C10orf67
Otvoreni okvir čitanja 67 hromosoma 10 (C10orf67), znan i kao C10orf115, LINC01552 i BA215C7.4, jest neokarakterizi ljudski protein-kodirajući gen. Nekoliko studija ukazuje na moguću vezu između genetičkih polimorfizama ovog i nekoliko drugih gena s hroničnim upalnim barijernim bolestima, poput Crohnove bolesti i sarkoidoze.[5][6][7]
C10orf67 | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
Aliasi | C10orf67 | ||||||||||||||||||||||||
Vanjski ID-jevi | MGI: 1918087 HomoloGene: 82326 GeneCards: C10orf67 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
Entrez | |||||||||||||||||||||||||
Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
UniProt | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
Lokacija (UCSC) | Chr 10: 23.2 – 23.34 Mb | Chr 2: 19.47 – 19.56 Mb | |||||||||||||||||||||||
PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
|
- Aminokiselinska sekvenca
Dužina polipeptidnog lanca je 551 aminokiselina, a molekulska težina 63 656 Da.[8]
10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
MMALVRDRRA | HYVMSIVIRW | VHCFSSSLRG | TFGTRWEAMK | AKATELRVCC | ||||
ARRKREAREF | KPPQMRGSTR | LNISDDLKIG | FFSTDHATQT | DSSEILSVKE | ||||
LSSSTQKLAQ | MMKSLQVDFG | FLKQLLQLKF | EDRLKEESLS | LFTILHDRIL | ||||
EIEKHYQQNE | DKMRKSFNQQ | LADAIAVIKG | MYQQFFEVEE | ENVSLQDAST | ||||
VKTNILLRKL | KEKEEVIKEL | KEELDQYKDF | GFHKMESFAK | ETSSPKSNLE | ||||
KENLEYKVEN | ERLLQIISEL | EEEIQINLKE | NSGLEDELIS | MKEMAEKDHK | ||||
TIQKLMDSRD | RLREELHYEK | SLVQDVINKQ | KEDKEMRKKY | GSLSVKVARS | ||||
AKGREASLSP | WPKSPPSTTA | LRPHSATMSV | SSAGAQKAKM | PKKALKEDQA | ||||
VVEDKHGLES | QIEALKANLE | NEKKKVERFR | KEADRLNKSW | EKRFFILRNS | ||||
FHVLKNEMFT | RHTLFRQFAV | LADTSFNYIK | VKPLLVQSRT | TMTAISSSSH | ||||
CTSSIDGKHV | DVVSDQAALQ | LSPKGKLSES | PKEESLEEPS | MRQSSPAETV | ||||
D |
Gen
urediGen obuhvata 142.366 parova baza i nalazi se na lokusu 10p12.2 na minus (–) ili smislenom lancu hromosoma 10. Uz bok je uzvodno od gena ARMC3[9] i nizvodno od gena KIAA1217.[10][11] Ovi geni su sa približno 150.000 bp, odnosno 350.000 bp iz C10orf67.
Transkript
urediPostoje 23 alternativno prerađena egzona, koji kodiraju 13 varijante transkripta. Primarni transkript, sa samo 2943 bp, nije dobro konzerviran među ortolozima, već varijanta X2, 3417 bp, ima daleko veći identitet s ortolognim proteinima. Ova varijanta transkripta X2 sadrži 15 egzona što daje polipeptid od 551 aminokiseline.[12][13]
Protein
urediOpća svojstva
urediSvojstvo | Preprotein | Cijepani protein | Zreli protein |
---|---|---|---|
Aminokiselinska dužina | 551 | 515 | 515 |
Izoelektrična tačka | 9,3 | 8,6 | 8,3–8,9* |
Molekulska težina | 63 kDa | 59 kDa | ~59–61 kDa** |
*Ovisno od posttranslacijske modifikacije (PTM-a)
**Od ne-PTM-a – svi mogući PTM-i
Izoelektrična tačka je značajno veća od prosjeka za ljudske proteine (6,81).[14]
Struktura
urediDesno je prikazana predviđena tercijarna struktura proteina. Obilježena je dugim alfa-heliksima s nekoliko regija zavojnica i beta lancima lokaliziranim na kraju proteina, nasuprot krajevima N – i C-kraja.
Ekspresija
urediC10orf67 je umjereno eksprimiran (50–75%) u većini tkiva u tijelu.[17] Međutim, studija o NCBI GEO raspravlja o uticaju interleukina-13 (IL -13) na ekspresiju gena[18] otkrivši da je ekspresija proteina pala na nulu u prisutnosti IL-13 u epitelu dišnih putova.
Subćelijska lokalizacija
urediProtein sadrži mitohondrijski signalni peptid koji ga lokalizira u mitohondrijski matriks.[19] Softverska analiza za potćelijsku lokalizaciju [20][21] potvrdila je ovaj nalaz. Međutim, predviđeno je da će se neki ortolozi lokalizirati u jedru. Iako visoka izoelektrična tačka ljudskog proteina pruža daljnje dokaze za lokalizaciju u mitohondrijama, zbog visokog pH mitohondrijskog matriksa.
Mjesta cijepanja
urediProtein se u početku cijepa kako bi se uklonilo 36 aminokiselina N-terminalnog signalnog peptida, nakon što je lokaliziran u mitohondrijama.[22]
Postoji niz predviđenih mjesta fosforilacije, ali postoji i jedno eksperimentalno potvrđeno mjesto fosforilacije na treoninu 69.[23] Ostala mjesta fosforilacije sažeta su u donjem dijagramu proteina.
Sumoilacija
urediPostoji pet predviđenih sumoilacijskih mjesta unutar C10orf67. Sažeta su u sljedećoj tabeli:
Broj | Pozicija | Grupa | Rezultat |
---|---|---|---|
1 | K461 | NSFHV LKNE MFTRH | 0,91 |
2 | K401 | MPKKA LKED QAVVE | 0,91 |
3 | K224 | EVIKE LKEE LDQYK | 0,91 |
4 | K136 | KFEDR LKEE SLS L | 0,91 |
5 | K130 | KQLLQ LKFE DRLKE | 0,91 |
Homologija i evolucija
urediEvolucija
urediC10orf67 nema poznatih paraloga, ali ima mnogo ortologa unutar eukariota i zadržava značajan identitet sa vrstama koje su udaljene kao beskičmenjaci. Nekoliko odabranih ortologa je dolje navedeno s nekim identifikacijskim podacima.
Rod i vrsta | Uobičajeno ime | Vrsta organizma | Datiranje od
zajedničkog pretka (prije milliona godina) |
Pristupni broj (NCBI) | Dužina sekvence | Identitet % | Izoelektrična tačka
(pre-protein) |
---|---|---|---|---|---|---|---|
Homo sapiens | Čovjek | Primat | 0 | XP_016871518 | 551 | 100 | 9,3 |
Pan troglodytes | Čimpanze | 6,65 | XP_009456334 | 573 | 95 | 9,27 | |
Macaca nemestrina | Južni svinjorepi makak | 29.44 | XP_011736768 | 572 | 88,1 | 9,17 | |
Bubalus bubalis | Vodeni bik | Sisar | 96 | XP_006080042 | 565 | 56,6 | 6,24 |
Felis catus | Mačka | 96 | XP_019689630 | 560 | 55,1 | 7,68 | |
Sus scrofa | Divlja svinja | 96 | XP_013835714 | 515 | 55 | 6,53 | |
Panthera pardus | Leopard | 96 | XP_019316071 | 504 | 53,9 | 6,24 | |
Ovis aries | Ovca | 96 | XP_012043724 | 516 | 53,6 | 6,61 | |
Mustela putorius furo | Kuna | 96 | XP_012914379 | 566 | 50,8 | 9,34 | |
Castor canadensis | Dabar | 90 | XP_020038711 | 617 | 44 | 8,92 | |
Mus musculus | Miš | 90 | NP_081876 | 560 | 43,6 | 5.89 | |
Myotis lucifugus | Mali smeđi šišmiš | 96 | XP_014316001 | 598 | 38,9 | 6,22 | |
Myotis brandtii | Brandtov šišmiš | 96 | XP_014394869 | 639 | 38,3 | 6,7 | |
Elephantulus edwardii | Kapastaslonovska verirovka | 105 | XP_006887164 | 493 | 37,9 | 5,62 | |
Gallus gallus | Kokoš | Ptica | 312 | XP_003640687 | 430 | 26,3 | 5,44 |
Astyanax mexicanus | Meksička tetra | Riba | 435 | XP_007253068 | 475 | 26,1 | 4,76 |
Lepisosteus oculatus | Pjegavi gar | 435 | XP_015208957 | 479 | 25,2 | 6,73 | |
Danio rerio | Zebrica | 435 | XP_698346 | 461 | 24,5 | 5,93 | |
Salmo salar | Atlantski losos | 435 | XP_013995887 | 455 | 21,6 | 6,18 | |
Amphimedon queenslandica | Reniera | Beskičmenjak | 951.8 | XP_011402872 | 513 | 24,1 | 7,05 |
Branchiostoma belcheri | Branhiostoma | 684 | XP_019645941 | 563 | 23,5 | 6,24 |
Evolucija
urediBrzina evolucije C10orf67 uspoređena je s onom fibrinogena i citohroma c, koje predstavljaju brze i spore stope evolucije. Podebljane vrste u tabeli odabrane su da predstavljaju ortologe fibrinogena i citohroma c, radi određivanja brzine evolucije odgovarajućih proteina.
Brzina evolucije C10orf67 je vrlo zanimljiva jer slijedi logaritamski, a ne linearni trend, poput većine proteina.
Klinički značaj
urediSarkoidoza
urediIako je funkcija C10orf67 nepoznata, njegove interakcije s IL-13 dalje ukazuju na njegovu ulogu u sarkoidozi jer je poznato da bolest uključuje različite interleukine.
Kancer
urediDok nekoliko NCBI GEO profila koji ispituju uticaj različitih faktora na ekspresiju gena pokazuju da je C10orf67 eksprimiran u različitim nivoima u različitim tkivima raka,[24][25] lokalizacija u mitohondrijama može dati određeni uvid u kliničku funkciju. Pokazalo se da mitohondrie imaju neki uticaj u proliferaciji ćelija. S obzirom na velike potrebe za energijom uzrokovane proliferacijom , postojalo je nekoliko hipoteza da mitohondrije mogu imati ulogu u ćelijskom ciklusu te da bi C10orf67, lokaliziran na mitohondrijama, mogao imati i tu ulogu.
Reference
uredi- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000179133 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000026734 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ Thiébaut R, Esmiol S, Lecine P, Mahfouz B, Hermant A, Nicoletti C, Parnis S, Perroy J, Borg JP, Pascoe L, Hugot JP, Ollendorff V (1. 1. 2016). "Characterization and Genetic Analyses of New Genes Coding for NOD2 Interacting Proteins". PLOS ONE. 11 (11): e0165420. doi:10.1371/journal.pone.0165420. PMC 5094585. PMID 27812135.
- ^ Cozier YC, Ruiz-Narvaez EA, McKinnon CJ, Berman JS, Rosenberg L, Palmer JR (oktobar 2012). "Fine-mapping in African-American women confirms the importance of the 10p12 locus to sarcoidosis". Genes and Immunity. 13 (7): 573–8. doi:10.1038/gene.2012.42. PMC 3475762. PMID 22972473.
- ^ Franke A, Fischer A, Nothnagel M, Becker C, Grabe N, Till A, Lu T, Müller-Quernheim J, Wittig M, Hermann A, Balschun T, Hofmann S, Niemiec R, Schulz S, Hampe J, Nikolaus S, Nürnberg P, Krawczak M, Schürmann M, Rosenstiel P, Nebel A, Schreiber S (oktobar 2008). "Genome-wide association analysis in sarcoidosis and Crohn's disease unravels a common susceptibility locus on 10p12.2". Gastroenterology. 135 (4): 1207–15. doi:10.1053/j.gastro.2008.07.017. PMID 18723019.
- ^ "UniProt, Q8IYJ2". Pristupljeno 29. 8. 2021.
- ^ "ARMC3 armadillo repeat containing 3 [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov.
- ^ "KIAA1217 KIAA1217 [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov.
- ^ "C10orf67 chromosome 10 open reading frame 67 [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 30. 4. 2017.
- ^ "Homo sapiens chromosome 10 open reading frame 67 (C10orf67), mRNA". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 5. 2. 2017.
- ^ Database, GeneCards Human Gene. "C10orf67 Gene - GeneCards | CJ067 Protein | CJ067 Antibody". www.genecards.org. Pristupljeno 6. 2. 2017.
- ^ Kozlowski, Lukasz P. "Proteome-pI - Proteome Isoelectric Point Database statistics". isoelectricpointdb.org (jezik: engleski). Pristupljeno 30. 4. 2017.
- ^ Kelley, Lawrence. "PHYRE2 Protein Fold Recognition Server". www.sbg.bio.ic.ac.uk. Pristupljeno 5. 5. 2017.
- ^ "GDS4794 / 1553845_x_at". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 30. 4. 2017.
- ^ Greška kod citiranja: Nevaljana oznaka
<ref>
; nije naveden tekst za reference s imenom: 0
- ^ "GDS4981 / ILMN_1719577". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 30. 4. 2017.
- ^ "uncharacterized protein C10orf67, mitochondrial [Homo sapiens] - Protein - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 5. 5. 2017.
- ^ "PSORT II Prediction". psort.hgc.jp. Pristupljeno 5. 5. 2017.
- ^ "MitoFates". mitf.cbrc.jp. Arhivirano s originala, 12. 5. 2017. Pristupljeno 5. 5. 2017.
- ^ "WoLF PSORT: Protein Subcellular Localization Prediction". wolfpsort.hgc.jp. Pristupljeno 30. 4. 2017.
- ^ "Thr69". www.phosphosite.org. Pristupljeno 30. 4. 2017.
- ^ "GDS4080 / 1553844_a_at". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 6. 5. 2017.
- ^ "GDS1807 / 1553843_at". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 6. 5. 2017.