Wikipedia

C10orf67

(Preusmjereno sa C10orf115)

Otvoreni okvir čitanja 67 hromosoma 10 (C10orf67), znan i kao C10orf115, LINC01552 i BA215C7.4, jest neokarakterizi ljudski protein-kodirajući gen. Nekoliko studija ukazuje na moguću vezu između genetičkih polimorfizama ovog i nekoliko drugih gena s hroničnim upalnim barijernim bolestima, poput Crohnove bolesti i sarkoidoze.[5][6][7]

C10orf67
Identifikatori
AliasiC10orf67
Vanjski ID-jeviMGI: 1918087 HomoloGene: 82326 GeneCards: C10orf67
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 10 (čovjek)
Hrom.Hromosom 10 (čovjek)[1]
Hromosom 10 (čovjek)
Genomska lokacija za C10orf67
Genomska lokacija za C10orf67
Bend10p12.2Početak23,202,696 bp[1]
Kraj23,344,845 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 2 (miš)
Hrom.Hromosom 2 (miš)[2]
Hromosom 2 (miš)
Genomska lokacija za C10orf67
Genomska lokacija za C10orf67
Bend2 A3|2Početak19,467,648 bp[2]
Kraj19,558,725 bp[2]
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez

256815

70909

Ensembl

ENSG00000179133

ENSMUSG00000026734

UniProt

Q8IYJ2

Q8CET2

RefSeq (mRNK)

NM_153714
NM_001351306
NM_001365862
NM_001371909

NM_027600

RefSeq (bjelančevina)

NP_714925
NP_001338235
NP_001352791
NP_001358838

NP_081876

Lokacija (UCSC)Chr 10: 23.2 – 23.34 MbChr 2: 19.47 – 19.56 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš
Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 551 aminokiselina, a molekulska težina 63 656 Da.[8]

1020304050
MMALVRDRRAHYVMSIVIRWVHCFSSSLRGTFGTRWEAMKAKATELRVCC
ARRKREAREFKPPQMRGSTRLNISDDLKIGFFSTDHATQTDSSEILSVKE
LSSSTQKLAQMMKSLQVDFGFLKQLLQLKFEDRLKEESLSLFTILHDRIL
EIEKHYQQNEDKMRKSFNQQLADAIAVIKGMYQQFFEVEEENVSLQDAST
VKTNILLRKLKEKEEVIKELKEELDQYKDFGFHKMESFAKETSSPKSNLE
KENLEYKVENERLLQIISELEEEIQINLKENSGLEDELISMKEMAEKDHK
TIQKLMDSRDRLREELHYEKSLVQDVINKQKEDKEMRKKYGSLSVKVARS
AKGREASLSPWPKSPPSTTALRPHSATMSVSSAGAQKAKMPKKALKEDQA
VVEDKHGLESQIEALKANLENEKKKVERFRKEADRLNKSWEKRFFILRNS
FHVLKNEMFTRHTLFRQFAVLADTSFNYIKVKPLLVQSRTTMTAISSSSH
CTSSIDGKHVDVVSDQAALQLSPKGKLSESPKEESLEEPSMRQSSPAETV
D

Gen

uredi
 
Mapa hromosoma 10 sa lokacijom C10orf67 (označena crveno)

Gen obuhvata 142.366 parova baza i nalazi se na lokusu 10p12.2 na minus (–) ili smislenom lancu hromosoma 10. Uz bok je uzvodno od gena ARMC3[9] i nizvodno od gena KIAA1217.[10][11] Ovi geni su sa približno 150.000 bp, odnosno 350.000 bp iz C10orf67.

 
Ovaj segment prikazuje približno 1.700.000 parova baza hromosoma 10. Zelene linije označavaju početak transkripcije, dok crveni dijamanti označavaju završetak transkripcije. C10orf67 se transkribira u suprotnom smjeru od njegovih bočnih gena koji se nalaze na Nonsens lancu.

Transkript

uredi

Postoje 23 alternativno prerađena egzona, koji kodiraju 13 varijante transkripta. Primarni transkript, sa samo 2943 bp, nije dobro konzerviran među ortolozima, već varijanta X2, 3417 bp, ima daleko veći identitet s ortolognim proteinima. Ova varijanta transkripta X2 sadrži 15 egzona što daje polipeptid od 551 aminokiseline.[12][13]

Protein

uredi

Opća svojstva

uredi
Svojstvo Preprotein Cijepani protein Zreli protein
Aminokiselinska dužina 551 515 515
Izoelektrična tačka 9,3 8,6 8,3–8,9*
Molekulska težina 63 kDa 59 kDa ~59–61 kDa**

*Ovisno od posttranslacijske modifikacije (PTM-a)

**Od ne-PTM-a – svi mogući PTM-i

Izoelektrična tačka je značajno veća od prosjeka za ljudske proteine (6,81).[14]

 
Softverski generirana predviđena tercijarna struktura C10orf67.[15] Na osnovu proteinskog šablona koji pokriva 74% proteinske sekvence sa 96% identiteta.

Struktura

uredi

Desno je prikazana predviđena tercijarna struktura proteina. Obilježena je dugim alfa-heliksima s nekoliko regija zavojnica i beta lancima lokaliziranim na kraju proteina, nasuprot krajevima N – i C-kraja.

Ekspresija

uredi
 
Ekspresija C10orf67 u raznim tkivima.[16]

C10orf67 je umjereno eksprimiran (50–75%) u većini tkiva u tijelu.[17] Međutim, studija o NCBI GEO raspravlja o uticaju interleukina-13 (IL -13) na ekspresiju gena[18] otkrivši da je ekspresija proteina pala na nulu u prisutnosti IL-13 u epitelu dišnih putova.

Subćelijska lokalizacija

uredi

Protein sadrži mitohondrijski signalni peptid koji ga lokalizira u mitohondrijski matriks.[19] Softverska analiza za potćelijsku lokalizaciju [20][21] potvrdila je ovaj nalaz. Međutim, predviđeno je da će se neki ortolozi lokalizirati u jedru. Iako visoka izoelektrična tačka ljudskog proteina pruža daljnje dokaze za lokalizaciju u mitohondrijama, zbog visokog pH mitohondrijskog matriksa.

Posttranslacijske modifikacije

uredi

Mjesta cijepanja

uredi

Protein se u početku cijepa kako bi se uklonilo 36 aminokiselina N-terminalnog signalnog peptida, nakon što je lokaliziran u mitohondrijama.[22]

Fosforilacija

uredi
 
Moguća mjesta fosforilacije C10orf67: Koncentracija mogućih mjesta fosforilacije je daleko veća u blizini C-kraja proteina i daleko niža u blizini N-kraja, koji sadrži signalni peptid.

Postoji niz predviđenih mjesta fosforilacije, ali postoji i jedno eksperimentalno potvrđeno mjesto fosforilacije na treoninu 69.[23] Ostala mjesta fosforilacije sažeta su u donjem dijagramu proteina.

Sumoilacija

uredi

Postoji pet predviđenih sumoilacijskih mjesta unutar C10orf67. Sažeta su u sljedećoj tabeli:

Broj Pozicija Grupa Rezultat
1 K461 NSFHV LKNE MFTRH 0,91
2 K401 MPKKA LKED QAVVE 0,91
3 K224 EVIKE LKEE LDQYK 0,91
4 K136 KFEDR LKEE SLS L 0,91
5 K130 KQLLQ LKFE DRLKE 0,91
 
Posttranslacijske modifikacije C10orf67. N-kraj je lijevo sa signalnim peptidom od 36 aminokiselina, a C-kraj je desno.

Homologija i evolucija

uredi

Evolucija

uredi

C10orf67 nema poznatih paraloga, ali ima mnogo ortologa unutar eukariota i zadržava značajan identitet sa vrstama koje su udaljene kao beskičmenjaci. Nekoliko odabranih ortologa je dolje navedeno s nekim identifikacijskim podacima.

Rod i vrsta Uobičajeno ime Vrsta organizma Datiranje od

zajedničkog pretka (prije milliona godina)

Pristupni broj (NCBI) Dužina sekvence Identitet % Izoelektrična tačka

(pre-protein)

Homo sapiens Čovjek Primat 0 XP_016871518 551 100 9,3
Pan troglodytes Čimpanze 6,65 XP_009456334 573 95 9,27
Macaca nemestrina Južni svinjorepi makak 29.44 XP_011736768 572 88,1 9,17
Bubalus bubalis Vodeni bik Sisar 96 XP_006080042 565 56,6 6,24
Felis catus Mačka 96 XP_019689630 560 55,1 7,68
Sus scrofa Divlja svinja 96 XP_013835714 515 55 6,53
Panthera pardus Leopard 96 XP_019316071 504 53,9 6,24
Ovis aries Ovca 96 XP_012043724 516 53,6 6,61
Mustela putorius furo Kuna 96 XP_012914379 566 50,8 9,34
Castor canadensis Dabar 90 XP_020038711 617 44 8,92
Mus musculus Miš 90 NP_081876 560 43,6 5.89
Myotis lucifugus Mali smeđi šišmiš 96 XP_014316001 598 38,9 6,22
Myotis brandtii Brandtov šišmiš 96 XP_014394869 639 38,3 6,7
Elephantulus edwardii Kapastaslonovska verirovka 105 XP_006887164 493 37,9 5,62
Gallus gallus Kokoš Ptica 312 XP_003640687 430 26,3 5,44
Astyanax mexicanus Meksička tetra Riba 435 XP_007253068 475 26,1 4,76
Lepisosteus oculatus Pjegavi gar 435 XP_015208957 479 25,2 6,73
Danio rerio Zebrica 435 XP_698346 461 24,5 5,93
Salmo salar Atlantski losos 435 XP_013995887 455 21,6 6,18
Amphimedon queenslandica Reniera Beskičmenjak 951.8 XP_011402872 513 24,1 7,05
Branchiostoma belcheri Branhiostoma 684 XP_019645941 563 23,5 6,24

Evolucija

uredi
 
Brzina evolucije C10orf67 u odnosu na fibrinogen i citohrom c.

Brzina evolucije C10orf67 uspoređena je s onom fibrinogena i citohroma c, koje predstavljaju brze i spore stope evolucije. Podebljane vrste u tabeli odabrane su da predstavljaju ortologe fibrinogena i citohroma c, radi određivanja brzine evolucije odgovarajućih proteina.

Brzina evolucije C10orf67 je vrlo zanimljiva jer slijedi logaritamski, a ne linearni trend, poput većine proteina.

Klinički značaj

uredi

Sarkoidoza

uredi

Iako je funkcija C10orf67 nepoznata, njegove interakcije s IL-13 dalje ukazuju na njegovu ulogu u sarkoidozi jer je poznato da bolest uključuje različite interleukine.

Kancer

uredi

Dok nekoliko NCBI GEO profila koji ispituju uticaj različitih faktora na ekspresiju gena pokazuju da je C10orf67 eksprimiran u različitim nivoima u različitim tkivima raka,[24][25] lokalizacija u mitohondrijama može dati određeni uvid u kliničku funkciju. Pokazalo se da mitohondrie imaju neki uticaj u proliferaciji ćelija. S obzirom na velike potrebe za energijom uzrokovane proliferacijom , postojalo je nekoliko hipoteza da mitohondrije mogu imati ulogu u ćelijskom ciklusu te da bi C10orf67, lokaliziran na mitohondrijama, mogao imati i tu ulogu.

Reference

uredi
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000179133 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000026734 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Thiébaut R, Esmiol S, Lecine P, Mahfouz B, Hermant A, Nicoletti C, Parnis S, Perroy J, Borg JP, Pascoe L, Hugot JP, Ollendorff V (1. 1. 2016). "Characterization and Genetic Analyses of New Genes Coding for NOD2 Interacting Proteins". PLOS ONE. 11 (11): e0165420. doi:10.1371/journal.pone.0165420. PMC 5094585. PMID 27812135.
  6. ^ Cozier YC, Ruiz-Narvaez EA, McKinnon CJ, Berman JS, Rosenberg L, Palmer JR (oktobar 2012). "Fine-mapping in African-American women confirms the importance of the 10p12 locus to sarcoidosis". Genes and Immunity. 13 (7): 573–8. doi:10.1038/gene.2012.42. PMC 3475762. PMID 22972473.
  7. ^ Franke A, Fischer A, Nothnagel M, Becker C, Grabe N, Till A, Lu T, Müller-Quernheim J, Wittig M, Hermann A, Balschun T, Hofmann S, Niemiec R, Schulz S, Hampe J, Nikolaus S, Nürnberg P, Krawczak M, Schürmann M, Rosenstiel P, Nebel A, Schreiber S (oktobar 2008). "Genome-wide association analysis in sarcoidosis and Crohn's disease unravels a common susceptibility locus on 10p12.2". Gastroenterology. 135 (4): 1207–15. doi:10.1053/j.gastro.2008.07.017. PMID 18723019.
  8. ^ "UniProt, Q8IYJ2". Pristupljeno 29. 8. 2021.
  9. ^ "ARMC3 armadillo repeat containing 3 [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov.
  10. ^ "KIAA1217 KIAA1217 [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov.
  11. ^ "C10orf67 chromosome 10 open reading frame 67 [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 30. 4. 2017.
  12. ^ "Homo sapiens chromosome 10 open reading frame 67 (C10orf67), mRNA". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 5. 2. 2017.
  13. ^ Database, GeneCards Human Gene. "C10orf67 Gene - GeneCards | CJ067 Protein | CJ067 Antibody". www.genecards.org. Pristupljeno 6. 2. 2017.
  14. ^ Kozlowski, Lukasz P. "Proteome-pI - Proteome Isoelectric Point Database statistics". isoelectricpointdb.org (jezik: engleski). Pristupljeno 30. 4. 2017.
  15. ^ Kelley, Lawrence. "PHYRE2 Protein Fold Recognition Server". www.sbg.bio.ic.ac.uk. Pristupljeno 5. 5. 2017.
  16. ^ "GDS4794 / 1553845_x_at". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 30. 4. 2017.
  17. ^ Greška kod citiranja: Nevaljana oznaka <ref>; nije naveden tekst za reference s imenom : 0
  18. ^ "GDS4981 / ILMN_1719577". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 30. 4. 2017.
  19. ^ "uncharacterized protein C10orf67, mitochondrial [Homo sapiens] - Protein - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 5. 5. 2017.
  20. ^ "PSORT II Prediction". psort.hgc.jp. Pristupljeno 5. 5. 2017.
  21. ^ "MitoFates". mitf.cbrc.jp. Arhivirano s originala, 12. 5. 2017. Pristupljeno 5. 5. 2017.
  22. ^ "WoLF PSORT: Protein Subcellular Localization Prediction". wolfpsort.hgc.jp. Pristupljeno 30. 4. 2017.
  23. ^ "Thr69". www.phosphosite.org. Pristupljeno 30. 4. 2017.
  24. ^ "GDS4080 / 1553844_a_at". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 6. 5. 2017.
  25. ^ "GDS1807 / 1553843_at". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 6. 5. 2017.
Preuzeto iz "https://bs.wikipedia.org/w/index.php?title=C10orf67&oldid=3626730"