C7orf25 protein UPF0415

C7orf25 protein UPF0415
Identifikatori
Aliasi	C7orf25
Vanjski ID-jevi	MGI: 2145422 HomoloGene: 11439 GeneCards: C7orf25
Lokacija gena (čovjek)
Hrom.	Hromosom 7 (čovjek)
Kraj	42,912,305 bp
Lokacija gena (miš)
Hrom.	Hromosom 13 (miš)
Kraj	14,813,681 bp
Ortolozi
	79020
	105351
	ENSG00000136197
	ENSMUSG00000039182
	Q9BPX7
	Q91WD4
	NM_001099858; NM_024054; NM_001363436
	NM_001104646; NM_134067
	NP_001093328; NP_076959; NP_001350365
	NP_001098116; NP_598828
	Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek	Pogledaj/uredi – miš

C7orf25-protein UPF0415 (UPF0415) je protein koji je kod ljudi kodiran genom na hromosomu 7, u otvotenom okviru čitanja 25 (C7orf25), u domenu nepoznate funkcije 1308. C7orf25 nalazi se na minus lancu i kodira 12 proteina, od kojih je jedan UPF0415. Vjeruje se da je ovaj protein aktivan na putu proteasoma. C7orf25 protein UPF0415 nije transmembranski protein i nema signalni peptid. UPF0415 ima dvije izoforme, Q9BPX7-1 i Q9BPX7-2. Oboje se sastoje od po dva egzona, koji su visoko konzervirani među kičmenjacima.

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 421 aminokiselina, а molekulska težina 46.451 Da.^[5]

10	20	30	40	50
MSAHSMLCER	IAIAKELIKR	AESLSRSRKG	GIEGGAKLCS	KLKAELKFLQ
KVEAGKVAIK	ESHLQSTNLT	HLRAIVESAE	NLEEVVSVLH	VFGYTDTLGE
KQTLVVDVVA	NGGHTWVKAI	GRKAEALHNI	WLGRGQYGDK	SIIEQAEDFL
QASHQQPVQY	SNPHIIFAFY	NSVSSPMAEK	LKEMGISVRG	DIVAVNALLD
HPEELQPSES	ESDDEGPELL	QVTRVDRENI	LASVAFPTEI	KVDVCKRVNL
DITTLITYVS	ALSYGGCHFI	FKEKVLTEQA	EQERKEQVLP	QLEAFMKDKE
LFACESAVKD	FQSILDTLGG	PGERERATVL	IKRINVVPDQ	PSERALRLVA
SSKINSRSLT	IFGTGDTLKA	ITMTANSGFV	RAANNQGVKF	SVFIHQPRAL
TESKEALATP	LPKDYTTDSE	H

C: Cistein
D: Aspartat
E: Glutamat
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin

W: Triptofan

Y: Tirozin

Osnovi

Veličina gena	Veličina proteina	Broj egzona	Promotorska sekvenca	Signalni peptid	Molekulska težina	Hromosomska pozicija	Izoelektrična tačka proteina
1844 bp	421 aa	2	~600bp	Ne	46.45 kDa ^[6]	7p14	5,76 ^[6]

Gensko susjedstvo

C7orf25 je otvoreni okvir čitanja koji kodira 12 proteina. Većina njih je nepoznate funkcije. Jedan od ovih proteina je UPF0415, a drugi je PSMA2 koji je također funkcionalan u proteasomskom putu.^[7] Drugi geni koji se nalaze u blizini proteina C7orf25 UPF0415 su TCP1P1, HECW1, MIR3943 i MRPL32.

Predviđena obilježja iRNK

Promotor

Promotor za gen proteina C7orf25 UPF0415 obuhvata 600 parova baza, od 42,951.804 do 42,952.404, sa predviđenim početnim mjestom transkripcije koje kodira sekvwncu od 1844 parova baza. Sekvenca se proteže od 42,908.726 do 42,912.090 bp.^[8] Promotorska regija i početak gena C7orf25 (20,008.263 do 20,009.250 bp) u prošlosti nije konzerviran. Ova regija je korištena za određivanje interakcije transkripcijskih faktora.

Faktori transkripcije

Neki od glavnih faktora transkripcije koji se vežu za promotor navedeni su u nastavku.^[9]

Referenca	Detalji podataka o porodici	Startni nukleid	Stop nukleotid	Lanac
XCPE	Aktivator–, medijator i TBP-ovisni jezgarni element promotora RNK-polimeraze II transcripcije TATA-bez promotora	360	370	–
MIZ1	Myc-interaktivni protein cinkovog prsta 1	120	130	–
PLAG1	Pleomorfni adenomski gen	160	182	–
FOX proteins	Faktori replikacijske viljuške	35	51	+
E2FF	E2F-myc aktivator/regulator ćelijskog ciklusa	357	373	–
MZF1	Faktori mijeloidnih cinkovih prstiju 1	497	507	+
HAND	Porodica klase uvrnutih B bHLH transkripcijskih faktora	335	355	–
RU49	Transkripcijski faktor cinkovog prsta RU49, proliferacija cinkovog prsta Zipro1	651	657	x–
NF-κB	Jedarni faktor kappa B/c-rel	219	233	–
E2FF	E2F-myc aktivator/regulator ćelijskog ciklusa	492	508	+
SP1F	GC-kutijski faktori SP1/GC	490	506	+
IKRS	Porodica cinkovih prstiju Ikaros	64	76	+
STAT1	Transduktor signala i aktivator transkripcije	409	427	–
RBP2	Retinoblastom-vezujući proteini sa demetilanom aktivnošču	538	546	–
YY1F	Aktivator/represor vezan za mjesto transkripcije i inicijacije	553	575	–
SP1F	GC-kutijski faktori SP1/GC	359	375	–
HSF	Faktori toplotnog šoka	240	264	-	BPTF	Bromodomenski i PHD-domenski transkripcijski faktori	423	433	+
ZNF35	Protein cinkovog prsta ZNF35	309	321	+
ETSF	Ljudski i mišji faktori ETS1	235	255	+

Funkcija i ekspresija

Vjeruje se da je protein C7orf25 UPF0415 aktivan u ATP-ovisnoj razgradnji proteina u proteasomskom putu. Kod ljudi, ekspriira se sveprisutno.^[10]

Homologija

Protein C7orf25 UPF0415 ima jedan paralog koji je FLJ18411.^[11] UPF0415 je takođe visoko konzerviran kod kičmenjaka. Sljedeća tablela prikazuje mali izbor ortologa pronađenih pomoću BLAST-a i BLAT-a i njihov identitet s proteinom C7orf25 UPF0415.

Rod i vrsta	Pristupni broj	Sličnost (aa)
Homo sapiens	NM_001099858	–
Bos taurus	NM_001076140,1	95%
Falco cherrug	XM_005446213.1	78%
Xenopus laevis	XM_005014944.1	73%

Predviđena obilježja proteina

Posttranslacijske modifikacije

UPF0415 protein C7orf25 nije transmembranski protein, jer nema transmembranske domene. C7orf25 protein UPF0415 ima višestruku fosforilaciju za koju se vjeruje da je odgovorna za aktivaciju proteina.^[12]

Predviđeno je više petlji na drškama u 3' i 5' UTR i vjeruje se da su one funkcionalne u transkripciji gena.^[13]

Petlje 3' UTR i 5' UTR

Interakcije

Ostali proteini za koje je poznato da stupaju u interakciju s proteinom C7orf25 UPF0415 su FRA10AC1, FLJ23825 i TUBB (tubulin, beta klasa I), a samo je TUBB povezan s aktivnošću proteasoma.

Konceptna prezentacija

Sve posttranslacijske modifikacije, genetički ili proteasomski faktori koji su relevantni za transkripciju i regulaciju proteina C7orf25 proteina UPF0415, gore spomenuti, označeni su u konceptnoj translaciji:

Konceptna translacija C7orf25

Varijante transkripta C7orf25

C7orf25

C7orf25 kodira 12 različitih transkripata. Dva od ovih transkripata su (PSMA2 i UPF0415). Još uvijek nema specifičnih fenotipova ili polimorfizama s mutacijom u C7orf25. Ovo sugerira da je ovaj otvoreni okvir čitanja važan za preživljavanje kod kičmenjaka. Donja slika prikazuje sve predviđene transkripte kodirane u C7orf25.^[14]

Reference

^ ^a ^b ^c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000136197 - Ensembl, maj 2017
^ ^a ^b ^c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000039182 - Ensembl, maj 2017
^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ "UniProt, Q9BPX7" (jezik: engleski). Pristupljeno 23. 9. 2021.
^ ^a ^b Kozlowski LP (oktobar 2016). "IPC - Isoelectric Point Calculator". Biology Direct. 11 (1): 55. doi:10.1186/s13062-016-0159-9. PMC 5075173. PMID 27769290. Arhivirano s originala, 29. 4. 2013. Pristupljeno 19. 6. 2019.
^ "Gene_neighborhood".
^ "El Durado (Genomatix)". Arhivirano s originala, 24. 2. 2001. Pristupljeno 23. 9. 2021.
^ "Genomatrix_tool_Eldorado". Arhivirano s originala, 2. 12. 2021. Pristupljeno 23. 9. 2021.
^ Gazitua R, Wilson K, Bistrian BR, Blackburn GL (august 1979). "Factors determining peripheral vein tolerance to amino acid infusions". Archives of Surgery. 114 (8): 897–900. doi:10.1001/archsurg.1979.01370320029005. PMID 111645.
^ "FLJ18411".
^ Blom N, Gammeltoft S, Brunak S (decembar 1999). "Sequence and structure-based prediction of eukaryotic protein phosphorylation sites". Journal of Molecular Biology. 294 (5): 1351–62. doi:10.1006/jmbi.1999.3310. PMID 10600390. Arhivirano s originala, 9. 7. 2021. Pristupljeno 23. 9. 2021.
^ Zuker, M. (1. 7. 2003). "Mfold web server for nucleic acid folding and hybridization prediction". Nucleic Acids Research. 31 (13): 3406–3415. CiteSeerX 10.1.1.138.4837. doi:10.1093/nar/gkg595. PMC 169194. PMID 12824337.
^ Thierry-Mieg D, Thierry-Mieg J (2006). "AceView: a comprehensive cDNA-supported gene and transcripts annotation". Genome Biology. 7 Suppl 1: S12.1–14. doi:10.1186/gb-2006-7-s1-s12. PMC 1810549. PMID 16925834.

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000136197 - Ensembl, maj 2017

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000039182 - Ensembl, maj 2017

[3] "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[4] "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[UniProt-5] "UniProt, Q9BPX7" (jezik: engleski). Pristupljeno 23. 9. 2021.

[Kozlowski-6] Kozlowski LP (oktobar 2016). "IPC - Isoelectric Point Calculator". Biology Direct. 11 (1): 55. doi:10.1186/s13062-016-0159-9. PMC 5075173. PMID 27769290. Arhivirano s originala, 29. 4. 2013. Pristupljeno 19. 6. 2019.

[7] "Gene_neighborhood".

[8] "El Durado (Genomatix)". Arhivirano s originala, 24. 2. 2001. Pristupljeno 23. 9. 2021.

[Genomatrix-9] "Genomatrix_tool_Eldorado". Arhivirano s originala, 2. 12. 2021. Pristupljeno 23. 9. 2021.

[M-NCBI_GEO-10] Gazitua R, Wilson K, Bistrian BR, Blackburn GL (august 1979). "Factors determining peripheral vein tolerance to amino acid infusions". Archives of Surgery. 114 (8): 897–900. doi:10.1001/archsurg.1979.01370320029005. PMID 111645.

[FLJ18411-11] "FLJ18411".

[12] Blom N, Gammeltoft S, Brunak S (decembar 1999). "Sequence and structure-based prediction of eukaryotic protein phosphorylation sites". Journal of Molecular Biology. 294 (5): 1351–62. doi:10.1006/jmbi.1999.3310. PMID 10600390. Arhivirano s originala, 9. 7. 2021. Pristupljeno 23. 9. 2021.

[13] Zuker, M. (1. 7. 2003). "Mfold web server for nucleic acid folding and hybridization prediction". Nucleic Acids Research. 31 (13): 3406–3415. CiteSeerX 10.1.1.138.4837. doi:10.1093/nar/gkg595. PMC 169194. PMID 12824337.

[14] Thierry-Mieg D, Thierry-Mieg J (2006). "AceView: a comprehensive cDNA-supported gene and transcripts annotation". Genome Biology. 7 Suppl 1: S12.1–14. doi:10.1186/gb-2006-7-s1-s12. PMC 1810549. PMID 16925834.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]