ARL6IP4

ARL6IP4
Identifikatori
Aliasi	ARL6IP4
Vanjski ID-jevi	OMIM: 607668 MGI: 1929500 HomoloGene: 9606 GeneCards: ARL6IP4
Lokacija gena (čovjek)
Hrom.	Hromosom 12 (čovjek)
Kraj	122,982,913 bp
Lokacija gena (miš)
Hrom.	Hromosom 5 (miš)
Kraj	124,256,259 bp
Ontologija gena
Molekularna funkcija	• GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine; • vezivanje sa RNK;
Ćelijska komponenta	• nuclear speck; • Jedarce; • jedro;
Biološki proces	• mRNA processing; • Prerada RNK;
	Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
	51329
	65105
	ENSG00000182196
	ENSMUSG00000029404
	Q66PJ3
	Q9JM93
NM_001002251; NM_001002252; NM_001278378; NM_001278379; NM_001278380;
	NM_016638; NM_018694
	NM_144509
NP_001002251; NP_001002252; NP_001265307; NP_001265308; NP_001265309;
	NP_057722; NP_061164
	NP_653092
	Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek	Pogledaj/uredi – miš

Interaktivni protein 4ADP-ribozilaciolikog faktora 6 (ARL6IP4), znan i kao SRp25 je proizvod gena ARL6IP4, lociranog na gene hromosomu 12, sekvenca q24.31. Njegova funkcija nije poznata.

Lokacija

Editiranje se događa na mjestu K/R unutar aminokiselinske pozicije 225 konačnog proteina. Koristeći RT-PCR i sekvenciranje 100 pojedinačnih klonova, 7% izoformi tri proteina, na ovom položaju, tokom sekvenciranja, pokazalo je G umjesto A. Za editiranje, mogu biti potencijalno prisutna druga manja mjesta, uključujući neke u istom egzonu, kao i glavno mjesto za editiranje. Kao što je to slučaj sa IGFBP7, pre-iRNK, editiranje je neuobičajeno, jer se struktura nabora RNK sastoji samo od egzonake sekvence.

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 421 aminokiselina, a molekulska težina 44.915 Da.^[5]

10	20	30	40	50
MPRCTYQLEQ	NPGFLPDGPG	VHARAHCQDL	SGPYGHEFAT	SESLGGRVGK
TRAPQSGARS	RMERAGPAGE	EGGAREGRLL	PRAPGAWVLR	ACAERAALEV
GAASADTGVR	GCGARGPAPL	LASAGGGRAR	DGTWGVRTKG	SGAALPSRPA
SRAAPRPEAS	SPPLPLEKAR	GGLSGPQGGR	ARGAMAHVGS	RKRSRSRSRS
RGRGSEKRKK	KSRKDTSRNC	SASTSQGRKA	STAPGAEASP	SPCITERSKQ
KARRRTRSSS	SSSSSSSSSS	SSSSSSSSSS	SSDGRKKRGK	YKDKRRKKKK
KRKKLKKKGK	EKAEAQQVEA	LPGPSLDQWH	RSAGEEEDGP	VLTDEQKSRI
QAMKPMTKEE	WDARQSIIRK	VVDPETGRTR	LIKGDGEVLE	EIVTKERHRE
INKQATRGDC	LAFQMRAGLL	P

Simboli

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

Struktura

Prema drugom izvoru, dužina molekuke je 360 aminokiselina. Eksprimira se sveprisutno, ali samo u G1/S fazi ćelijskog ciklusa.^[6] Ljudskia i mišja iRNK ovog proteina imaju 77% homologije.^[7]

Uočena su dva tipa klastera aminokiselina: klaster serina i bazni klaster.^[7]

Funkcija

Njegove funkcije nisu poznate. Međutim, zbog homologije sekvenci proteina sa faktorima prerade SR, široko se vjeruje da je protein jedarni i da može imati ulogu u regulaciji prerade.^[7] Vjeruje se da je protein posrednik u signalnom putu RAC1.^[8]

Editiranje RNK

Pre-iRNK genskog produkta ARL6IP4 je podložna editiranju RNK.^[9]

Tip

Editiranje RNK, od A do I, katalizira porodica adenozin-deaminaza koje djeluju na RNK (ADAR) koje specifično prepoznaju adenozine unutar dvolančanih regiona pre-iRNK i deaminira ih u inozin. Inozini su prepoznati kao gvanozini, pomoću ćelijskog translacijskog mehanizma. ADAR 1 i ADAR 2 jedini su enzimski aktivni članovi porodice. Smatra se da ADAR3 ima regulatornu ulogu u mozgu. ADAR1 i ADAR 2 široko su eksprimirani u tkivima, dok je ADAR 3 ograničen na mozak. Dvolančane regije RNK nastaju uparivanjem baza između ostataka, u regiji blizu mjesta editiranja, s ostacima obično u susjednom intronu, ali mogu biti egzonska sekvenca. Područje uparivanja baza sa editirajućon regijom poznato je kao komplementarna sekvenca editiranja (ECS).

Učinci na strukturu proteina

Editiranje na ovom mjestu rezultira promjenom kodona. iz lizina u arginin. To se događa u visoko baznoj regiji proteina.^[9]

Učinci na funkciju proteina

Funkcija needsitiranog proteina uglavnom je nekarakteristična. Stoga je i učinak editiranja na pre-iRNK na funkciju proteina također nepoznat. Promjena aminokiselina je konzervativna i nije vjerojatno da će masivno promijeniti funkciju proteina. Međutim, mjesto editiranja može biti važno, jer je aminokiselina koja se mijenja lizin, koji može biti uključen u regulaciju ekspresije proteina. Lizini mogu biti mjesta posttranslacijske modifikacije, a konverzija lizina u arginin može uticati na posttranslacijsku modifikaciju.^[9]

Reference

^ ^a ^b ^c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000182196 - Ensembl, maj 2017
^ ^a ^b ^c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000029404 - Ensembl, maj 2017
^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ "UniProt, Q66PJ3". Pristupljeno 6. 8. 2021.
^ "Archived copy". Arhivirano s originala, 26. 7. 2011. Pristupljeno 14. 2. 2011.CS1 održavanje: arhivirana kopija u naslovu (link)
^ ^a ^b ^c Sasahara K, Yamaoka T, Moritani M, Tanaka M, Iwahana H, Yoshimoto K, Miyagawa J, Kuroda Y, Itakura M (mart 2000). "Molecular cloning and expression analysis of a putative nuclear protein, SR-25". Biochem. Biophys. Res. Commun. 269 (2): 444–50. doi:10.1006/bbrc.2000.2301. PMID 10708573.
^ Li Q, Zhao H, Jiang L, Che Y, Dong C, Wang L, Wang J, Liu L (mart 2002). "An SR-protein induced by HSVI binding to cells functioning as a splicing inhibitor of viral pre-mRNA". J. Mol. Biol. 316 (4): 887–94. doi:10.1006/jmbi.2001.5318. PMID 11884129.
^ ^a ^b ^c Gommans WM, Tatalias NE, Sie CP, Dupuis D, Vendetti N, Smith L, Kaushal R, Maas S (oktobar 2008). "Screening of human SNP database identifies recoding sites of A-to-I RNA editing". RNA. 14 (10): 2074–85. doi:10.1261/rna.816908. PMC 2553741. PMID 18772245.

Vanjski linkovi

Kiran A, Baranov PV. "DARNED". DAtabase of RNa EDiting. Arhivirano s originala, 21. 7. 2011. Pristupljeno 22. 7. 2011.
Lokacija ljudskog genoma ARL6IP4 i stranica sa detaljima o genu ARL6IP4 u UCSC Genome Browseru.

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000182196 - Ensembl, maj 2017

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000029404 - Ensembl, maj 2017

[3] "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[4] "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[UniProt-5] "UniProt, Q66PJ3". Pristupljeno 6. 8. 2021.

[6] "Archived copy". Arhivirano s originala, 26. 7. 2011. Pristupljeno 14. 2. 2011.CS1 održavanje: arhivirana kopija u naslovu (link)

[pmid107085732-7] Sasahara K, Yamaoka T, Moritani M, Tanaka M, Iwahana H, Yoshimoto K, Miyagawa J, Kuroda Y, Itakura M (mart 2000). "Molecular cloning and expression analysis of a putative nuclear protein, SR-25". Biochem. Biophys. Res. Commun. 269 (2): 444–50. doi:10.1006/bbrc.2000.2301. PMID 10708573.

[pmid118841292-8] Li Q, Zhao H, Jiang L, Che Y, Dong C, Wang L, Wang J, Liu L (mart 2002). "An SR-protein induced by HSVI binding to cells functioning as a splicing inhibitor of viral pre-mRNA". J. Mol. Biol. 316 (4): 887–94. doi:10.1006/jmbi.2001.5318. PMID 11884129.

[pmid187722452-9] Gommans WM, Tatalias NE, Sie CP, Dupuis D, Vendetti N, Smith L, Kaushal R, Maas S (oktobar 2008). "Screening of human SNP database identifies recoding sites of A-to-I RNA editing". RNA. 14 (10): 2074–85. doi:10.1261/rna.816908. PMC 2553741. PMID 18772245.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]