Terminalna uridililtransferaza 7 (TUT7), znana I kao cinkov prst sa domenom CCHC 6, je enzim koji je kod ljudi kodiran genom ZCCHC6 sa hromosoma 9.[5][6] ZCCHC6 protein posreduje terminalnu uridilaciju RNK transkripta s kratkim poli-A repovima i uključen je u razgradnju iRNK i mikroRNK.

ZCCHC6
Identifikatori
AliasiTUT7
Vanjski ID-jeviOMIM: 613467 MGI: 2387179 HomoloGene: 51941 GeneCards: TUT7
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 9 (čovjek)
Hrom.Hromosom 9 (čovjek)[1]
Hromosom 9 (čovjek)
Genomska lokacija za ZCCHC6
Genomska lokacija za ZCCHC6
Bend9q21.33Početak86,287,733 bp[1]
Kraj86,354,454 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 13 (miš)
Hrom.Hromosom 13 (miš)[2]
Hromosom 13 (miš)
Genomska lokacija za ZCCHC6
Genomska lokacija za ZCCHC6
Bend13|13 B2Početak59,919,375 bp[2]
Kraj59,970,961 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije
Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija aktivnost sa transferazom
nucleotidyltransferase activity
vezivanje iona cinka
vezivanje iona metala
nucleic acid binding
vezivanje sa RNK
RNA uridylyltransferase activity
GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine
miRNA binding
uridylyltransferase activity
Ćelijska komponenta citoplazma
nukleoplazma
citosol
Biološki proces histone mRNA catabolic process
RNA 3'-end processing
nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening
oocyte maturation
negative regulation of transposition, RNA-mediated
GO:0061715 miRNA metabolic process
pre-miRNA processing
RNA 3' uridylation
polyuridylation-dependent mRNA catabolic process
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_001185059
NM_001185074
NM_024617
NM_001330718

NM_153538
NM_001373962
NM_001373963
NM_001373964

RefSeq (bjelančevina)

NP_001171988
NP_001172003
NP_001317647
NP_078893

NP_705766
NP_001360891
NP_001360892
NP_001360893

Lokacija (UCSC)Chr 9: 86.29 – 86.35 MbChr 13: 59.92 – 59.97 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Aminokiselinska sekvenca

uredi

Dužina polipeptidnog lanca je 1.495 aminokiselina, a molekulska težina 171.229 Da.[7]

1020304050
MGDTAKPYFVKRTKDRGTMDDDDFRRGHPQQDYLIIDDHAKGHGSKMEKG
LQKKKITPGNYGNTPRKGPCAVSSNPYAFKNPIYSQPAWMNDSHKDQSKR
WLSDEHTGNSDNWREFKPGPRIPVINRQRKDSFQENEDGYRWQDTRGCRT
VRRLFHKDLTSLETTSEMEAGSPENKKQRSRPRKPRKTRNEENEQDGDLE
GPVIDESVLSTKELLGLQQAEERLKRDCIDRLKRRPRNYPTAKYTCRLCD
VLIESIAFAHKHIKEKRHKKNIKEKQEEELLTTLPPPTPSQINAVGIAID
KVVQEFGLHNENLEQRLEIKRIMENVFQHKLPDCSLRLYGSSCSRLGFKN
SDVNIDIQFPAIMSQPDVLLLVQECLKNSDSFIDVDADFHARVPVVVCRE
KQSGLLCKVSAGNENACLTTKHLTALGKLEPKLVPLVIAFRYWAKLCSID
RPEEGGLPPYVFALMAIFFLQQRKEPLLPVYLGSWIEGFSLSKLGNFNLQ
DIEKDVVIWEHTDSAAGDTGITKEEAPRETPIKRGQVSLILDVKHQPSVP
VGQLWVELLRFYALEFNLADLVISIRVKELVSRELKDWPKKRIAIEDPYS
VKRNVARTLNSQPVFEYILHCLRTTYKYFALPHKITKSSLLKPLNAITCI
SEHSKEVINHHPDVQTKDDKLKNSVLAQGPGATSSAANTCKVQPLTLKET
AESFGSPPKEEMGNEHISVHPENSDCIQADVNSDDYKGDKVYHPETGRKN
EKEKVGRKGKHLLTVDQKRGEHVVCGSTRNNESESTLDLEGFQNPTAKEC
EGLATLDNKADLDGESTEGTEELEDSLNHFTHSVQGQTSEMIPSDEEEED
DEEEEEEEEPRLTINQREDEDGMANEDELDNTYTGSGDEDALSEEDDELG
EAAKYEDVKECGKHVERALLVELNKISLKEENVCEEKNSPVDQSDFFYEF
SKLIFTKGKSPTVVCSLCKREGHLKKDCPEDFKRIQLEPLPPLTPKFLNI
LDQVCIQCYKDFSPTIIEDQAREHIRQNLESFIRQDFPGTKLSLFGSSKN
GFGFKQSDLDVCMTINGLETAEGLDCVRTIEELARVLRKHSGLRNILPIT
TAKVPIVKFFHLRSGLEVDISLYNTLALHNTRLLSAYSAIDPRVKYLCYT
MKVFTKMCDIGDASRGSLSSYAYTLMVLYFLQQRNPPVIPVLQEIYKGEK
KPEIFVDGWNIYFFDQIDELPTYWSECGKNTESVGQLWLGLLRFYTEEFD
FKEHVISIRRKSLLTTFKKQWTSKYIVIEDPFDLNHNLGAGLSRKMTNFI
MKAFINGRRVFGIPVKGFPKDYPSKMEYFFDPDVLTEGELAPNDRCCRIC
GKIGHFMKDCPMRRKVRRRRDQEDALNQRYPENKEKRSKEDKEIHNKYTE
REVSTKEDKPIQCTPQKAKPMRAAADLGREKILRPPVEKWKRQDDKDLRE
KRCFICGREGHIKKECPQFKGSSGSLSSKYMTQGKASAKRTQQES

Struktura

uredi

Gen ZCCHC6 sadrži 33 egzona s najmanje šest poznatih izoformi zbog alternativne prerade. ZCCHC6 gen kodira protein sa molekulskom težinom od 171 kDa i lokaliziran je u citoplazmi.

Funkcija

uredi

On katalizira sljedeću reakciju, zahtijevajući Mg2 + i Mn2+ kao kofaktore.

UTP + RNK (n) = difosfat + RNK(n+1) [8]

Uridilaciju koju katalizira ZCCHC6 odvija se lahko na mrtdenilovanoj iRNK unutar ćelija.[9] Prečišćeni ZZHC6 selektivno "in vitro" prepoznaje i uridilira molekule RNK koje posjeduju kratke poli (A) repove (manje od 25 nukleotida). U ćelijama koje su osiromašene ZCCHC6-om, većina iRNK gubi svojstveni oligo (U) rep, koji je karakterističan za reaktivnost ZCCHC6, pa se poluživot molekula iRNK u skladu s tim produžuje.[9]

Osim razgradnje iRNK, smatra se da uridilacija funkcionira i prije sazrijevanja mikroRNK, pri čemu neka pre-mikroRNK grupe II zahtijeva 3'mono-uridilaciju za obradu Dicer-om.[10] Smatra se da ZCCHC6 djeluje redundantno sa ZCCHC11, kako bi posredovao biogenezu let-7 mikroRNK putem uridilacije.[11]

Reference

uredi
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000083223 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000035248 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Nagase T, Kikuno R, Hattori A, Kondo Y, Okumura K, Ohara O (Dec 2000). "Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XIX. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro". DNA Research. 7 (6): 347–55. doi:10.1093/dnares/7.6.347. PMID 11214970.
  6. ^ "Entrez Gene: ZCCHC6 zinc finger, CCHC domain containing 6".
  7. ^ "UniProt, Q5VYS8". Pristupljeno 10. 9. 2021.
  8. ^ Rissland OS, Mikulasova A, Norbury CJ (2007). "Efficient RNA polyuridylation by noncanonical poly(A) polymerases". Mol. Cell. Biol. 27 (10): 3612–24. doi:10.1128/MCB.02209-06. PMC 1899984. PMID 17353264.
  9. ^ a b Lim J, Ha M, Chang H, Kwon SC, Simanshu DK, Patel DJ, Kim VN (2014). "Uridylation by TUT4 and TUT7 marks mRNA for degradation". Cell. 159 (6): 1365–76. doi:10.1016/j.cell.2014.10.055. PMC 4720960. PMID 25480299.
  10. ^ Heo I, Ha M, Lim J, Yoon MJ, Park JE, Kwon SC, Chang H, Kim VN (2012). "Mono-uridylation of pre-microRNA as a key step in the biogenesis of group II let-7 microRNAs". Cell. 151 (3): 521–32. doi:10.1016/j.cell.2012.09.022. PMID 23063654.
  11. ^ Thornton JE, Chang HM, Piskounova E, Gregory RI (2012). "Lin28-mediated control of let-7 microRNA expression by alternative TUTases Zcchc11 (TUT4) and Zcchc6 (TUT7)". RNA. 18 (10): 1875–85. doi:10.1261/rna.034538.112. PMC 3446710. PMID 22898984.

Dopunska literatura

uredi

Vanjski linkovi

uredi