C7orf25 protein UPF0415
C7orf25-protein UPF0415 (UPF0415) je protein koji je kod ljudi kodiran genom na hromosomu 7, u otvotenom okviru čitanja 25 (C7orf25), u domenu nepoznate funkcije 1308. C7orf25 nalazi se na minus lancu i kodira 12 proteina, od kojih je jedan UPF0415. Vjeruje se da je ovaj protein aktivan na putu proteasoma. C7orf25 protein UPF0415 nije transmembranski protein i nema signalni peptid. UPF0415 ima dvije izoforme, Q9BPX7-1 i Q9BPX7-2. Oboje se sastoje od po dva egzona, koji su visoko konzervirani među kičmenjacima.
| C7orf25 protein UPF0415 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | C7orf25 | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | MGI: 2145422 HomoloGene: 11439 GeneCards: C7orf25 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 7: 42.91 – 42.91 Mb | Chr 13: 14.8 – 14.81 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Aminokiselinska sekvenca uredi
Dužina polipeptidnog lanca je 421 aminokiselina, а molekulska težina 46.451 Da.[5]
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MSAHSMLCER | IAIAKELIKR | AESLSRSRKG | GIEGGAKLCS | KLKAELKFLQ | ||||
| KVEAGKVAIK | ESHLQSTNLT | HLRAIVESAE | NLEEVVSVLH | VFGYTDTLGE | ||||
| KQTLVVDVVA | NGGHTWVKAI | GRKAEALHNI | WLGRGQYGDK | SIIEQAEDFL | ||||
| QASHQQPVQY | SNPHIIFAFY | NSVSSPMAEK | LKEMGISVRG | DIVAVNALLD | ||||
| HPEELQPSES | ESDDEGPELL | QVTRVDRENI | LASVAFPTEI | KVDVCKRVNL | ||||
| DITTLITYVS | ALSYGGCHFI | FKEKVLTEQA | EQERKEQVLP | QLEAFMKDKE | ||||
| LFACESAVKD | FQSILDTLGG | PGERERATVL | IKRINVVPDQ | PSERALRLVA | ||||
| SSKINSRSLT | IFGTGDTLKA | ITMTANSGFV | RAANNQGVKF | SVFIHQPRAL | ||||
| TESKEALATP | LPKDYTTDSE | H |
Osnovi uredi
| Veličina gena | Veličina proteina | Broj egzona | Promotorska sekvenca | Signalni peptid | Molekulska težina | Hromosomska pozicija | Izoelektrična tačka proteina |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1844 bp | 421 aa | 2 | ~600bp | Ne | 46.45 kDa [6] | 7p14 | 5,76 [6] |
Gensko susjedstvo uredi
C7orf25 je otvoreni okvir čitanja koji kodira 12 proteina. Većina njih je nepoznate funkcije. Jedan od ovih proteina je UPF0415, a drugi je PSMA2 koji je također funkcionalan u proteasomskom putu.[7] Drugi geni koji se nalaze u blizini proteina C7orf25 UPF0415 su TCP1P1, HECW1, MIR3943 i MRPL32.
Predviđena obilježja iRNK uredi
Promotor uredi
Promotor za gen proteina C7orf25 UPF0415 obuhvata 600 parova baza, od 42,951.804 do 42,952.404, sa predviđenim početnim mjestom transkripcije koje kodira sekvwncu od 1844 parova baza. Sekvenca se proteže od 42,908.726 do 42,912.090 bp.[8] Promotorska regija i početak gena C7orf25 (20,008.263 do 20,009.250 bp) u prošlosti nije konzerviran. Ova regija je korištena za određivanje interakcije transkripcijskih faktora.
Faktori transkripcije uredi
Neki od glavnih faktora transkripcije koji se vežu za promotor navedeni su u nastavku.[9]
| Referenca | Detalji podataka o porodici | Startni nukleid | Stop nukleotid | Lanac | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| XCPE | Aktivator–, medijator i TBP-ovisni jezgarni element promotora RNK-polimeraze II transcripcije TATA-bez promotora | 360 | 370 | – | |||||
| MIZ1 | Myc-interaktivni protein cinkovog prsta 1 | 120 | 130 | – | |||||
| PLAG1 | Pleomorfni adenomski gen | 160 | 182 | – | |||||
| FOX proteins | Faktori replikacijske viljuške | 35 | 51 | + | |||||
| E2FF | E2F-myc aktivator/regulator ćelijskog ciklusa | 357 | 373 | – | |||||
| MZF1 | Faktori mijeloidnih cinkovih prstiju 1 | 497 | 507 | + | |||||
| HAND | Porodica klase uvrnutih B bHLH transkripcijskih faktora | 335 | 355 | – | |||||
| RU49 | Transkripcijski faktor cinkovog prsta RU49, proliferacija cinkovog prsta Zipro1 | 651 | 657 | x– | |||||
| NF-κB | Jedarni faktor kappa B/c-rel | 219 | 233 | – | |||||
| E2FF | E2F-myc aktivator/regulator ćelijskog ciklusa | 492 | 508 | + | |||||
| SP1F | GC-kutijski faktori SP1/GC | 490 | 506 | + | |||||
| IKRS | Porodica cinkovih prstiju Ikaros | 64 | 76 | + | |||||
| STAT1 | Transduktor signala i aktivator transkripcije | 409 | 427 | – | |||||
| RBP2 | Retinoblastom-vezujući proteini sa demetilanom aktivnošču | 538 | 546 | – | |||||
| YY1F | Aktivator/represor vezan za mjesto transkripcije i inicijacije | 553 | 575 | – | |||||
| SP1F | GC-kutijski faktori SP1/GC | 359 | 375 | – | |||||
| HSF | Faktori toplotnog šoka | 240 | 264 | - | BPTF | Bromodomenski i PHD-domenski transkripcijski faktori | 423 | 433 | + |
| ZNF35 | Protein cinkovog prsta ZNF35 | 309 | 321 | + | |||||
| ETSF | Ljudski i mišji faktori ETS1 | 235 | 255 | + |
Funkcija i ekspresija uredi
Vjeruje se da je protein C7orf25 UPF0415 aktivan u ATP-ovisnoj razgradnji proteina u proteasomskom putu. Kod ljudi, ekspriira se sveprisutno.[10]
Homologija uredi
Protein C7orf25 UPF0415 ima jedan paralog koji je FLJ18411.[11] UPF0415 je takođe visoko konzerviran kod kičmenjaka. Sljedeća tablela prikazuje mali izbor ortologa pronađenih pomoću BLAST-a i BLAT-a i njihov identitet s proteinom C7orf25 UPF0415.
| Rod i vrsta | Pristupni broj | Sličnost (aa) |
|---|---|---|
| Homo sapiens | NM_001099858 | – |
| Bos taurus | NM_001076140,1 | 95% |
| Falco cherrug | XM_005446213.1 | 78% |
| Xenopus laevis | XM_005014944.1 | 73% |
Predviđena obilježja proteina uredi
Posttranslacijske modifikacije uredi
UPF0415 protein C7orf25 nije transmembranski protein, jer nema transmembranske domene. C7orf25 protein UPF0415 ima višestruku fosforilaciju za koju se vjeruje da je odgovorna za aktivaciju proteina.[12]
Predviđeno je više petlji na drškama u 3' i 5' UTR i vjeruje se da su one funkcionalne u transkripciji gena.[13]
Interakcije uredi
Ostali proteini za koje je poznato da stupaju u interakciju s proteinom C7orf25 UPF0415 su FRA10AC1, FLJ23825 i TUBB (tubulin, beta klasa I), a samo je TUBB povezan s aktivnošću proteasoma.
Konceptna prezentacija uredi
Sve posttranslacijske modifikacije, genetički ili proteasomski faktori koji su relevantni za transkripciju i regulaciju proteina C7orf25 proteina UPF0415, gore spomenuti, označeni su u konceptnoj translaciji:
C7orf25 uredi
C7orf25 kodira 12 različitih transkripata. Dva od ovih transkripata su (PSMA2 i UPF0415). Još uvijek nema specifičnih fenotipova ili polimorfizama s mutacijom u C7orf25. Ovo sugerira da je ovaj otvoreni okvir čitanja važan za preživljavanje kod kičmenjaka. Donja slika prikazuje sve predviđene transkripte kodirane u C7orf25.[14]
Reference uredi
- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000136197 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000039182 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "UniProt, Q9BPX7" (jezik: engleski). Pristupljeno 23. 9. 2021.
- ^ a b Kozlowski LP (oktobar 2016). "IPC - Isoelectric Point Calculator". Biology Direct. 11 (1): 55. doi:10.1186/s13062-016-0159-9. PMC 5075173. PMID 27769290. Arhivirano s originala, 29. 4. 2013. Pristupljeno 19. 6. 2019.
- ^ "Gene_neighborhood".
- ^ "El Durado (Genomatix)". Arhivirano s originala, 24. 2. 2001. Pristupljeno 23. 9. 2021.
- ^ "Genomatrix_tool_Eldorado". Arhivirano s originala, 2. 12. 2021. Pristupljeno 23. 9. 2021.
- ^ Gazitua R, Wilson K, Bistrian BR, Blackburn GL (august 1979). "Factors determining peripheral vein tolerance to amino acid infusions". Archives of Surgery. 114 (8): 897–900. doi:10.1001/archsurg.1979.01370320029005. PMID 111645.
- ^ "FLJ18411".
- ^ Blom N, Gammeltoft S, Brunak S (decembar 1999). "Sequence and structure-based prediction of eukaryotic protein phosphorylation sites". Journal of Molecular Biology. 294 (5): 1351–62. doi:10.1006/jmbi.1999.3310. PMID 10600390. Arhivirano s originala, 9. 7. 2021. Pristupljeno 23. 9. 2021.
- ^ Zuker, M. (1. 7. 2003). "Mfold web server for nucleic acid folding and hybridization prediction". Nucleic Acids Research. 31 (13): 3406–3415. CiteSeerX 10.1.1.138.4837. doi:10.1093/nar/gkg595. PMC 169194. PMID 12824337.
- ^ Thierry-Mieg D, Thierry-Mieg J (2006). "AceView: a comprehensive cDNA-supported gene and transcripts annotation". Genome Biology. 7 Suppl 1: S12.1–14. doi:10.1186/gb-2006-7-s1-s12. PMC 1810549. PMID 16925834.