web/20130405042801/http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF07984#tabview=tab1 (Pfam: PF07984)

Pronađen je leucinski zatvarač koji počinje na Lys113 i završava na Lys134. Ovo bi moglo pomoći u razlikovanju jedarnih proteina od ostalih proteina, međutim sve druge podskupine analiza koje koriste PSORTII ^[6] predvidjeli su da je FAM46C striktno citosolni protein.

Nisu predviđeni drugi značajni strukturni motivi proteina

Pregled

FAM46C je protein nepoznate funkcije koji se sastoji od 391 aminokiselinskog ostatka koji su prevedeni iz iRNK koja se sastoji od 5.720 baznih parova. FAM46C je prvobitno sekvencioniran kao dio dugog japanskog genomskog projekta pune dužine. FAM46C se nalazi na hromosomu 1, na lokusu 1p12 FAM46C sadrži jedan domen nepoznate funkcije, DUF1693, i kao takav je stavljen u porodicu proteina DUF1693. Ova porodica proteina je uspostavljena kao dio natporodice nukleotidiltransferaza^[7] i sadrži četiri nematodna prionska proteina. FAM46C je stavljen u grupu XXV natporodice nukleotidiltransferaza^[7] zajedno sa tri druga FAM46 proteina "Homo sapiens" (A, B, D).

Predloženo je da FAM46C može biti funkcionalno uključen u Interferonski odgovor tipa 1.^[8] Delecija i/ili mutacija FAM46C povezana je sa smanjenim ukupnim preživljavanjem kod pacijenata sa mijelomom.^[9]

Gen

Ljudski FAM46C obuhvata 22.456 baza na hromosomu 1. Podaci mikromreža sugeriraju da ljudski FAM46C pokazuje povišene nivoe ekspresije u koštanoj srži, CD71+ ranim eritroidima, raznim B-ćelijama , T-ćelijaama i limfocitima, kao i svim tkivima povezanim sa sjemenicima.^[10]

Evolucija i homologija

Ljudski FAM46C je visoko konzerviran u bliskim ortolozima sa samo malim promjenama u sekvenci proteina AA u poređenju sa drugim sisarima.

FAM46C i posebno DUF1693 se može pratiti kroz poznate Metazoa, sa udaljenim homologom pronađenim u Trichoplax adhaerens, članu bazne grupe višećelijskih organizama Placozoa .

Paralozi

Ljudski FAM46C je paralogan sa tri odvojena poznata proteina FAM46, od kojih svi sadrže DUF1693.

Ljudskei paralozi FAM46C, sa relevantnim pristupnim brojevima NCBI (do maja 2013.), kao i rezultate poravnanja nukleotida i proteina izračunate pomoću algoritma ALIGN i unakrsno provjerene pomoću NCBI BLAST pretrage.

Ortolozi FAM46C navedeni po datIRANJU odstupanja od ljudske loze, što je određeno pretraživanjem javno dostupne baze podataka Vremenskog stabla. Sve vrijednosti smatraju se približnim i koriste se isključivo kao bioinformatički podaci prikupljeni putem besplatnih javnih baza podataka objavljenih istraživanja.

Ortolozi

Brojni su FAM46C ortolozi prisutni u dostupnom katalogu višećelijskih organizama, od kojih svi pokazuju impresivnu konzervaciju domena nepoznate funkcije 1693. Najznačajniji ortolog je TRIADDRAFT14293, gen vrste Trichoplax adhaerens. Ovaj ortolog pruža dokaz da je FAM46C član grupe proteina koji sadrže visoko konzervirane aminokiselinske ostatke i, kao takav, smatra se da ima neku vrlo važnu funkciju, što bi se i očekivalo kada se uzme u obzir njegova moguća aktivnost nukleotidiltransferaze.

Homologni domeni

Ovo predviđanje strukture PHYRE2 FAM46C označeno je zagradama kako bi se demonstrirali regioni predviđanja konzervirane strukture preko trihoplaksovih ortologa . Mnoge strukture nastale su kao kraći segmenti onoga što postoji u ljudskom FAM46C 9, prema predviđanju visoke pouzdanosti kao najvjerovatnije strukture).

Kako bi se utvrdile moguće konzervirane strukture, korišten je prediktivni pristup u odnosu na poređenje FAM46C sa najudaljenijim dostupnim homologom, onim kod Trichoplax adhearens. Za predviđanje sekundarne strukture proteina ljudskog FAM46C primijenjen je PHYRE2^[11], kao i trihoplaksov TRIADDRAFT-14293. Moguće je vizualizirati predviđene strukture s visokim povjerenjem kako u ljudski gen, tako i u gen Placozoa. Ovo preliminarno predviđanje nudi neki uvid u važne strukture, najvjerovatnije katalitske i/ili vezivne funkcije.

Filogenija

Neukorijenjeno filogenetsko stablo ortologa FAM46C, na osnovu poravnavanja višestrukih sekvenci generirranog preko ClustalW, generisano je neukorijenjeno filogenetsko stablo za odabrane FAM46C ortologe, kako bi se demonstrirala raznolika pojava gena sličnih FAM46C preko sadašnjeg evolucijskog kataloga. Za potomstvo, mnogi ortolozi su izostavljeni (vidi tabelu ortologa iznad; mnogi su izostavljeni i iz ove tabele).

Interakcije protein-protein

Eksperimentalno je dokazano da FAM46C djeluje fizički s najmanje četiri odvojena proteina, s drugim predviđenim interakcijama^[12]

Protein	Dokaz	Pristup	Baza podataka
DAZAP2	2-hibridni	AAR11454	MINT
TRIP6	2-hibridni	CAA05080	MINT
PLK4	2-hibridni	NM_014264	MINT
AP2B1	2-hibridni	NM_001030006	MINT

Reference

^ ^a ^b ^c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000183508 - Ensembl, maj 2017
^ ^a ^b ^c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000044468 - Ensembl, maj 2017
^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ "UniProt, Q5VWP2" (jezik: eng.). Pristupljeno 26. 11. 2021.CS1 održavanje: nepoznati jezik (link)
^ Horton P, Nakai K (1997). "Better prediction of protein cellular localization sites with the k nearest neighbors classifier". Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol. 5: 147–52. PMID 9322029.
^ ^a ^b Kuchta K, Knizewski L, Wyrwicz LS, Rychlewski L, Ginalski K (decembar 2009). "Comprehensive classification of nucleotidyltransferase fold proteins: identification of novel families and their representatives in human". Nucleic Acids Res. 37 (22): 7701–14. doi:10.1093/nar/gkp854. PMC 2794190. PMID 19833706.
^ Schoggins JW, Wilson SJ, Panis M, Murphy MY, Jones CT, Bieniasz P, Rice CM (april 2011). "A diverse range of gene products are effectors of the type I interferon antiviral response". Nature. 472 (7344): 481–5. Bibcode:2011Natur.472..481S. doi:10.1038/nature09907. PMC 3409588. PMID 21478870.
^ Boyd KD, Ross FM, Walker BA, Wardell CP, Tapper WJ, Chiecchio L, Dagrada G, Konn ZJ, Gregory WM, Jackson GH, Child JA, Davies FE, Morgan GJ (decembar 2011). "Mapping of chromosome 1p deletions in myeloma identifies FAM46C at 1p12 and CDKN2C at 1p32.3 as being genes in regions associated with adverse survival". Clin. Cancer Res. 17 (24): 7776–84. doi:10.1158/1078-0432.CCR-11-1791. PMC 5751883. PMID 21994415.
^ "BioGPS - your Gene Portal System".
^ Kelley LA, Sternberg MJ (2009). "Protein structure prediction on the Web: a case study using the Phyre server" (PDF). Nat Protoc. 4 (3): 363–71. doi:10.1038/nprot.2009.2. hdl:10044/1/18157. PMID 19247286. S2CID 12497300.
^ "FAM46C PSICQUIC View". Pristupljeno 11. 5. 2013.

Vanjski linkovi

[1] - The homepage of the Full-length long Japan human genomic sequencing project

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000183508 - Ensembl, maj 2017

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000044468 - Ensembl, maj 2017

[3] "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[4] "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[UniProt-5] "UniProt, Q5VWP2" (jezik: eng.). Pristupljeno 26. 11. 2021.CS1 održavanje: nepoznati jezik (link)

[pmid9322029-6] Horton P, Nakai K (1997). "Better prediction of protein cellular localization sites with the k nearest neighbors classifier". Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol. 5: 147–52. PMID 9322029.

[Kuchta2009-7] Kuchta K, Knizewski L, Wyrwicz LS, Rychlewski L, Ginalski K (decembar 2009). "Comprehensive classification of nucleotidyltransferase fold proteins: identification of novel families and their representatives in human". Nucleic Acids Res. 37 (22): 7701–14. doi:10.1093/nar/gkp854. PMC 2794190. PMID 19833706.

[pmid21478870-8] Schoggins JW, Wilson SJ, Panis M, Murphy MY, Jones CT, Bieniasz P, Rice CM (april 2011). "A diverse range of gene products are effectors of the type I interferon antiviral response". Nature. 472 (7344): 481–5. Bibcode:2011Natur.472..481S. doi:10.1038/nature09907. PMC 3409588. PMID 21478870.

[pmid21994415-9] Boyd KD, Ross FM, Walker BA, Wardell CP, Tapper WJ, Chiecchio L, Dagrada G, Konn ZJ, Gregory WM, Jackson GH, Child JA, Davies FE, Morgan GJ (decembar 2011). "Mapping of chromosome 1p deletions in myeloma identifies FAM46C at 1p12 and CDKN2C at 1p32.3 as being genes in regions associated with adverse survival". Clin. Cancer Res. 17 (24): 7776–84. doi:10.1158/1078-0432.CCR-11-1791. PMC 5751883. PMID 21994415.

[10] "BioGPS - your Gene Portal System".

[pmid19247286-11] Kelley LA, Sternberg MJ (2009). "Protein structure prediction on the Web: a case study using the Phyre server" (PDF). Nat Protoc. 4 (3): 363–71. doi:10.1038/nprot.2009.2. hdl:10044/1/18157. PMID 19247286. S2CID 12497300.

[12] "FAM46C PSICQUIC View". Pristupljeno 11. 5. 2013.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]