RIOX1
Ribosomna oksigenaza1 je proteinski enzimkoji je kod ljudi kodiran genom RIOX1.[5]
Gross (2018) locirao je gen RIOX1 u hromosomu 14, sekvenca q24.3, na osnovu poravnavanja sekvence RIOX1 (GenBank AB101204) sa genomskom sekvencom (GRCh38).[6]
Aminokiselinska sekvenca
urediDužina polipeptidnog lanca je 641 aminokiselina, a molekulska težina 71.086 Da [7].
- Simboli
C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MDGLQASAGP | LRRGRPKRRR | KPQPHSGSVL | ALPLRSRKIR | KQLRSVVSRM | ||||
| AALRTQTLPS | ENSEESRVES | TADDLGDALP | GGAAVAAVPD | AARREPYGHL | ||||
| GPAELLEASP | AARSLQTPSA | RLVPASAPPA | RLVEVPAAPV | RVVETSALLC | ||||
| TAQHLAAVQS | SGAPATASGP | QVDNTGGEPA | WDSPLRRVLA | ELNRIPSSRR | ||||
| RAARLFEWLI | APMPPDHFYR | RLWEREAVLV | RRQDHTYYQG | LFSTADLDSM | ||||
| LRNEEVQFGQ | HLDAARYING | RRETLNPPGR | ALPAAAWSLY | QAGCSLRLLC | ||||
| PQAFSTTVWQ | FLAVLQEQFG | SMAGSNVYLT | PPNSQGFAPH | YDDIEAFVLQ | ||||
| LEGRKLWRVY | RPRVPTEELA | LTSSPNFSQD | DLGEPVLQTV | LEPGDLLYFP | ||||
| RGFIHQAECQ | DGVHSLHLTL | STYQRNTWGD | FLEAILPLAV | QAAMEENVEF | ||||
| RRGLPRDFMD | YMGAQHSDSK | DPRRTAFMEK | VRVLVARLGH | FAPVDAVADQ | ||||
| RAKDFIHDSL | PPVLTDRERA | LSVYGLPIRW | EAGEPVNVGA | QLTTETEVHM | ||||
| LQDGIARLVG | EGGHLFLYYT | VENSRVYHLE | EPKCLEIYPQ | QADAMELLLG | ||||
| SYPEFVRVGD | LPCDSVEDQL | SLATTLYDKG | LLLTKMPLAL | N |
Kloniranje i ekspresija
urediPretragom baza podataka za homologe ksenopusa br. 66, Eilbracht et al. (2004) identificirali ljudski NO66. Izvedeni protein od 641 aminokiseline ima izračunatu molekulsku masu od 71,1 kD. Sadrži JmjC domen, dva navodna signala jedarne lokalizacije i nekoliko potencijalnih mjesta fosforilacije. Northern blot analiza otkrila je transkript od 2,3 kb eksprimiran na različitim nivoima u svim ispitivanim ljudskim tkivima i u ćelijskoj liniji ljudskog raka dojke MCF-7. Imunohistohemijska analiza pokazala je da se NO66 lokalizirao u različitim subjedarnim odjeljcima u različitim ćelijskim linijama.
U većini ćelijskih linija, NO66 je obogaćen u zrnastim dijelovima jedara i u različitim nukleoplazmatskim granulama, gdje se kolokalizirao replicirajućim hromatinom. Western blot analiza uzgajanih ljudskih ćelija otkrila je protein NO66 od 79 kD. Homolozi NO66 otkriveni su u želijskim linijama različitih vrsta, ali su se veličine proteina razlikovale od veličina ljudskog NO66, prvenstveno zbog različitih dužina N-terminalnog kraja.
Funkcija gena
urediEilbracht et al. (2004) otkrili su da se jedarna distribucija NO66 promijenila tokom ćelijskog ciklusa u ćelijama MCF-7: lokalizirala se u perihromosomsku citoplazmu u metafazi i ranoj anafazi, u hromosome u kasnoj anafazi i u prejedarčana tijela u kasnoj telofazi. U jedarnim ekstraktima oocita i ljudskih ćelija xenopus NO66 povezan s velikim preribosomskim česticama i koimunoprecipitiran nukleolusnim proteinima NO38 (NPM1) i nukleolinom (NCL). Zaključili su da se NO66 povezuje s preribosomima u nekoliko faza sazrijevanja i može biti uključen u sastavljanje i obradu ribosomskih podjedinica.[8]
Koristeći cRNK mikročip, Suzuki et al. (2007) otkrili su da je ekspresija MAPJD povišena najmanje tri puta u više od polovine pregledanih karcinoma pluća nemaloćelijske cjeline. RT-PCR test otkrio je visoku ekspresiju MAPJD u 27 od 30 ćelijskih linija raka pluća, ali je MAPJD bio samo slabo izražen u normalnom epitelu disajnih puteva i drugim normalnim tkivima. Smanjena regulacija MAPJD-a u ćelijskim linijama raka pluća, s malom interferirajućom RNK (siRNK) povećala je broj apoptotskih ćelijaa i broj ćelija u sub-G1 fazi.
Transfekcija MAPJD u fibroblastima miša povećala je njihov rast. Među 53 gena kandidata čija se ekspresija smanjila u skladu sa sniženom regulacijom MAPJD posredovanom siRNK, identificirali su četiri gena (SBNO1, TGFBRAP1, RIOK1 i RASGEF1A), koji su najznačajnije inducirani ekspresijom MAPJD u ćelijama karcinoma pluća. Područja promotora ova četiri gena sadrže nekoliko E-kutija koje povezuju MYC. Analize imunoprecipitacije hromatina i reporter gena otkrile su da su MAPJD i MYC međusobno djelovale u promotorskom području ovih gena i povećale njihovu ekspresiju. Nadalje, TRRAP i trimetilirani histon H4 regrutovani su za ove promotore u MAPJD-transficiranim stanicama. Zaključili su da kompleks MAPJD-MYC veže E-kutije i regrutira faktore koji mijenjaju hromatin, kako bi pojačali ekspresiju ciljnih gena.[9]
Reference
uredi- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000170468 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000046791 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Entrez Gene: Chromosome 14 open reading frame 169". Pristupljeno 9. 4. 2016.
- ^ Gross, M. B. Personal Communication. Baltimore, Md. 2/5/2018.
- ^ "UniProt, Q9H6W3". Pristupljeno 28. 7. 2021.
- ^ Eilbracht, J., Reichenzeller, M., Hergt, M., Schnolzer, M., Heid, H., Stohr, M., Franke, W. W., Schmidt-Zachmann, M. S. NO66, a highly conserved dual location protein in the nucleolus and in a special type of synchronously replicating chromatin. Molec. Biol. Cell 15: 1816-1832, 2004. PubMed: 14742713
- ^ Suzuki, C., Takahashi, K., Hayama, S., Ishikawa, N., Kato, T., Ito, T., Tsuchiya, E., Nakamura, Y., Daigo, Y. Identification of Myc-associated protein with JmjC domain as a novel therapeutic target oncogene for lung cancer. Molec. Cancer Ther. 6: 542-551, 2007. PubMed: 17308053
Dopunska literatura
uredi- Eilbracht J, Reichenzeller M, Hergt M, Schnölzer M, Heid H, Stöhr M, Franke WW, Schmidt-Zachmann MS (2004). "NO66, a highly conserved dual location protein in the nucleolus and in a special type of synchronously replicating chromatin". Mol. Biol. Cell. 15 (4): 1816–32. doi:10.1091/mbc.E03-08-0623. PMC 379278. PMID 14742713.
Vanjski linkovi
uredi- PDBe-KB provides an overview of all the structure information available in the PDB for Human Ribosomal oxygenase 1 (RIOX1)